국심2005부1842 (2006.06.26)

부가

취소

법인이 재경부의 유권해석에 따라 분양이행용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 부과제척기간내의 과세기간에 대한 수정신고와 경정청구를 한 데 대하여, 과세관청이 수정신고분은 신고시인 하면서 청구기한이 경과하였다하여 경정청구를 거부한 처분은 부당함.

국세기본법 제15조【신의?성실】

국심2004구2235 / 국심2004구2235 / 국심2004구2235 / 국심2004구2235 /

1. 처분개요

가. 청구법인은 주택건설의 촉진 및 주택분양계약자를 보호하기 위하여 주택건설에 대한 각종 보증업무, 보증이행을 위한 주택건설 및 하자보수업무를 제공하는 정부출자기관으로 1993.4.24. OOOOOO조합으로 설립되었다가 1999.6.3. OOOOOO주식회사로 전환설립된 법인으로 건설회사의 주택에 대한 분양보증·하자보수보증 및 인허가보증 등 보증용역을 제공하고 수취하는 보증수수료 수입금액은부가가치세 면세수입금액으로 신고하고 청구법인이 보증용역을제공한 건설회사의 부도·파산 등으로 인하여 제공하는 보증이행 관련 주택건설용역은 수입금액으로 계상하지 아니하였다.

나. OO지방국세청장은 2001년 12월부터 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 2002.3.25. 청구법인에게 세무조사결과를 통지하면서 1997～2001사업연도 합계 1,842,093천원의 법인세를 결정할 예정이며, 이 건 분양이행과 관련된 각 사업장별 부가가치세 과세표준신고의 적정여부에 대하여는 관계기관의 유권해석에 따라 조사가 재개될 수 있음을 통지하였고, 청구법인은 “OOOOOO 주식회사가 주택분양계약에 대한 보증인으로서 분양계약자에게 주택을 완성하여 인도하고 그 대가를 받은 분양이행용역에 대하여는 부가가치세가 과세되는 용역이다”라는 재정경제부장관의 유권해석(재경부 소비 46015-313, 2002.11.25)에 따라2003.12.26 청구법인의 OO지점 사업장의 1999년 제1기～2003년제1기 부가가치세 과세기간에 대하여 분양이행용역을 제공하고 수납한 잔여분양대금 중 상가 및 국민주택규모이상 주택에 해당하는금액을 부가가치세 과세표준에 산입하여 각 과세기간의 예정·확정신고기간별로 아래와 같이 같이 수정신고 및 경정청구하여 357,691,650원을 부가가치세를 자진납부하는 한편 564,162,960원의 부가가치세를 환급신청하였다.

(단위 : 원)

다. 처분청은 청구법인의 위 수정신고 및 경정청구중 수정신고분에 대하여는 신고시인 결정하고 경정청구중 2003년 1기확정 신고기간에 대하여는 환급결정하고, 1999년 1기～2000년 2기 신고에 대하여는 국세기본법 제45조의2 제1항에서 규정하는 청구기한이 경과하여 경정이 불가능하다는 뜻과 함께 같은 법 제45조의2 제2항의 규정에 의한 후발적 사유에 해당하는 경우 2004년 2월 3일까지 증빙서류를 갖추어 보정하여 줄 것을 2004.1.26 통지하였고, 청구법인은 2004.2.16 경정청구를 취하(청구법인은 처분청의 요청에 의하여 취하했다고 주장)하였다.

라. 청구법인은 동일한 사안에 대한 청구법인의 대구지점과 관련한 국세심판원의 결정(국심2004구2235, 2005.1.12)이 있은 후 2005.1.24. 처분청에 1999년 1기～2000년 2기 부가가치세 과세기간에 대하여 경정을 요구하는 고충청구를 하였으나 처분청으로부터 2005.3.28 경정청구기한이 경과하여 시정불가하다는 통지를 수령하였고, 청구법인은 2005.4.12. 다시 경정청구(이하 “2차경정청구”라 한다)를 하였으며 처분청은 2005.4.21 국세기본법 제45조의2 제1항의 규정에 의하여 경정청구기한이 경과하였으므로 경정이 불가하다고 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2005.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청이 재정경제부 등 관계기관의 유권해석에 따라 이 건 분양이행용역에 대한 부가가치세 과세여부를 판단한다는 공식적인 견해를 표명한 바 있고, 청구법인은 이를 신뢰하여 유권해석에 따라 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 수정신고 및 경정청구하였음에도, 처분청이 추가납부세액이 있는 과세기간에 대하여는 추가납부세액을 수납하면서 환급세액이 있는 과세기간에 대하여는 그 경정을 거부하여 환급하지 아니하는 것은 국세기본법 제15조에 규정하는 “신의성실의 원칙”에 위배되는 부당한 처분이다(동일한 내용의 청구법인의 대구지점사업장에 대한 국세심판 결정례(국심2004구2235, 2005.1.12)가 있었음).

