특례제척기간에 의한 재처분은 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 예외적으로 재처분을 허용할 필요가 있음

특례제척기간에 의한 재처분은 동일한 과세단위 내에서 재처분을 허용하는 것이 합당하나, 당초처분과 재처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 상당히 밀접한 관련이 있어 재결이나 판결에서 후속처분을 예정하고 있는 것으로 볼 수 있고 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 예외적으로 재처분을 허용할 필요가 있음

국세기본법 제26조의 2 제2항

서울행정법원2015구합69959

현OO

반포세무서장

2016.3.25.

2016.7.1

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 5. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 2,216,096,110원의 부과처분 및2015. 7. 3. 원고에 대하여 한 증권거래세 52,500,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 및 주식 이전 행위

1) ㅇㅇ무역 주식회사(이하 'ㅇㅇ무역')의 대표이사이자 ㅇㅇ무역의 주식 25,188주(지분율 100%, 이하 '이 사건 주식')를 보유하고 있던 원고는 2006. 6. 7. 이**에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도하기로 하는 계약(이하 '이 사건 주식양도계약')을 체결하여 같은 날 계약금 15억 원을, 2006. 8. 1. 잔금 90억 원을 각 지급받고 이**에게 이 사건 주식을 모두 이전하였다.

2) 원고는 이 사건 주식 양도에 따라 2006. 9. 11. 증권거래세 52,500,000원을, 2006. 10. 30. 양도소득세 2,216,096,110원을 신고하였고, 납부기한 내에 이를 완납하였다.

나. 이전 소송의 경과

1) 삼성세무서장은 ㅇㅇ무역의 유일한 자산인 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇ가 ㅇㅇ-ㅇㅇ 외 3필지 토지 164.6㎡와 그 지상 3층 건물(이하 '이 사건 부동산')이 이 사건 주식의 잔금지급일인 2006. 8. 1. ㅇㅇ무역으로부터 이**에게 이전되었다는 사정에 기초하여 이 사건 주식양도계약은 가장행위에 불과하고, ㅇㅇ무역이 이**에게 이 사건 부동산을 105억 원에 양도한 것으로 판단하고, 위 양도가액 105억 원을 ㅇㅇ무역의 2006 사업연도 익금에 산입하여 2010. 9. 1. ㅇㅇ무역에게 2006 사업연도 법인세 4,005,854,370원(이하 '이전 법인세'라 한다)을 부과하였다.

2) 삼성세무서장은 ㅇㅇ무역의 익금으로 산입된 위 105억 원이 ㅇㅇ무역의 대표이사였던 원고에게 귀속된 것으로 보아 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항 본문에 따라 2010. 9. 7. ㅇㅇ무역에게 원고를

소득자로 한 2006년 상여소득 105억 원의 소득금액변동통지(법인용)를 하였고, 2010.11. 16. 원고에게 105억 원의 소득금액변동통지(소득자통지용)를 하였다(이하 위 소득금액변동통지를 통틀어 '이전 각 소득금액변동통지'라 한다).

3) 원고는 2010. 11. 3. 피고에게 기 납부한 양도소득세를 환급 결정하여 위 소득금액변동통지에 따라 납부해야 할 종합소득세에 충당하여 달라는 민원을 제기하였고, 2010. 11. 10. 피고에게 위 소득금액변동통지에 따른 종합소득세를 3,493,831,630원으로 수정신고한 후 그 중 1,221,627,490원을 납부하였다. 피고는 위 민원을 받아들여

2010. 11. 15. 원고가 기납부한 양도소득세 2,216,096,110원을 환급결정하였고, 같은 해 12. 7. 원고가 기납부한 증권거래세 52,500,000원을 환급결정한 후 위 종합소득세에 충당하였으며, 원고는 같은 달 29. 피고에게 위와 같이 충당된 후 남은 종합소득세

54,075,000원 전부를 납부하였다.

4) 한편, 삼성세무서장은 ㅇㅇ무역이 이전 법인세를 납부하지 아니하자 원고를 2006. 12. 31. 당시 ㅇㅇ무역의 발행주식 100%를 소유한 과점주주로 보아 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호에 따라 이전

법인세의 2차 납세의무자로 지정하고 2010. 11. 9. 원고에게 이전 법인세4,005,854,370원을 납부하라는 통지를 하였다(이하 위 납부통지를 '이전 부과처분'이라한다).

