2006-0404 (2006.09.25)

취득

기각

승소판결을 받고 소유권이전등기를 경료한 경우 취득시기는 그 등기를 경료한 시점으로 보아야 하므로 학교법인의 소유가 아니고 부동산은 취득 전부터 학교신축을 위하여 매각되어질 사정이 내재되어 있는 점 등은 정당한 사유로 볼 수 없음

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세 】 / 지방세법 제127조 【용도구분에 의한 비과세】 / 지방세법 시행령 제79조【비영리사업자의 범위】 / 지방세법 시행령 제94조【비영리사업자의 범위 등】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 수증자인 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동1가 141-2번지외 1필지 토지 336.20㎡ 및 지상 건축물 1,692.11㎡(지하 172.81㎡는 고급오락장 설치)(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 증여자의 상속인과의 소송결과 관할법원으로부터 2001.3.29. 권○○(2002.6.1. 사망)로부터 증여받았다는 것으로 2005.7.19. 민사조정합의가 결정되자, 이에 따른 증여를 원인으로 한 취득신고과정에서 장학사업의 재원을 마련하고자 취득후 유예기간내에 매각하는 경우(2005.12.28.)비과세대상이 아닌 것을 인지하고,취득세 등의 관련세액은 그 시가표준액(2,183,203,976원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 72,173,400원, 농어촌특별세 6,615,870원, 합계 78,789,270원을, 등록세 등의 관련세액은 그 시가표준액(3,004,550,363원)을 과세표준으로 지방세법 제131조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 등록세 24,036,400원, 지방교육세 4,807,280원, 합계 28,843,680원을2005.12.19.신고납부하므로 이를 수납징수하였다(※ 이의신청결정시 중과세 해당면적 34.33㎡를 일반과세에 중복한 부분은 취소함).

