조심2008중0749 (2010.09.07)

법인

경정

정부출연기관이 합병에 따라 장부에 누락된 토지를 발견하고 이를 장부에 반영한 경우 자산 누락이 아닌 정부출연금의 누락자산에 해당하므로 이를 자본금으로 보아 익금불산입하여야 하고, 수리시설관리원에게 시설관리 수당으로 지급한 금액은 농가 부업소득에 해당되어 원천징수대상이 아님

법인세법시행령 제79조【기업회계기준과 관행의 범위】 / 법인세법시행령 제79조

조심2011서1894

심판청구를 기각합니다.

이 유

OOO세무서장이 청구법인에게 2007.3.2. 고지한 법인세2001사업연도 16,434,031,390원, 2007.7.16. 고지한 법인세2002사업연도1,424,132,270원, 2003사업연도 2,079,645,210원,2004사업연도1,623,033,870원, 2005사업연도 648,608,160원 및 원천징수분 사업소득세2002년 귀속 511,647,400원, 2003년 귀속 517,152,180원,2004년 귀속 552,237,460원, 2005년 귀속 546,838,480원의 부과처분 및 2008.5.16. 통지한 2004～2005사업연도 법인세 경정청구 거부통지는,

1. 청구법인이 비망가액을 적용하여 영업외수익으로 신고하였으나 동안양세무서장이 개별공시지가로 평가하여 익금산입하여과세한 OOO 토지 등 3,315 필지에 대하여 공부(公簿) 등에 의하여 그 취득시기 등을 확인하여 합병시점(2000.1.1.) 전에 OOO가 취득한 것으로 확인되는 토지(단, 그 중 OOO가 취득한 토지의 경우에는 정부가 출자한 토지)의 경우, 청구법인의 법인세 신고나 OOO세무서장의 법인세 과세시 그 토지에 대하여 익금산입한 금액을 청구법인의당해 사업연도 익금에서 차감하여 그 과세표준 및 세액 등을 경정하는 한편, 청구법인이 농·어민인 수리시설관리원에게 지급한 수리시설관리수당 중연 1천200만원 이하의 소득에 대하여 「소득세법 시행령」 제9조 제1항에 따라비과세되는 농가부업소득으로 보아 그 과세표준 및 세액을경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.1.1. 「OOO 및 농지관리기금법」(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」을 거쳐 현재의 「OOO 및 농지관리기금법」으로 개정)에 따라 OOO 등 3개 기관(이하 합하여 “피합병법인”이라 한다)이 합병되어 설립되었는데, 설립후장부상 누락된 자산(이하 “부외토지”라 한다)에 대한자산실사를 실시하여 청구법인의 소유로 확인한 자산 중취득가액이 확인되는 토지는취득가액,취득가액이 확인되지 아니하는 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)는 필지당비망가액(1천원)으로 하여 계1,111,211천원(2001년 491,993천원, 2002년 104,217천원, 2003년 37,327천원, 2004년 460,444천원, 2005년 17,229천원, 이하 “쟁점①금액”이라 한다)을자산/영업외수익(전기오류수정익)으로 계상하여 법인세 신고를 하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점토지 중 OOO 토지 등 3,315 필지는 발견당시공시지가가 있는 토지(이하 “과세토지”라 한다)라 하여 이를 개별공시지가로평가하여 계 27,644,182,157원(2001년 17,772,222,523원,2002년 4,518,766,166원, 2003년 757,097,372원, 2004년 3,797,280,195원, 2005년 798,815,901원, 이하 “쟁점②금액”이라 한다)을2001∼2005사업연도 청구법인의 소득금액 산정시 익금에 산입하고, 청구법인이 2001∼2005사업연도 중 수리시설관리원에게 수리시설관리수당으로 지급한 계 79,158,058,237원(2001년 14,676,981,205원, 2002년 15,504,466,860원, 2003년 15,671,278,380원, 2004년 16,734,468,760원, 2005년 16,570,863,032원으로 이하 “쟁점③금액”이라 한다)을 비과세되는 농가부업소득이 아닌 원천징수대상인 사업소득으로 보아야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 위 자료통보에 따라 청구법인에게 2007.3.2. 법인세2001사업연도 16,434,031,390원과 2007.7.16. 법인세2002사업연도1,424,132,270원, 2003사업연도 2,079,645,210원,2004사업연도1,623,033,870원, 2005사업연도 648,608,160원(위 각 법인세 부과처분에 있어 신고불성실가산세, 납부불성실가산세 및 지급조서미제출가산세 내역은 아래 <표1>과 같다) 및 원천징수분 사업소득세2002년 귀속 511,647,400원, 2003년 귀속 517,152,180원,2004년 귀속 552,237,460원, 2005년 귀속 546,838,480원을 각 경정·고지하였다.