5) 원고는 2011. 9. 9. 삼성세무서장을 상대로 이전 각 소득금액변동통지와 이전 피고는 '원고가 2006. 6. 12. 이**에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도한 이 사건 주식양도계약과 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건 부동산을 177,965,101원에 매도한 부동산매매계약이 모두 가장행위이고 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건부동산을 105억 원에 매도한 것이므로 ㅇㅇ무역의 익금으로 105억 원을 산입하여야 한다'고 주장하나, 이 사건 주식양도계약이 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건 부동산을 105억 원에 매도한 것으로 볼 수 없어 이를 익금으로 산입한 이전 부과처분은 위법하다. 부과처분의 취소 소송을 제기하였는바(서울행정법원 2011구합3****), 제1심 법원은2012. 6. 29. 이전 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 소 부분을 각 각하하고 아래와 같은 이유로 이전 부과처분을 취소하는 내용의 판결을 선고하였다

피고는 '원고가 2006. 6. 12. 이**에게 이 사건 주식을 105억 원에 양도한 이 사건 주식양도계약과 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건 부동산을 177,965,101원에 매도한 부동산매매계약이 모두 가장행위이고 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건부동산을 105억 원에 매도한 것이므로 ㅇㅇ무역의 익금으로 105억 원을 산입하여야 한다'고 주장하나, 이 사건 주식양도계약이 가장행위 혹은 조세회피행위에 해당한다고 볼 수 없으므로 ㅇㅇ무역이 2006. 7. 10. 이**에게 이 사건 부동산을 105억 원에 매도한 것으로볼 수 없어 이를 익금으로 산입한 이전 부과처분은 위법하다.

이후 원고와 삼성세무서장이 각 항소 및 상고하였으나 2013. 4. 17. 항소기각 판결(서울고등법원 2012누2****), 2015. 3. 26. 상고기각 판결(대법원 2013두9***)이 선고되어 위 판결은 2015. 3. 26. 확정되었다.

다. 피고의 환급결정 및 과세 처분

1) 삼성세무서장은 2015. 4. 15. 원고에게 위 판결에 따라 원고에 대한 소득금액변동통지 및 제2차 납세의무자 지정 결정을 각 취소하였고, 피고는 2015. 6. 9. 원고에게종합소득세 3,493,831,630원을 환급결정하였다1).

2) 이후 피고는 2015. 5. 6. 원고에게 이 사건 주식 양도에 따른 양도소득세2,216,096,110원, 2015. 7. 3. 증권거래세 52,500,000원을 각 결정・고지하였다(이하 '이사건 처분'이라 한다).

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 7. 15. 조세심판원에 심판청구를 한 후 같은 달 29. 이 사건 소를 제기하였으나, 조세심판원은 2016. 5. 31. 기각 결정을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 4, 5호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지 번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

국세기본법 제26조의2 제2항 제1호(이하 '이 사건 조항'이라 한다)는 "행정소송법에 따른 소송에 대한 판결이 있는 경우 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 해당 판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다"고 규정하고 있다. 이 사건 조항에 따라 연장된 부과제척기간(이하 '특례제척기간'이라 한다)에 피고가 할수 있는 과세처분은 원고가 삼성세무서장을 상대로 제기한 소송의 판결에서 다루어진 법인세나 종합소득세에 한정된다고 해석하여야 하므로 피고는 양도소득세 및 증권거래세를 내용으로 하는 이 사건 처분을 할 수 없다. 결국 이 사건 처분은 부과제척기간이도과하였으므로 위법하다.

나. 관계 법령

■ 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호・제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 ② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정・판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는

「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

다. 판단

살피건대 이 사건의 쟁점은 이 사건 조항에 따라 특례제척기간이 적용되는 '해당판결에 따른 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분'의 범위에 세목이 달라지는 경우까지를 포함할 수 있는지 여부라고 할 것이다.

1) 부과제척기간의 취지

국세기본법 제26조의2 제1항의 부과제척기간(이하 '통상제척기간'이라 한다)을 두는 이유는 오랜 기간이 지난 후에 조세부과처분을 받게 된 납세자로서는 이미 오랜동안 잊고 있던 사안에 관하여 이른바 '불의의 타격'을 받게 되고, 이에 대하여 반박하려고 해도 이미 관련된 자료가 일실되어 효과적인 방어가 곤란하게 된다는 점, 국가는 부과권을 비롯한 과세권의 행사를 뒷받침하기 위하여 상당한 수준의 인적・물적 기반을 갖추고 있고 또 법적 조력도 받고 있으므로, 부과기간의 제한이 국가에 대하여 결코 감당하기 어려운 과중한 부담을 지우는 것도 아니고 오히려 국가가 부과권의 행사를 게을리 한 것에 대하여 '재재'를 가함으로서 부과권을 조속히 행사하도록 유도하는 것이 바람직하다고 보이는 점을 들 수 있다. 이와 달리 특례제척기간은 어떤 선행처분에 관한 쟁송절차에서 선행처분의 취소가확정된 후에 과세관청이 선행처분과 일정한 관련이 있는 과세처분을 새로이 하는 경우재처분에 이르기까지는 상당히 오랜 시간이 걸릴 수 있으므로, 재처분이 필요한 경우임에도 불구하고 통상제척기간에 의하여 재처분의 가능성이 차단되는 것을 방지하여 올바른 세법의 적용을 통하여 납세의무를 부담하게끔 보장하는 역할을 한다.