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1952.9.30. 교육인적자원부로부터 인가받은 학술 등 공익사업을 운영해오고 있는 비영리법인으로 이 사건 부동산을 2001.3.29. 권○○(청구인의 이사장의 모)로부터 증여받았으나 소유권이전등기를 하지 못한 상태에서, 2002.6.1. 증여자의 사망에 따른 이 사건 부동산에 대한 상속인들(증여자의 딸)과의 소송이 제기되었고, 2005.7.19. 관할법원으로부터 청구인의 증여사실을 합의하는 민사조정이 성립되어 2005.12.19. 관련 세액을 신고납부함과 동시에 증여에 의한 소유권이전등기를 경료하게 되었는데, 2001.3월 이 사건 부동산을 증여취득한 이후 지상 건축물의 일부를 학원 강의실 등으로 2005.12.28. 매각시까지 사용하고 있었을 뿐만 아니라 그 매각의 사유도 교육환경개선을 통한 교육사업 내실화를 위하여 추진하고 있는 같은 구 ○○동1가 8-1번지 소재 ○○학교 교사신축공사에 대한 비용의 충당 때문에 부득이 매각할 수밖에 없었던 것으로서, 이는 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 단서상의 정당한 사유에 해당하는데도 직접 사용하지 않고 매각한 재산이라고 보아 이 사건 취득세 등을 신고납부받은 것은 잘못이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 취득한 부동산을 교육목적사업에 직접 사용하였는지 및 학교신축비용에 제공하기 위하여 매각한 것이 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 등에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하나, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우등에는 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 하고 있고, 지방세법시행령 제79조제1항 및 같은 법시행령 제94조제1항에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 그 제2호의 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자등이라고 하고 있으며, 사립학교법 제28조제1항에서 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제12조제1항에서 법 제28조제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서 교지 및 교사(강당을 포함) 및 체육장(실내체육장을 포함) 및 실습연구시설 및 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비·교재·교구에 해당하는 것으로 한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1954.12.13. 청구인은 관할관청으로부터 ○○시 ○○구 ○○동1가 8-3번지에서 재단법인 ○○학원으로 설립허가받았는데, 이사장은 설립당시는 한○○(1959.1.18.사망)이, 그후 권○○(2002.6.1.사망)가 승계하다가 현재는 한○○으로 되어 있고, 1956.3.31. 청구인은 목적사업을 ○○학교와 ○○학원을 경영한다고 하는 법인을 설립하였으며, 1999.4.22. 소유자 권○○는 청구인의 이사장 한○○에게 이 사건 부동산에 대한 관리ㆍ처분에 관한 권한을 위임할 때, ○○합동사무소 제1999년 등부 제3873호 공증서에서이 사건 부동산은 한○○이 매도하여 그 매매대금중 2분의 1을○○학원이 추진하는○○학교 신축기금으로, 나머지 금액 2분지 1은 위임인(한○○)외 6자녀에게 균등하게 배분하도록 하였고,2001.3.29. 소유자 권○○와 청구인간에 이 사건 부동산에 대한 증여계약을 체결하였으며(○○합동법률사무소, 동부2001년 제427호로 공증),2002.12.28. 수증자 청구인은 이 사건 부동산의 상속인들을 피고로 관할법원(○○지방법원)에 소유권이전 등기청구의 소를 제기하였고, 2003.5.12. 증여자 권○○의 상속인들이 청구인을 피고로 관할법원(○○가정법원)에 상속재산분할심판청구의 소를 제기하였으며, 2005.7.19. 관할법원(○○지방법원)은 청구인과 상속인들 사이에 이 사건 부동산을 포함한 제반 부동산에 대하여 민사조정합의 결정을 하였는데, 그 합의내용에서 피고들은 이 사건 부동산 일체에 관하여 상속권주장을 포기하고 각자의 상속지분을 무조건적으로 원고 재단법인에 귀속시키며, 원고는 2005.10.31.까지 피고 1인당 금2억3천만원을 지급하였고, 2005.12.19. 청구인은 이 사건 부동산을 청구인명의로 소유권이전등기를 함과 동시에 관할교육청에수익용기본재산으로 편입하였으며,2005.12.26. 청구인은 관할교육청으로부터 이 사건 부동산을 수익용기본재산처분허가를 받은 다음(서울특별시교육청 행정과-23408호) 2005.12.28. 이 사건 부동산을 주식회사해암산업에게 매각하였고, 한편, 이 사건 부동산 현황은 토지는 ○○시○○구○○동 1가 141-1번지 287.60㎡ 및같은 동 141-2번지 48.60㎡이며, 건축물 1,692.11㎡는 지하1층·지상6층으로서, 사무실·공장·위락시설 등 근린생활시설용도로 사용하고 있고,○○학교 신축공사는 같은 구 남산동 1가 8-1번지 1,214.39㎡및 지상 교육연구및복지시설용 건축물 5,347.93㎡를 2004.5.1. 