[사건번호]조심2014서0164 (2014.05.14)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지]청구법인이 ○○○○로부터 수령한 △억원은 용역개발에 따른 대가가 아닌 청구법인이 개발한 소프트웨어를 ○○○○의 자동차수리용진단기에 탑재한 대가로 보이는 점, 2010년 인정받은 기업부설연구소를 가지고 있는 점, 처분청이 위?수탁에 따른 용역대금으로 본 △억원에 대하여 ○○○○가 연구?인력개발비세액공제를 받은 사실이 확인되지 아니하는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 연구원에게 지급한 쟁점인건비는「조세특례제한법 시행령」〔별표6〕의 연구개발비에 해당된다 할 것임에도 처분청이 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’을 배제하여 과세한 처분은 잘못인 것으로 판단됨

[관련법령] 조세특례제한법 제6조

OOO세무서장이 2013.3.12. 청구법인에게 한 2011사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 2009.4.9. 개업하여 소프트웨어 개발업(자동차진단기 제조업)을 영위하는 법인으로, 2010.10.1. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 소프트웨어개발 및 마케팅대행 계약을 체결하여, OOO 개발 및 관리서비스 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 ‘개발용역 대금’ 명목으로 OOO원을 수령하였으며, 2011사업연도 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제로 OOO원을 공제받았다.

나. 처분청은 쟁점용역이 수탁연구개발로 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보아 수정신고를 안내하였고, 이에 청구법인은 2012.9.28. 연구인력개발비 세액공제를 OOO으로, 연구인력비 지출액을 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다)으로 하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면액을 OOO원으로 수정신고하고 OOO원을 납부하였으나, 처분청은 청구법인이 창업중소기업 세액감면을 받기 위한 요건을 갖추지 못하였다 하여 세액감면을 배제하고, 2013.3.8. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.6.7. 이의신청을 거쳐 2013.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 해외 자동차 진단용 프로그램을 개발하여, OOO가 이미 개발한 OOO에 탑재하여 해외의 정비업체에 판매하는 법인으로, 신차가 계속 출시되기 때문에 필수적으로 신차종별 진단용 소프트웨어를 개발하여야 하고, 청구법인이 OOO의 하드웨어인 OOO에 청구법인이 개발한 소프트웨어를 장착하여 판매하는 이유는 신생회사이기 때문에 자체 브랜드로 판매하기에는 해외에서 인지도가 높지 않아, 해외시장 개척을 용이하게 하기 위하여 브랜드 밸류가 높은 OOO의 OOO을 차용하였던 것이며, OOO는 브랜드만 제공할 뿐 해외시장 개척, 공급계약 체결, 해외판매 등 모든 업무는 청구법인의 직원들이 직접 수행하고 있고 다만, OOO의 브랜드로 판매하기 때문에 OOO 명의로 계약서를 작성하고 판매대금을 OOO로 전액 송금받았던 것이며, 이 중에서 청구법인은 소프트웨어 판매대금과 해외판매 수수료를 지급받아 ‘개발용역 대금’ 및 ‘해외마케팅 대행수수료’로 세금계산서를 발행하였던 것이다.

(2) 청구법인이 지출한 쟁점인건비를 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다)〔별표6〕에 해당하는 연구인력개발비로 보아 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하여야 할 것으로, 위·수탁 거래에서는 위탁자에게 모든 개발에 대한 비용과 책임이 있기 때문에 개발 실패나 판매부진의 위험도 모두 위탁자가 부담하며 제품의 유지보수 및 업데이트 등에 대한 책임도 위탁자에게 있기 때문에 결국 수탁자는 정해진 조건에 따라 납품만 하면 되는 것이나, 소프트웨어 개발실패 및 판매부진에 대한 위험과 책임, 제품의 유지보수, 업데이트 모두 청구법인이 부담하기 때문에 명백히 수탁법인이 아니며, 만약 청구법인이 수탁법인에 불과하였다면 확정적인 개발대금을 정하여 계약서에 명시하고 이에 의해 개발만 완성하면 되었을 것이나, 월 판매된 수량에 대해 개발용역대금 명목으로 판매대금을 받았던 것이다.

