[청구번호]조심 2016중3897 (2016. 12. 19.)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]쟁점농지는 양도일부터 16년 이전에 일반주거지역에 편입된 농지로 대규모개발사업이나 사업시행자가 국가, 지방자치체인 개발사업이 예정되거나 시행되지 아니하여 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호의 각 목에 해당하지 아니하므로 8년 자경농지에 대한 양도세 감면을 적용하기 어려운 점,쟁점농지는 「수도권정비계획법」상 자연보전지역이고,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역이나, 청구인이 쟁점농지 취득 전부터 자연보전지역 및 주거지역이었으며, 동 지역이라 하여 개발행위 자체를 특별히 제한하거나, 농지 본래 용도로의 사용까지 제한하지는 아니하므로 「소득세법」제104조의3 제2항의 ‘토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 부득이한 사유’가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 조세특례제한법 제69조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1998.3.15. 경기도 OOO 전 860㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하였고, 쟁점농지는 1997.12.29. 주거지역으로 편입되었으며, 청구인은 2014.4.8. 쟁점농지를 OOO원에 양도하고 2014.6.11. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2014년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 정기감사에서 쟁점농지의 주거지역 편입일을 1997.12.29.로 확인하여, 쟁점농지는 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 후에 양도된 비사업용 토지로서 장기보유특별공제 및 8년 이상 자경농지에 대한 감면 대상이 아닌 것으로 보아 양도소득세를 경정하도록 처분지시하였고, 처분청은 이에 따라 2016.3.4. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.5.31. 이의신청을 거쳐 2016.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점농지는 이천시의 지구단위계획 구역 내의 주거지역에 소재하고 있는바, 사업시행자인 이천시에서 예산확보의 어려움으로 토지보상이 되지 아니하여 사업시행이 지연됨에 따라 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우이므로 「조세특례제한법 시행령」제66조 제4항 나목 및 같은 법 시행규칙 제27조 제5항에 의하여 자경농지에 대한 감면배제대상에 해당하지 아니한다.

(2) 쟁점농지는 청구인이 취득할 때부터 「수도권정비계획법」에 의한 자연보존권역으로 지정되어 있었기에 택지조성 등을 통한 건축행위를 할 수 없었던 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당하므로 비사업용 토지에서 제외되어야 하고, 최소한 쟁점토지 860㎡ 중 660㎡는 무주택세대 소유 나지로서 「소득세법 시행령」 제68조의11 제1항 제13호에 따라 비사업용 토지에서 제외하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항의 규정에 의하면, 양도일 현재 시에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없고, 다만, 이 경우에도 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연 등 농지소유자의 귀책사유가 없는 경우에는 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 이들 지역에 편입된 날까지 발생한 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 쟁점농지는 사업 또는 보상을 지연시키는 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유가 확인되지 아니하고,1997.12.29.에 이미 주거지역에 편입되었으므로 「조세특례제한법 시행령」제66조 제4항 제1호에서 규정하는 대규모 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 「소득세법 시행령」제168의11 제1항 제13호에 의하면, 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지{裸地(제1호 내지 제12호에 해당하지 아니하는 토지로서 어느 용도로도 사용되고 있지 아니한 토지를 말한다)}로서 주택 신축의 가능여부 등을 고려하여 기획재정부령이 정하는 기준에 해당하는 토지(660㎡ 이내에 한한다)를 비사업용 토지에서 제외하고 있는바, 쟁점농지가 농지로서 특정용도에 사용되고 있고 기준면적도 초과하고 있으므로 쟁점농지를 무주택세대 소유나지로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주거지역에 편입되어 3년이 지난 쟁점농지가 8년 이상 자경농지에 해당하거나 비사업용 토지에서 제외되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[생략] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시 광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍 면 지역 및「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍 면 지역은 제외한다}에 있는 농지중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역 상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제27조[농지의 범위 등① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따라 지정된 공공기관과 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

(4) 소득세법

제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(5) 소득세법 시행령

제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간

제168조의8[농지의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지

2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지

⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 2년을 말한다.

제168조의11[사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위] ① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 "거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

13. 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지{裸地(제1호 내지 제12호에 해당하지 아니하는 토지로서 어느 용도로도 사용되고 있지 아니한 토지를 말한다)}로서 주택 신축의 가능여부 등을 고려하여 기획재정부령이 정하는 기준에 해당하는 토지(660제곱미터 이내에 한한다)

14. 그 밖에 제1호 내지 제13호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황, 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

제168조의14 [부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

(6) 소득세법 시행규칙

제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지는 등기부등본 및 토지대장상 지목이 “전”이고, 사실상의 현황이 농지인데 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없으며, 청구인은 쟁점농지를 1998.3.15. 취득하여 약 16년간 소유하다가 2014.4.8. 법인사업자에게 양도한 것으로 나타난다.

(2) 토지이용계획 확인서에 의하면,쟁점농지는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 제2종 일반주거지역, 지구단위계획구역(2010.12.3.)으로 지정되어 있고, 「수도권정비계획법」에 의한 자연보전권역으로 지정되어 있다.

(3) 처분청이 2015.12.21. 이천시장으로부터 회신받은 공문에 의하면, 쟁점농지가① 1997.12.29. 일반주거지역 지정, ② 2003.4.19. 제1종 일반주거지역 지정, ③ 2013.4.22. 제2종 일반주거지역으로 지정된 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점농지는 양도일부터 16년 이전인 1997.12.29. 일반주거지역에 편입된 농지로 대규모개발사업이나 사업시행자가 국가, 지방자치체인 개발사업이 예정되거나 시행되지 아니하여 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호의 각목에 해당하지 아니하므로 8년 자경농지에 대한 양도세 감면을 적용하기 어려운 점, 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제168조의11 제13호의 비사업용 토지에서 제외되는 ‘1세대가 소유하는 1필지의 나지’는 농지, 임야 및 목장용지 이외의 토지로서 어느 용도로도 사용되지 아니한 토지를 말하는바, 쟁점농지가 사실상 현황이 농지이므로 이에 해당한다고 볼 수 없는 점, 쟁점농지는 「수도권정비계획법」상 자연보전지역이고, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역이나, 청구인이 쟁점농지 취득 전부터 자연보전지역 및 주거지역이었으며, 동 지역이라 하여 개발행위 자체를 특별히 제한하거나, 농지 본래 용도로의 사용까지 제한하지는 아니하므로 「소득세법」제104조의3 제2항의 ‘토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 부득이한 사유’가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점농지가 자경농지로서 양도소득세 감면대상이라거나 비사업용 토지에서 제외된다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.