<표1>

(단위 : 원)

한편, 청구법인은 2004～2005사업연도 법인세 신고시 영업외수익으로 신고한 부외토지 가액에 대하여 익금불산입하여야 한다는 취지의 경정청구를 2008.3.31. 하였고, 처분청은 이에 대하여 2008.5.16. 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2007.5.25. 및 2007.10.8. 이의신청을 거쳐 2008.1.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 피합병법인은비영리법인으로 내부통제조직이 체계화되지 아니하여 단식회계방법으로 회계처리를 함으로써 쟁점토지 등 부외토지를 장부상 기재하지 아니하였고, 이와 같은 회계처리에 따라합병 당시쟁점토지 등 부외토지가 장부상 청구인의 자산으로 계상되지 아니하였으나, 이 건 부외토지와 관련하여서는 아래와 같은 사유로 법인세 과세표준 산정시 익금산입되어서는 안된다.

쟁점토지 등 부외토지는농업인에게 농업용수를 공급하기 위한 저수지·배수로·제방 등,농지개량조합 등의 비영리법인인 피합병법인이 합병 전부터 보유하고 있던비수익사업용 자산에 해당하는바,이 건부외토지 상당액은 「농업기반공사 및 농지관리기금법」 부칙제9조 및 제14조에 따라 이 건 합병당시부터 정부가 청구법인에 대하여 출자한 자본금에 해당한다고 볼 수 있다.

또한, (위와 같이 자본금으로 보지 아니한다 하더라도)청구법인은 부외토지를합병으로 승계취득하였으므로 「법인세법」상 부외토지 관련 익금의귀속사업연도는 장부등재시점(2001～2005사업연도)이 아닌 피합병법인이 이를취득한 시점이 속한 사업연도(2000.1.1. 이전)로 보아야 하는바, 피합병법인은부외토지를이 건 합병일(2000.1.1.) 이전에 취득하였으므로 이와 관련하여서는 국세부과의 제척기간이 이미 경과되었다고 볼 수 있으므로(설령 이 건 합병일을 취득시기로 보더라도 2000사업연도 법인세 신고기한인 2001.3.31.부터 5년이 경과하였음), 이 건 과세처분은 부외토지와 관련하여 청구인이 당초 신고하였던쟁점①금액(1,111,211천원) 및 처분청이 이에 추가하여 익금산입한 쟁점②금액(27,644,181천원) 모두를과세표준에서제외하여 이를 경정하여야 한다.

다음으로, 이 건 과세처분에 있어 자산등재시점의 공시지가를 적용한 평가액을 동 시점이 속한 사업연도의 익금으로 하여 과세하는 것은, 동 평가액이 「법인세법」상 당해 사업연도의 과세소득에서 제외하는 자산평가차익(임의평가증) 내지 합병차익에 해당되므로 익금불산입하여야 한다.

한편, 이 건 부외토지의 익금산입 귀속시기를 2001～2005사업연도로 보더라도 청구법인은 당해 부외토지와 관련하여 법인세를 성실히 신고하였고 탈세의도가 전혀 없었으므로 신고 및 납부불성실 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(2)청구법인은 영농에 필요한 저수지, 용·배수로 등을 관리함에 있어, 농업(축산업, 어업포함)을 주업으로 종사하는 현지주민을 위촉하여 위 시설물의 감시·관리업무를 근로시간과 관계없이 단속(斷續)적으로 하게 하고 수리시설관리수당으로 쟁점③금액을 지급하였다.

따라서 「소득세법」 제12조는 사업소득 중 대통령령이 정하는 농가부업소득을 비과세되는 소득으로 규정하고 있는바, 계속적 반복적으로 용역을 제공하고 받는 사업소득이라 하여 농가부업소득에서 제외되어야 할 이유가 없고, ‘수리시설관리원운영지침’에 의하면 관리원은 주업인 농업에 종사하면서 청구법인으로부터 시설물의 감시, 관리업무를 위촉받아 근로시간과 관계없이 단속적으로 각 위촉업무에 종사하도록 되어 있으며, 수리시설관리 용역은 농민이 영위하는 농업과 직접적으로 밀접한 관련이 있다고 볼 수 있는 점 등을 고려할 때, 쟁점③금액을 비과세되는 농가부업소득이 아니라고 보아 비과세를 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 이 건 부외토지를 법인세 과세표준 산정시 익금산입대상이 아니라고 주장하고 있다.

그러나, 청구법인이 부외토지를 2001～2005사업연도 귀속 익금으로 신고하였고, 만약 이를 잘못된 회계처리로 보더라도 부외토지를 자본으로 계상하기 위해서는 지금이라도 자본금을 증가시키는 등의 회계처리를 하여야 하나 현재까지 자본금 증가내역 등이 확인되지 아니하고 있으며, 전기오류수정손익의 경우 무조건 전기의 익금이나 손금으로 계상하는 것이 아니고 사안별로 판단하여야 하는 것인바, 부외토지는 법인에 유보되어 소득계산에 영향을 미치므로 반드시 세무조정을 통하여 자산가액을 법인의 순자산(유보)에 반영하여야 하는데, 누락원인이 건별로 확인되지 아니하는 상태에서 부외토지의 취득시기를 일괄적으로 청구법인의 설립일 또는 설립이전일로 보아 자본거래로 확정하거나 제척기간이 만료되었다고 보기 어렵다.

