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[청구번호]
조심 2018중3746 (2018.12.18)
[세 목]
양도
[결정유형]
취소
[결정요지]
쟁점토지 취득 당시 비영리단체 미등록 및 금융기관 대출 등을 이유로 부득이 쟁점단체가 아닌 개인(공동)명의로 등기하였다는 청구주장에 수긍이 가는 점, 「국세기본법」제14조 제1항에는 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산을 쟁점단체가 아닌 청구인 등 개인(명의자)의 재산으로 보아 청구인에게 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있음
[관련법령]
[주 문]
OOO장이 2018.5.17. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인은 OOO․OOO 등 2인과 함께 2009.6.5. OOO 대지 568㎡ 및 같은 동 642-17 대지 180.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(각 OOO 지분)하여 2010.1.25. 그 지상에 주택 336.92㎡(쟁점토지와 주택을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축(사용승인 2009.11.27.)하여 비영리민간단체인 ‘OOO’(대표자 OOO, 이하 “쟁점단체”라 한다)가 이를 장애인 학교로 사용하다가 2012.12.7. 수용을 원인으로 쟁점부동산을 OOO에 양도한 후 양도소득세 신고시 쟁점부동산을 쟁점단체의 자산에 해당한다 하여 양도소득세 비과세 대상으로 신고하였다.
나. 처분청은 쟁점부동산이 청구인 등 3인의 개인 명의로 등기되어 있으므로 쟁점단체의 자산으로 볼 수 없어 양도소득세 비과세대상이 아니라고 보아 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2018.5.17. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2018.8.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점부동산의 소유 명의자들은 쟁점단체의 공동대표자인 것이 아니라 쟁점단체의 정관에 의한 회장단이다.
비영리 민간단체등록증에는 쟁점단체의 회장인 OOO을 대표자로 등재한 것이며, 쟁점단체는 정관에 따라 회장 1인과 부회장 2인, 그리고 이사 9인(회장과 부회장 포함)을 두고 있는바, OOO은 회장, 청구인과 OOO은 부회장을 맡고 있고, 이들 회장단 3인이 이사회 결의에 따라 쟁점부동산 취득시 소유 명의자로 등기부에 등재되었다.
쟁점단체의 중요 의사결정은 총회와 이사회의 결의에 따르고 있는바, 쟁점토지의 취득은 쟁점단체 이사회 결의를 통해 결정된 것이며, 당시 쟁점단체가 법인격을 갖추지 못해 법률상 부동산 소유자로 등기를 할 수 없었기 때문에 당시 회장단 3인의 공동명의로 등기하기로 결의하였다. 즉, 청구인은 개인의 사적 필요와 이용계획에 따라 개인의 의사결정을 통해 쟁점부동산 취득한 것이 아니었다.
(2) 쟁점부동산의 취득자금(토지 매입비 및 학교 건축비)은 모두 회원들(장애학생 학부모)의 회비와 특별 모금으로 조달한 것이다.
쟁점단체는 2009년 1월에 OOO 개발사업에 따라 강제이전 통보를 받게 되었고, 이때 OOO 소재 쟁점토지를 매입하여 학교를 건축하기로 결의하였다.
쟁점단체는 회장인 OOO 명의로 ‘부동산 취득과 건축자금 관리통장’(OOO 통장, OOO 405-20-2*****, 이하 “건축관리통장”이라 한다)을 개설하였는바, 동 계좌에 회원들의 건축회비와 특별출자금 등이 별도로 입금되었을 뿐만 아니라 쟁점토지 취득자금과 건축자금 등이 지급되었으며, 명의자인 OOO의 개인자금이 입금되었거나 출금된 사실이 없다.