(2) 청구법인은 분양을 제대로 이행하지 못하는 건설업자를 대위하여 분양이행용역을 제공한 것은 청구법인이 보증채무를 이행한 것에 불과한 것으로 보아 분양이행에 따라 수취하는 잔여분양대금을 수입금액으로 계상하지 아니하였고, 이에 따라 분양이행을 위하여 시공회사 등으로부터 건설용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 매입세액은 적법하게 매입처별세금계산서합계표로 신고하면서도 매입세액불공제분으로 분류하여 매입세액을 공제받지 아니하였는 바, 청구법인이 수취한 잔여분양대금을 부가가치세 과세표준에 산입하여 경정하는 경우 이에 대응하는 매입금액으로 세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 금액 또한 관련매입세액을 공제하는 것이 타당하다

나. 처분청 의견

청구법인이 신청한 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항의 규정에 의거 법정신고기한 경과후 2년이 경과하였으므로 적법한 경정청구로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세무조사결과 및 재정경제부의 유권해석에 따라 분양이행용역을 부가가치세 과세분으로 정정하여 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 수정신고 및 경정청구한데 대하여 추가납부세액이 있는 과세기간에 대한 수정신고는 신고시인하면서 환급세액이 있는 과세기간에 대한 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제15조【신의·성실】

납세자가 그 의무를 이행함에 있어서 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

(2) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 2년 이내(2000.12.29. 개정전 법률 1년 이내)에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후 발생한 때

(3) 부가가치세법 제21조(결정 및 경정)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 환급한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

③ 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

나. 사실관계

(1) 청구법인이 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 일괄적으로 정정하여 수정신고 및 경정청구하게 된 경위를 살펴본다.

(가) 청구법인은 당초 보증이행과 관련하여 제공하는 주택건설용역에 대하여 청구법인이 분양계약자로부터 수취하는 잔여분양대금을 청구법인에 귀속되는 매출금액으로 인식하지 아니하고, 주택분양이행을 위해 지출한 공사비도 매출원가로 인식하지 아니하여 매입세금계산서합계표는 제출하면서도 관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하였다.

(나) 2001년 12월 OO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서, 분양이행용역에 대하여 청구법인이 사실상 사업주체의 지위에서 독립적으로 건설용역을 제공한 것으로 보아 국민주택규모 이상 주택 및 상가분에 대하여 부가가치세 과세대상이라는 의견을 제시하고 재정경제부장관의 유권해석을 구하였고(2002.3.12), 2002.3.25. 청구법인에게 세무조사결과를 통지하면서 특기사항으로 “분양이행과 관련된 제세신고의 적정여부 검토는 제외되었으며, 분양이행의 납세의무주체에 대한 관계기관의 유권해석 여하에 따라 조사가 재개될 수 있음”을 통지하였다.

(다) 재정경제부장관은 OOOOOO주식회사의 분양보증용역 등에 대한 부가가치세 과세대상 여부에 대한 회신(재경부 소비 46015-313, 2002.11.25)에서 “OOOOOO(주)가 주택사업자에게 주택분양 등의 보증용역을 제공하고 동 사업자로부터 받는 보증료에 대하여는 부가가치세를 면제하는 것이며, OOOOOO(주)가 주택분양계약에 대한 보증인으로서 분양계약자에게 주택을 완성하여 인도하고 그 대가를 받은 분양이행용역에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이다”라는 요지의 회신을 하였다.

(라) OO지방국세청장은 재정경제부장관의 유권해석을 수령한 이후 청구법인이 2003.12.26 부가가치세 수정신고 및 경정청구와 2005.1.25. 고충청구 및 2005.4.12 경정청구하기 전까지 조사재개 등 아무런 별도의 경정조치를 하지 아니하였다.

(마) 청구법인은 조속한 조세채권·채무의 확정을 위하여 재정경제부의 유권해석에 따라 각 사업장별로 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 재계산하여 수정신고 납부 및 경정청구를 하였다.

(바) 처분청은 청구법인 OO지점 사업장의 위 수정신고 및 경정청구 중 수정신고분에 대하여는 신고시인 결정하고, 경정청구중 경정청구기간내에 있는 2003년 1기확정 신고기간에 대하여는 환급결정하였으며, 1999년 1기～2000년 2기 신고에 대하여는 국세기본법 제45조의2 제1항에서 규정하는 청구기한(법정신고기한 경과후 2년 이내)을 경과하여 경정이 불가능하다는 뜻과 함께 같은 법 제45조의2 제2항의 규정에 의한 후발적 사유에 해당하는 경우 2004년 2월 3일까지 증빙서류를 갖추어 보정하여 줄 것을 2004.1.26 통지하였고, 청구법인은 위의 보정기간까지 증빙서류를 제출하지 못하였으며, 2004.2.16 경정청구를 취하하였다. 이에 대하여 청구법인은 처분청의 요청에 의하여 취하했다고 주장하고 있다.