또한, 「정부투자기관회계규칙」 제46조, 제47조에 의하면 부외자산은 장부등재 시점의 취득가액 내지 평가액으로 기재하고 등재일이 속하는 사업연도의 영업외손익으로 계상해야 하는 것인바, 동 규칙은 「법인세법 시행령」 제79조제3호에서 규정하는 「법인세법」에서 인정하는 회계 관행에 해당하고, 합병으로 취득한 자산의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제72조 제1항 제3호에 따른 승계가액이 되나 부외토지는 장부상 누락된 토지로서 승계가액이 존재하지 아니하므로 같은 항 제5호에 따라 취득당시 시가를 적용하는 것이 타당한 점 등을 고려할 때, 쟁점토지의 발견당시 개별공시지가를 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

한편, 자산의 임의평가증이란 과거에 취득한 자산에 대하여 취득일 이후 자산가액을 다시 평가하여 증액시키는 것을 말하나, 이 건의 경우 자산의 취득시기 이후에 동 자산에 대한 가액을 재평가한 것이 아닌 자산의 취득시점에 취득가액을 과소계상한 것에 대한 과세이므로 자산의 임의평가증이란 청구주장은 이유가 없을뿐더러 이 건 자산(과세토지)은 청구법인이 승계받은 자산명세에 원천누락된 것인바, 법인의 합병은 자산별 실사를 통하여 개별 자산가액을 산정하고 그 합계에서 부채를 차감하는 등의 방법으로 피합병법인의 주주에게 지급할 합병대가를 결정하는데, 이 건 토지(과세토지)의 경우 피합병법인의 자산에 누락되었으므로 피합병법인의 주주가 합병대가를 받았거나 청구법인이 자산가액을 승계받았다고 할 수 없는 바, 익금불산입 대상에 해당하는 합병차익이라는 청구주장은 과세를 면하기 위하여 「OOO 및 농지관리기금법」 및 동법에 위임받은 「정부투자기관회계기준」에 의거 적정하게 계상한 자산의 회계처리를 부정하는 임의적인 주장에 불과하고, 청구법인이 공시지가가 있는 토지를 필지당 1,000원으로 계상한 것은 「정부투자기관회계기준」을 위배한 것으로 이를 과세토지의 발견당시 공시지가로 재계산하여 과소계상액을 익금산입한 처분은 정당하다.

(2) 농민이 일시적으로 타인의 작업을 하여주고 그 대가를 받는 소득은 농가부업소득에 해당하고(소득 OOO, 1984.9.22.), 용역기간이 3개월인 경우로서 일시적인 용역제공이라고 볼만한 특단의 사정이 없는 때에는 이를 계속적인 용역제공으로 보아 사업소득으로 구분하는 것인데(OOO, 2005.9.7.),청구법인은 수리시설관리원에게 일시적이 아닌 계속적 반복적으로 용역을 제공받고 쟁점③금액을 지급하였는바, 쟁점③금액에 대하여 사업소득원천세 및 지급조서미제출가산세를 과세함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 부외토지(또는 그 중 과세토지)와 관련하여 출자금으로 익금불산입대상이라는 등의 청구주장의 당부

(1-1) 합병당시 청구법인의 자산으로 계상되지 아니한 쟁점토지 등 부외토지를 합병당시 정부가 청구법인에게 출자한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

(1-2) 부외토지를 출자금으로 볼 수 없어 익금산입하더라도 그 취득시기가 2000.1.1. 이전이므로 이에 대한 국세부과제척기간이 도과되었다는 청구주장의 당부

(1-3)과세토지에 대하여 자산등재시점의 개별공시지가를 적용한 평가액으로 과세한 것이 임의평가증 내지 합병차익에 대한 과세에 해당하는지 여부

(1-4) 이 건신고·납부불성실가산세의 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

(2) 수리시설관리수당으로 지급한 쟁점③금액이 농가부업소득에 해당하므로 비과세되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령 등

(1) 농업기반공사 및 농지관리기금법(1999.2.5. 제정, 법률 제5759호)제1조【목적】이 법은 농업기반공사를 설립하고 농지관리기금을 설치하여 농어촌정비사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며 농업인의 영농규모적정화를 촉진함으로써 농업생산성을 증진시키고, 농어촌의 경제·사회적 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제3조【설립】제1조의 목적을 달성하기 위하여 농업기반공사(이하 “공사”라 한다)를 설립한다.

제6조【자본금및출자】① 공사의 자본금은 5조원으로 하되,국가가 그 전액을 출자한다.

② 국가는 공사의 사업에 필요한 동산 또는 부동산을 공사에 현물로 출자할 수 있다.

③ 국가는 대통령령이 정하는 바에 따라 국가가 조성한 토지 또는 농업기반시설관리권을 공사에 출자할 수 있다.

제40조 【정부투자기관관리기본법과의 관계】 공사의 조직 및 운영 등에 관하여 이 법에 규정된 것을 제외하고는 정부투자기관관리기본법이 정하는 바에 따른다.

