[청구번호]조심 2015서0953 (2016. 2. 12.)

[세목]양도[결정유형]경정

[결정요지]20**.*.**. 쟁점학원사옥에 대하여 청구인들에게 ○○%의 지분을 있음을 확인받은 사실이 확인되며, 청구인들이 20**.*.**. ○○○과 최종적으로 쟁점합의서를 작성하기 이전까지 쟁점주식의 양도 및 사업지분의 정리를 위해 ○○○과 계속적으로 협의한 사실이 나타나는 점, 20**.*.**. 작성된 쟁점합의서를 보면 쟁점주식의 양도 이외에도 미지급급여 및 퇴직금의 정산, 각종 소송 및 고소ㆍ고발의 취하, ○○아파트 및 콘도회원권의 소유권 이전, 특히 쟁점학원사옥 지분 ○○%에 대한 소유권이전등기청구권의 포기 등에 관하여 일괄하여 합의한 것으로 나타나고, 청구인들이 제기한 쟁점학원사옥의 지분에 대한 가처분 및 가압류를 법원이 받아들인 사실이 등기부등본에 의해 확인되는 점 등에 비추어 청구인들이 쟁점주식과 다른 자산을 일괄하여 ○,○○○백만원에 양도한 것으로 보이므로, 이 건 청구인들에 대한 20**년 귀속 양도소득세 과세처분은 위 총 양도가액 ○,○○○백만원을 일괄 양도한 쟁점주식, 쟁점사옥에 대한 공유지분이전등기청구권의 기준시가에 의하여 안분하여 개별자산별 양도가액을 산정하고 이에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

[관련법령] 소득세법 제94조 / 소득세법 제96조 / 소득세법 제100조

OOO세무서장이 2014.4.7. 청구인 한OOO에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 OOO세무서장이 2015.2.9. 청구인 이OOO에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 각 부과처분은, 청구인들이 주식회사 OOO 발행주식 1,500,000주 및 OOO 소재 OOO사옥에 대한 25%의 공유지분이전등기청구권을 일괄하여 OOO원에 양도(각 자산별 양도가액은 기준시가에 의하여 안분계산)한 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인 한OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 2005.5.20. 설립되어 학원운영업 등을 영위한 주식회사 OOO(대표이사는 김OOO이고 이하 “청구외법인”이라 한다)이 발행한 비상장주식을 설립시 및 이후 주식분할 등으로 취득하여 1,500,000주(청구인 OOO주이고, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가, 2009.11.19. 쟁점주식을 김OOO에게 양도한 후, 양도가액 및 취득가액을 각 OOO원(1주당 액면가액 OOO원이고, OOO원)으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점주식 양도소득에 대한 실지조사 과정에서 확보한 합의서(2009.11.2. 청구인들과 김OOO이 작성한 것으로 이하 “쟁점합의서”라 한다)에 의하여 쟁점주식 양도가액을 아래 <표1>과 같이 OOO원으로 경정하고, 2014.4.7. 및 2015.2.9. 청구인들에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원)을 각 경정·고지하였다.

OOO

다. 청구인 한OOO은 이에 불복하여 2014.7.1. 이의신청을 거쳐 2014.11.11., 청구인 이OOO은 2015.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

청구인들과 김OOO은 공동사업과 관련한 장기간의 분쟁을 해결하기 위하여 쟁점합의서를 작성하였고, 이에 따라 OOO 소재 OOO사옥(이하 “쟁점OOO”이라 한다)의 소유권이전청구권을 포기하는 등으로 쟁점주식과 일괄하여 거래하였으나 처분청은 아래 <표2>와 같이 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 잘못 산정하였으므로 아래 <표3>과 같이 쟁점주식 양도가액을 OOO원(청구인 한OOO 및 청구인 이OOO원)으로 산정하여 과세처분을 경정하여야 한다.

OOO

(1) 청구인들은 한OOO과 함께 1987년부터 김OOO이 운영하던 OOO 사업에 참여하여 2009.9.21.까지 학원사업의 성장에 크게 기여하였고, 김OOO은 학원사업을 시작하면서 학원사업이 성공하면 공로를 인정하여 학원사업의 일정 지분을 주기로 약속하였으며, 이에 청구인들은 OOO이라는 상호로 전국적인 유명세를 탈 수 있도록 크게 기여하였다.

(2) 김OOO은 학원사업을 시작한지 10년이 되는 1998.12.1. 학원발전에 기여한 공로를 인정하여 지분양도·양수계약서에 의해 청구인들에게 OOO의 지분 25%를 무상으로 부여하였고, 이에 따라 1998.12.1.부터 OOO은 사실상 김OOO과 청구인들 및 한OOO의 공동사업으로 운영되었으며, 사업자등록은 편의상 김OOO 개인 명의로 등록하였다.

