조심2009서0574 (2009.04.29)

양도

기각

겸용주택을 양도한 경우로서 주택 및 상가부분의 가액구분이 불분명하여 안분계산하는 경우 개별주택가격을 주택부분 기준시가로 보아 안분계산한 처분은 타당함

소득세법 제99조【기준시가의 산정】

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 2004.3.9. OOOOO OOO OOO OOOOO 대지 198㎡, 건물 687.04㎡(주택 191.83㎡, 상가 495.21㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 2008.2.29. 양도하고 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의해 신고하면서 양도가액은 1,130,486,403원(총 양도가액 15억8,000만원 중 상가분을 기준시가 비율로 안분 계산, 주택분은 1세대1주택 비과세), 취득가액은 1,052,335,792원(총 취득가액 14억6,000만원 중 상가분을 기준시가 비율로 안분 계산, 주택분은 1세대 1주택 비과세), 기타필요경비는 26,337,225원으로 하여 2008.4.21. 처분청에 2008년 귀속 양도소득과세표준 예정신고 및 세액 4,490,250원을 자진납부하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산 양도에 대한 실지거래가액 조사를 실시하여 실제 양도일은 2007.4.4.로 확인되고 양도가액은 1,083,601,886원(총 양도가액 15억8,000만원 중 상가분은 기준시가로 안분계산, 주택분은 개별주택가격을 적용하여 안분계산한 금액 496,398,114원), 취득가액은 917,261,167원(총 취득가액 14억6,000만원 중 상가분은 기준시가로 안분계산, 주택분은 개별주택가격을 적용하여 안분계산한 금액542,738,833원), 기타필요경비 22,742,793원(상가분)으로 하여 2009.1.3. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 31,828,830원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점부동산은 양도소득세 과세대상인 상가부분과 비과세되는 주택부분의 가액을 별도로 구분하지 않고 일괄 계약했기 때문에 각 자산별 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당되어 안분계산하여야 할 것인 바, 상가 양도차익이 200,991,490원으로 계산되어 쟁점부동산의 전체 양도차익인 1억2,000만원을 초과하며 이와같이 양도차익이 과다계상된 이유를 보면, 상가분의 토지는 개별공시지가, 건물은 국세청 건물기준시가를 적용하여 합산한 금액을 기준으로 하고, 비과세되는 주택은 개별주택고시가격을 적용하였기 때문이다. 즉, 위 두가지의 산식은 그 제정기관이 서로 다를 뿐만 아니라, 산출방식도 상이하고, 특히 쟁점부동산의 경우는 안분계산의 기준이 되는 개별주택고시가격의 상승 비율이 토지공시지가 상승비율에 비해 현저히 낮게 고시되어 있기 때문이므로 상가 및 비과세되는 주택 공히, 토지는 개별공시지가, 건물은 국세청 건물기준시가를 적용하여 안분계산하여야 한다.

(2) 부동산을 일괄 양도함으로써 양도소득세 과세부분과 비과세 부분의 구분이 불분명하여 세법상 안분계산 기준에 의해 계산한 결과, 과세부분의 양도차익이 당해 부동산 전체의 양도차익을 초과함에도 그 전체를 과세 한다면, 그 과세되는 양도차익 중 당해 부동산의 전체 양도차익을 초과하는 부분은 실지 양도차익이 아닌 허구의 이익에 과세한 결과가 되어 국세기본법상의 실질과세원칙에 위배되므로, 소득세법에 기초하여 산정한 양도차익이 실지 양도차익을 초과하는 경우에는 실지 양도차익을 한도로 하여 양도소득세를 과세하는 것이 실질과세원칙에 부합된다.

나. 처분청 의견

(1)「 소득세법」제100조 제2항 및「 소득세법 시행령」제166조 제6항, 「부가가치세법 시행령」제48조의 2 제4항 단서 규정에 의해 토지는「 소득세법」제99조 제1항 제1호 가목에 의한 개별공시지가, 건물은「 소득세법」제99조 제1항 제1호 나목에 의한 가격, 개별주택은「 소득세법」제99조 제1항 제1호 라목에 의한 개별주택가격을 기준으로 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 쟁점부동산은 양도 및 취득시 주택분 가액과 상가분 가액이 별도로 구분되지 아니한 상태로 계약하여 주택분은 개별주택가격, 건물분의 토지는 개별공시지가, 건물분은 건물기준시가를 적용하고 양도 및 취득가액을 안분계산하여 과세한 당초처분은 정당하다.