(2) 농업기반공사 및 농지관리기금법 부칙(1999.2.5. 법률 제5759호) 제1조【시행일】이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제3조의 규정은 공포한 날부터 시행한다.

제8조【해산 및 청산의 특례】농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회는 이 법에 의한 공사의 설립과 동시에 민법 중 해산 및 청산에 관한 규정에 불구하고 해산된 것으로 본다.이 경우 공사의 설립은농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회의 합병으로 본다.

제9조【권리·의무의 승계】① 공사는 농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회의 재산과 채권·채무 기타 권리·의무를 포괄적으로 승계한다.

②등기부 기타 공부에 표시된 농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회의 명의는 공사의 명의로 본다.

③ 공사에승계된 재산의 가액은 이 법 시행일 전일의 장부가액으로 한다.

제10조【농어촌진흥공사, 농지개량조합 및 농지개량조합연합회의 사업에 관한 경과조치】이 법 시행전에 농어촌진흥공사, 농지개량조합 또는 농지개량조합연합회가 시행한 사업 또는 시행중인 사업은 공사가 시행하였거나 시행중인 사업으로 본다.

제14조【정부의 출자등에 관한 경과조치】① 이 법 시행 전에 종전의 농어촌진흥공사 및 농지관리기금법에 의하여정부가 농어촌진흥공사에 출자한 재산은 공사에 출자한 것으로 본다.

② 공사가 부칙 제9조 제1항의 규정에 의하여농지개량조합 및 농지개량조합연합회로부터 승계받은 재산의 장부가액에서 그 부채를 차감하고 남은 금액은 국가가 이를 공사에 출자한 것으로 본다.

(3) 한국농촌공사 및 농지관리기금법 부칙(2005.12.29. 법률 제7775호) 제3조【명칭변경에 따른 경과조치】① 이 법 시행 당시의 농업기반공사는 이 법에 따른 한국농촌공사로 본다.

② 이 법 시행 당시농업기반공사의 명의로 행한 행위 그 밖의 법률관계에 있어서는 이를 한국농촌공사의 명의로 행한 것으로 본다.

③ 이 법 시행 당시 등기부 그 밖의공부상에 표시된 농업기반공사의 명의는 이를 한국농촌공사의 명의로 본다.

(4) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다

제17조 【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】① 다음 각호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하지 아니한다.

3.합병차익. 다만, 대통령령이 정하는 합병평가차익(이하 “합병평가차익”이라 한다)을 제외한다.

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입.제작.교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조.생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

제76조 【가산세】 ① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만，산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의 2 또는 소득세법 제164조ㆍ제164조의 2의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

(5) 법인세법 시행령 제12조 【합병평가차익 등의 계산】① 법 제16조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익 등”이라 함은 「상법」 제459조 제1항 제3호의 규정에 의한 금액(이하 이 조에서 “합병차익”이라 한다)에 달할 때까지 다음 각호의 순서에 따라 순차로 계산하여 산출한 제1호ㆍ제3호(법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금에 한한다) 및 제4호의 금액(주식회사외의 법인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 제1호의 금액으로 한다.

1. 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 가액중 피합병법인의 장부가액(제14조 제1항 제1호 다목의 규정에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액에서 승계한 피합병법인의 자산의 장부가액과 부채의 차액을 차감한 금액을 가산한 가액을 말한다)을 초과하는 부분의 가액

2. 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의한 합병대가의 총합계액(주식의 경우에는 액면가액에 의하여 평가한 금액으로 한다)이 피합병법인의 자본금에 미달하는 경우 그 미달하는 금액

3. 피합병법인의 자본잉여금 중 법 제16조 제1항 제2호 본문의 규정에 해당하는 잉여금외의 잉여금부터 순차로 계산한 금액

4. 피합병법인의 이익잉여금에 상당하는 금액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 「상법」 제459조 제2항의 규정에 의한 준비금의 승계가 있는 경우에도 그 승계가 없는 것으로 보아 이를 계산한다.

제15조 【주식발행액면초과액 등】② 법 제17조 제3호에서 “대통령령이 정하는 합병평가차익”이라 함은 제12조 제1항 제1호 및 동조 제3항의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외한다.

5.제1호 내지 제4호 외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

제79조【기업회계기준과 관행의 범위】법 제43조의 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각호의 1에 해당하는 회계기준(당해 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정.타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.

3.『정부투자기관 관리기본법』에 의하여 제정된 정부투자기관회계규정

(6) 정부투자기관관리기본법 제20조【회계원칙등】① 투자기관의 회계는 경영성과와 재산의 증감 및 변동상태를 명백히 표시하기 위하여 기업회계원칙에 의하여 처리한다.

② 투자기관은 계약을 체결함에 있어서 공정한 경쟁 또는 계약의 적정한 이행을 해칠 것이 명백하다고 판단되는 자에 대하여는 일정기간 입찰참가자격을 제한할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 회계처리 및 계약의 기준·절차 및 입찰참가자격의 제한 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령이 정한다.