(가) 본 소프트웨어의 지적소유권은 특허를 필요로 하는 지식이나 권리가 아니고, 청구법인 연구원들의 순수한 노하우나 지식을 의미하기 때문에 OOO에게 이전될 수 있는 성질이 아니다.

1) 처분청은 계약서 제13조의 계약내용으로 위·수탁 관계로 판단하나, 사실상 제13조는 계약종료 후에 일어날 수 있는 분쟁을 막고자 OOO가 삽입한 조항으로 별 의미가 없고, 단지 개발용역의 수행으로 산출된 용역성과물이란 청구법인이 개발한 소프트웨어를 말하는 것으로 계약의 종료란 특정차종에 맞게 개발한 소프트웨어가 특정차종의 단종으로 인하여 자연스럽게 계약이 종료되는 것이고, 설령 청구법인이나 OOO가 그 소프트웨어를 소유한다고 하더라도 특정차종이 단종된 이상 사용할 수도 없는 것으로서 소프트웨어의 소유가 OOO에게 귀속된다고 하여 위·수탁관계라는 처분청의 주장은 사실관계를 오인한 것이다.

2) 또한, 계약서에 표기한 ‘지적소유권’이란 특허권이나 특허를 필요로 하는 지식이 아니며, 순수하게 청구법인 연구원들의 머리에 든 노하우와 지식을 의미하는 것으로 이러한 노하우 등은 OOO에게 귀속하거나 이전할 수 있는 성격이 아니다.

3) 청구법인은 해외신차가 계속 출시되기 때문에 향후에도 필수적으로 신차종별 진단용 소프트웨어를 개발하여야 하고, 만일 해외 신차종이 나오면 또다시 새로운 소프트웨어를 개발해야 하기 때문에 구차종에 대한 소프트웨어는 더 이상 필요 없어지는 것으로 개발된 소프트웨어가 지적소유권으로서의 가치가 있을지 모르겠으나, 관계기관에 등록되지 않은 이상 지적소유권은 특허권과는 완전히 다른 개념인 것으로, OOO가 계약해지를 이유로 지적소유권의 이전을 주장한다 하더라도 직원이 퇴사하여 이전하지 않는 한 불가능한 것이다.

(나) 청구법인과의 지속적 상호협력을 기대하는 OOO의 요청으로 부득이하게 계약서 13조가 추가된 것이다.

1) 제13조 문구를 계약서에 기재한 배경은 청구법인은 OOO의 핵심 연구원들이 중심이 되어 독립한 회사로 OOO이라는 하드웨어를 기반으로 청구법인의 연구원들이 소프트웨어를 개발·탑재하여 완제품을 만들어내는 공생구조로, 계약서 제13조를 기재한 근본적인 이유는 OOO가 지적소유권을 주장하기 위함이 아니라, 청구법인과 OOO의 거래가 중지될 경우 향후 지속적인 개발과 업데이트를 할 능력을 가진 연구원들이 모두 청구법인에 있기 때문에 하드웨어에 불과한 OOO은 무용지물이 될 위험성을 알고서 지속적인 공생관계 유지를 바라는 OOO가 약간의 구속력을 기대하며 본 조항을 삽입하기를 원했고, 신설법인으로 상대적 열위에 놓여 있는 청구법인은 이를 수용할 수밖에 없었던 것이다.

2) 그러나, 양 법인은 사업구조상 중요한 공생관계임을 잘 알고 있기 때문에 실제로는 OOO의 하드웨어와 청구법인의 소프트웨어에 대한 권리를 당연히 각각 인정하고 협력하고 있다.

