조심 2020중1195 (2020.06.30)

양도

기각

쟁점임대주택이 장기임대주택에 해당되기 위해서는 쟁점거주주택의 양도일 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 의한 임대사업자 등록과 함께 소득세법 제168조에 의한 사업자등록의 요건도 갖추어야 하나 청구인은 양도일 현재 소득세법 제168조에 의한 사업자등록의 요건을 충족하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

소득세법 제167조의3

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2002.11.22. OOO 소재 OOO(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득한 후, 2017.4.10. OOO 소재 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다) 및 2017.4.17. OOO를 취득하였다.

나. 청구인은 2018.5.3. 쟁점거주주택을 OOO원에 양도하고, 2018.7.19. 쟁점임대주택을 보유 주택 수에서 제외되는 「소득세법 시행령」제155조 제20항의 장기임대주택으로 보아 임대사업자의 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세특례를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

다. 처분청은 청구인이 쟁점거주주택의 양도일 이후인 2018.6.2. 임대사업자 등록을 신청한 사실을 확인하고, 청구인이 양도시점에 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 비과세 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2020.2.18. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 및 같은 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따라 쟁점임대주택에 대한 임대사업자 등록 및 관할세무서에 사업자등록을 위하여 2017.6.22. OOO을 방문하여 임대사업자로 등록한 후, OOO 담당자의 안내대로 1층 민원실 소재 OOO 출장소 근무 처분청 파견 직원에게 임대사업자 등록접수증을 제시하였으나, 당시 처분청 담당자가 지금 당장은 처리가 어려우니 작성서류를 두고 가라고 하여 처리된 것으로 판단하였고, 이후 2018.2.2. 쟁점거주주택을 양도하고 2018.5.3. 이에 대한 양도소득세 신고(비과세)를 위해 처분청에 쟁점임대주택에 대한 사업자등록증을 확인한 결과, 청구인이 사업자등록된 내용이 없다고 하여 2018.6.12. 부득이하게 다시 사업자등록증을 발급받아 이를 첨부하여 양도소득세를 신고하였다.

(2) 청구인은 쟁점임대주택에 대하여 2017.6.22. OOO에게 임대사업자 등록을 하면서 처분청에도 사업자등록 신청서를 제출한 사실이 있고, 설령 청구인이 처분청에 직접 사업자등록신청을 하지 않았다 하더라도 OOO이 2017.6.28. 청구인에 대한 임대사업자 등록사실을 처분청에 공문(임대사업자 등록증 첨부)으로 통지한바, 이를 근거로 처분청이 직권으로 사업자등록을 할 수 있었음에도 불구하고 사업자등록을 하지 않아 결과적으로 쟁점임대주택이 장기임대주택의 요건을 갖추지 못하였고, 그 귀책사유는 청구인뿐만 아니라 처분청에도 있으므로 사업자등록이 되어있지 않은 결과에 대한 책임을 청구인에게만 물어 쟁점거주주택에 대한 임대사업자의 거주주택 비과세특례를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 OOO에서 임대사업자 등록을 한 후에 처분청 OOO 출장소에 사업자등록 관련 서류를 작성하여 접수하였다고 주장하나, 이와 관련한 접수증을 제시하지 못하고 있고 처분청 전산 상에도 청구인의 사업자등록 접수 이력이 확인되지 않는다.

(2) 또한 청구인은 OOO의 임대사업자 등록신청 수리 공문을 근거로 처분청이 직권으로 사업자등록을 했어야 한다고 주장하나, 「소득세법」 제168조 1항은 납세자가 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하도록 하고 있는바, OOO의 공문만으로 처분청이 직권으로 사업자등록을 하였어야 한다는 것은 근거 없는 주장이다.

(3) 「소득세법 시행령」 제155조 제20항은 거주주택의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 장기임대주택의 요건으로 “양도일 현재 같은 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것”이라고 규정하고 있는바, 쟁점임대주택은 쟁점거주주택의 양도일 현재 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록이 되어 있지 아니하여 같은 법 시행령 제155조 제20항의 장기임대주택 요건을 충족하지 아니하므로 쟁점거주주택의 양도에 대하여 비과세 특례를 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택 요건을 충족하였으므로 쟁점거주주택의 양도가 1세대 1주택 비과세에 해당된다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

(2) 소득세법 시행령

제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

제155조(1세대1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하 생략)

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).(단서 생략)

(3) 부가가치세법

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다.