(7) 정부투자기관회계규칙 제1조【목적】이 규칙은 정부투자기관관리기본법 제20조제3항의 규정에 의하여 위임된 정부투자기관의 회계처리 및 계약의 기준과 절차, 입찰참가자격의 제한등에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제37조【시행세칙】① 이 규칙의 시행에 관하여 필요한 사항은 재정경제부장관이 정하여 고시한다.

② 투자기관의 사장은 제1항의 규정에 의하여 재정경제부장관이 고시한 범위안에서 이 규칙의 시행에 관하여 필요한 세부사항을 정할 수 있다.

(8) 정부투자기관회계기준 제1조【목적】이 기준은 정부투자기관회계규칙 제37조의 규정에 따라 정부투자기관의 회계처리기준과 절차, 계약시행등과 관련한 세부사항을 정함을 목적으로 한다.

제2조【적용범위】① 정부투자기관(이하 “투자기관”이라 한다)의회계처리에 관하여 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는정부투자기관회계규칙(이하 “규칙”이라 한다) 및 이 기준에 따른다.

② 투자기관의 회계처리에 관하여 규칙 및 이 기준에서 정하지 아니한 사항은 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 규정에 의한 기업회계기준을 따른다.

③ 투자기관의 계약에 관하여 규칙 및 이 기준에서 규정되지 아니한 사항은 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법령을 준용한다.

제46조【부외자산의 범위】① 부외자산은 자산으로 관리할 가치가 있는자산 중 대차대조표의 자산의 부에 계상되지 아니한 자산을 말한다.

② 실질적으로 사용하고 있으나 소유권이 타인에게 속해 있는 임차자산, 담보 자산, 국유재산 등은 부외자산에 준하여 관리한다.

제47조【부외자산의 자산 등재가액】① 부외자산을 자산에 등재하는 경우의 등재가액은 취득가액 또는 평가액으로 한다. 이 경우 등재가액은 영업외수익으로 계산한다.

제48조【비망등재가액】관리대장에 등재할 가액을 적절히 평가하기 곤란한 경우에는 비망가액으로 한다. 이 경우 비망가액은 1,000원으로 한다.

(9) 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(10) 소득세법 제12조【비과세소득】다음 각 호의 소득에 대하여는 소득세를과세하지 아니한다.

3.사업소득 중대통령령이 정하는농가부업소득

(11) 소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정된 것)제9조【농가부업소득의 범위】① 법 제12조 제3호에서"대통령령이 정하는 농가부업소득"이라 함은 농·어민이 부업으로 영위하는 축산·양어·고공품 제조·민박·음식물판매·특산물제조·전통차제조 및 그 밖에 이와 유사한 활동에서 발생한 소득 중 다음 각호의 소득을 말한다.

1. 별표 1의 농가부업규모의 축산에서 발생하는 소득

2. 제1호 외의 소득으로서 연 1천200만원 이하의 소득

제214조【지급조서 제출의 면제 등】① 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 법 제164조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

1. 법 및 조세특례제한법에 의하여 소득세 또는 법인세가 비과세되는 소득

(12)소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제9조【농가부업소득의 범위】 ① 법 제12조 제3호에서 “대통령령이 정하는 농가부업소득”이라 함은 농ㆍ어민이 부업으로 영위하는 축산ㆍ양어ㆍ고공품 제조 기타 이와 유사한 활동에서 발생한 소득 중 다음 각호의 소득을 말한다.

1. 별표 1의 농가부업규모의 축산에서 발생하는 소득

2. 제1호 외의 소득으로서 연 1천200만원 이하의 소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 「OOO」에 따라 OOO(104개 조합), OOO가2000.1.1. OOO로 통합되었다가 2005.12.29. OOO(청구법인)로 명칭이 변경되었는데, 주요사업으로 농업용수 공급 및 배수로 등 농업기반시설 관리(개량, 보수), 간척사업(새만금 등), 저수지개발, 농지은행, 농촌마을 특성화 등이 있다.

(나) 청구법인은 합병당시 청구법인의 자산으로 계상되지 아니하였던 부외토지를 발견하여, 2000사업연도 중 발견된 토지(632백만원)는 자본금으로 계상하였고, 2001.1.1. 이후 발견된 토지 중 취득가액이 확인되는 토지는 취득가액을, 취득가액이 확인되지 아니하는 토지(쟁점토지)의 취득가액은 비망가액 1천원으로 계상하여 1,111,211,582원(쟁점①금액)을 영업외수익(전기오류수정익)으로 하여 발견시인 2001～2005사업연도 익금으로 법인세를 신고하였고, 처분청은 쟁점토지 중 개별공시지가가 있는 토지(과세토지)에 대하여는 개별공시지가로 평가하여 아래 <표2>와 같이 27,644백만원(쟁점②금액)을 익금산입하여 과세하였다.