2) 특례제척기간의 적용범위에 대한 해석

특례제척기간의 적용범위를 설정할 경우 아래와 같은 요소를 고려하여야 할 것으로 보인다.

① 특례제척기간은 통상제척기간이 지났음에도 불구하고 그로부터 다시 일정 기간과세관청에게 부과권을 행사할 기회를 부여하는 것인바, 납세자의 침해되는 권익보다납세자에게 정당한 세액을 부담시켜야 한다는 공평과세의 요청이 강한 경우에는 과세관청의 이익을 위한 재처분이 정당화될 수 있다.

② 과세처분이 과세단위에 의하여 구분되고 특례제척기간에 의한 재처분은 부과제척기간이 지났음에도 불구하고 과세관청에게 다시 처분의 기회를 부여하는 것이므로 원칙적으로 동일한 과세단위 내에서 재처분을 허용하는 것이 합당하다. 그러나 당초처분과 재처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 상당히 밀접한 관련이 있어 재결이나 판결에서 후속처분을 예정하고 있는 것으로 볼 수 있고 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 예외적으로 재처분을 허용할 필요가 있다.

③ 과세처분에 대한 인용재결이나 판결이 그 내용과 취지상 위법사항을 보완한 후속처분을 예정하고 있는 것으로 볼 수 있다면 특례제척기간에 의한 재처분이 가능하다고 해석해야 할 것이다.

3) 이 사건에서의 판단

살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면 피고는 특례제척기간 규정에 의해 원고의 이 사건 주식 양도에 따른 과세처분을 할 수 있다고 볼 것이므로 원고의 주장은 이유 없다.

① 이전 부과처분은 원고가 이**에게 이 사건 주식을 양도한 행위를 두고 위 양도 행위가 가장행위이고 ㅇㅇ무역이 이**에게 이 사건 부동산을 매매한 것으로 법률적평가를 한 것인데 반하여 이 사건 처분은 원고가 이**에게 이 사건 주식을 양도한행위를 진정하게 이루어진 것으로 보아 이에 대하여 과세한 것이므로 그 기초적 사실관계가 이 사건 주식 양도 행위로 동일하고, 이전 부과처분과 이 사건 처분은 그 법률적 평가만을 달리하였던 것이다.

② 원고는 2006년 이 사건 주식을 양도한 후 이 사건 처분과 동일한 내용으로 양도소득세와 주식거래세를 납부하였다가 이전 부과처분이 있은 후 피고로부터 양도소득세와 주식거래세를 환급받았는바, 만약 이전 부과처분이 취소된다면 다시 양도소득세와 주식거래세를 납부하여야 함을 능히 예상할 수 있었으므로 납세자의 신뢰보호나 과세관련 자료의 일실에 관한 문제가 전혀 없다.

③ 과세관청이 상당한 수준의 인적・물적 기반을 갖추고 있고 또 법적 조력도 받고 있기는 하나, 적법한 과세를 위한 법률적 평가를 제대로 하는 것은 과세관청에게 상당한 부담을 요구하는 것이고 법률적 평가를 잘못 하여 위법한 과세가 이루어진 책임을 전적으로 과세관청의 잘못으로 돌려 세목을 달리하는 재처분까지 못하게 하는 것은 과세관청에게 너무 가혹할 뿐만 아니라 통상제척기간 내에 과세의 근거가 될 수 있는 사실관계를 밝혀냈음에도 불구하고 과세권을 일실하게 되어 조세 정의에도 심히 반한다.

④ 과세관청으로서는 이전 부과처분에 대한 판결이 확정되기 전에 이 사건 처분을 하였다면 특례제척기간의 적용 여부에 관한 문제가 발생할 여지가 없었는바 이러한 경우 납세자인 원고에게 더 불리하고 가혹한 상황이 된다고 볼 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.