국심2003중0224 (2003.04.25)

법인

경정

시.군에서 수탁하여 사업을 시행할 때 자신의 계산과 책임하에 사업을 시행하는 경우 수탁자를 시행자로 하는 것임

법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

1. OO세무서장이 2002.10.16. 청구법인에게 한 법인세 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 2000사업연도분 OO,OOO,OOO원, 2001사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원)의 부과처분은 손금총액에 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원)을 가산하여 각각 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 청구법인의 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

(1) 청구법인은 OOOO공사및농지관리기금법에 의해 설립된 공사로 2000.1.1 OOOO조합, OOOO조합연합회 및 OOOOO공사를 흡수합병하였으며, 합병전 OOOOO공사는 시장·군수로부터 받는 보조금과 OO중앙회로부터의 OOO구조개선특별회계자금의 차입금을 재원으로 OOO 정비법 제29조 내지 제42조에 의한 OOO생활환경정비사업(이하 “문화마을조성사업”이라 한다)을 시행하였다.

(2) 청구법인에게 흡수합병되기전의 OOOOO공사는 1997.1.1.～ 1999.12.31 기간중 문화마을조성사업에서 발생된 시·군의 보조금·OO중앙회융자금·문화마을조성사업의 분양수익금의 예치이자(이하 “분양차익등의 예치이자”라 한다)와 토지분양차익중 미사용잔액 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO)을 익금에 산입하여 각사업연도 소득에 대한 법인세를 신고하고, 토지의 분양에 따른 양도차익에 대하여 특별부가세를 신고하지 아니하였다.

(3) 처분청은 청구법인이 문화마을조성사업관련 토지분양차익금중 계상누락한 OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점분양차익금”이라 한다)과 분양차익등의 예치이자중 시·군 반환금으로 익금에서 제외된 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점시군반환금”이라 한다) 합계 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점소득금액”이라 한다)을 익금에 산입하고, 기타 사항을 세무조정하여 각사업연도 소득에 대한 법인세 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분은 결손, 2000사업연도분 OO,OOO,OOO원, 2001사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원)으로 경정하고, 여기에 문화마을조성사업에서 분양된 토지의 양도차익 O,OOO,OOO,OOO원에 대한 특별부가세의 50% 상당액인 OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원)를 법인세에 가산하여 2002.10.16. 청구법인에게 법인세 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 2000사업연도분 OO,OOO,OOO원, 2001사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원)을 경정고지하고, 동일자에 법인세 감면세액의 20%인 OOO특별세 OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OO,OO,OOO원, 1999사업연분 OO,OOO,OOO원)을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.1.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 문화마을조성사업을 해당 시장·군수로부터 수탁받아 시·군이 지급하는 보조금과 알선융자금을 재원으로 수행하였으므로 문화마을조성사업의 시행자는 시장·군수이며, 사업수행과정에서 발생된 토지분양차익과 분양차익등의 예치이자(이하 “쟁점수입금액“이라 한다)는 재투자에 사용하고, 그 잔액을 사업종료후 해당 시·군에 반환하였으므로 쟁점수입금액의 귀속자는 본래의 사업시행자인 시·군이며, 처분청이 이를 청구법인의 소득으로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.

(2) 쟁점소득금액이 청구법인에 귀속되는 소득금액이라고 보는 경우에도 그 중 쟁점시군반환금이 본래 사업시행자이면서 위탁자인 시·군에 반환되었으므로 이는 과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 사업시행지를 관할하는 시장·군수로부터 문화마을사업을 위탁받고, 그 사업비의 일부를 보조금으로 지급받았으나, 사업비의 나머지를 자신의 명의로 농업협동조합중앙회로부터 차입하였고, 동차입금으로 자기명의로 사업용지를 취득하여 자신의계산과 책임으로 사업을 완료한 후 보조금상당액의 공공시설을 해당시·군에 이전하였고, 미분양토지와 근린시설등을 일반분양하여그 분양금으로 농업협동조합중앙회의 차입금을 상환하였으므로 청구법인은 문화마을조성사업의 실질적인 시행자이며, 사업수행과정에서 발생된 쟁점수입금액의 귀속자이다.