(다) 청구법인은 소프트웨어 개발업체이기 때문에 개발을 위한 원자재를 사용할 일이 없는 바, 처분청은 계약서 제4조 제1항을 들어 OOO가 개발에 필요한 모든 재료·원자재를 제공하고 있는 것으로 오인하고 있으나, 청구법인은 제조회사가 아닌 소프트웨어 개발회사이므로 원재료가 필요 없고, 단지 하드웨어를 제공받아 소프트웨어를 탑재하는 것이 청구법인의 고유사업이기 때문에 OOO을 무상 제공받은 것이다.

(라) 연구·인력개발 관련 세액공제 및 세액감면은 개발행위를 장려하고자 하는 취지이다.

1) 「조세특례제한법」제6조 및 제10조의 취지는 신기술 개발 및 성능향상을 통한 기업경쟁력 강화를 지원하기 위한 것으로, 세액공제 및 감면제도 취지상 신기술개발의 성공에 따라 적어도 어느 한쪽은 혜택을 받아야 한다. 즉, 청구법인이 세액공제 및 감면을 받지 못한다면 OOO가 위탁자로서 받을 수 있어야 함에도 처분청의 의견대로라면 어느 누구도 공제 감면 혜택을 받을 수 없다.

2) 청구법인은 신차 생산에 따라 계속적으로 차종별 진단 소프트웨어를 개발해야만 계속기업 생존이 가능하고, 만일 청구법인이 지출하는 연구개발비를 공제감면 대상이라고 인정해 주지 않는다면 본 제도의 취지는 무색하게 되며 향후 끊임없이 개발비를 지출할 수밖에 없는 청구법인의 입장에서는 경영상 큰 타격을 입을 수밖에 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO가 2010.10.1. 체결한 소프트웨어 개발 및 판매대행 계약서 제13조에서 계약체결 이후 연구개발 과정에서 발생하는 모든 용역 성과물, 지적 재산권에 대한 권리가 OOO에게 귀속된다고 명시되어 있고, 단서 조항의 “OOO에게 귀속되는 지적재산권은 청구법인이 기존에 소유하고 있는 지적재산권과 상충되지 않는 범위 내에서만 인정된다”라는 것은 최초 계약을 체결할 당시 청구법인이 가지고 있던 원천기술 및 지적재산권으로 해석하는 것이 타당하다.

(가) 청구법인은 기업부설연구소인정서를 제시하면서 연구소 인원 17명, 해외영업팀 6명, 관리직 3명으로 소명하였는데, 2011년 총직원 OOO명 중 3개월 이상 계속 근무한 직원은 OOO명이고 이 중 관리직 OOO명을 제외하면 OOO명이며, 2011년 청구법인의 매출 중 개발용역대금은 OOO%는 판매대행 수수료 등임을 보면 연구개발인력을 17명으로 소명한 것은 신빙성이 없는 것으로 보이며, 개발용역 대금으로 계상된 모든 비용을 사전에 체결된 약정에 의해 OOO에서 지급하였기 때문에 청구법인의 연구인력개발비로 보기 어렵다.

(나) 청구법인은 자체 연구개발을 위하여 원자재 등을 매입한 내역이 없고, 계약서 제4조 제1항 및 제2항을 보면, 청구법인의 소프트웨어 개발과 관련한 OOO 및 관련 소모자재를 OOO에서 무상 공급하기로 약정한 사실이 확인되고, 계약서 제4조 제6항에 의하면, OOO에서 보유하고 있는 OOO, OOO의 협력업체에서 보유하고 있는 데이터를 청구법인에게 지원하기로 한 것으로 보아 청구법인이 독립적으로 연구개발 활동을 수행한다는 주장은 인정하기 어렵다.

