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기각
감면받은 특별부가세를 추징한 처분의 당부(기각)
조세심판원 조세심판 | 국심2001구3292 | 법인 | 2002-06-25
[사건번호]

국심2001구3292 (2002.06.25)

[세목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

토지양도후 3년내에 폐업함에 따라 중소사업자의 경영한정지원을 위한 특별부가세 감면세액을 추징함은 정당함

[관련법령]

조세특례제한법 제36조【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세등의 감면】 / 조세특례제한법시행령 제124조의2【특별부가세의 과세표준계산】

[주 문]

심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인(제조 알미늄)은 1972.5.10 대구광역시 북구 OO동 OO OOO공장용지 1587.8㎡ 등 4필지 4526.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 사업용자산으로 사용하다가 1998.12.9 OOOO공사에게 쟁점토지와 지상건물을 2,332,700,000원에 양도하고 중소사업자의 경영안정지원을 위한 특별부가세의 감면대상으로 하여 법인세신고하였고, 또한 2000년 1기에 청구외 OO비철금속(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO) 이OO으로부터 95,325,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서를 수취하여 부가가치세신고하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도일로부터 3년이내인 2000.9.30 사업을 폐지하였으므로 감면세액의 추징대상이라고 보아 2001.5.12 청구법인에게 1998사업연도분 법인세 512,125,670원을 결정고지하였다가 2001.8.8 청구법인의 이의신청에 따라 위 법인세를 169,052,530원으로 감액경정하였다.

또한, 처분청은 청구법인이 실지거래없이 쟁점금액의 허위 세금계산서를 수취한 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하고 대표자에게 상여처분하여 2001년 4월 청구인에게 소득금액변동통지하였으나 청구인이 종합소득세신고를 불응함에 따라 2001.10.4 청구법인 대표자 이OO에게 종합소득세 33,187,020원을 결정고지하였다.

청구법인은 당초처분에 불복하여 2001.8.8 이의신청을 거쳐 2001.12.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점토지를 양도하여 금융기관의 부채상환에 사용하였으므로 이는 조세특례제한법 제36조의 규정에 의한 중소사업자의 경영안정지원을 위한 특별부가세의 감면대상임에도 이에 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 쟁점토지의 양도가액은 2,332,700,000원이고 취득가액은 1985.1.1현재의 기준시가인 1,939,841,500원과 기타필요경비 58,195,245원 및 건물철거비용 75,000,000원을 합하면 2,068,036,745원으로 쟁점토지의 양도차익은 259,663,255원임에도 처분청이 양도차익을 792,998,000원으로 보아 이건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점금액을 실지매입하였으므로 이를 손금불산입하고 대표자에게 상여처분하여 종합소득세를 과세한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 1998.12.9 쟁점토지를 양도한 후 양도일로부터 3년이내인 2000.9.30 당해 사업을 폐지하였으므로 조세특례제한법 제36조 제2항 제2호의 규정에 의하여 감면세액을 추징함은 적법한 것이며, 쟁점토지의 양도가액은 확인이 되지만 취득가액은 분명하지 아니하므로 양도가액을 기준으로 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 환산한 토지의 취득가액과 건물의 과세시가표준액을 합하여 전체 취득가액으로 공제하고 건물의 철거비용 75,000,000원을 인정하였으므로 이건 법인세 과세는 정당하다.

(2) 청구법인의 거래처인 청구외 OO비철금속 대표 이OO이 청구법인에게 실지거래없이 쟁점금액의 세금계산서만 교부한 것으로 확인하고 있고, 청구법인이 실지거래라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 근거를 제시하지 못하므로 이건 종합소득세 과세는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 금융기관 부채상환 목적으로 양도한 쟁점토지의 양도차익이 특별부가세 추징대상인지 여부와 과세한 양도차익이 적정한 것인지 여부

(2) 쟁점금액을 실물거래없이 세금계산서만 수취한 가공매입으로 보아 대표자에게 상여처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

이건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다.

조세특례제한법 제36조 【중소사업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세등의 감면】①대통령령이 정하는 중소사업자(이하 제40조 및 제41조에서 "중소사업자"라 한다)가 대통령령이 정하는 금융기관의 부채(이하 "금융기관부채"라 한다)를 상환하기 위하여 사업용으로 사용한 토지등을 1999년 12월 31일이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

②제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 감면받은 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지등의 양도대금을 토지등을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날을 말하며, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 토지등의 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우

2. 토지등을 양도한 날부터 3년이내에 당해 사업을 폐지하거나 양도한 경우

③제1항의 사업용으로 사용한 토지등의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

④제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조제4항의 규정을 준용한다.

⑤제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

법인세법 제59조의 2 【과세표준】①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

②제1항에서 "양도"라 함은 토지등에 의한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (다만, 생략)

③제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 장부가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 장부가액으로 한다.

1. 취득가액. (다만, 생략)

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

④제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다.

⑥토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑦제3항에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 토지

지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). (다만, 생략)

같은법 시행령 제124조의2 【특별부가세의 과세표준계산】 ②법 제59조의 2 제3항에서 "취득가액"이라 함은 제37조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다.