2009.5.8. OOO 명의로 5건, OOO원이 입금되었는데, OOO는 쟁점단체의 총무로서 회원의 회비를 관리하는 본인 명의의 계좌(OOO 1002-837-3*****, 이하 “총무통장”이라 한다)로 모인 회원의 회비와 건축 출자금 등을 건축관리통장으로 송금한 것이며, 이외에도 일부 회원들은 건축관리통장에 학교건축을 위한 특별출자금을 송금하였다. 이렇게 건축관리통장에 모인 자금은 쟁점토지 매입과정에서 계약금, 중도금 및 잔금으로 지급되었고, 관련 중개수수료도 지급되었으며, 2009.7.29. 이후에는 건축공사비(계약금, 건축비), 취득세, 등록세, 설계비 등을 역시 ‘건축관리통장’에서 지급하였다.
(3) 쟁점토지에 근저당이 설정된 차입금은 전액 건축관리통장으로 입금되었고, 모두 쟁점부동산의 취득에 사용되었다.
당시 쟁점토지를 취득하는 데는 회원의 회비와 특별출자금만으로 부족하여 금융기관의 대출을 받아야 했으나 당시 쟁점단체는 법인등기를 되지 못한 상태, 즉 법인격이 없었으므로 등기부상 소유자 등재나 은행 대출거래상의 채무자가 될 수 없었다. 이에 쟁점단체의 회장인 OOO이 채무자가 되고, 쟁점토지를 담보로 제공하여 은행으로부터 대출받았으며, 동 대출금은 쟁점토지 구입 잔금으로 토지 매도자에게 은행이 직접 지급하였으며, 지급하고 남은 대출금 잔액은 2009.7.3, 2009.7.4. 건축관리통장에 입금되어 모두 학교건축비로 사용되었다. 또한, 쟁점부동산이 수용되어 보상금 수령시 근저당권자인 은행이 OOO로부터 직접 대출금 전액을 상환받았고, 나머지 잔액을 쟁점단체가 지급받았다.
쟁점단체는 이 자금을 모두 대체부지의 취득과 학교 건축에 사용하였고, 현재 OOO에서 장애인 학교를 계속 운영하고 있다. 즉, 쟁점토지에 근저당이 설정된 은행 차입금 역시 그 채무자의 명의만 OOO으로 되어 있을 뿐, 실제 대출금은 전액 학교 건축에 사용되었으며, 쟁점부동산의 수용보상금으로 대출금을 상환한 것이다. 따라서 OOO 개인의 의사결정에 따라 대출을 실행하고, 개인적인 용도로 자금을 사용하거나 개인 자금으로 대출금을 상환한 것이 아니다.
(4) 비영리민간단체인 쟁점단체가 장애인 학교용도로 쟁점부동산을 사용하였고, 그 취득자금의 대출금 이자는 물론 재산세 등도 쟁점단체가 모두 납부하였다.
쟁점부동산을 취득하고 학교를 건축한 2009년 12월부터 OOO에 수용 당한 2013년 8월까지 쟁점부동산은 장애인 학교로 사용되었으며, 수용 후 대체부지OOO를 취득하여 다시 학교를 건축, 현재까지 장애인 학교로 운영되고 있다.
학교운영에 필요한 일반관리자금은 회장인 OOO 명의의 계좌(OOO 412-910263-1****, 이하 “학교 일반관리용 계좌”라 한다)로 관리하였는바, 쟁점토지 취득을 위한 대출금(2009.6.5. 실행)에 대한 이자를 2009.7.5.부터 학교 일반관리용 계좌에서 모두 지급하고 있고, 쟁점부동산의 명의자 3인에게 부과된 재산세(건물분, 토지분)도 모두 학교 일반관리용 계좌에서 지급하고 있다. 즉, 근저당권이 설정된 은행 대출금의 명의자가 OOO일 뿐 실제 대출금의 사용자도, 대출이자의 납부자도 모두 쟁점단체였으며, 명의상 소유자에게 부과된 재산세 역시 각 3인에게 부과되었으나 이를 실제 납부한 것은 쟁점단체였다.
(5) 청구인과 OOO, OOO 등이 쟁점부동산을 취득한 이후 이를 쟁점단체에 출연한 것이 아니라 쟁점단체가 자신의 자금으로 직접 쟁점부동산을 취득한 것이다. 다만, 쟁점단체가 법인격을 획득하지 못하여 부득이 형식상 회장단 3인의 공동명의로 등기하였을 뿐이다. 즉, 형식이 개인 3인의 공동명의일 뿐이지 그 취득자금의 출처, 사용내역과 비용부담, 매각대금의 귀속 등을 보더라도 쟁점단체가 직접 쟁점부동산을 취득하였다가 수용된 사실이 확인된다.