(다) 계약서 제5조 제1항에 의하면, 개발용역대금을 매월 판매된 제품수량에 1대당 용역단가OOO를 곱한 금액을 지급하기로 약정, 제5조 제2항은 매월 청구법인의 판매금액에 수수료율OOO을 곱한 금액을 판매수수료로 지급하기로 약정, 제5조 제3항은 제품 업데이트 수익의 OOO%를 청구법인에게 지급하기로 약정하였는데, 판매수량이 적을 경우 모든 부대비용을 청구법인에서 부담하기 때문에 청구법인의 책임과 비용으로 연구개발을 수행하는 것이라고 주장하나, OOO의 OOO은 2007년 개발 완료된 후 3년이상 경과한 제품으로 판매량 등 정보가 예측가능하기 때문에 위 조항들은 적정한 판매수수료를 산정하기 위해 상호합의 한 약정일 뿐 청구법인의 책임과 비용에 의한 자체 연구개발관련 비용으로 볼 수 없다.

(라) 위와 같이 OOO은 OOO가 원자재·데이터 등을 무상 제공·제작되어 OOO의 상표로 판매되고 있고, 제작과정에서 발생하는 지적재산권 등 일련의 성과물에 대하여 청구법인이 소유권을 주장할 수 없으며, 과거 수년간의 매출정보를 기준으로 체결된 계약에 의해 개발용역대금을 OOO로부터 전액 지급받고 있으므로 동 개발용역대금을 청구법인의 연구인력개발비로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인이 지출한 쟁점인건비가 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상의 연구개발비에 해당하는지를 보면, 청구법인의 2011사업연도 총매출은 OOO에 대한 매출 OOO원으로 개발용역대금 OOO원 및 마케팅 대행 수수료와 유지보수비 OOO원이고, 세금계산서 총매입은 OOO원으로 OOO OOO, OOO원(자동차 매입), 세관수입 OOO원으로 자체 연구개발을 위한 원자재 등 매입내역은 없는 것으로 확인된다.

(가) 청구법인은 2011년도 중 소프트웨어 등 160종 이상을 자체개발하였다고 주장하나, 이는 OOO의 소유 제품OOO의 모델명일 뿐이고, 소유권이 OOO에게 있어 청구법인의 연구개발 성과물로 볼 수 없다.

(나) 청구법인은 개발용역 대금 OOO원에 대하여 OOO가 연구인력개발비 세액공제를 받지 않았기 때문에 수탁연구개발에 해당하지 않는다고 주장하나, OOO는 2011사업년도 외형 OOO, 연구인력개발비 세액공제로 OOO원을 신고한 사실이 확인되고 OOO가 청구법인에게 지급한 금액을 연구인력개발비로 공제하였는지는 확인되지 않으나, 설령 OOO가 청구법인에게 지급한 OOO원에 대해 세액공제를 받지 않았다 하여 청구법인의 연구개발비로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

창업중소기업 등에 대한 세액감면 요건을 갖추었는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】② 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 법 제6조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서〔별표6〕의 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업

제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

【별표 6】연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표6의 제1호 가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. 「문화산업진흥 기본법」제17조의3에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO의 자동차 수리용 진단기〔(예시) 제품명OOO, 규격 5.6인치 화면, 1대당 내수가격 약 OOO원〕의 내부에 장착하는 소형칩OOO을 제작하여, OEM 형식으로 OOO 명의로 해외시장에 공급하는 법인으로, 칩에는 각종 제조사별, 사양별 자동차의 내부시스템과 관련된 각종 데이터들이 수록되어 있어 차량에 연결하면 진단기와 연동되어 칩에 수록된 데이터들을 기준으로 개별차량의 각종 시스템을 점검할 수 있는 장비이고, 2011사업연도 법인세 신고시 연구인력개발비 세액공제로 OOO원을 신고하였고, 처분청은 청구법인의 매출처인 OOO에게 발행한 세금계산서 OOO원이 ‘개발용역 대금’ 명목으로 발행된 것으로 보고 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 보아 수정신고 안내문을 발송하였다.

(2) 청구법인은 2012.9.28. 연구인력개발비 세액공제를 OOO으로, 창업중소기업 등에 대한 세액감면 OOO원을 신청하는 내용으로 수정신고하였고, 처분청은 청구법인이 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 받기위한 당해 사업연도의 연구인력개발비가 매출액의 OOO%이상인 요건을 충족하지 아니하였다하여 세액감면을 배제하였는바, 청구법인의 법인세 신고내역은 아래의 〈표1〉과 같고, 처분청의 주요 과세논거 및 제시자료는 다음과 같다.