(2) 청구법인은 쟁점사업수입금액을 해당 시·군에 반환하였다고 주장하였으나, 반환에 대한 법적 근거가 불분명하고, 조사당시 쟁점반환금에 대하여 반환사실을 입증할 수 있는 금융자료등 객관적인 입증자료의 제출이 없었으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 문화마을조성사업의 사업시행자와 쟁점수입금액의 귀속자가청구법인인지 또는 해당 시·군인지 여부

(2) 쟁점수입금액의 귀속자를 청구법인으로 보는 경우 쟁점시군반환금을 국가기부금등으로 손금에 산입하여 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부

나. 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

조세감면규제법 제64조( 조세특례제한법 제78조도 같은 내용을 규정함)(개발사업시행자에 대한 양도소득세등의 감면)

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분에 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1.～ 5.(생략)

6. OOOOO공사 및 농지관리기금법에 의하여 설립된 OOOOO공사가 동법 제12조제1항 각호의 규정에 의한 사업용토지등을 양도함으로써 발생하는 소득

OOOOO 공사및농지관리기금법 제12조(사업)

① 공사는 다음 각호의 사업을 행한다.

1. ～6.(생략)

7. OOO정비법의 규정에 의한 OOO생활환경정비사업 및 한계농지등의 정비사업

8. ～13. (생략)

14. 정부·지방자치단체 또는 기타의 자로부터 위임받은 사업(이하 생략)

OOO 정비법 제31조(생활환경정비사업의 대상범위)

① 생활환경정비사업은 시(도농복합형태의 시를 말한다. 이하 이 장에서 같다)·군의 면지역을 대상으로 한다. (단서 생략)

②생활환경정비사업중 제2조제7호가목 및 나목의 집단화된 마을조성과 재개발 대상마을의 정비사업은 OOO생활환경정비구역(이하 “생활환경정비구역”이라 한다)으로 지정·고시된 지역을 대상으로 한다.(이하 생략)

같은법 제33조(생활환경사업의 시행자)

①생활환경사업중 제31조제2항의 사업은 시장(도농복합형태의 시의 시장을 말한다. 이하 이장에서 같다)·군수, OOOOO공사가 시행한다.

②시장·군수는 제1항의 생활환경정비사업의 효율적인 추진을 위해 필요한 경우에는 OOOOO공사, 대한주택공사, 한국토지공사, 대한주택공사 및 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자에게 사업의 전부 또는 일부를 위탁하여 시행하게 할 수 있다.(이하 생략)

같은법 제42조(기술지원등)

①농림부장관은 생활환경정비사업 시행으로 수익금이 발생할 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 생활환경정비사업에 재투자하여야 한다.

②농림부장관은 생활환경정비사업의 기본계획 및 시행계획수립과 조사·설계등 원활한 사업추진을 위해 기획·기술지원을 하여야 하며, 이에 필요한 경비를 예산의 범위안에서 지원할 수 있다.

같은법 시행령 제39조(수익금의 관리 및 재투자)

① 법 제42조의 규정에 의하여 생활환경정비사업에 재투자하여야 할 생활환경정비사업으로 발생한 수익금은 생활환경정비사업 시행자가 시장·군수·자치구의 구청장인 경우에는 별도의 특별회계로, OOOOO공사인 경우에는 별도의 계정으로 관리하여야 한다.

② 농림부장관은 제42조의 규정에 의하여 생활환경정비사업의 시행으로 발생한 수익금에 대한 재투자사업계획지침을 수립하여야 한다.

③농림부장관은 제2항의 재투자사업계획지침이 수립된 때에는 생활환경정비사업시행자로 하여금 그 지침에 따라 생활환경정비사업의 시행으로 발생한 수익금을 생활환경정비사업에 재투자하게 하여야 한다.

OOO 특별세법 제5조(과세표준과 세율)

①OOO특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

1) 청구법인(2000.1.1. 이전의 OOOOO공사를 말한다)은 1997.1.1.～ 1999.12.31 기간중 문화마을조성사업을 수행하고 쟁점수입금액을 10,988,219,481원(1997사업연도분 4,188,916,877원, 1998사업연도분 3,593,777,837원, 1999사업연도분 3,205,524,767원)으로, 동금액중 재투자금액 및 쟁점반환금등으로 사용한 금액을 9,051,767,044원(1997사업연도분 3,856,517,292원, 1998사업연도분 2,448,895,982원, 1999사업연도분 2,746,353,770원)으로 하고, 미사용잔액 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원)을 각사업연도 소득금액으로 신고하였다. 그러나, 청구법인은 문화마을조성사업에서 발생된 분양토지의 양도차익에 대한 특별부가세를 신고함에 있어서는 분양토지의 본래 소유자가 시장·군수인 것으로 보아 이에 대한 특별부가세를 신고하지 아니하였다.

