[청구번호]조심 2017광0643 (2017. 8. 24.)

[세목]부가[결정유형]취소

[결정요지]임도축과 자가도축은 똑같이 동일한 시설에서 동일한 비용, 시간, 공정을 거쳐 도축ㆍ가공되므로 공통매입한 재화 및 용역이 과ㆍ면세사업에 기여한 정도는 각 공정별 도축두수에 비례한 것으로 보는 것이 합리적인 점, 쟁점공통매입세액을 과ㆍ면세 공급가액을 기준으로 안분할 경우 임도축한 도축두수가 자가도축보다 많음에도 불합리한 결과가 발생하는 점, 이러한 불합리한 점을 개선하기 위해 2016년 「부가가치세법 시행규칙」제54조 제1항을 신설된 점 등에 비추어 쟁점공통매입세액은 도축공정 및 가공공정에 대하여 각 공정별 과세분과 면세분의 도축두수의 비율로 안분계산하는 것이 타당함

[관련법령] 「부가가치세법」제17조

[참조결정]국심2006전1996 / 조심2013광4392 / 조심2009서1719 / 조심2017광1186 / 조심2008전0033

[따른결정]조심2017광3851/조심2017구0304

OOO이 2016.7.14. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가 가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 판매목적으로 구입한 생우(소)생돈(돼지)의 도축, 가공, 육류판매업 등 부가가치세 면세사업(이하 “자가도축”이라 한다)과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업(이하 “임도축”이라 한다)을 겸영하는 과·면세 겸영사업자로, 2011년 제1기 부가가치세 신고시 과·면세 사업에 공통으로 사용된 매입세액 OOO원(이하 “쟁점공통매입세액”이라 한다)을 도축 두수에 안분계산(공통매입세액 × 자가도축두수/임도축두수 + 자가도축두수)하여 과면세사업 관련 매입세액OOO으로 신고하였다.

나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점공통매입세액을 공급가액기준으로 안분 계산(공통매입세액 × 소·돼지의 식육 판매가액/임도축 도축수수료+소·돼지의 식육 판매가액)하여 면세사업 관련 매입세액(이하 “공통 매입세액 면세사업분”이라 한다)을 산정하도록 처분청에게 통보하였는 바, 처분청은 공통매입세액 면세사업분을 OOO원으로 재산정하여 2016.7.14. 청구법인에게 2011년 제1기 부가가치세 OOO원을경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.10. 이의신청을 거쳐 2017.1.20.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점공통매입세액을 임도축(과세)과 자가도축(면세)의 공급가액 (소와 돼지의 가액이 포함되는 가액)을 기준으로 안분할 경우 임도축은 도축수수료만 공급가액에 반영되는 반면, 자가도축은 청구법인이 매입한 생우생돈의 구입가격, 도축·가공원가, 관련 이윤까지 공급가액에 포함되므로 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분하는 것은 타당하지 아니하므로 이 건 처분은 부당하다.

(2) 국세청은 2008.3.31. 발간한 ‘주요쟁점별 심리결정 사례집(이하 “사례집”이라 한다)’을 통하여 과세사업인 임도축과 면세사업인 자가도축을 겸업하는 경우 과세면세 공급가액 비율로 하여 공통매입세액을안분계산하는 것은 불합리하고 도축두수로 안분계산하는 것이 합리적이라고 행정지도한 사례가 있고, 국세청의 심사청구 결정(심사부가 2005-142, 2005.7.4.), 조세심판원의 선결정(조심 2008전33, 2008.10.16. 및 국심 2006전1996.11.1. 등)에서도 공통매입세액을 도축 두수로 안분하도록 관행적으로 인정하여 왔다.