<표2> 과세토지에 대한 과세내역

(단위: 건, ㎡, 원)

(다) 또한, 청구법인은 이 건 부외토지가 발생한 배경을 농어촌진흥공사와 농지개량조합연합회는 기업회계기준에 따른 복식부기를 하였으나 농지개량조합은 단식부기를 하여 부실한 자산관리가 이루어졌는바, 이 건 부외토지는 통상 농지개량조합이 합병전 보유하고 있던 자산으로서 특히 한국전쟁 등 재난으로 소실되었던 기록들이 공공수용보상·대법원등기자료 등에 의하여 합병후 청구법인의 소유로 확인되어 장부에 계상한 것이라고 소명하고 있다.

(라) 청구법인은 이 건 부외토지 중 청구법인에게 법인세가 과세된 과세토지를 제외한 토지에 대하여는 그 토지명세나 당해 토지의 취득시기 및 취득경위 등에 대한 구체적인 증빙자료를 제출하지 아니하였고, 과세토지(3,315필지)에 대하여는 등기부등본 등을 검토하여 과세토지의 취득원인, 시기 등에 대한 자료를 제출하였는데(일부 토지의 경우 등기부등본 등 미제시), 동 제시된 자료에 의하면 과세토지의 농지개량조합 등으로의 등기접수일 등이 대부분 이 건 합병시점(2000.1.1.) 전인 것으로 보이나, 일부 토지는 합병 후로 기재되어있고, 일부 토지는 농어촌진흥공사가 취득하였던 토지인 것으로 보인다.

(마) 청구법인이 제출한 농림수산식품부장관이 청구법인에게 한 ‘OOO의 통합시 누락된 자산처리에 관한 법령해석 의견 회신’(OOO, 2010.1.22.) 공문에 의하면, ‘한국농촌공사 통합 당시 승계자산에서 누락된 농지개량조합의 부외자산에 대하여 국가의 출자금으로 볼 수 있는지 여부’에 대한 질의내용에 대하여 ‘우리 부(OOO)소관 법령인 공사법(「OOO」)의 입법배경·취지 등을 고려할 때, 공사법 부칙 제9조 제1항 및 제14조 제2항에 따라 위 부외자산은 공사가승계한 자산으로서 출자금으로 보는 것이 타당할 것으로 판단된다’고 기재되어 있다.

(바) 먼저, 쟁점토지 등 부외토지를 합병당시 정부가 청구법인에게 출자한 자본금으로 보아야 한다는 청구주장에 대하여 본다.

1) 청구법인은 이 건 과세토지가 합병당시부터 정부가 청구법인에 대하여 출자한 자본금에 해당한다고 주장하고 있는데, 자본금 등에 대한 「OOO」의 관련규정을 보면, 동법 제6조(자본금 및 출자) 제1항에는 공사의 자본금은 5조원으로 하되, 국가가 그 전액을 출자한다고 되어 있고, 제2항에는 국가는 공사의 사업에 필요한 동산 또는 부동산을 공사에 현물로 출자할 수 있다고 되어 있으며, 「OOO」 부칙(1999.2.5.) 제1조에는 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다고 되어 있고, 제9조(권리·의무의 승계)를 보면 제1항에 ‘공사는 OOO의 재산과 채권·채무 기타 권리·의무를 포괄적으로 승계한다’고 되어 있으며, 제14조(정부의 출자등에 관한 경과조치) 제1항을 보면‘이 법 시행 전에 종전의 OOO에 의하여 정부가 OOO에 출자한 재산은 공사에 출자한 것으로 본다’고 되어 있고, 제2항에는 ‘공사가 부칙 제9조 제1항의 규정에 의하여 OOO 및 OOO로부터 승계받은 재산의 장부가액에서 그 부채를 차감하고 남은 금액은 국가가 이를 공사에 출자한 것으로 본다’고 규정되어 있다.

2) 그러하다면 위의 규정 등을 고려할 때, 청구법인이 구체적으로 그 토지명세나 취득시기 등에 대한 등기부등본 등 증빙자료를 제출하고 있는 과세토지의 경우, 청구법인의 법인세 신고시나 처분청의 법인세 과세시 익금산입한 금액과 관련하여 설사 당해 토지가 청구법인의 장부에 계상되지 아니하였었다고 하더라도 이 중 합병시점(2000.1.1.) 전에 OOO 소유의 토지이거나 정부가 OOO에 출자한 토지는 청구법인에 대한 출자금, 즉 자본금에 해당하는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이므로 처분청이 공부 등에 따라 취득시기 등을 확인하여 위와 같은 토지에 대하여는 익금에서 제외하는 것으로 경정하여야 할 것이다. 다만, 청구법인이 토지명세나 취득시기 등에 대한 증빙자료를 제출하지 아니하고 있는 나머지 부외토지의 경우에는 이를 출자금으로 인정하기 어렵다고 판단된다.

