1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 동을 원재료로 하여 전선 및 통신케이블 제품을 제조판매하는 법인으로서, 원고의 실질적인 운영자는 B이고, 주주는 B의 배우자인 C(주식 20%)과 B의 자 D(주식 60%), E(주식 20%)로 구성되어 있으며, 대표이사는 D이고, 사내이사로는 C, F이 등재되어 있다.

원고는 2008년에 소외 중경산업 주식회사(이하 ‘중경산업’이라 한다)로부터 현금 또는 수표로 합계 26억 5,000만 원을 지급받아 원고 명의의 계좌로 입금하였다.

원고는 2007. 2. 10. B와 사이에 ‘영업활동 성공보수 지급약정(이하 ’이 사건 약정‘이라 한다)’을 체결한 다음, 2007년부터 2009년까지 사이에 B에게 위 약정상 성과급 명목으로 합계 14억 3,900만 원(2007년 4억 8,400만 원, 2008년 5억 3,000만 원, 2009년 4억 2,500만 원)을 지급하였다.

원고는 위 지급금액에 관하여 2007년부터 2009년까지의 각 사업연도 법인세 신고시 ‘지급수수료’ 계정과목으로 손금계상 하였다.

중부지방국세청장은 2011. 6. 14.부터 2011. 12. 14.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하여, 피고에게 ① 원고가 중경산업으로부터 지급받은 26억 5,000만 원 중 1,545,794,200원은 매출누락에 따른 입금액으로 보아 공급가액 1,405,267,455원을 원고의 2008년 제1기 내지 제2기 부가가치세 과세표준에 가산하고 2008 사업연도 법인세 계산시 익금산입하며, ② 원고가 2007년부터 2009년까지 B에게 성과금 명목으로 지급한 14억 3,900만 원 중 1,307,621,350원은 이익처분에 의한 상여로 보아 이를 각 사업연도 법인세 계산시 손금불산입하여야 하며, ③ 그 외 원고가 2007년부터 2010년까지 임원진인 F, G, D에게 지급한 상여금을 각 사업연도 법인세 계산시 손금불산입하고, 원고가 자료상으로부터 수취한 세금계산서에 관하여 2010년 제1기,...