조심2009서3424 (2010.02.23)

법인

취소

고용창출형창업기업에 대한 세액감면을 적용하지 아니하였다가 당해 법률이 폐지된 후 경정청구를 하였더라고 세액감면을 적용함이 타당함

조세특례제한법 제30조의2【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】 / 조세특례제한법 제45조【고용창출형창업기업에 대한 세액감면 재산세 등에 관한 경과조치】

OO세무서장이 2009.8.17. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분8,709,972원과 2008사업연도분 14,460,975원의 환급경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2007사업연도 및 2008사업연도 법인세 신고시 구 「조세특례제한법」제30조의 2에 규정하고 있는 고용창출형창업기업에 대한 법인세 감면신청을 하지 아니하였으므로 2007사업연도 법인세 8,709,972원, 2008사업연도 법인세 14,460,975원을 환급하여야 한다는 내용으로 2009.4.17. 처분청에 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 구 「조세특례제한법」제30조의2【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】는 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 폐지되면서 부칙 제45조에 경과규정을 두고 있으나, 2008.9.26. 법률 제9131호에 의하여【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】로 전문개정되어 부칙 제45조의 경과규정도 함께 실효된 것으로 보아야 하므로 청구법인이 2007사업연도 및 2008사업연도의 법인세 과세표준 신고시 동 세액감면을 적용하지 아니하고 법률 폐지(전문개정) 후 경정청구한 것은 부적법하다 하여 2009.8.17. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 구 「조세특례제한법」제30조의2【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】는 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 폐지되고 그 후 전문개정으로 인하여 부칙규정 또한 실효되나, 특별한 사정이 있는 경우 부칙의 경과 규정이 실효되지 아니한다고 보아야 한다(OOO OOOOOOOOOO, 2008.11.27. 같은 취지). 따라서, 개정전 법률의 입법취지, 전문개정된 법률의 입법취지, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성, 법률 적용에서의 평등의 원칙 등으로 보아 이 건은 예외적인 특별한 사정이 있는 경우에 해당하므로 폐지된 법률을 계속 적용하여야 함에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하다.

(2) 상기 주장은 별론으로 하더라도, 2007사업연도의 경우 당시 적용되던 구 「조세특례제한법」제30조의2가 전문개정되기 전이며 경정청구기간도 경과하지 아니하였음에도 불구하고, 폐지된 법률에 대해서는 경정청구를 받아들일 수 없다는 처분청의 결정은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 구 「조세특례제한법」제30조의2【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】는 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 폐지되면서 부칙 제45조에 경과규정을 두고 있으나, 2008.9.26. 법률 제9131호에 의하여【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】로 전문개정되었는바, 법률이 전문개정된 경우 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 하고, 전문개정된 법률에서 종전 법률 부칙의 경과규정을 계속 적용한다는 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 종전의 경과규정은 전문개정과함께 실효된 것으로 보아야 한다(OOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOO 같은 취지). 따라서, 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법·타당하다.

(2) 구 조세특례제한법 제30조의2가 2008.9.26. 전문개정되어【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】조항이 신설되었으므로, 청구법인은 동 전문개정일(2008.9.26.)까지는 경정청구하여야 부칙의 경과규정을 적용받을 수 있으나, 청구법인은 2009.4.17. 경정청구를 제기하여 이에 해당되지 아니하므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 2007사업연도 및 2008 사업연도의 법인세 과세표준 신고시 구 「조세특례제한법」제30조의2의 “고용창출형창업기업에 대한 세액감면”을 적용하지 아니하였다가 2008.9.26. 당해법률이 폐지된 후 경정청구한 것을 부적법한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부(주위적 청구)

② 2007사업연도 법인세의 경우 구 「조세특례제한법」제30조의2가 전문개정되기 전이고 경정청구기간이 경과하지 아니한 이상 환급하여야 한다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제30조의2(2004.7.26. 법률 제7216호로 개정된 것)【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】① 2004년 7월 1일부터 2006년 12월 31일까지 다음 각호의 요건을 갖추어 창업하는 내국인(이하 “고용창출형창업기업”이라 한다)에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 제6조 제3항의 규정에 의한 업종을 영위할 것

2. 업종별로 대통령령이 정하는 상시근로자수(이하 이 조에서 “업종별최소고용인원”이라 한다) 이상을 고용할 것

3. 제6조 제4항 각호의 1에 해당하지 아니할 것

② 고용창출형창업기업이 제1항의 규정에 의한 감면기간 중에 당해 과세연도의 상시근로자를 직전 과세연도의 상시근로자수를 초과하여 고용하는 경우에는 제1호의 세액에 제2호의 율을 곱하여 산출한 세액을 제1항의 규정에 의한 감면세액에 더하여 감면한다. 이 경우 직전 과세연도의 상시근로자수가 제1항 제2호의 규정에 의한 업종별최소고용인원에 미달하는 경우에는 업종별최소고용인원을 직전 과세연도의 상시근로자수로 하고, 제2호의 율이 100분의 50을 초과하는 경우에는 100분의 50을 한도로 하며, 제2호의 율 중에서 100분의 1 미만 부분은 없는 것으로 본다.

1. 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세

2. (당해 과세연도의 상시근로자수 － 직전 과세연도의 상시근로자수) / (직전 과세연도의 상시근로자수) × 50/100

③ 창업일이 속하는 과세연도의 월수가 6월 이하인 경우로서 제1항 제1호 및 제3호의 요건을 충족하는 내국인이 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도에 제1항 제2호의 요건을 충족하는 경우에는 창업일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면을 적용받을 수 있다.