2) 처분청은 청구법인이 신고누락한 쟁점분양차익금 OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 △ 855,096,058원, 1998사업연도분 354,983,784원 1999사업연도분 1,327,353,475원)과 쟁점수입금액중 청구법인이 쟁점시군반환금으로 사용한 금액 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 447,733,912원, 1999사업연도분 507,269,365원)을 익금에 산입하였다.

3) 한편, 문화마을조성사업에서 분양한 토지에 대한 양도차익을 아래 <표>와 같이 계산하고 조세감면규제법 제64조의 규정에 의해 특별부가세 산출세액의 50%를 법인세에 가산하고, 감면세액에 대하여 OOO 특별세법 제5조제1항제2호의 규정에 따라 그 20%를 OOO특별세로 부과하였다.

<표> 연도별 양도차익 계산내역(단위 : 원)

4) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 분양차익 및 분양차익등의 예치이자내역, 분양차익계산서, 각사업연도 소득에 대한 법인세·특별부가세 및 OOO특별세에 대한 경정결의서등에 의해 확인되고 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(나) 판단

1) 청구법인이 제출한 문화마을 조성사업 수(위)탁계약서에 의하면 청구법인은 문화마을조성사업의 시행지를 관할하는 시장·군수로부터 사업건별로 해당사업을 위탁받고, 사업비의 일부를 당해 시·군으로부터 보조금으로 지급받았으며, 토지매입비등 나머지 사업비는 해당 시군의 알선을 받아 자신의 명의로 OO중앙회로부터 차입하였다.

2) 청구법인이 제출한 문화마을조성사업관련 회계처리내역에 의하면 보조금으로 받은 선수금은 문화마을조성사업의 기본계획, 환경영향 검토, 실시설계등의 비용으로 사용하고, 사업연도말에 공사진행율등에 따라 사업수입금액으로 환입하여 수익과 비용을 대응시켰으며, 차입금으로는 자기명의로 사업용지를 취득(오폐수시설·도로·구거 및 공공시설부지는 해당 시군명의로 취득)하여 자신의 계산과 책임으로 사업을 완료하였으며, 사업완료후 보조금상당액의 공공시설등은 해당 시·군에 소유권을 이전하고, 미분양된 조성토지와 근린시설등은 감정가액으로 일반분양하였으며, 동분양수익금으로 농업협동조합중앙회의 차입금 원리금을 상환하였다.

3) 청구법인은 문화마을조성사업과 관련하여 조성토지의 분양차익 및 분양차익등의 예치이자를 예수금계정으로 통합관리하면서 자신의 의사결정에 따라 재투자비, 농업협동조합중앙회의 차입금에 대한 지급이자, 쟁점시군반환금등으로 사용하였고, 결산시 쟁점수입금액을 손익계산서상 자신의 수입금액으로 계상하고, 사업연도중에 경비등으로 사용된 금액은 사업비과목으로 비용계상하였고, 법인세 신고시에는 쟁점수입금액에서 사업비등으로 사용한 금액을 차감한 미사용잔액만을 세무조정으로 익금에 산입하여 법인세를 신고하였으며, 분양수익금의 예치이자에 대한 원천납부세액(보조금과 차입금 예치이자에 대하여는 그 지급자인 농업협동조합중앙회가 원천징수를 하지 아니함)을 기납부세액으로 공제받았다.

4) 1) 내지 3)에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 자신의 명의와 계산 및 책임하에 문화마을조성사업을 수행하였으므로 동사업의 실질적 수행자는 청구법인이며, 청구법인은 동사업수행과정에서 발생된 수익을 자신의 판단에 따라 사업비등으로 지출하고, 손익계산서상에 자신의 수익과 비용으로 계상하였으며, 미사용잔액을 익금에 산입하여 법인세를 신고하였으므로 쟁점수입금액을 예수금과목으로 별도 관리하였다고 하더라도 그 귀속자는 청구법인이라고 판단된다.