사용승인(2003.4.23. 건축허가)받았으며,○○학교는 청구인에게 이 사건 부동산의 일부(202평)를 2001.2.11.부터 2005.2.11.까지 반기마다 강의실용으로 사용협조를 요구하는 공문을 발송하였고, 이 사건 부동산을 학교용도로 사용한다는 현황을 보면, 지상 1층 38평(1997.2.1.～2004.2.28.)은 강의실로, 지상4층 72평(2003.11.15.～2005.12.31.)은 강의실및교무실로, 지상 5층 72평(1997.2.1.～2004.2.28.)은 강의실로, 지상6층 20평(1997.2.1.～2004.2.29.)은 강의실로 사용한다는 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 2001.3월 이 사건 부동산을 증여취득후 2005.12월 매각 시까지 그 지상 건축물 일부를 강의실 등으로 사용하였을 뿐만 아니라 매각한 사유도 교육환경개선사업의 일환으로 추진하는 교사신축공사에 따른 비용의 충당을 위하여 부득이 매각한 것이어서 정당한 사유에 해당한다고 주장하고 있어서 이를 보면, 지방세법 제107조, 같은 법 제127조제1항, 같은 법시행령 제79조제1항제2호, 같은 법시행령 제94조제1항의 규정에 의하면 교육을 목적으로 하는 학교법인이 그 사업에직접사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산에 대하여는 취득세 등록세를 부과하지아니하지만 취득일(등기일)로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여 대하여는 취득세 등 추징하도록 되어 있고, 여기서 사립학교의 경우에 있어서 그 용도에 직접 사용한다는 의미는 사립학교법 제28조 및 같은 법시행령 제5조 및 같은 법시행령 제12조 등 의 규정에 비추어 취득(등기)한 부동산을 관할교육청에 학교법인의 교육용 기본재산에 편입되어야 함은 물론 실제 사용용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 판결 94누224, 1994.10.28.)인 바, 이 사건 부동산은 건축물대장상 용도가 근린생활시설(위락시설·사무실·공장 등)로 되어 있고, 일부는 1997.2월부터 2005.12월까지 ○○학교의 강의실로, 나머지는 당초부터 근린생활시설용도로 사용되어져 왔으며, 청구인은 2001.3월 이 사건 부동산을 증여받았지만 2002.12월부터 2005.7월까지 재판에 계류 중이었다가 2005.7.19. 관할법원의 민사조정합의 결정으로 증여받은 사실을 뒤늦게 확인받아 2005.12월 이에 대한 소유권이전등기를 경료함과 동시에 학교수익용기본재산으로 편입하여 매각하는 과정을 보면, 비록 2001.3월 증여받을 당시 청구인이 취득하였다고 할 수 있더라도 재판이 종결되기 전까지는 그 소유권을 청구인명의로 완전히 행사하였다고 보기는 무리가 있다고 볼 것이어서 청구인이 이 사건 부동산에 대하여 소유권 등 제반 권리를 완전히 행사할 수 있는 때는 2005.7월 민사조정합의결정시라고 할 것이므로, 재판 종결전에는 이 사건 부동산은, 취득시효 완성을 원인으로 한 소유권이전등기청구소송에서 승소판결을 받고 소유권이전등기를 경료한 경우 취득시기는 그 등기를 경료한 시점으로 보아야 한다는 것(행정자치부 심사결정 제2003-234호, 2003.11.24.)에 비추어, 학교법인의 소유가 아닌 것으로 봄이 상당하다 할 것이므로 설령 이 사건 부동산 일부를 학교용으로 사용하였다하더라도 2005.12월 판결취득후 2년이상 계속사용하지 않고 같은 달 매각한 것이어서 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠고, 한편, 청구인은 이 사건 부동산은 학교신축비용에 제공하기 위하여 부득이 매각하였으므로 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과세의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유 목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1996.3.12. 선고, 95누18314 판결 등)인 바, 청구인의 경우, 1999.4월 소유자가 청구인의 이사장 한○○에게 이 사건 부동산에 대한 관리ㆍ처분에 관한 권한을 위임할 당시 공증서에서그 매매대금중 2분의 1을○○학원이 추진하는○○학교 신축기금으로 제공하여야 한다고 하고, 2005.7월 판결 종결후 2005.12월 이를 매각하기 위하여 학교수익용기본재산에 편입하여 관할교육청으로부터 처분허가를 받고 같은 달 매각한 사실을 볼 때,이 사건 부동산은 취득 전부터 학교신축을 위하여 매각되어질 사정이 내재되어 있는 점이 보여 지고 있을 뿐만 아니라특히, 이를 교육용기본재산이 아닌 학교수익용기본재산으로 편입한 이상관할교육청으로부터 이 사건 부동산을 매각하여 신축교사의 공사비 대가로 지불한다는 허가를 받고 매각하였다고 하더라도 조세법률주의의 원칙상 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 정당한 사유로 볼 수 없다(행정자치부 심사결정 제2005-94호, 2005.4.6.)고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 9. 25.

행 정 자 치 부 장 관