(3) 김OOO은 2005.5.20. 기존 사업체인 OOO을 OOO으로 법인전환하였고, 당시 주주는 김OOO(특수관계자 포함) 70%, 청구인 한OOO 15%, 청구인 이OOO 10%, 한OOO 5%로 구성되었으며, 법인전환에 따라 학원사업과 관련된 대부분의 자산과 부채를 OOO으로 귀속시켰으나 2004.9.16. 취득하였던 쟁점OOO과 OOO 소재 아파트(이하 “OOO”라 한다)는 김OOO 개인 명의로 소유하면서 학원사업에 사용하였다.

(4) OOO이 대학 편입 최고의 학원이라는 유명세를 갖게 되면서 성장과실의 배분 등으로 갈등이 발생하자 김OOO과 청구인들·한OOO은 그 동안 구두상으로 약속하였던 OOO의 지분을 문서화하기 위하여 2007.6.29. 지분양수도계약서를 작성하였고, 그 주요 내용은 2007년 6월 현재 OOO의 21개 사업체의 지분을 김OOO 70%, 청구인 한OOO 15%, 한OOO 5%로 배분한다는 것이다.

(5)김OOO과 청구인들·한OOO은 쟁점OOO사옥도 청구인한OOO이 15%, 청구인 이OOO이 10%, 한OOO이 5%의 지분을 가짐을 확인하는 합의서를 2008.7.25. 작성하여 법무법인의 공증을 받았다.

(6) 위 합의에 불구하고 김OOO과의 갈등이 심화되자 청구인들은 OOO편입학원에 대한 자신들의 지분을 김OOO에게 양도하기로 하고 2009.9.12. 합의문을 작성하였는바, 그 내용은 청구인들이 소유한 쟁점주식을 김OOO에게 양도하고, 추가로 OOO의 회원권 및 OOO를 이전받기로 하였으며 이러한 조건으로 쟁점OOO사옥에 대한 청구인들의 일체의 지분을 포기하는 것이었다.

(7) 청구인들은 김OOO과 최종적으로 2009.11.2. 쟁점합의서를 작성하고 이를 통해 쟁점주식을 김OOO에게 양도하였는바, 이 합의의 주요내용은 쟁점주식(1,500,000주)의 매매가액을 OOO원에서 OOO이 미지급한 급여 및 퇴직금을 공제한 금액으로 하고, 동 금액 수령시 쟁점OOO사옥에 대한 청구인들의 공유지분이전등기청구권(25%)을 포기하며, 김OOO이 OOO의 회원권 및 OOO를 무상으로 청구인들에게 이전하는 것으로 되어 있다.

(8) 처분청은 쟁점합의서의 OOO원에서 미지급된 급여 및 퇴직금을 제외한 나머지 OOO원을 쟁점주식의 양도가액으로 산정하였으나, 김OOO으로부터 받은 콘도회원권 2개 OOO원, 부산아파트 OOO원을 합한 OOO원이 총 양도가액이라 할 것이고, 청구인들이 포기한 쟁점OOO사옥에 대한 지분 25%를 반영하여총양도가액을 기준시가에 의하여 쟁점주식 양도분과 쟁점OOO사옥지분 양도분으로 안분계산하면 쟁점주식의 양도가액은 위 <표3>과 같이 OOO원이므로 이에 따라 과세처분을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인들은 쟁점합의서에 의한 양도대금에 쟁점OOO사옥에 대한 25%의 공유지분이전등기청구권 포기대가가 포함되었다고 주장하나, 관련 부동산등기부등본에는 청구인들이 그러한 지분을 소유한 사실이 확인되지 아니하므로, 쟁점합의서의 매매대금 OOO원에서 미지급급여 및 퇴직금을 제외한 OOO원을 쟁점주식 양도가액으로 본 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들이 쟁점주식과 쟁점OOO사옥에 대한 소유권지분이전청구권 등을 일괄하여 함께 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것)

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(괄호 생략) 또는 건물(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

다. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2) 소득세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정된 것) 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21304호로 개정된 것) 제48조의2【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(괄호 생략)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 제시한 증빙에 나타나는 쟁점합의서 이전의 김OOO과의 분쟁 및 협의 경과는 다음과 같다.