(6) 쟁점부동산을 쟁점단체의 명의가 아닌 회장단 3인의 개인 명의로 등기할 수밖에 없었던 법률상 이유가 존재한다.
쟁점단체는 1996년 2월에 ‘OOO 사람들’이라는 명칭으로 첫 모임을 가졌고, 이후 1996년 12월에 OOO에서 ‘OOO 특수교육센터’를 개원한 이후 2005년 6월에 OOO으로 이전하였으며, 2006년 3월에 ‘OOO 학교’(장애인 대안학교)로 개교하여 장애인 교육기관으로 운영되었다. 그런데 2009년 1월에 OOO 개발계획이 공고되면서 강제이전 통보를 받았고, 조속한 시일 내에 학교를 이전해야만 하였다. 이때 쟁점단체의 총회와 이사회 결의를 통해 OOO에 새 터전을 마련하기로 하고, 회원들의 회비와 특별출연, 그리고 일부 대출금으로 자금을 조달하여 쟁점토지를 취득하고 학교를 건축하기로 하였던 것이다. 따라서 당시에는 부동산 등기를 위해 법인격 취득절차를 새로 이행할 시간적 여유가 없었기에 일단 회장단 3인의 공동명의로 쟁점토지를 취득하여 학교를 건립하기로 한 것이다.
쟁점부동산의 수용보상금을 지급받아 대체부지를 매입하고 학교를 건축하였는데, 이때에도 회장단 3인의 공동명의를 사용하게 된 것은 쟁점단체의 행정관할구역 문제가 발단이 된 것이다. 즉, 쟁점단체는 OOO에 등록된 비영리민간단체인데, 쟁점단체 명의로는 OOO 소재 부동산을 취득하여 등기할 수 없었다. 관련법령에 따라 OOO 소재 부동산을 취득하여 비영리 고유목적사업을 수행하려면 OOO에 새로이 단체 등록을 하여야 한다. 따라서 쟁점단체는 학교 이전을 조속히 마무리하기 위해 부득이 이사회를 열어 OOO 소재의 대체부지를 역시 회장단 3인의 공동명의로 취득할 수밖에 없었던 것이다.
나. 처분청 의견
법인으로 보는 단체로 승인받은 쟁점단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우 당해 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득은 수익사업에 해당하지 않는 것이나, 이에 해당하는지는 사실 판단하여야 할 것인바,
이 건의 경우 쟁점단체의 대표자가 법인으로 보는 단체 승인신청 당시 OOO으로 기재되어 있어 청구인이 공동대표임을 확인할 수 없고, 청구인은 실무적인 문제로 인해 쟁점단체의 형식적인 대표자 3인의 공동명의로 쟁점부동산을 취득하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점부동산 취득 후 쟁점단체를 법인으로 보는 단체로 승인신청한 이유와 쟁점단체 명의로 등기하지 못한 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있으며, 쟁점부동산의 등기부상 금융기관 대출과 관련하여 OOO을 채무자로 하여 근저당이 설정되었고, 쟁점단체의 계산과 명의로 독립적으로 쟁점부동산을 소유․관리한 사실을 확인할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하였으며, 쟁점부동산이 수용된 후 쟁점단체의 대체부지OOO 취득 시에도 쟁점단체 명의로 등기하지 않고 개인(공동)명의로 등기하였고, 쟁점단체는 장애인복지시설이라는 고유목적사업으로 하여 법인으로 보는 단체 승인된 법인으로서 쟁점부동산 양도와 관련하여 법인세 과세표준을 신고한 사실도 없다.