④ 고용창출형창업기업이 제1항의 규정에 의한 감면기간 중에 내국법인과 합병하여 소멸하는 경우에는 합병등기일이 속하는 과세연도부터 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 합병하여 존속하는 경우로서 존속법인이 잔존 감면기간 동안 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 충족하는 때에는 당해 감면사업에서 발생한 소득에 대하여 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 고용창출형창업기업이 감면기간 중에 분할하는 경우로서 분할법인 또는 분할신설법인(분할합병에 의한 분할신설법인을 제외한다)이 잔존 감면기간 동안 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 충족하는 때에는 당해 감면사업에서 발생한 소득에 대하여 제1항의 규정을 적용한다.

⑥ 고용창출형창업기업에 해당하는 거주자가 감면기간이 경과되기 전에 제32조의 규정에 의하여 내국법인으로 전환하는 경우로서 잔존 감면기간동안 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 충족하는 때에는 당해 감면사업에서 발생한 소득에 대하여 제1항의 규정을 적용한다.

⑦ 제1항 또는 제2항의 규정에 의한 상시근로자의 범위 및 근로자수의 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

〈위 조항은 2006.12.30., 법률 제8146호에 의하여 삭제되었다〉

부 칙 (2006.12.30. 법률 제8146호)

제45조【고용창출형창업기업에 대한 세액감면 재산세 등에 관한 경과조치】① 이 법 시행 전에 종전의 제30조의2 제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제30조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 전에 종전의 제30조의2 제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제121조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제46조【고용창출형창업기업에 대한 결손금 이월공제기간 특례에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 종전의 제30조의 3의 규정에 따라 발생한 결손금의 이월공제에 대하여는 제30조의 3의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다.

〈위 조세특례제한법 제30조의2는 2006.12.30. 삭제되었다가 2008.9.26. 아래와 같은 내용으로 대체되었다〉

조세특례제한법 제30조의 2(2008. 9. 26. 법률 제9131호로 개정된것)【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】① 중소기업이 2007년 12월 31일 당시 고용하고 있는 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자와 「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따른 파견근로자를 2009년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나「파견근로자보호 등에 관한 법률」에 따라 사용사업주가 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 “정규직 근로자로의 전환”이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원수에 30만원을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 1년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계를 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시 공제받은 세액상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①(주위적 청구)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 구 「조세특례제한법」제30조의2에 규정하고 있는 고용창출형창업기업에 대한 세액감면에 의하여 법인세를 감면받을 수 있었음에도 법인세를 납부(2007사업연도 11,377,184원, 2008사업연도 18,658,728원)하였는바, 청구법인은 2009.4.14. 과다납부한 2007사업연도 법인세(8,709,972원)과 2008사업연도 법인세(14,460,975원)의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

(나) 처분청은 청구법인이 구 「조세특례제한법」제30조의2에 규정하고 있는 감면요건(상시근로자수의 최소고용요건)은 충족하고 있으나, 동 조항이 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 폐지되면서 부칙 제45조에 “이 법 시행 전에 종전의 제30조의2 제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제30조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다”는 경과규정을 두고 있었으나, 2008.9.26. 법률 제9131호로 전문개정되어 종전의 경과규정은 실효되었다(OOO OOOOOOOOOO, 2002.7.26. 같은 취지)는 의견이다.

(다) 처분청이 제시하고 있는 OOO 판례(OOOOOOOOOO, 선고2002.7.26.)의 내용을 보면「법률의 개정시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 아니하였다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 개정 법률이 전문개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지이어서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과규정도 모두 실효된다고 보아야 한다」고 판시하고 있음이 확인된다.

(라) 구 「조세특례제한법」제30조의2에 규정하고 있는【고용창출형창업기업에 대한 세액감면】은 법률 제8146호에 의하여 폐지되면서 부칙 제45조에 경과규정을 두고 있고, 2008.9.26. 법률 제9131호에 의하여【정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제】로 개정되었는바, 이는 “창업기업이 상시근로자수의 최소고용요건을 갖추었을 경우 소정의 법인세를 감면”하여 주는 내용에서 “중소기업이 고용하고 있던 기간제근로자 및 단시간근로자·파견근로자를 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 사용사업주가 직접 고용하는 경우 일정한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제한다”는 내용으로 조문이 개정되었는바, 이러한 조문의 개정은「기존 법률 전체를 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 법률의 전문개정」에 해당하지 아니하므로 2008.9.26. 개정되기 이전 종전 법률 부칙의 경과규정은 당연히 실효되는 것이 아니라 그대로 남게된다.

(마) 그렇다면 이 건의 경우, 종전 법률부칙 경과규정의 유효성, 개정전 법률 조항의 입법취지와 개정된 법령 조항의 입법취지의 일맥상통성, 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성, 법률 적용에서의 평등의 원칙 등으로 보아 “이 법 시행 전에 종전의 제30조의2 제1항의 규정에 따라 창업한 내국인에 대한 세액감면에 대하여는 제30조의2의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다”는 종전 법률 부칙의 경과규정에 의하여 종전 조항을 계속 적용하여야 함에도, 처분청이 이와 달리 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②(예비적 청구)는 별도로 심리할 실익이 없어 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.