〈표1〉법인세 신고 및 수정신고 내역

(가) 청구법인의 해외 자동차 진단용 프로그램 개발과 관련하여 OOO로부터 발생한 2011사업연도 매출액 및 대가 산정 방식은 아래의 〈표2〉와 같다.

〈표2〉OOO와의 거래내역

(나) 청구법인은 수정신고시 창업중소기업 등에 대한 세액감면에 대한 이유서에서, 2011년 당시 회사임직원 총 OOO명 중 OOO명이 연구소에서 근무하였고, 개발업무에 투입된 연구원 인건비는 조특법 시행령 〔별표6〕에서규정한 연구인력개발비에 해당하며, 연구원들에게 지급한 연구인력개발비가 2011사업연도 매출액 OOO이상을 유지해야 한다는 조건을 만족하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상이라고 신고하였다.

(다) OOO의 2011사업연도 법인세 신고서상 연구 및 인력개발비 명세는 아래의 〈표3〉과 같고 그 중 ‘위탁 및 공동기술개발비’는 OOO원으로 나타난다.

〈표3〉OOO의 연구 및 인력개발비 명세

(라) OOO(갑)와 청구법인(을)의 “OOO 소프트웨어 개발 및 마케팅대행 계약”의 주요 내용은 아래와 같다.

제3조 (‘을’의 개발 및 용역 범위, ‘을’의 마케팅대행 국가 및 서비스 범위) ② OOO의 개발 작업

1. ‘을’은 년간 최소 24개 모델 이상을 개발한다.

2. 24개 모델 산정 근거 : 2010년 9월말 현재 OOO의 총 16개 메이커가 각 메이커별로 년간 평균 1.5개의 신모델을 산정하는 것으로 간주OOO

③ ‘갑’으로부터 제공받는 OOO용 데이터를 활용하되 당해 차량의 수출지역의 특성을 고려한, OOO의 수정 및 보완작업

⑤ OOO의 통합 및 일괄 관리, OOO의 업데이트와 서버 등재, OOO의 유지, 보수

이 마케팅대행의 상세한 내용은 다음과 같다.

③ ‘갑’과 ‘대리점’ 간의 OOO 판매계약

‘을’은 ‘갑’과 협의하여 ‘갑’의 명의로 대리점계약서를 작성하고, ‘갑’과 ‘대리점’간의 대표자 날인으로 최종계약에 이를 수 있도록, 계약완료까지의 일체의 행위를 대행한다.

⑤ 대금결제 중개

‘을’은 ‘갑’을 대신하여 대리점이 OOO 구매 대금을 ‘갑’의 계좌로 대금결제가 이루어지도록 중개 역할을 한다.

⑧ 하드웨어 A/S 중개

제품의 하자로 인해 A/S가 발생시, 유무상 A/S에 소요되는 일체의 비용과 실제 수리행위는 ‘갑’이 부담하되, 대리점과의 A/S처리 관련 접촉창구는 ‘을’이 대행한다. 원활한 A/S처리를 위해 필요시 ‘갑’과 ‘을’간의 별도 A/S지원계약을 체결할 수 있다.

제4조(‘갑’의 의무) ‘갑’은 다음의 의무를 자신의 비용으로 행한다.

1. ‘을’의 소프트웨어 개발 관련한 OOO 및 관련 소모 자재의 무상공급(품목 및 수량은 별도 협의)

2. OOO 서버 지원

3. 차량의 판매 내지 수출지역에 따른 해당국 용어로의 S/W의 번역

4. OOO 관련 개발, 수정, 유지, 보수

5. OOO 관련 추가 하드웨어적 부속물 개발

6. OOO 데이터의 지원

7. 제품 발송

8. 하드웨어 A/S 수행

제5조 (금액의 산정 및 지급)

1. 개발용역대금

‘갑’은 소프트웨어 개발용역 및 관련 서비스 제공의 대가로 을에게 다음과 같이 매월 용역대금을 지급하며, 이하 모든 금액은 부가세 별도 금액이다.

