[사건번호]조심2013서3064 (2013.11.25)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면배제한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2011서1349 / 조심2012서0121

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.12.15. 취득한 OOO외 5필지 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)을 보유하던 중, 재건축으로 2002.7.30. 취득한 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2007.10.12. 양도하고, 2007.12.31. 양도소득세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 전액을 감면하고 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 조특법 제99조의3 규정을 적용함에 있어 양도소득세가 감면되는 소득은 신축주택 취득 후 5년간 발생한 소득이므로종전주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대해서는 감면 배제하여, 2013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감한다고 규정하였고, 동법 동항 제2호에서 신축주택은 재건축주택을 포함하도록 하였고, 신축후 5년간 발생한 양도소득금액계산은 조특법 시행령 제40조에 의하도록 위임되었는 바, 동 산식의 분모와 분자에서 차감하는 취득시 기준시가는 양도한 신축주택의 사용검사 승인일의 기준시가로 동일한 개념임을 알 수 있으나, 처분청은 분모의 기준시가는 종전주택의 취득시 기준시가를 적용하고 분자의 기준시가는 신축주택 준공시 기준시가를 적용함으로써 종전주택과 재건축한 신축주택을 동일한 주택으로 보아 감면소득을 계산하였으나, 이 방식에 따른 과세표준의 배분방식은 분모에 청구인이 이 건 신축주택 취득을 위해 납부한 추가부담금(또는 추가부담금을 기준시가로 환산한 금액)이 포함되지 않음으로 분모금액이 과대 산정됐고, 그 결과 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되었으므로 법령상의 근거없이 계산식을 자의적으로 해석하여 조세법규를 엄격해석하지 않고 과세편의에 따라 임의로 확장해석한 처분은 위법하다.

본 양도주택의 경우 1995.12.25. 종전주택을 OOO원(관리처분가액을 기준시가비율로 환산한 가액임)에 취득하고 재건축조합으로부터 OOO원으로 관리처분되어 추가부담금 OO,OOO,OOO원을 불입하고 기타경비를 합하여 OOO원을 필요경비로 하여 양도소득을 계산한 바, 실제로 준공 후 입주시까지 분양대금을 분할하여 납부하는 일반 분양자와 실가 계산시 부담금액 및 양도차익 계산에 있어서 차이가 없으나 일반분양자에 있어서는 취득시 기준시가를 준공시의 기준시가로 적용하고,재건축조합원에 대하여만 종전주택 취득시 기준시가를 적용하여신축주택 준공시까지의 양도소득을 별도로 구분 계산함에 따라, 본 양도건에 있어서는실현되지 아니한 종전주택의 양도차익을 무리한 계산식으로 적용하여 OOO원 중 감면배제 양도소득금액을 OOO원으로 산정하여 47.5%를 감면배제함은 국세기본법 제14조에 규정되어 있는 실질과세 원칙과 공평과세원칙에 반한 과세권 남용이다.

동일 아파트 단지를 포함하여 다수의 재건축아파트의 양도에 대하여 신축 후 5년 이내에 양도한 경우에는 종전주택에 대한 양도소득에 대하여도 100% 감면되는 것으로 하여 신고시인, 조사결정, 경정결정 환급 등을 하였을 뿐만 아니라, 그러한 경우에도 국세부과제척기간 경과로 인하여 과세하지 아니하고 5년이 경과된 후에 신축주택의 양도소득금액은 기준시가가 동일하여 감면배제 양도소득이 산출되지 아니함에도 재건축 전의 양도소득을 전혀 다른 기준시가에 의하여 소급과세함은 신의칙에 반한다.

(2) 예비적 청구

처분청의 양도소득금액 계산이 적법하다 하더라도 신축후 5년간 발생한 양도소득 금액은 제외하고 나머지 양도소득에 대하여 양도소득세를 계산하고 납부불성실가산세 계산시 농어촌특별세 과납분에 대하여 납부할 세액에서 공제후 가산세액을 계산해야 된다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

처분청의 양도소득금액감면 계산방식은 조특법 시행령 제40조제1항에서 규정하고 있는 감면대상소득산식에서 국세청의 예규(서사2019, 2005.11.8.)에 당해 산식 적용에 있어 취득일을 분자는 신축주택의 취득일, 분모는 종전주택의 취득일로 해석하고 있고, 국세청예규(서면-227,2009.1.20.)에서 또한 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있으며, 이와 동일한 해석 및 심판례가 다수 존재한다.

주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서(조심 2012서121,2012.2.23.), 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 양도소득금액은 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것(부동산거래관리과-127,2011.2.10.)이므로 기 고시된 기준시가 OOO원으로 종전주택의 취득가액을 산정한 것은 정당하다.

처분청의 양도소득금액 감면 계산방식은 청구인의 신고내용 중 양도가액 및 취득가액, 양도소득금액은 차이가 없으나, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세의 감면대상 양도소득금액 계산시 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식의 해석에 대하여 이미 국세청 예규에 근거하여 적용한 당초 처분 정당하다.

(2) 예비적 청구

청구인은 과세되는 양도소득금액이 적법하다 하더라도 납부불성실가산세 계산시 농어촌특별세 과다분에 대하여 납부할세액에서 공제후 가산세액을 계산하여야 한다고 주장하나, 청구인의 주장대로 산식 [납부불성실가산세 = (산출세액 - 적정 감면세액 - 기납부 농어촌특세) × 일수 × 0.03%]을 적용하여 납부불성실가산세 OOO원을 산출하였으므로 당초 처분 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) (주위적청구) 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면 배제한 처분의당부

(2) (예비적청구) 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30.법률제8146호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 국세기본법

제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등에 의하면 청구인은 1995.12.15. 종전주택을취득하고, 재건축사업에 따라 2002.7.30. 사용승인을 받아 2002.9.18. 소유권이전등기를 한 후 2007.10.12. 신축주택을 양도한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 신축주택을 양도한 후 조특법 제99조의3에 규정된 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 양도소득세 OOO원 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도소득금액 중 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이아니라 하여 감면세액을 OOO원으로 보아 양도소득세 O,OOO,OOO원을 경정·고지하고, 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 환급하였으며, 양도소득세 과세시 감면세액 OOO원과 농어촌특별세 과다납부세액 OOO원을 미납세액에서 차감하여 납부불성실가산세를 계산하였음이 양도소득세 결정결의서에 나타난다.

(4) 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항에서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 중 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀 금액이 양도당시의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀금액에서 차지하는 비율로 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(5) 먼저, 주위적청구에 대하여 살펴보면, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어려워 보이는 점, 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349,2011.6.30.외 다수 같은 뜻임)인 점,국세청 예규 등에서 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을감면소득으로 본다는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면 배제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 예비적청구에 대하여 살펴보면, 청구인은 과세되는 양도소득금액이 적법하다 하더라도 납부불성실가산세 계산시 농어촌특별세 과다분에 대하여 납부할세액에서 공제후 가산세액을 계산하여야 한다고 주장하나, 양도소득세 경정결의서에납부불성실가산세 계산시 산출세액에서 감면세액과 과다납부된 농어촌특별세를 차감한금액을 납부불성실가산세 적용대상 산출세액으로 하여 가산세율을적용하였음이 나타나므로 처분청의 납부불성실가산세 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.