5) 따라서, 처분청이 청구법인을 문화마을조성사업의 실질적 수행자로 보고, 쟁점분양차익금이 포함된 쟁점수입금액을 청구법인의 수입금액으로 하여 각사업연도소득에 대한 법인세를 과세한 후 문화마을조성사업과정에서 분양된 토지의 양도차익에 대하여 조세감면규제법 제64조(또는 조세특례제한법 제78조)의 규정에 의하여 특별부가세의 50%를 과세하고, 특별부가세등 법인세감면액에 대하여 OOO 특별세법 제5조제1항제1호의 규정에 의하여 그 20%를 OOO특별세로 과세한 처분은 잘못이 없다

다. 쟁점 (2)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

OOO 정비법 제42조 및 동법시행령 제39조 :쟁점 (1)의 관련법령 참조

법인세법 제24조(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 법인세법 제18조도 같은 내용을 규정함)(기부금의 손금불산입)

①내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금“이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 ”손금산입한도액“이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1.2.(생략)

② 제1항 및 제29조의 규정은 다음 각호의 기부금에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 다음 각호의 기부금을 합한 금액이 당해 사업연도의 소득금액에서 제13조제1호의 결손금을 차감한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 기부금품모집규제법의 적용을 받는 기부금품은 동법 제5조제2항의 규정에 의하여 접수하는 것에 한한다.(이하 생략)

(2) 사실관계 및 판단

(가) 사실관계

청구법인은 1997.1.1. ～1999.12.31기간중 보조금·차입금 및 분양수익금 예치이자와 분양차익을 10,988,219,481원(1997사업연도분 4,188,916,877원, 1998사업연도분 3,593,777,837원, 1999사업연도분 3,205,524,767원)으로 집계하고, 이중 재투자비 및 차입금이자로 사용한 5732,177,056원(1997사업연도분 1,491,930,581원, 1998사업연도분 1,996,162,070원, 1999사업연도분 2,239,084,405원)과 쟁점시군반환금으로 사용된 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도 O,OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도 447,733,912원, 1999사업연도분 507,269,365원) 합계 9,051,767,044원을 익금에서 제외하였으며, 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 분양차익등의 발생 및 사용내역, 예수금내역, 쟁점시군반환금의 반환내역 및 지급증빙, 법인세경정결의서등에 의해 확인된다.

(나) 판단

1) 처분청은 쟁점시군반환금의 반환에 대한 법적근거가 없다고 하였으나,OOO 정비법 제42조 및 동시행령 제39조의 규정에서 분양차익등을 재투자하도록 규정하고 있으므로 이를 근거로 재투자하지 못한 금액은 반환하였다고 볼 수 있으며,반환대상은 시장군수가 문화마을조성사업을 위탁하면서 공사대금으로 선급한 보조금의 미사용잔액에 한정되며, 쟁점수입금액은 청구법인이 지급이자 또는 분양원가등을 지출하고 이에 대응하여 획득한 수입금액으로 이는 청구법인의 소득이며 시군에 대한 반환대상으로 볼 수가 없으므로 청구법인이 쟁점수입금액중 시군에 지급한 금액은 시군에 대한 기부금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

2) 그리고, 처분청은 쟁점시군반환금의 반환사실이 확인되지 아니하여 과세에서 제외할 수 없다고 하였으나 심리과정에서 청구법인이 제출한 쟁점시군반환금의 계산내역 및 해당시군에 송금한 무통장입금증등에 의하면 청구법인은 쟁점시군반환금중 434,430,868원(1998사업연도분 236,036,343원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원)은 차입금이자의 상환에 사용된 금액을 착오로 시군반환금으로 계상한 금액이고, 나머지 2,885,159,120원(1997사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 211,697.569원, 1999사업연도분 308,874,840원)은 실제 해당 시군에 반환된 금액임이 확인된다.

3) 따라서, 처분청이 쟁점시군반환금중 결손금이 발생하여 기부금의 손금산입한도액이 없는 1999사업연도분 308,874,840원을 제외한 O,OOO,OOO,OOO원(1997사업연도분 O,OOO,OOO,OOO원, 1998사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 1999사업연도분 OOO,OOO,OOO원)은 손금산입함이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003년 4월 25일

주심국세심판관 채 수 열

배석국세심판관 강 정 영

노 우 섭

김 기 섭