따라서,이 건 처분은 신의성실의 원칙을 위배 하였으므로 위법 하다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」 제40조 및 같은 법 시행령 제61조는 과·면세사업 관련 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에대한 과·면세 공급가액의 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 2016.3.9. 「부가가치세법 시행규칙」 제54조 제1항이 신설되어 도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분하여 계산할 수 있도록 개정되었으나, 부칙 제4조에서 상기 개정규정은 2016.3.9.이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점공통매입세액을 공급가액 기준으로 안분계산하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 국세청 및 조세심판원의 선행 심사심판례 및 국세청 발간 사례집 등을 통해 도축업에 있어서 안분계산의 기준으로 도축두수를 적용토록 지도하였다고 주장하나, 국세청 발간 사례집은 쟁점사항에 대한 국세청의 공적인 견해 표명이 아닌 납세자의 편의를 위해 쟁점사례를 일괄 수집하여 수록 후 발간한 것에 불과하며,오히려 국세청은 기존 유권해석[서면3팀-2365(2004.11.22.), 서면인터넷방문상담3팀-511(2007.2.12.), 2015법령해석부가-1222(2015.7.28.), 서면 2015부가-2646(2016.2.2)]에서 ‘과·면세사업을 겸영하는 도축업자의 경우 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분하여야 한다’고 일관되게 해석하여 왔고, 최근 조세심판원(조심 2013광4392, 2013.12.18.) 및 대법원(2015두47751, 2015.10.29.)에서도 도축 두수가 아닌 공급가액을 안분계산의 기준으로 삼아야 한다고 판단 하였는바, 공통매입세액을 도축두수로 안분하도록 관행적으로 인정 하여 왔다는 청구주장은 받아들일 수 없으므로 이 건 처분은 정당 하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 영위한도축업 겸영[면세사업(자가도축), 과세사업(임도축)]사업자의공통매입세액을 산정함에 있어 도축두수로 안분 계산한 신고를부인하고공급가액(소·돼지의 식육판매가액)비율로 안분하여 매입세액 불공제한 처분의 당부

② 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙을 위배하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정된 것)

제17조(납부세액)①사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1.자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

②다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6.부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2)부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것)

제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3)부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정된 것)

제81조(공통매입세액 안분 계산)① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.(이하 생략)

(4) 부가가치세법 시행규칙(2016.3.9. 기획재정부령 제546호로 개정된 것)

제54조(공통매입세액 안분 계산)①영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.<신설 2016.3.9>

부칙 <제546호, 2016.3.9>

제4조(공통매입세액 안분 계산에 관한 적용례)제54조의 개정규정은 이 규칙 시행일이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

(5) 국세기본법

제15조(신의성실)납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 청구법인은 판매목적 으로 구입한 생우(소)생돈(돼지)의 도축, 가공, 육류판매업 등 부가 가치세 면세사업인 자가도축과 타인의 위탁을 받아 도축가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업인 임도축을 겸영하는 과·면세 겸영사업자로, 2011년 제1기 부가가치세 신고시 과·면세사업에 공통으로 사용된 쟁점공통매입세액을 도축두수에 안분계산(공통매입세액 × 자가도축두수/임도축두수 + 자가 도축두수)하여 과면세사업 관련 매입세액OOO으로 신고한 것에 대하여 조사청은 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 쟁점공통매입세액을 공급가액기준으로 안분계산(공통매입세액 × 소·돼지의 식육 판매가액/임도축 도축수수료+소·돼지의 식육 판매가액)하여 공통 매입세액 면세사업분을 산정하도록 처분청에게 통보하였는 바, 처분청은 공통매입세액 면세사업분을 OOO원 으로 재산정하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 도축공정은 과세분과 면세분의 실제 도축 두수에 의하여, 가공공정은 그에 투입되는 중량에 근거하여 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다는 주장인 반면, 처분청은 「부가가치세법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정된 것) 제61조 제1항에 따라 과세분과 면세분 공급가액의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다는 의견이다.

(나) 청구법인이 생우와 생돈을 임도축 및 자가도축한 두수는 아래 <표1>과 같다.

(다) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 2011년 제1기 부가가치세 쟁점공통매입세액을 과면세 비율을 도축두수 비율로 신고한데 반하여 처분청은 공급가액 비율로 안분계산하여 부가가치세를 경정고지하였다.

공통매입세액을 청구법인 주장과 같이 도축두수를 기준으로 할경우 면세비율이 7.7%인데 반하여 처분청 의견과 같이 공급가액 기준으로 할 경우 면세비율은 92.3%로 큰 차이가 있다.

(라) 청구법인의 생우 및 생돈 관련 작업공정은 아래 <표3> 및 <표4>과 같다.

(마) 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 생우·생돈 1두당 도축수수료와 공급가액(평균)은 아래 <표5>와 같은 바, 생우·생돈 임도축(1두당)수수료가 OOO원(생우), OOO원(생돈)인데 반하여 자가도축시생우·생돈 공급가액(1두당 소·돼지의 식육 판매가액)은 OOO원(생우식육 판매가액), OOO원(생돈 식육 판매가액)으로, 임도축수수료와 공급가액간 큰 차이(임도축수수료는 공급가액의 2.25%, 2.49%애 불과함)가 발생한다.