가) 용역대금은 매월 ‘갑’의 자체판매지역과 ‘을’의 마케팅대행지역을 모두 포함하여, 애프터마켓용 OOO의 지역별 월 판매수량에 ‘대당 용역단가’를 곱한 비용으로 산정, 지급한다. 구체적인 계산방법은 다음과 같다.

# 월 용역비 = 월 판매된 본체 kit 수량 × 대당 용역단가

나) 용역단가는 다음과 같이 적용한다.

# 대당 용역단가 : OOO원( kit 판대 대당 정액 지급)

다) 액세서리 판매 등 본체 kit(Set) 판매 외의 단품 등의 판매 수량은 용역대금 정산대상에 포함하지 않는다.

2. 마케팅대행 수수료

‘갑’은 ‘갑’의 판매지역에서의 마케팅 지원 등 역할과 ‘을’의 판매지역에서의 마케팅대행 대가로 다음과 같은 수수료를 지역별 역할에 의거 차등 정산하여 지급조건에 따라 매월 지급한다.

가) 마케팅대행수수료는 매월 판매(B/L 기준) 된 OOO 애프터마켓 제품 판매금액에 대행 수수료를 곱한 금액으로 산정·지급한다. 구체적인 계산 방법은 다음과 같다.

# 마케팅대행 수수료 = 지역별, kit별 매출금액 × 지역별, kit별 마케팅대행수수료율

나) 마케팅대행 수수료율은 다음과 같다.

다) 매월 마케팅대행 수수료를 산정하기 위해서, ‘갑’은 해당월 1일부터 해당월 마지막일까지 선착한 OOO 애프터마켓용 판매 대수 및 판매 금액(‘갑’의 매출인식 기준 원화금액)을 익월 5일 이내에 ‘을’에게 문서로 제시하고, ‘을’은 이를 확인 및 이의조정을 통한 최종확정 서명한 후, 마케팅대행 수수료 산정의 근거로 하며, 액세서리 등의 단품판매 금액을 포함한 매출액(운송료, 보험료 등 부대비용을 제외한 FOB 금액)을 기준으로 정산하며, OOO조건으로 kit 단가에서 OOO을 운송비로 차감한다.

라) ‘갑’은 산정된 수수료를 계산서 발행일 기준 3주 이내에 ‘을’에게 현금으로 지급한다.

3. 유지보수 및 고객관리 비용 정산

‘갑’은 유지보수 및 고객관리 비용을 ‘을’에게 다음과 같이 지급한다.

가) 수수료는 ‘갑’지역 및 ‘을’지역을 모두 포함하여 동일하게 적용한다.

나) ‘갑’은 주기적으로 발생하는 업데이트수익의 OOO%를 ‘을’의 유지보수 및 고객관리 비용으로 지급하며, 계산 방법은 다음과 같다.

# 유지보수 및 고객관리 비용 = 유상업데이트 실 입금총액 × OOO%

다) 유지보수 및 고객관리 비용을 산정하기 위해서 업데이트 실 입금액의 상세내역을 익월 5일 이내에 ‘을’에게 문서로 제시하고, ‘을’은 이를 확인 및 이의조정을 통한 최종확정 서명한 후 정산한다.

라) ‘갑’은 산정된 수수료를 계산서 발행일 기준 2주 이내에 ‘을’에게 현금으로 지급한다.

제7조 (하자보수) ‘을’은 ‘을’의 사유로 인해 발생된 하자에 대해서는 최단 시간 내에 해결될 수 있도록 성실히 하자보수에 임하여야 한다. 계약종료 이후의 하자보수에 대해서는 ‘갑’과 ‘을’간에 별도의 유지보수 계약을 체결한다. 유지보수 기간에는 새로운 차종의 S/W개발은 포함하지 않는다.

