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기각
산업단지 내에서 산업용 건축물을 신ㆍ증축한 후 일부를 물품보관 창고로 임대한 경우 해당 부분에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
조세심판원 조세심판 | 조심2016지0526 | 지방 | 2018-01-29
[청구번호]

[청구번호]조심 2016지0526 (2018. 1. 29.)

[세목]

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지](주)○○이 청구법인으로부터 임차하여 자기 사업장으로 사용하고 있는 쟁점건축물을 청구법인이 ‘산업용 건축물등의 용도로 직접 사용’하는 것으로 인정하는 것은 어려우므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 산업용 건축물등에 대한 감면을 배제하고 취득세 등을 부과?고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[관련법령]
[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.11.14. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 OOO일반산업단지 내인 OOO에서 건축물 4,653.73㎡(1동 증축 2,512.72㎡, 9동 신축 2,141.01㎡)를, 2014.3.10. 같은 토지에서 건축물 480㎡(9동 증축)를, 2014.12.18. 같은 토지에서 건축물 4,491.24㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 각 신축하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라 산업단지 내에 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 다음 <표1>과 같이 취득세 등의 75%를 감면받았다.

<표1> 취득세 등 신고 및 감면 내역

(단위 : ㎡, 원)

나. 처분청은 청구법인이 OOO에게 이 사건 건축물 중 2014.4.1. 9동 일부 2,507.53㎡, 2015.1.27. 2동 3,625.21㎡ 및 2015.7.4. 9동 나머지 113.48㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 임대하여 물품보관 창고로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 단서에 따라 감면을 배제하여 2016.2.12. 청구법인에게 다음 <표2>와 같이 취득세 OOO지방교육세 OOO농어촌특별세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

<표2> 취득세 등 부과처분 내역

(단위 : ㎡, 원)

다.청구법인은 이에 불복하여 2016.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 생산제품(타월류)의 보관 및 물류 운영 업무를 전부 수입타올류 판매·수출입업 등을 영위하고 있는 OOO에 위탁처리하고 있고, OOO이 청구법인과 OOO이 함께 이용하는 창고운영시스템을 이용하여 쟁점건축물에서 청구법인에게 ‘제품 보관, 관리 및 하역대행’(월 용역비 OOO부가가치세 별도) 용역을 제공하고 있다.

쟁점건축물에서 이루어지는 입고 및 출고, 재고 관리 등 물량 처리 비율을 살펴보면 청구법인의 물량 약 78%, OOO의 물량 약 22%로, 주로 청구법인 생산제품의 보관 및 물류 운영을 하고 있고, 이에 따라 OOO은 청구법인으로부터 월 OOO의 창고 및 물류 업무 용역 수수료를 받아 이를 영업외수입의 “잡이익-물류관리수수료”로 회계처리하고 매월 OOO의 세금계산서를 발행하고 있으므로 OOO이 쟁점건축물에서 창고업 또는 물류시설 설치 및 운영업을 영위하고 있는 것으로 용도외 사용을 하지 아니하였다고 보아야 한다.

<표3> 쟁점건축물 입고 및 재고 물량(2013년~2015년)

(단위 : ㎡)

「지방세특례제한법」제78조 제4항같은 법 시행령 제29조는 산업용 건축물의 인정 범위에 대해서만 명시하고 사용주체에 관하여는 규정하고 있지 아니하고, 쟁점건축물의 임차인인 OOO이 쟁점건축물에서 ‘창고업’ 또는 ‘물류시설 설치 및 운영업’을 영위하고 있으므로 “도·소매업을 주업으로 하는 자가 쟁점건축물을 물류시설로 사용하는 경우”에 해당하여 취득세 감면대상인 “산업용 건축물”에 해당한다고 보아야 한다.