따라서 청구인과 쟁점단체는 서로 다른 자연인으로 청구인 등 개인 명의로 등기한 쟁점부동산을 비영리법인인 쟁점단체의 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점부동산은 실제 청구인 등 개인(명의자)이 아닌 쟁점단체(비영리민간단체)의 자산이므로 청구인에게 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
(3) 법인세법 시행령
제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 2009.6.5. 청구인, OOO, OOO 등 3인의 공동명의로 쟁점토지(각 OOO 지분)에 대한 소유권이전등기를 경료하였고, 그 지상에 신축한 다세대주택에 대하여 교육용 건물로 2009.11.27. 사용승인(허가일자 2009.7.23., 착공일자 2009.7.29.)받은 후, 2010.1.25. 청구인 등 3인 명의(각 OOO 지분)로 소유권보존등기를 경료하였다.
(나) 2010.8.16. 쟁점단체는 OOO로부터 비영리민간단체등록증을 발급받았는바, 단체명칭은 OOO, 소재지는 OOO, 대표자는 OOO, 주된 사업은 장애아동 학교교육(산행, 수공예, 도예, 체육활동 등) 프로그램 운영, 발달장애아동 부모교육, 지역사회에서 장애인 삶의 질 향상을 위한 사업 등, 등록 근거법령은 「비영리민간단체지원법」제4조 제1항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항 등으로 기재되어 있다.
(다) 2010.9.2. OOO장은 「국세기본법」제13조(법인으로 보는 단체)에 따라 쟁점단체에게 수익사업을 하지 않는 비영리법인에 대한 고유번호증(단체명 : OOO, 대표자 : OOO, 고유번호 : 130-82-*****)을 발급하였다.
(라) 2012.12.7. 청구인 등 명의자들은 쟁점부동산을 OOO에 양도(수용)하였다.
(2) 청구인은 쟁점부동산이 실제 개인(명의자)이 아니라 쟁점단체의 고유목적사업(장애인 학교)에 사용된 자산이므로 청구인에 대한 양도소득세 과세처분은 부당하다고 주장하는바, 그 구체적인 주장 및 제출증빙은 다음과 같다.
(가) 쟁점단체의 정관에 의하면, 쟁점단체는 ‘발달상에 장애를 가진 사람들이 그들의 내면에 잠재된 능력을 이 사회 안에서 충분히 발휘하고 다른 사람과 더불어 살아가는데 필요한 교육적, 심리적, 문화적인 지원과 공유를 목적으로 한다’[제1조(목적)]고 규정되어 있고, 회원(구분, 자격, 가입 및 탈퇴, 제명, 권리 및 의무), 임원(선임, 해임, 징계, 직무, 대표권 제한), 총회 및 이사회(구성, 성립, 회의의 소집, 의결사항), 자산 및 회계, 정관변경 및 청산 등의 사항이 기재되어 있으며, 그 중 자산은 기본재산과 보통재산으로 하고, 기본재산은 이사회에서 정하여 편입한 중요재산으로 하며, 기본재산의 처분이나 담보제공에는 이사회와 총회의 의결을 거쳐야 한다고 규정하고 있고, 쟁점단체의 운영을 위한 재정은 이사회에서 의결된 기본재산의 이자수입, 회원회비, 기부금, 후원금 및 기타 수입으로 충당하도록 규정하고 있다.
(나) 이사회 회의록(2009.4.4.)에 의하면, 이사 9명 중 6명의 출석으로 쟁점토지를 OOO원에 매입하고, 등기는 회장단[청구인(회장), OOO(부회장), OOO(부회장)] 명의로 하도록 의결한 것으로 나타나며, 2013.2.3.자 이사회 회의록을 보면, 이사 9명 중 6명의 출석으로 OOO원에 OOO 토지(672-2, 672-3, 672-4) 및 건물(같은 리 672) 매입하고, 등기는 회장단[청구인(부회장), OOO(부회장), OOO(회장)] 명의로 하도록 의결한 것으로 나타난다.