⑬법 제59조의2제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제162조의 규정을 준용한다.

⑭1984년 12월 31일이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1985년 1월 1일 현재의 기준시가로 하되 제124조의5 제2항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 동호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전의 취득가액에 1984년 12월 31일이전의 취득일로부터 1984년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다.

같은법 시행령 제124조의5 【기준시가의 산정】 ②법 제59조의2제4항에서 "대통령령이 정하는 산식"이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다.

1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우

양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가( 소득세법시행령 제164조제7항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가를 말한다)

법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조 【소득처분】 ①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (이하생략)

다. 사실관계 및 판단

먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 1998.12.9 쟁점토지를 기업구조개혁촉진방안에 따라 OOOO공사에게 금융기관 부채를 상환할 목적으로 2,332,700,000원에 양도하였고, 그 대금은 부채상환용 토지개발채권으로 지급받으면서 모든 매매대금을 OOOO공사가 청구법인이 지급동의한 금융기관에 직접 지급하기로 하였음이 매매계약서에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 양도한 후 1999.3.31 쟁점토지의 양도가액 2,332,700,000원과 취득가액 27,258,194원과의 양도차익 2,305,441,806원에 대한 특별부가세 461,088,361원을 조세특례제한법 제36조의 규정에 의한 특별부가세 감면세액으로 하여 법인세신고하였다.

(3) 청구법인은 12월말 결산법인임에도 2000.1.1부터 2000.9.30까지를 사업연도로 하여 수입금액 2,071,683,089원 및 과세표준금액 △918,361,948원에 대한 법인세를 신고하였고, 처분청의 휴폐업신고서 조회 전산자료에 의하면 청구법인은 2000.9.30 직권폐업되었음이 확인된다.

(4) 청구법인이 제시하는 건물철거공사계약서(2000.10.30) 및 입금표에 의하면 청구법인은 쟁점토지상의 건물철거공사를 청구외 신OO(대구시 북구 OOO가 OOOOO)에게 75,000,000원에 의뢰하였고, 공사대금을 지급한 증빙으로 청구외 신OO(신OO의 다른 이름)이 청구법인에게 발급한 계약금 10,000,000원의 입금표(2000.10.31)와 잔금 65,000,000원의 입금표(2001.1.26)를 제시하고 있다.

(5) 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도일인 1998.12.9부터 3년이내인 2000.9.30 사업을 폐업함에 따라 감면받은 특별부가세를 추징하면서 당초 청구법인이 신고한 양도차익 2,305,441,806원에 대한 특별부가세 512,125,670원을 결정고지하였으나, 청구법인의 이의신청에 따라 쟁점토지의 양도가액을 2,332,700,000원, 취득가액은 쟁점토지의 취득가액이 확인되지 아니하므로 양도당시 및 의제취득일인 1985.1.1 현재의 기준시가를 기준으로 환산한 1,301,222,985원과 쟁점토지상 건물의 1985.1.1 현재의 기준시가 294,165,240원을 합한 1,595,388,225원으로 하고 건물철거비 75,000,000원을 공제한 667,311,775원을 양도차익으로 보아 특별부가세를 169,052,538원으로 감액경정하였음이 법인세결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(6) 위 사실을 종합하여 보면 청구법인이 쟁점토지를 OOOO공사에 양도한 대금을 청구법인의 금융기관에 대한 부채를 상환하는데 사용하였으므로 쟁점토지의 양도차익은 특별부가세 면제대상이었던 것으로 보이나, 청구법인이 사실상 폐업함에 따라 처분청이 2000.9.30 직권폐업처리한 것으로 보이고 이는 조세특례제한법 제36조 제2항 제2호의 규정에 따라 감면받은 특별부가세의 추징사유에 해당하므로 이건 법인세를 과세한 처분에 달리 잘못이 있다고 볼 수 없어 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.

다음, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(1) 남대구세무서장은 청구외 OO비철금속(OOOOOOOOOOOO) 대표 이OO이 2000년 1기에 청구법인의 OO지점(OOOOOOOOOOOO)에게 실지거래없이 공급대가 95,325,000원의 세금계산서를 교부하였다는 확인서(2000.11.28)와 거래처별 확인명세를 근거로 2001.3.29 청구법인의 OO지점(OOOOOOOOOOOO)에게 부가가치세를 과세하고, 동 가공매입자료를 처분청에 통보(2001.5.7)해옴에 따라 처분청은 쟁점금액을 손금불산입 및 대표자에게 상여처분하였고, 청구법인이 폐업하였음에 따라 2001년 4월 청구인에게 소득금액변동통지를 한 후 종합소득세 33,187,020원을 결정고지한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점금액을 실지매입하였다고 주장하면서도 이를 입증할 수 있는 증거서류를 제시하지 아니하고 있다.

(3) 위 사실을 종합하여 보면 청구법인은 쟁점금액을 실지매입하였다고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 근거자료를 제시하지 아니하고 있어 처분청이 쟁점금액을 허위 세금계산서에 의한 가공매입으로 보아 손금불산입 및 대표이사에게 상여처분하여 이건 종합소득세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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