(사) 다음으로 청구법인은과세토지를합병으로 승계취득하였고, 피합병법인은 이를 이 건 합병일(2000.1.1.) 이전에 취득하였는바, 이 건 합병일을 취득시기로 보더라도 국세부과제척기간이 경과되었다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

1) 이 건 과세토지 중 대부분은합병시점(2000.1.1.) 전에 농지개량조합 등이 소유한 토지로서 앞의 논의에서와 같이 「OOO」 부칙 제14조 등에 따라 청구법인에 대한 출자금으로서 국세부과제척기간에 대한 심리와 관계없이 익금불산입대상이 될 수 있을 것으로 보인다.

2) 위와 같은 청구법인에 대한 출자금에 해당되지 아니하는 과세토지로서, 공부 등에 의할 때 청구법인이 실제로 합병시점(2000.1.1.) 이후에 취득한 토지 등의 경우, 이러한 과세토지에 대하여 청구법인은 그 귀속시기 등을 2001～2005사업연도 익금에 해당하는 것으로 하여법인세 신고를 하였고, 「법인세법 시행령」 제79조 제3호에 의하면 「정부투자기관 관리기본법」에 의하여 제정된 정부투자기관회계규정은 법인세법 제43조 규정에 의한 기업회계의 기준 또는 관행에 해당하고 「정부투자기관관리법」 제20조 제3항, 「정부투자기관회계규칙」 제37조의 규정에 따른 「정부투자기관회계기준」의 제47조 제1항에 의하면 부외자산을 자산에 등재하는 경우의 등재가액은 취득가액 또는 평가액으로 하고 등재가액을 영업외수익으로 계산하는 것으로 되어 있는 점 등에 비추어, 이러한 토지의 경우 청구법인의 장부 등재시점(2001～2005사업연도) 당시에 청구법인에 귀속되는 익금으로 보인다. 따라서, 그러한 과세토지에 대하여 제척기간이 도과되었다고 하는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.

(아) 청구법인은이 건 과세처분에 있어 자산등재시점의 공시지가를 적용한 평가액을 동 시점이 속한 사업연도의 익금으로 하여 과세하는 것은, 동 평가액이 「법인세법」상 당해 사업연도의 과세소득에서 제외하는 자산평가차익(임의평가증) 내지 합병차익에 해당되므로 익금불산입하여야 한다고 주장하고 있다.

그러나 과세토지에 대한 이 건 과세처분은 청구법인이 과세토지의 발견당시 개별공시지가가 있음에도 비망가액(1천원)으로 취득가액을 산정하여 과세토지의 취득(계상)시점에 그 계상액 자체를 잘못 과소계상하였다 하여 과세된 것일뿐 아니라 피합병법인의 주주가 이 건 과세토지와 관련하여 합병대가를 받았는지도 불분명하며, 이 건 과세토지의 대부분이 앞의 논의에서 본 바와 같이 자본금(출자금)에 해당될 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 임의평가증 내지 합병차익으로 보아야 한다는 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(자) 다음으로 청구법인은 부외토지와 관련하여 법인세를 성실히 신고하였고 탈세 의도가 전혀 없었으므로 이 건 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하고 있다.

그러나세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것인바,과세토지 중 출자금으로 보아 익금불산입대상이 되는 토지를 제외한 나머지 과세토지의 경우에는 당해 토지에 대한 개별공시지가도 있음에도 비망가액으로 취득가액을 산정하였을 뿐만 아니라 납부불성실가산세의 경우에는 지연이자적 성격의 금액도 포함되어 있는 점 등을 고려할 때, 신고·납부불성실가산세의 부과가 부당하다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 2001∼2005사업연도 중 수리시설관리원에게 수리시설관리수당으로 지급한 79,158,058,237원(쟁점③금액으로, 2001년 14,676,981,205원, 2002년 15,504,466,860원, 2003년 15,671,278,380원, 2004년 16,734,468,760원, 2005년 16,570,863,032원)을 농가부업소득이 아닌 원천징수대상이 되는 사업소득으로 보아야 한다며 과세자료를 처분청에 통보함에 따라, 처분청은 청구법인에게 이 건 법인세(지급조서미제출가산세) 및 원천징수분 사업소득세를부과하였다.

(나) 청구법인은 저수지, 용·배수로 등을 관리함에 있어 현지주민을 위촉하여 청구법인이 관리하는 시설물의 감시·관리업무를 근로시간과 관계 없이 단속(斷續)적으로 하게 하고, 아래 〈표3〉과 같이 수리시설관리수당으로 쟁점③금액을 지급하였으며 당해 수리시설관리수당이 비과세되는 ‘농가부업소득’에 해당하는 것으로 보아 원천징수를 하지 아니하였다고 주장하고 있고, 반면 처분청은 청구법인이 수리시설관리원에게 지급한 수당을 비과세되는 농가부업소득이 아니라고 보아 아래 〈표4〉와 같이 원천분 사업소득세 및 법인세(지급조서미제출가산세)를 부과하였다.