(바) 청구법인의 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 임도축 및 자가도축의 비율은 아래 <표6>과 같은 것으로, 임도축의 도축 두수가 자가도축 보다 3.9배가 많음에도 그 공급가액은 자가도축의 8.35%에 불과한 것으로 나타난다.

(사) 공통매입세액 안분계산 기준과 관련하여 2016.3.9. 개정된 「부가가치세법 시행규칙」 제54조 제1항에 대한 ‘2016년 개정세법 해설책자’의 내용은 다음과 같다.

○ 적용시기 및 적용례

-2016.3.9.이 속하는 과세기간에 대하여 과세표준을 신고하는 분부터 적용

(아) 부가가치세 매입세액 공제범위 기본원리에 대하여 살펴볼 경우, 과세사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되고, 면세사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니한다. 따라서 동일한사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에도 위의 납부세액의 계산원리에 따라 과세사업을 위하여 사용되었거나 사용될재화나용역의 매입세액은 이를 과세사업의 매출세액에서 공제하여 납부세액을계산하고,면세사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화나 용역에 대한매입세액은매출세액이 없으므로 매입세액도 공제되지 아니하는 것이라할 것이다. 과세사업과 면세사업에 공통으로 관련되는 공동매입세액과 같이 그 귀속을 구분할 수 없는 때에는 부득이 합리적인 방법에따라 그 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되지아니하는 매입세액과 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액을 배분하는 일련의 과정을 공통매입세액 안분계산의 취지라 하겠다.

(자) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점공통매입세액을 과면세 공급가액을 기준으로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세하였으나, 청구법인은 자가도축(면세 사업)과 임도축(과세사업)을 겸영하는 사업자로, 임도축과 자가도축은 똑같이 동일한 시설에서 동일한 비용, 시간, 공정을 거쳐 도축가공되므로, 공통매입한 재화 및 용역이 과·면세사업에 기여한 정도는 각 공정별 도축두수에 비례한 것으로 보는 것이 합리적이고, 부가가치세매입세액에 대한 공통매입세액 안분계산의 취지(과세사업과 면세사업을공통으로 관련되는 공통매입세액과 같이 그 귀속을 구분할 수 없는 때에는 부득이 합리적인 방법에 따라 그 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되지아니하는 매입세액과 과세사업에 관련된 매입세액으로서 공제되는 매입세액을 배분하는 것임)에 비추어쟁점공통매입세액을 적용할 경우 각 공정별 도축두수에 의하여 과면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산하는 것이 경제적 실질에 부합한다고 봄이 타당한 점(조심 2008전33, 2008.10.16. 및 국심 2006전1996, 2006.11.1. 등 같은 뜻임),

면세사업분 공급가액은 도축 후 생산된 육고기를 판매한 금액인 반면, 과세사업분 공급가액은 도축서비스에 대한 수수료이어서 공급가액의 기준이 서로 상이함에도 당해 공급가액을 과세사업과 면세사업에 공통으로 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것은 불합리해 보이는점(조심 2009서1719, 2009.9.8., 참조), 처분청의 의견과 같이 쟁점공통매입세액을 과면세 공급가액을 기준으로 안분할 경우 임도축한 도축두수가 자가도축보다 3.9배나 많음에도 공급가액은 자가도축의 8.35%에불과하여 불합리한 결과가발생하는 점, 기획재정부도 2016.3.9. 도축업을 영위하는 사업자의 공통매입세액에 대하여는 과면세사업에 관련된도축 두수에 따라 안분 하는 것이 필요하고 합리적이라고 보아 「부가가치세법 시행규칙」제54조 제1항을 신설하였는바, 동 조항이 신설되기 이전의 과세연도에대하여도 도축 두수를 기준으로 안분하는 것이 합리적이라고 보이는 점 등에 비추어 쟁점공통매입세액은 도축공정 및 가공공정에 대하여 각 공정별 과세분과 면세분의 도축두수의 비율로 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다. 그리하여 우리 심판원의 종전 입장(조심 2017광1186, 2017.6.2.)을 변경한 점도 밝혀둔다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

위 (2) 쟁점①에서 살펴본 바와 같이, 쟁점①이 받아들여져 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과, 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.