나.처분청 의견

「지방세특례제한법」제78조 제4항같은 법 시행령 제29조에 따라 감면이 가능한 “창고업”은 한국표준산업분류(분류코드 5210, 보관 및 창고업)에 따라 “수수료 또는 계약에 의하여 타인 또는 타 사업체의 가구, 자동차 목재, 가스 및 석유, 화학물질, 섬유, 곡물, 냉동물, 식품 및 농산물 등 각종 물품의 보관설비를 운영하는 산업활동을 말한다. 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무를 수행할 수도 있다.”이라고 보아야 할 것이므로 청구법인의 경우 수수료 또는 계약에 의하여 타인 또는 타사업체의 물품 등을 보관하는 “창고업”을 영위한 것이 아니라 단순히 물품을 보관하는 물류창고의 용도로 사용한 것으로 보아야 한다.

「지방세특례제한법」제29조 제2호에 따른 산업용 건축물 등의 범위에 해당하는 “그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업”에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제2조 제1호에서 물류시설이란 “화물의 운송·보관·하역을 위한 시설, 화물의 운송·보관·하역과 관련된 가공·조립·분류·수리·포장 등의 활동을 위한 시설, 물류의 공동화 자동화 및 정보화를 위한 시설, 물류시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지”라고 규정하고, 같은 조 제5호에서 물류터미널사업과 물류창고업으로 분류하면서 “물류창고업”이란 “화주의 수요에 따라 유상으로 물류창고에 화물을 보관하거나 이와 관련된 하역·분류·포장·상표부착 등을 하는 사업을 말한다.”라고 규정하고 있는바, 비록 쟁점건축물이 청구법인의 제조시설을 지원하기 위한 물류시설의 형태를 갖추었다고 하더라도 OOO은 쟁점건축물을 제조시설 없이 자사의 수입 및 매입상품을 일시적으로 보관하는 물류창고의 용도로 이용하고 있을 뿐 화주의 수요에 따라 유상으로 화물을 보관하는 물류창고업을 영위하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이고, 따라서 「지방세특례제한법」제78조 제4항같은 법 시행령 제29조에서 규정한 감면 대상 산업용 건축물 등에 포함되는 “그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업”을 영위하였다고 인정하기는 어려워 보인다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

산업단지 내에서 산업용 건축물을 신·증축한 후 일부를 물품보관창고로 임대한 데 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(대표이사 OOO)은 1974.12.26. 설립되어 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 OOO일반산업단지 내인 쟁점토지에서 타올류 제조 및 도소매업, 수출입업, 부동산임대업 등을 영위하는 법인사업자이다.

(2) 청구법인의 이 건 건축물에 대한 취득세 등 신고 내역은 다음 <표4>와 같다.

<표4> 이 건 건축물 취득세 신고 등 납부 내역

(단위 : ㎡, 원)

(3) 청구법인(임대인)과 OOO(임차인)간 임대차계약서 등에 따르면, 청구법인이 쟁점건축물을 OOO에 임대하여 OOO이 쟁점건축물을 사용하고 있는 것으로 나타나고, 주요 임대 현황을 보면 다음 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점건축물 임대 현황

(4) 청구법인은 생산제품의 보관 및 물류 운영 업무를 전부 OOO에 위탁처리하고 있어 OOO이 월 물류대행 수수료 OOO(부가가치세 별도)을 지급받고 청구법인의 물류창고(쟁점건축물)에 대한 ‘제품보관, 관리 및 하역대행 업무’(“창고업 및 물류시설 설치 운영업무”임)를 하고 있다고 주장하고 있고, 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 처분청의 현장조사(2016.1.6.) 결과, 쟁점건축물 중 2동(총 면적 4,491.24㎡ 중 임대면적 3,625.24㎡, 임대비율 80.71%)은 수입제품 보관창고로, 9동(총 면적 2,621.01㎡ 중 임대면적 2,621.01㎡, 임대비율 100.00%)은 청구법인 제품 및 수입제품이 혼재되어 보관창고로 사용되고 있는 것으로 나타난다.

