조심 2019지2072 (2019.10.22)

취득

취소

이 건 사업이 2015.11.17.에 준공되었으나, 2002년 개발계획을 수립한 이후 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었고, 청구법인은 전 사업시행자가 시행한 공정률 85% 상태로 인수 받아 잔여 공정률 15%를 추진한 것에 불과하여, 청구법인이 새로운 지목변경 행위를 하였다기보다는 기존의 지목변경 행위를 승계하여 잔여 공사를 마무리한 것이므로 보이는 점, 준공 시점의 「지방세특례제한법」의 부칙 제14조(일반적 경과조치)에 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는바, 이 건 사업의 지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

지방세특례제한법 제78조 제1항

조심2019서4116

OOO이 2019.2.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.11.17. OOO 35필지 토지(130,199.1㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)의 지목을 답에서 대지로 변경하면서, 지목변경공사비 OOO원 중 공원·도로 등 기부채납 부지 면적에 해당하는 비율을 안분한 공사비를 제외한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 지목변경 공사비 OOO원을 누락한 것으로 보아 이를 당초 신고한 OOO원에 합산하면서, 누락분 OOO원에 대하여 「지방세법」제15조 제2항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및 OOO 도세감면조례 제9조의 경감률을 적용하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2019.2.15. 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO에 소재한 OOO는 2005.12.19. 착공되어 조성공사가 진행 중이었고, 청구법인은 2013.8.7. 이 산업단지 조성사업의 시행자 지위 및 사업대상지인 쟁점토지를 인수하여 조성사업을 계속 수행하였으며, 2015.11.17. OOO의 조성사업 준공인가를 받았다.

舊 「지방세법」제276조(산업단지 등에 대한 감면)는 1994년 지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면 규정이 신설된 이후 1997년 산업단지에 대한 감면 규정으로 전문개정 되었으며, 그 이후 수차례의 개정이 있었으나 산업단지를 조성하기 위해 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었고, 청구법인은 이와 같이 수년 간 동일하게 유지된 舊「지방세법」에 따른 감면규정을 신뢰하고 산업단지 조성을 위한 공사를 수행하였으며, 특히 착공 시점에도 취득세의 면제 규정은 유효하였는바, 향후 관련 규정이 개정되거나 폐지될 것이라는 과세당국의 어떠한 공적 견해표명도 없었으므로, 청구법인이 과세관청의 견해표명을 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없다 할 것이다.

(2) 청구법인이 사업시행자의 지위를 인수하여 지목변경 행위를 시작한 시점인 2013년 2월 당시 적용되던 「지방세특례제한법」(법률 제11618호, 2013.1.1.) 제78조에는 산업단지 조성을 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 2014년 12월 31일까지 준공된 경우 뿐 아니라 그 이전에 공사를 착공한 지목변경에 대하여도 그 취득시기에 관계없이 취득세를 면제하겠다는 취지로 보아야 할 것이다.

(3) 준공 시점의 「지방세특례제한법」(법률 제13448호, 2015.10.25.)의 부칙 제14조 일반적 경과조치에는 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는 바, 이 건 사업의 지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전 규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다.

이러한 부칙규정에 대하여 대법원은, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법의 부칙이 경과규정을 두고 있다면 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라는 판시를 하였다.(1994.5.24. 선고 93누5666, 같은 뜻임)

또한, 이 건 사업은 2015.11.17.에 준공되었으나, 2002년 개발계획을 수립한 이후 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었고, 청구법인은 전 사업시행자가 시행한 공정률 85% 상태로 인수 받아 잔여 공정률 15%를 추진한 것에 불과하여 청구법인은 기존의 지목변경 행위를 승계하여 잔여 공사를 마무리한 것이므로, 이 건 사업의 개발계획이 수립한 이후 최초 사업시행자의 착공시점부터 준공시까지 하나의 법률 행위로 보아 이 건 취득세는 면제되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 舊 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 산업단지개발사업 시행자가 산업단지 등을 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다는 규정이 감면기한에 대한 일몰 규정이 존재하였는바, 감면기한 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있음을 충분히 예측할 수 있었을 것이고, 청구법인이 이 건 지목변경에 대한 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰한 것은 청구법인의 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것은 아니다.

(2) 지방세에 대한 감면 규정 신설·유지·축소·종료 등에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단사항이므로, 관련 법 개정에 앞서 과세당국이 국민에게 개정사항을 널리 알려 의견을 듣고자 하는 것을 목적으로 입법예고를 충분히 하였다고 볼 수 있고, 舊「지방세특례제한법」의 부칙에서 일부 규정에 대한 별도의 경과조치나 경감세율 특례규정을 두고 있는 것과 달리, 같은 법 제78조 제1항의 규정은 별도의 경과조치나 경감세율 특례에 대한 규정을 별도로 두고 있지 않다.

(3) 쟁점토지의 지목변경에 대한 취득세 납세의무 성립일은 쟁점토지의 지목이 공부상 변경된 날이므로 취득행위가 개정 전에 이미 시작된 경우라 하더라도 과세요건이 완성된 날에 시행중인 법률을 적용하는 것이 타당하고, 청구법인은 쟁점토지를 2013.8.7. 취득하였고, 쟁점토지의 사업시행자 및 개발기간은 수차례 변경되어 최종적으로 2014.1.28. 청구법인이 사업시행자가 된 후 2015.11.17. 쟁점토지의 지목을 변경하였으므로, 청구법인이 최초 사업시행자의 지목변경에 대한 착공시점으로 소급하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지목변경에 대한 조성공사의 착공 이후 감면 규정이 불리하게 개정되어 신뢰보호 원칙에 위배되므로, 개정전 법률에 따라 취득세를 면제하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) OOO는 2002.9.9. 주식회사 OOO을 OOO 일원의 사업시행자로 지정하고, 2002.9.16. OOO 지정 및 개발계획을 승인 및 고시(면적 130,383㎡)하였으며, 주식회사 OOO은 2005.11.21. 사업부지의 토목공사 착공신고를 하였다. 또한, 위 사업시행자는 2010년 1월 주식회사 OOO로 변경되었고, 2013년 2월 청구법인은 주식회사 OOO과 사업시행자의 지위 및 사업부지의 양수도 계약 체결 및 실시계획 변경을 통하여 사업시행자가 되었다.

(나) 청구법인은 2013.8.7. 쟁점토지를 취득(인수)하고, 2014.2월에 토목공사를 착공하여 2015.11.12. 준공하였으며, 2015.11.17. 이 건 토지의 지목을 위한 지목변경공사비 OOO원 중 공원·도로 등 기부채납 부지 면적에 해당하는 비율을 안분한 공사비를 제외한 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(다) 처분청은 청구법인이 지목변경 공사비 OOO원을 누락한 것으로 보아 이를 당초 신고한 OOO원에 합산하면서, 누락분 OOO원에 대하여 「지방세법」제15조 제2항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및 OOO 도세감면조례 제9조의 경감률을 적용하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 2019.2.15. 청구법인에게 부과·처분하였다.

(라) 산업단지 등에 대한 감면 규정의 연혁은 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 감면규정의 연혁

(마) 舊안전행정부에서 「지방세특례제한법」 일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고 사항을 공고한 일부 내용은 아래와 같다.