제13조 (계약종료 후의 조치 및 소유권의 귀속) 본 계약에 의한 개발 용역의 수행으로 산출된 용역성과물과 용역수행 과정 중에 발생하는 지적소유권을 비롯하여 마케팅대행 중에 발생하는 모든 권리는 갑이 소유한다. 단, ‘갑’에게 귀속되는 지적재산권은 ‘을’이 기존에 소유하고 있는 지적재산권과 상충되지 않는 범위 내에서만 인정된다.

(2) 청구법인은 2011사업연도에 연구인력비로 아래의 〈표4〉와 같이 OOO원의 쟁점인건비를 지출하여 2011사업연도 수입금액 OOO%에 해당하여 연구인력개발비가 당해 과세연도의 OOO%이상을 유지해야 한다는 조건을 만족하고 있으므로 창업중소기업 세액감면을 적용하여야 한다는 주장과 함께 기업부설연구소인정서, 손익계산서 등을 증빙자료로 제시하였다.

〈표4〉연구인력개발비 현황

(가)청구법인이 제시한 손익계산서상의 2011사업연도 직원급여는OOO원으로, 경상연구개발비는 위의 〈표4〉와 같이 연구원에게 지급한 쟁점인건비OOO로 구성되어 있다.

(나) 청구법인은 사단법인 OOO이 발행한 OOO를 2011.11.16. 발급받은 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 대리인은 2014.4.30. 조세심판관회의에 출석하여 계약서 제13조에서 용역성과물과 지적소유권 등을 청구법인이 아닌 OOO가 소유하도록 계약한 이유에 대하여 “소프트웨어의 개발과 업데이트를 할 능력을 가진 연구원들이 모두 청구법인에 있고, 청구법인과의 거래가 단절되면 하드웨어에 불과한 OOO은 무용지물이 될 수 있어, OOO의요청에 따라 소유권을 OOO로 해놓은 것이나, 계약의 실지 내용은 청구법인이 자체적으로 소프트웨어를 개발하여 OOO의 OOO에 탑재된 수량만큼의 대가를 받고 판매하는 구조로 OOO로부터 용역을 위탁받아 수행하고 그 대가를 받은 것은 아니며, 청구법인은 소프트웨어를 개발하는 회사로 원재료가 필요없고, 하드웨어를 제공받아 소프트웨어를 탑재하는 것이 고유사업이다”라는 취지로 의견진술을 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO와 2010.10.1. 소프트웨어 개발 및 판매대행 계약을 체결하고 개발용역 대금을 수령한 것이므로 쟁점인건비가 연구개발비에 해당되지 아니한다는 의견이나, 거주자가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은조특법 시행령〔별표6〕의 연구 및 인력개발비용에 해당되는 것인 바, 청구법인이 OOO로부터 수령한 OOO원은 매월 판매된 본체 KIT 수량에 OOO원의 단가를 적용하여 산출된 것으로 이는 용역개발에 따른 대가로 수령한 것이라기보다는 청구법인이 개발한 소프트웨어를 OOO의 자동차 수리용 진단기에 탑재한 대가로 수령한 것으로 보이고, 이와는 별도로 마케팅대행 수수료로 수령한 OOO원은 청구법인의 직원이 해외에서 청구법인이 개발한 소프트웨어가 탑재된 OOO의 물품을 판매하고 그 대가로 수령한 것인 점, 청구법인이 2011사업연도에 2010.1.22. 인정받은 기업부설연구소를 가지고 있는 점, 처분청이 위·수탁에 따른 용역대금으로 본 OOO원에 대하여 OOO가 연구 및 인력개발비로 세액공제를 받은 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구법인은 소프트웨어를 개발하는 회사로 원재료를 별도로 매입할 필요가 없는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 연구원에게 지급한 쟁점인건비는 조특법 시행령〔별표6〕의 연구개발비에 해당된다 할 것임에도 처분청이 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.