(가) 청구인들은 1987년부터 김OOO이 운영하던 OOO편입학원 사업에 참여하였고, 이후 지분을 주장하여 1998.12.1. 김OOO이 청구인들 및 한OOO에게 아래 <표4>의 지분양도·양수계약서에 의해 공동사업의 지분(청구인 OOO)을 이전하였으며, 이 계약서는 법무법인 OOO에 의해 공증되었다.

OOO

(나) 청구인들과 한OOO은 2008.7.25. 지분비율을 김OOO으로부터 확인받아 아래 <표5>와 같은 합의서를 작성하여 이를 공증받았다.

OOO

(다) 청구인들은 2009.9.12. 쟁점주식 양도 및 쟁점OOO사옥에 대한 권리포기 등을 내용으로 김OOO과 추가적으로 아래 <표6>과 같이 합의하였다.

OOO

(2) 쟁점합의서(2009.11.2.)의 주요 내용은 아래 <표7>과 같고, 이에 의하면 청구인들은 쟁점주식을 김OOO에게 양도하면서 이와 함께 일괄하여 쟁점OOO사옥에 대한 25% 공유지분에 대한 소유권이전등기청구권을 포기하고, 현금 이외에 김OOO 등으로부터 OOO 및 콘도회원권을 추가로 이전받으며, 서로 제기한 민사 소송 및 형사 고소·고발을 모두 취하하기로 한 사실이 나타난다.

OOO

(3)OOO외 3필지 소재 쟁점OOO사옥의 등기부등본에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점OOO사옥은지하 4층～지상 14층의 교육연구 및 복지시설·근린생활시설 및 업무시설로 되어 있고, 2004.9.16. 김OOO이 개인 명의로 소유권 보존등기를 하였다가 쟁점주식을 양도(2009.11.19.)한 이후인 2010.1.5. 김OOO에게 소유권이 이전되었다.

(나) OOO법원의 가처분결정(2009카합1621)에 의하여 2009.5.8. 쟁점OOO사옥 소유권 30%(청구인들 및 한OOO의 지분)에 대해 가처분등기가 설정(1998.12.1. 지분양도양수계약에 따른 공유지분이전등기청구권)되었다

(다) OOO법원의 가압류결정(2009카단7504)에 의하여 청구인들 및 한OOO을 채권자로 하여 청구금액 OOO원의 가압류등기가 되었다.

(라) 위 가처분 및 가압류 등기는 2009.11.19. 청구인들과 김OOO이 쟁점합의서를 작성하여 이를 해제함으로써 2009.11.24. 말소되었다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인들이 쟁점OOO사옥에 대하여 25%에 상당하는 공유지분이전등기청구권을 소유한 사실이 확인되지 아니하므로 OOO원을 쟁점주식 양도가액으로 보아야 한다는 의견이나, 청구인들이 1998.12.1. 김OOO과 공동사업인 학원사업의 지분 25%를 이전받는 내용으로 지분양도·양수계약서를 작성하여 이를 공증받고, 2007.6.29. 추가로 쟁점OOO사옥에 대하여도 청구인들에게 25%의 지분을 있음을 확인받은 사실이 확인되는 점, 청구인들이 2009.11.19. 김OOO과 최종적으로 쟁점합의서를 작성하기 이전까지 2008.7.25. 및 2009.9.12. 쟁점주식의 양도 및 사업지분의 정리를 위해 김OOO과 계속적으로 협의한 사실이 나타나는 점, 2009.11.19. 작성된 쟁점합의서를 보면 쟁점주식의 양도 이외에도 미지급급여 및 퇴직금의 정산, 각종 소송 및 고소·고발의 취하, OOO 및 콘도회원권의 소유권 이전, 특히 쟁점OOO사옥 지분 25%에 대한 소유권이전등기청구권의 포기 등에 관하여 일괄하여 합의한 것으로 나타나는 점, 청구인들이 제기한 쟁점OOO사옥의 지분에 대한 가처분 및 가압류를 법원이 받아들인 사실이 등기부등본에 의해 확인되는 점 등에 비추어 청구인들이 쟁점주식과 쟁점OOO사옥에 대한 공유지분이전청구권을 일괄하여 OOO원(쟁점합의서에 기재된 양도가액 OOO원에서 미지급급여 등을 제외한 OOO원에 OOO 및 콘도회원권의 가액을 합한 금액)에 양도한 것으로 보인다.

따라서, 이 건 청구인들에 대한 2009년 귀속 양도소득세 과세처분은 위 총 양도가액 OOO원을 일괄 양도한 쟁점주식과 쟁점OOO사옥에 대한 공유지분이전등기청구권의 기준시가에 의하여 안분하여 개별자산별 양도가액을 산정하고 이에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.