(4) 부가가치세법 시행령

제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 사업자등록 신청 사유

3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일

4. 그 밖의 참고 사항

⑥ 사업자가 법 제8조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 사업자등록을 하지 아니하는 경우에는 사업장 관할 세무서장이 조사하여 등록할 수 있다.

(5) 민간임대주택에 관한 특별법

제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 기업형임대사업자 및 일반형임대사업자

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 기업형임대주택, 준공공임대주택 및 단기임대주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에는 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구인의 사업자등록 신청서 및 사업자등록증(부가가치세 면세사업자)에 따르면, 청구인은 신청일인 2018.6.12.을 개업일로 하여 OOO에 주거용건물 임대업(일반주택임대)으로 사업자등록하였다.

(나) 청구인의 임대사업자 등록증OOO에는 최초 등록일 및 임대시작일은 2017.6.28.이고, 쟁점임대주택 59.924㎡를 단기 임대한 것으로 기재되어 있다.

(다) 쟁점거주주택 및 쟁점임대주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 쟁점거주주택을 2002.11.22. 매매로 취득하여 2018.5.3. OOO원에 양도하였고, 쟁점임대주택을 2017.4.10. OOO원에 취득하였으며, 국세통합정보망에 나타나는 쟁점거주주택 양도일(2018.5.3.) 당시 청구인의 주택보유 현황은 다음 ＜표1＞과 같다.

(라) 청구인은 2017년도 종합부동산세 과세표준 신고시 쟁점임대주택에 대하여 임대주택 합산배제로 아래 ＜표2＞와 같이 신고하였고, 청구인은 신고 당시 전산상에서 사업자등록번호를 입력하지 않으면 신고가 완료되지 않자 배우자의 사업자 등록번호를 임의로 입력한 것으로 확인된다

(2) 청구인이 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인은 쟁점거주주택을 거주주택(양도주택)으로 하고 쟁점임대주택을 장기임대주택으로 하여 임대주택사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용을 신청하였고, 해당 신고서(2018.6.)의 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

(나) OOO이 청구인의 임대사업자 등록 사실을 처분청에 통지하였다는 증빙으로 임대사업자 등록접수증OOO과 임대사업자 등록신청 처리공문(시행 : 건축과OOO 2017.6.28.)을 제출하였고, 위의 공문에는 청구인의 임대사업자 등록신청에 대하여 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 및 같은 법 시행규칙 제2조에 따라 처리되었음을 알려드린다는 내용과 임대사업과 관련한 세금납부와 세금감면에 대하여는 세무과 및 OOO세무서출장소로 문의하라는 내용이 기재되어 있으며, 공문의 수신자는 청구인, 세무과장, 처분청으로 되어있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항의 장기임대주택 해당하므로 보유 주택수 계산시 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점임대주택이 위 장기임대주택에 해당되기 위해서는 쟁점거주주택의 양도일 현재 「민간임대주택에 관한 특별법 」제5조에 의한 임대사업자 등록과 함께 「소득세법」제168조에 의한 사업자등록의 요건도 갖추어야 하나 청구인은 양도일 현재 「소득세법」제168조에 의한 사업자등록의 요건을 충족하지 못하고 있는 점, 위 사업자등록요건을 충족하지 못한 데는 사업자등록 신청서를 접수하고도 이를 누락한 처분청에 그 귀책사유가 있다는 주장은 접수증 등 객관적 증빙에 의하여 입증되지 않는 점, 「부가가치세법 시행령」 제11조 제6항은 사업자가 사업자등록을 하지 아니하는 경우 사업장 관할 세무서장이 조사하여 등록할 수 있다고 하고 있어 처분청에게 직권으로 사업자등록을 하였어야 할 의무가 있다고 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점임대주택이 쟁점거주주택의 양도일 현재 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 장기임대주택 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.