[사건번호]조심2012서3804 (2012.11.12)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조 제3항

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.10.16. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 같은 지번상의 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득(사용승인일 2005.1.28.)하여 2010.4.2. 양도하고 발생한 양도소득 OOO에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 의하여 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 2010.6.30. 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 2012년 국세청 ‘특정감사 과제에 대한 신축주택감면 자료처리 점검’에 의해 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면하고 ‘구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지’의 양도소득금액은 감면배제하라는 검토지시에 따라 쟁점주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 OOO에 대해서만 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 2012.8.14. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 부동산을 양도한 경우 2007.1.1.부터 개정된 「소득세법」제96조 제1항에 의해 실지거래가액에 의해 양도차익을 구한다고 규정하고 있는바, 처분청에서 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산함은 잘못으로 쟁점주택에 대하여 실지거래가액(관리처분계획에 의한 종전주택 평가액과 추가부담금 납부액의 합계금액이 취득가액)에 의하여 양도차익을 계산하여야 한다.

(2) 청구인은 양도소득세 신고시 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액으로 신고하였는바, 「조세제한특례법 시행령」제40조 제1항의 감면소득금액 계산식의 양도일 및 취득일의 실지거래가액이 명확하니 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용하여 감면소득금액을 계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 재건축조합에 종전주택을 출자하고 재건축조합으로부터 반환(분양)받은 쟁점주택을 양도한 것에 대하여 「소득세법 시행령」제166조의 규정에 의하여 양도차익과 양도소득금액을 계산하였고,

(2) 이 양도소득금액을 「조세제한특례법 시행령」제40조 제1항의 산식 중 양도소득으로 하고 분자의 산식과 분모의 산식에 적용되는 양도 및 취득가액은 기준시가로 규정되어 있어 그에 따라 양도소득세가 감면되는 소득을 계산한 것이므로 처분청의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①재건축주택의 양도차익계산시 취득가액을 환산가액( 「소득세법 시행령」제166조 제2항)이 아닌 실지거래가액(종전주택평가액 + 추가부담금)으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

② 양도소득금액을 실지거래가액으로 결정하는 경우 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 「조세제한특례법 시행령」제40조 제1항의 산식에 양도·취득시 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용하여 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.(단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

2. 조합원(「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 조합원”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법

제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령

제166조【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가후 양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가전 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비] × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.(2007.2.28. 신설)

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분 양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액+ 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}( 이하 이 조에서 “기존건물분 양도차익”이라 한다)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.<개정 2007.2.28>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일 전후”는 “관리처분계획인가일 전후”로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점주택은 재건축조합에 종전주택을 출자하고 조합원으로 재건축주택을 분양받은 것으로 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2002.12.31.)’에 조합원외 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부(2002.4.27.)한 사실이 확인되므로 「조세제한특례법」제99조의3의 ‘양도소득세 과세특례’ 적용을 받는 신축주택에 해당한다.

(나) 청구인은 1994.6.23. 취득한 종전주택을 재건축사업으로 인해 멸실하고 2005.1.31. 쟁점주택을 취득OOO하여 보유하다가 쟁점주택 취득일로부터 5년이 경과한 2010.4.2. 양도하고, 「소득세법 시행령」제166조의 규정에 따라 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산한 후 「조세특례제한법」제99조의3이 규정한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 이유로 쟁점주택의 양도에 따라 발생한 양도소득 OOO 전액을 감면소득으로 신고하였고, 처분청은 쟁점주택이 「조세제한특례법」제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택에 해당되어 양도소득세 감면요건은 충족하나 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO 중 「조세제한특례법 시행령」제40조 제1항에 따라 계산한 OOO을 초과한 OOO에 대하여는 감면부인하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 위 사실관계 및 관련법령 등을 근거로 주택재건축조합의 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택의 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산함에 있어 관리처분계획에 의한 종전주택평가액과 추가부담금 납부액의 합계액을 취득가액으로 하여야 하는지(쟁점①)에 관하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점주택에 대하여 기준시가를 적용하여 양도차익을 계산한 것은 잘못으로 관리처분계획에 의한 종전주택평가액과 추가부담금 납부액이 확인되므로 동 금액의 합계액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여야 한다고 주장한다.

(나) 그러나 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 「소득세법 시행령」제166조 제2항 제1호의 산식에 따라 계산하도록 규정되어 있으며, 처분청이 이 규정에 따라 쟁점주택의 양도차익을 계산하여 산정한 것은 청구주장과 달리 잘못이 없어 보이고, 쟁점주택의 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산함에 있어 쟁점주택의 취득가액을 관리처분계획에 의한 종전주택평가액과 추가부담금 납부액의 합계액으로 하여야 한다는 청구주장은 법적 근거가 없어 받아들이기 어렵다.

(3) 다음으로, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항에 의하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 양도·취득시 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 적용하여야 하는 지(쟁점②)에 관하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점주택의 양도가액 및 취득가액의 실지거래가액이 확인되므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용하여 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하여야 한다고 주장한다.

(나) 살피건대, 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 소정 산식에는 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 및 취득·양도 당시 기준시가에 의하여 취득일부터 5년이 되는 날의 양도소득금액을 계산하도록 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다OOO. 그러므로 양도소득금액을 실지거래가액으로 결정한 쟁점주택의 감면대상소득금액을 양도·취득시 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도차익을 「소득세법 시행령」제166조의 규정에 의하여 산정하고, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 「조세특례제한법」제99조의3의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.