(2) 청구인은 겸용주택의 전체 건물 양도차익보다 상가분 양도차익이 더 많이 계산되어 불합리하므로 겸용주택 안분계산시 토지는 개별공시지가, 전체건물은 국세청건물기준시가를 적용하여 안분계산해야 한다고 주장하나, 쟁점부동산의 양도 및 취득당시 주택분 가액과 상가분 가액이 별도로 구분되지 아니 하므로 위 관련규정에 따라 토지는 개별공시지가, 건물은「 소득세법」제99조 제1항 제1호 나목에 의한 가격, 주택분은 개별주택가격을 기준으로 안분계산하여 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 겸용주택을 양도한 경우로서 양도가액은 확인되나, 주택 및 상가부분의 가액구분이 불분명하여 기준시가에 의해 안분계산하는 경우로서 개별주택가격을 주택부분 기준시가로 보아 과세한 처분의 당부

② 과세부분의 양도차익이 당해 부동산 전체의 양도차익을 초과하는 경우 실질과세원칙에 위배되는 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토 지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

라. 주택

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의 2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「 소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

처분청은 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는「 소득세법」제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의한 개별주택가격을 적용하여 비과세분과 과세분을 안분계산하여 과세하였으며, 이에 대해 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 쟁점부동산 전체를「 소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 가액으로 안분계산하여 1세대 1주택 양도에 따른 비과세분을 제외한 과세분에 대한 양도차익을 산정하여 과세해야 한다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

(가) 처분청의양도소득세 조사종결복명서 및 결정내역에 의하면, 쟁점부동산은 겸용주택으로서 당초 신고시 주택(1세대 1주택)부분 및 상가부분에 대해 기준시가로 안분계산하여 양도가액은 11억3,000만원, 취득가액은 10억5,200만원으로 신고하였고, 전체양도가액은 15억8,000만원, 전체취득가액은 14억6,000만원이며, 당초 결정시 주택부분(1세대 1주택)은 개별주택고시가격 284만원으로 비과세 결정하고 상가부분은 실지양도가액 11억8,800만원, 취득가액 917,261,000원, 필요경비 2,200만원으로 하여 양도차익 2억4,800만원에 대해 과세하였다가 청구인이 당초 양도신고시 양도일을 2008.2.29.로 신고하였으나 그 양도시기가 2007.4.4.로 확인된다 하여 안분계산시 적용할 개별공시지가 및 개별주택가격을 변경하여 과세하였다.

(나) 쟁점부동산의 건축물관리대장 및 매매계약서에 의하면, 대지면적은 274.4㎡, 주택면적은 191.83㎡, 상가면적은 495.21㎡이고, 쟁점부동산은 철근콘크리트조 근린생활시설 단독주택으로서 지하1층에서 지상3층까지는 소매점, 체육도장 등 상가로 사용되고 지상3, 4층은 주택(3층은 상가와 주택으로 겸용)으로 사용되어, 근린생활시설과 주택으로 함께 사용되는 건물이고, 청구인은 쟁점부동산을 14억6,000만원에 취득하여 15억8,000만원에 양도하였으나, 취득 및 양도계약서에는 주택과 주택이외 부분의 가액이 구분표시되어 있지 아니한 사실이 확인된다.

(다) 한편, 청구인의 양도소득세 신고서, 처분청의 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 쟁점부동산 전체를「 소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 가액으로 안분계산하여, 1세대 1주택 양도에 따른 비과세분을 제외한 주택이외 부분 양도에 따른 과세분에 대한 양도차익을 산정하고 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는 「 소득세법」제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의한 개별주택가격을 적용하고 비과세분과 과세분을 안분계산하여 과세한 것으로 나타난다.

(라) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 「 소득세법」제100조 제2항,「 소득세법 시행령」제166조,「부가가치세법 시행령」제48조의2 제4항 등의 규정에서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 안분계산하고, 주택(부수토지 포함)부분에 대하여는「 소득세법」제99조 제1항 제1호 라목 규정에 의한 개별주택가격을, 주택 이외의 건물과 부수토지에 대하여는「 소득세법」제99조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 규정하는 기준시가를 적용하도록 규정하고 있으므로, 처분청에서 쟁점부동산의 양도에 대하여, 개별주택가격(주택부분) 및 일반건축물 기준시가(주택외 부분)와 개별공시지가(주택외 부분 부수토지)를 기준으로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은부동산을 일괄 양도함으로써 양도소득세 과세부분과 비과세 부분의 구분이 불분명하여 세법상 안분계산 기준에 의해 계산한 결과, 과세부분의 양도차익 중 당해 부동산 전체 양도차익을 초과하는 경우는 전체 양도차익을 한도로 하여 양도소득세를 과세하여야 한다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(가)「 소득세법」제100조 제2항의 규정에 의하면, 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하며, 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(나) 위 관련법령 등을 종합해 보면,청구인은 쟁점부동산을 일괄 양도함으로써 양도소득세 과세부분과 비과세 부분의 구분이 불분명하다고 보아 청구인 스스로도 각 자산별 기준시가 비율로 양도가액 등을 안분계산하여 과세표준 신고를 하였고, 과세대상 자산과 비과세대상 자산 또는 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우에는 각 자산별 기준시가 비율로 안분계산하는 것이며, 그 결과 어느 한 부분의 양도차익이 전체의 양도차익을 초과하는 경우에도 다른 부분(비과세 부분 등)에서 양도차손이 발생할 수 있는 것이므로, 과세부분의 양도차익은 전체 양도차익을 한도로 하여 양도소득세를 과세하여야 한다는 청구인의 주장은 이 건의 경우와 같이 과세대상 및 비과세대상 자산을 기준시가로 안분계산하여 양도차익을 산정하는 경우에는 적용할 수 없다 하겠다.

따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 양도소득세 과세부분과 비과세 부분의 구분이 불분명하다고 보고 기준시가로 안분계산하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법

제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.