(나) 청구법인이 제출한 「제품보관, 관리 및 하역대행 계약서(2008.10.1.자)」, OOO의 거래처 원장(잡이익), 세금계산서 등에는 OOO이 월 OOO(부가가치세 별도)를 지급받고 청구법인이 위탁하는 제품을 보관·관리·출고 대행하면서 품목을 물류관리비로, 공급가액을 OOO으로 한 전자세금계산서(작성일자 2013.1.31.~2015.12.31., 매월 1매)를 발급하고 있고, 관련 거래내용을 거래처원장에 기재하고 있는 것으로 나타난다.

(다) OOO의 창고운영시스템 등에 따르면, 청구법인과 OOO이 동일한 창고운영시스템을 통하여 공동으로 물류관리를 하고 있는 것으로 확인되고, 쟁점건축물에서 이루어지는 입고 및 출고 관리, 재고 관리 등 물량 처리 비율은 청구법인의 물량이 약 78%, OOO의 물량이 약 22%인 것으로 나타난다.

(라) OOO(대표이사 OOO)은 2005.1.12. 설립되어 쟁점건축물에서 수입타올류 판매·수출입업, 부동산임대업, 우산 판매·수출입업 등을 영위하는 법인사업자로, 2013년부터 2016년까지 다음 <표6>과 같이 매출이 발생하였다.

<표6> OOO의 매출 현황

(단위 : 원)

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO에게 물류대행 수수료를 지급하며 청구법인 생산제품의 ‘보관, 관리 및 하역대행업무’를 위탁하였고 OOO은 쟁점건축물에서 동 제품의 물류관리를 하고 있으므로 청구법인이 동 건축물을 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하고 있는 것이라 주장하나,

「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목 및 제5항 제2호는 ‘산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제’하되 ‘해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’ 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고, 같은 법 제2조 제8호에서 “직접 사용”이란 ‘부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다’고 정의하고 있는바,

청구법인이 쟁점건축물을 취득한 직후 OOO에게 이를 임대한 사실을 확인할 수 있고, OOO은 동 건축물을 본점으로 하여 수입타올류 및 우산 판매업 및 위 사업과 관련된 수출입업 등을 영위하며 2015년 OOO백만원, 2016년 OOO백만원의 매출이 발생한 것으로 나타나는 점, 처분청의 현지출장 결과에 따르면 OOO이 쟁점건축물(임대면적 6,246.25㎡) 중 2동 3,625.24㎡, 9동 1,661.01㎡를 수입제품 보관창고로, 9동 960㎡를 청구법인 생산제품과 수입제품의 보관창고로 각 사용하여 쟁점건축물의 면적 중 15% 미만을 청구법인 생산제품의 보관창고로 할당하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 생산제품의 물류 업무 전반을 OOO에 위탁하여 처리하고 있으나 OOO이 청구법인 생산제품의 물류 뿐만 아니라 자기 수입제품의 물류도 함께 처리하고 있고 OOO의 매출액 중 청구법인 생산제품의 물류대행 수수료[연 OOO백만원(월 OOO원*12월)]가 차지하는 비중이 2013년 2.2%, 2014년 2.1%, 2015년 2.0%, 2016년 1.8%로 연간 2% 내외에 불과한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 OOO이 청구법인으로부터 임차하여 자기 사업장으로 사용하고 있는 쟁점건축물을 청구법인이 ‘산업용 건축물등의 용도로 직접 사용’하는 것으로 인정하기는 어렵다 하겠다.

따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 산업용 건축물등에 대한 감면을 배제하고 취득세 등을 부과·고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제4항「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

<별지> 관련 법령 등

제6조【정의】취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

4. "건축물"이란 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

6. "개수"란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

가. 「건축법」 제2조 제1항 제9호에 따른 대수선

다. 건축물에 딸린 시설물 중 대통령령으로 정하는 시설물을 한 종류 이상 설치하거나 수선하는 것

제11조【부동산 취득의 세율】① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

③ 제10조 제3항에 따라 건축(신축과 재축은 제외한다) 또는 개수로 인하여 건축물 면적이 증가할 때에는 그 증가된 부분에 대하여 원시취득으로 보아 제1항 제3호의 세율을 적용한다.