(다) 청구인은 쟁점부동산 취득 및 매각대금, 재산세 납부, 대출이자 등이 모두 쟁점단체를 위해 개설된 OOO 명의의 계좌[OOO 405-20-******(건축관리통장), OOO 412-910263-*****(학교 일반관리용 계좌)]에서 지출하였다고 주장하면서 그 계좌거래내역을 제출하였으며, 회원들의 출자금 납입내역(2008.8.28.～2009.8.14. 기간 중 총 OOO원)이 기재된 OOO의 계좌[OOO 1002-837-******(총무통장)]를 제출하였는바, 위 OOO 계좌(건축관리통장)에는 회원출자금의 입금, 토지의 중도금 및 잔금 지급, 대출금 입금, 건축비 및 취득세 송금 등의 설명이 기재되어 있고, 위 OOO 계좌(학교 일반관리용 계좌)에는 주택재산세, 토지재산세 등의 적요가 기재되어 있으며, 계좌주인 OOO의 개인적인 용도로 사용한 내역은 나타나지 아니한다.
(라) 쟁점단체 세입세출내역을 보면, 쟁점부동산 보상금 및 예금이자 등 총 OOO원이 세입으로, 대출금 상환OOO이 세출로 기재되어 있으며, OOO OOO(갑), OOO(을) 및 OOO(병) 간에 작성된 합의서를 보면, 쟁점토지(2필지)에 설정된 근저당[채권최고액 OOO원, 대출금액 OOO원]과 관련하여 ‘갑’은 ‘을’의 채무변제를 위해 ‘갑’의 토지수용보상금으로 OOO원을 ‘병’에게 지급하기로 한다는 내용이 기재되어 있다.
(마) 청구인은 쟁점단체가 쟁점부동산을 고유목적사업인 장애인 학교로 사용하였다고 주장하면서 학교 행사 등이 촬영된 사진 및 ‘해당 학교가 2009.10.21. 보금자리 개발지구에 편입되어 쫓겨날 판’이라는 내용의 인터넷 신문기사OOO를 제출하였다.
(바) 쟁점부동산의 재산세는 그 명의자(청구인, OOO 및 OOO)가 각각 납부한 것으로 나타나고, 청구인과 OOO에게 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세가 부과되었으나 또다른 공유자인 OOO에 대하여는 양도소득세를 부과되지 아니한 것으로 나타난다.
(사) 쟁점단체의 대체부지OOO의 등기부등본을 보면, 2013.3.6. 청구인, OOO, OOO 등 3인의 공동명의로 소유권이전등기(각 OOO 지분)한 것으로 나타난다.
(3) 한편, 청구인은 2018.11.28. 조세심판관회의에 참석하여 “현재 쟁점단체는 사단법인 형태로 법인화를 추진하고 있고, 법인화가 이루어지면 개인(공동)명의로 된 모든 재산을 쟁점단체 명의로 전환할 계획”이라는 취지로 진술하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인과 쟁점단체가 서로 다른 자연인으로 청구인 등 개인 명의로 등기한 쟁점부동산을 쟁점단체의 자산이라거나 고유목적사업에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없다는 의견이나,
쟁점부동산은 형식상 청구인 등 3인의 공동명의로 등기되었을 뿐, 쟁점단체의 이사회 결의로 쟁점부동산의 매입을 결정하고, 실제 취득자금, 관련 대출금 및 이자비용, 학교건축비, 재산세 등을 쟁점단체의 자금으로 지출한 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 매각(수용)대금도 청구인 등 개인이 아닌 쟁점단체에 모두 귀속되어 대출금 변제, 대체부지 취득과 장애인 학교건축에 사용하는 등으로 보아 쟁점부동산은 실질적으로 쟁점단체의 자산으로서 장애인 학교교육이라는 고유목적사업에 직접 사용한 것이라는 청구인의 주장에 신빙성이 있는 점, 쟁점토지 취득 당시 비영리단체 미등록 및 금융기관 대출 등을 이유로 부득이 쟁점단체가 아닌 개인(공동)명의로 등기하였다는 청구주장에 수긍이 가는 점, 「국세기본법」제14조 제1항에는 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산을 쟁점단체가 아닌 청구인 등 개인(명의자)의 재산으로 보아 청구인에게 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.