〈표3〉청구법인의 수리시설관리수당 지급내역

(단위 : 명, 천원)

<표4> 쟁점③금액에 대한 원천세 및 지급조서미제출가산세 내역

(단위 : 원)

(다) 청구법인이 제출한 수리시설관리원운영지침을 보면 제2조(정의)에 “관리원”이라 함은 주업인 농업(축산업, 어업 포함)에 종사하면서 공사로부터 시설물의 감시·관리업무를 위촉받아 근로시간과 관계없이 단속(斷續)적으로 제4조의 위촉업무에 종사하는 자를 말한다고 되어 있고, 제4조(위촉분야)를 보면 관리원의 위촉분야는 물 관리 및 시설물 유지관리업무와 관련하여 수원공(저수지, 양·배수장, 취입보, 관정, 집수정 등), 평야부(용·배수로 등), 배수갑문 등에 계절적, 단속(斷續)적으로 인력이 소요되는 업무로 한다고 되어 있으며,제6조(위촉기준) 제2항에 의하면 지소장 또는 지역담당자는 다음 각호에 해당하는 자를 관리원으로 추천하여야 한다고 하면서 당해 수혜구역 또는 인근부락에 거주하고 지역실정에 정통한 자, 영농경험이 풍부하고 지역 주민들로부터 신망이 두터운 자, 신체적으로 업무수행에 지장이 없는 자로 기재되어 있으며, 또한 제7조(위촉기간) 제1항을 보면 위촉책임자는 관리원의 소요기간이 관개기간 동안만 필요한 경우는 6개월 이내에서 위촉기간을 정한다고 되어 있다.

(라) 청구법인이 제출한수리시설관리원 사역현황 자료 등에 의하면, 청구법인이 수리시설관리원들에게 지급한 수당액은 대부분 연12,000,000원을 넘지 아니하고 그용역제공기간은 5～6개월 정도 일한 경우가 대다수이며 대부분 다음 해에 재위촉되는 것으로 보인다.

(마) 비과세되는농가부업소득에 관한 「소득세법 시행령」 개정 연혁을 보면, 1994.12.31. 개정 전 「소득세법 시행령」 제6조의2에서는 농·어민이 부업으로 영위하는 축산·양어·고공품 기타의 소득을 말하는 것으로 규정하였다가, 1994.12.31. 개정된 「소득세법 시행령」의 제9조 제1항에서 농·어민이 부업으로 영위하는 축산·양어·고공품 제조 기타 이와 유사한 활동에서 발생한 소득 중 일정한 소득을 말하는 것으로 규정하였고, 이후 2003.12.30. 개정된 위의 조항에서 민박, 음식물판매, 특산물제조, 전통차제조를 추가하여, 농·어민이 부업으로 영위하는 축산·양어·고공품제조·민박·음식물판매·특산물제조·전통차제조 및 그 밖에 이와 유사한 활동에서 발생한 소득 중 일정한 소득(같은항 제1호 외의 소득으로서 연 1천200만원 이하의 소득)으로 규정하였다.

(바) 살피건대, 청구법인이 제출한 수리시설관리원 운영지침, 수리시설관리원 사역현황 자료 등에 의하면수리시설관리원으로 위촉될 경우 대부분 차년에 재위촉되어 수년간 용역을 제공하지만, 수리시설관리원들이 보통 해당 지역의 농민으로 그들에게 지급된 수당액은 대부분 관련규정상의 농가부업소득 한도인 연 12백만원을 넘지 아니하며(1인당 연평균 지급액 2백만원),관리원으로 위촉되는 기간이 대부분 5～6개월 정도로 단기간이고, 계절적·단속(斷續)적으로 수리시설 관리가 요구될 때 관리업무를 수행하고 소액의 수당을 수령하며,수리시설을 감시·관리하는 것이 농업 등 주업과 직접적이고 밀접한 관련이 있다고 볼 수 있고, 청구법인도 수리시설관리원 위촉시 영농경험이 풍부하고,당해 수혜구역 또는 인근부락에 거주하는 자를 자격요건으로 하였으며,농가부업소득 비과세의 입법취지가 농가부업 활성화와 농·어민의 소득증대 지원을 위한 조세정책적 배려에 있고,농가부업소득에 관한 「소득세법 시행령」 개정 연혁 등을 볼 때 「소득세법 시행령」 제9조 제1항에서 ‘농가부업’으로 열거하고 있는 활동들이 입법기술상 농·어민들이 영위하는 모든 부업활동을 법문에 열거하는 것이 현실적으로 어려워그들이 빈번하게 부업으로 영위하는 활동들을 예시적으로 열거한 것으로 보이고,열거된 활동 외에 ‘그 밖에 이와 유사한 활동에서 발생한 소득’도 농가부업소득으로 한다고 규정하고 있다.

위와 같은 사실관계 등을 고려할 때, 수리시설관리원이 제공한 활동 또한 「소득세법 시행령」 제9조 제1항 본문의 농가부업소득 대상 활동에 포함될 수 있는 것으로 보이는 바, 농·어민의 수리시설 감시·관리 등 활동에서 발생한 소득 중 연 1천200만원 이하의 소득에 대하여 위 「소득세법 시행령」 제9조 제1항에 따라 비과세되는 농가부업소득으로 보아 이 건 처분을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.