제12조【부동산 외 취득의 세율】① 다음 각 호에 해당하는 부동산등에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 기계장비: 1천분의 30. 다만, 「건설기계관리법」에 따른 등록대상이 아닌 기계장비는 1천분의 20으로 한다.

제5조【시설의 범위】① 법 제6조 제4호에 따른 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수·배수시설 및 에너지 공급시설은 다음 각 호에서 정하는 시설로 한다.

5. 급수·배수시설: 송수관(연결시설을 포함한다), 급수·배수시설, 복개설비

제6조【시설물의 종류와 범위】 법 제6조 제6호에서 "대통령령으로 정하는 시설물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설물을 말한다.

1. 승강기(엘리베이터, 에스컬레이터, 그 밖의 승강시설)

제58조【벤처기업 등에 대한 과세특례】③ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의2에 따라 지정된 신기술창업집적지역에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령으로 정하는 건축물(이하 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(각 호 생략)

제78조【산업단지 등에 대한 감면】④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 안전행정부령으로 정한다.

제97조의2【지방자치단체의 감면율 자율 조정】① 지방자치단체는 이 법에 따른 지방세 감면 중 지방세 감면 기한이 연장되는 경우에는 지방자치단체의 재정여건, 감면대상자의 조세부담능력 등을 고려하여 해당 조에 따른 지방세 감면율을 100분의 50의 범위에서 조례로 인하하여 조정할 수 있다. 이 경우 면제는 감면율 100분의 100에 해당하는 것으로 본다.

제29조【산업용 건축물 등의 범위】법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물

2. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제5항에 따른 폐기물 수집운반·처리 및 원료재생업, 폐수처리업, 창고업, 화물터미널 또는 그 밖에 물류시설을 설치 및 운영하는 사업, 운송업(여객운송업은 제외한다), 산업용기계장비임대업, 전기업 및 농공단지에 입주하는 지역특화산업용 건축물, 「도시가스사업법」 제2조 제5호에 따른 가스공급시설용 건축물 및 「집단에너지사업법」 제2조 제6호에 따른 집단에너지공급시설용 건축물

3. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)

(5) 경상남도 도세 감면 조례

제12조의2【「지방세특례제한법」의 감면기한 연장에 따른 지방세 감면율 인하】 「지방세특례제한법」제97조의2 제1항에 따라 지방세 감면율을 인하하는 대상과 그에 따른 감면율의 적용은 다음 각 호의 구분에 따른다.

5. 「지방세특례제한법」제78조 제1항·제2항·제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경우에는 각각 취득세의 100분의 75를 2014년 12월 31일까지 경감한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. "물류시설"이란 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 시설(물류단지는 제외한다)을 말한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "공장"이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "물류시설"이란 다음 각 목의 시설을 말한다.

가. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역을 위한 시설

나. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역과 관련된 가공ㆍ조립ㆍ분류ㆍ수리ㆍ포장ㆍ상표부착ㆍ판매ㆍ정보통신 등의 활동을 위한 시설

다. 물류의 공동화ㆍ자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

5의2. "물류창고"란 화물의 저장ㆍ관리, 집화ㆍ배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설ㆍ보관장소 또는 이와 관련된 하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말한다.

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “물류사업”이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을 영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.

가. 자동차ㆍ철도차량ㆍ선박ㆍ항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을 통하여 화물을 운송하는 화물운송업

나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업

다. 화물운송의 주선(周旋), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는 물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업

라. 가목부터 다목까지의 물류사업을 종합적ㆍ복합적으로 영위하는 종합물류서비스업

4. “물류시설”이란 물류에 필요한 다음 각 목의 시설을 말한다.

가. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역을 위한 시설

나. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역 등에 부가되는 가공ㆍ조립ㆍ분류ㆍ수리ㆍ포장ㆍ상표부착ㆍ판매ㆍ정보통신 등을 위한 시설

다. 물류의 공동화ㆍ자동화 및 정보화를 위한 시설

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