(사) OOOOOO주식회사 대구지점에 대한 국세심판결정(국심2004구2235, 2005.1.12)에서는 “OO지방국세청장은 보증이행용역에 대한 부가가치세 과세문제를 관계기관의 유권해석에 따른다는 공적인 견해표명을 하였음에도 경정 등 조치를 취하지 아니하였고, 청구법인은 조세채권·채무의 조속한 확정을 위하여 부과제척기간내의 과세기간에 대하여 재정경제부장관의 유권해석에 따라 과세표준 및 세액을 자발적으로 재계산하여 수정신고 및 경정청구하였다고 보아야 할 것인 바, 청구법인이 위 OO지방국세청장의 공적인 견해표명을 신뢰한데 대하여 청구법인의 귀책사유가 있었다고 볼 수 없으며, OO지방국세청장이 재정경제부장관의 유권해석에 따라 경정할 것이라는 공적인 견해표명을 하였음에도 납부세액이 있는 과세기간에 대하여는 신고시인하면서, 환급세액이 발생하는 과세기간에 대하여는 경정청구기한의 경과를 이유로 경정결정을 거부한 것은 처분청이 당초 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 청구법인의 이익을 침해한 것으로 볼 수 있으므로 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로 보인다. 한편, 청구법인은 분양을 제대로 이행하지 못하는 건설업자를 대위하여 분양이행용역을 제공한 것은 청구법인이 보증채무를 이행한 것에 불과한 것으로 보아 분양이행에 따라 수취하는 잔여분양대금을 수입금액으로 계상하지 아니하였고, 이에 따라 분양이행을 위하여 시공회사 등으로부터 건설용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 거래징수 당한 부가가치세 매입세액은 적법하게 매입처별세금계산서합계표로 신고하면서도 매입세액불공제분으로 분류하여 매입세액을 공제받지 아니하였는 바, 청구법인이 수취한 위 잔여분양대금을 부가가치세 과세표준에 산입하여 경정하는 경우 이에 대응하는 매입금액으로 세금계산서를 수취한 사실이 확인되는 금액 또한 관련매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다”라는 요지로 인용결정하였다.

(아) 청구법인은 2005.124. 위의 청구법인 대구지점사업장에 대한 국세심판원 결정문을 인용하여 고충청구를 하였고, 처분청은 2005.3.28. 경정청구기한 경과를 이유로 시정불가하다는 결과통지를 하였으며, 청구법인은 처분청이 경정할 의사가 없다는 사실을 확인하고 불복청구를 위하여 2005.4.12. 다시 경정청구서를 제출하였고, 처분청은 2005.4.19 청구법인에게 국세기본법 제45조의2제1항에 의거 경정청구기한이 경과하였으므로 경정을 거부한다는 뜻을 통지하였다.

(2) 이러한 사실에 기초하여 살펴보면, OO지방국세청장이 청구법인에 대하여 조사당시 분양이행의 납세의무 주체에 대한 관계기관의 유권해석 여하에 따라 조사가 재개될 수 있음을 통지하였고, 이에 따라 상급기관(재정경제부장관)의 유권해석을 구한 점에서 이는 분양이행용역에 대한 부가가치세의 과세방침을 상급기관의 유권해석이 나올 때까지 그 처분을 유예한다는 의미를 내포하고 있는 것으로 보이며, 이 경우 다른 사정이 없는 한 재정경제부장관의 유권해석에 따라 경정할 것임을 예고한 공적인 의사표시가 있었다고 봄이 타당할 것이고, 동일한 분양이행용역에 대하여 과세기간별로 부가가치세 과세·면세 분류를 달리하는 것은 타당하지 아니하다는 취지의 청구법인 대구지점의 동일한 사항에 대한 국세심판원의 심판결정례(국심 2004구2235, 2004.1.12)와 마찬가지로 처분청이 청구법인의 당초 수정신고 및 경정청구에 대한 처분시 유권해석에 따라 부과제척기간 내에 있는 동일한 분양이행용역에 대하여 동일한 기준으로 경정했어야 하는 것으로 판단되는 점, 특히 일부 과세기간분의 경우에는 재정경제부장관의 유권해석이 경정청구기간이 지난 뒤에 나온 점 등을 종합적으로 감안할 때, 청구법인의 경정청구만을 분리하여 적법성 여부를 따질 것이 아니라 부과제척기간 내의 과세기간에 대하여는 당해 과세기간의 부가가치세 과세표준에 국민주택규모 이하의 주택이외의 주택 및 상가의 분양을 이행하고 수취하는 잔여분양금을 산입하고 이에 대응하는 관련매입세액은 매입세액으로 공제하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006년 6월 26일

주심국세심판관 이 광 호

배석국세심판관 이 영 우

허 병 우

이 상 기