[사건번호]조심2014중3295 (2015.06.30)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]청구법인과 국외특수관계법인 간에 체결한 생산계약서 및 R&D계약서상 관련 수수료에 연구개발용역 대가가 모두 포함되어 있다고 볼 만한 특별한 사정이 없고, 이를 입증할 만한 구체적ㆍ객관적인 증빙이 불충분해 보이는 점,청구법인의 연구개발성과로 얻어지는 무형자산의 소유권 등의 모든 권리는 국외특수관계법인에게 귀속되므로 청구법인은 연구개발에 대한 위험부담이 없이 수탁받은 연구용역을 수행하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 법인세법 제15조 / 국제조세조정에관한법률 제4조 / 조세특례제한법 제10조

[참조결정]조심2009중1189

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에 본사 및 공장을 두고 반도체 패키지 디자인 및 반도체소자 조립과 테스트 솔루션 등 임가공 용역을 제공하는 법인으로서,

1998년 6월 OOO(주)의 “비메모리반도체 조립사업부”에서 분사하여 ‘주식회사 OOO’로 설립된 후, 1999.8.5. OOO(주)가 지분 OOO%를 OOO에 본사를 둔 OOO는 2004년 8월 OOO에 소재한 OOO사와 합병된 이후 OOO로 변경되었음, 이하 “국외특수관계법인”이라 한다]에 양도하였고, 2004년 8월 “유한회사 OOO”로 상호가 변경된 이래 현재에 이르고 있다.

나. 청구법인은 1999.8.5. 국외특수관계법인(반도체 판매 및 마케팅 기능 담당)과 “Packaging and Testing Services Agreement(반도체 조립 및 테스트 용역 계약, 이하 “생산계약”이라 한다)” 및 “Contract Research & Development Agreement(연구개발용역 계약, 이하 “R&D계약”이라 한다)”이라 한다)”을 체결하고 그에 대한 대가로 원가에 일정율을 가산한 금액(원가가산율은 1999～2000사업연도는 발생원가의 OOO%, 2001～2002사업연도는 발생원가의 OOO%를 각 적용)을 수취(이하 “원가가산법”이라 한다)하여 오다가,

2003년 OOO장(이하 “조사청”이라고 한다)이 청구법인에 대한 세무조사를 실시(대상기간 : 1999～2002사업연도)하여, 대상기간의 청구법인의 용역대가 산정방법에 있어 원가가산법이 아닌, 자본재편 이전에 청구법인이 적용한 이전가격율인 국외특수관계법인의 최종판매금액의 OOO%에서 총괄관리법인[CPI : 당초 OOO(주)의 자회사로 OOO에 설립되어 OOO 내 판매법인의 역할을 담당하였다가, 1999년 8년 자본재편(외자도입)시 CPI의 판매기능을 국외특수관계법인에 이전하고, CPI는 OOO관계사의 총괄관리법인으로 법인성격이 변경되었음]이 청구법인에 기여한 부분을 감안하여, 이전가격율을 1999사업연도는 OOO%로 재조정하여 1999～2000사업연도에 대하여 과세(이하 “Resale Price Minus 방법”이라 한다)하자,

청구법인은 2003～2009사업연도 기간 동안 ‘국외특수관계법인의 최종 판매가격의 OOO%(2006.1.1. 이후부터는 OOO%로 변경)’를 그 용역대가로 산정·수취하였고, 당사자 간 이와 같은 내용을 반영하여 생산계약서를 변경(이 과정에서R&D계약서는 변경하지 아니하여 현재까지 1999.8.5. 최초 작성된 대로 유지되고 있음)하였으며,

한편, 2010년부터 2012년까지 국외특수관계법인에게 제공한 연구개발용역 관련 연구비에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에서 규정하는 연구인력개발비세액공제로 OOO원을 신청하여 OOO원을 공제(미공제액 OOO원은 최저한세로 이월됨)받았다.

다. 조사청은 2013년 청구법인에 대해 세무조사를 실시하여, 청구법인이 2008～2009사업연도 기간 동안 생산계약서와 별도로 작성되어 있는 R&D계약서상 청구법인이 지출한 연구비 원가에 OOO%를 가산한 금액을 연구개발용역 대가로 수취하도록 되어 있음에도 국외특수관계법인로부터 그와 같은 연구개발용역 대가를 받지 않았다는 이유로 이는 「법인세법」 제15조의 익금 누락에 해당하는 것으로 보아,

청구법인이 지출한 연구비OOO에 OOO%를 가산한 금액인 2008사업연도분OOO원을 익금산입하고, 배당으로 소득처분하여 2014.1.24. 청구법인에 소득금액변동통지 및 배당소득(원천)세 부과처분을 하였으며,

R&D계약서상 청구법인이 연구비로 지출한 비용(원가)에 OOO%를 가산한 금액을 국외특수관계법인으로부터 받도록 되어 있고, 연구개발을 통해 창출된 모든 무형재산권의 소유권은 국외특수관계법인이 가진다는 이유로청구법인이 지출한 연구개발비는 세액공제대상에 해당하지 않는 수탁연구개발비인 것으로 보아,

연구개발비 세액공제액 OOO원(2010년～2012년 공제분 : OOO원, 최저한세로 이월분 OOO원)을 부인하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

라. 처분청은 이에 따라 2014.2.3. 청구법인에게 2009～2012사업연도 법인세(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2003년 조사청이 연구개발용역비용을 포함하여 결정한 Resale Price Minus 방법대로 국외특수관계법인으로부터 연구개발용역 대가를 적정하게 수령하였다.

청구법인은 1999.8.5.부터 국외특수관계법인으로부터 반도체 조립 및 테스트 용역(Contract Packaging & Testing Service)과 연구개발용역(Contract R&D Service)에 대한 대가로 원가에 일정율OOO을 가산한 금액을 수취(원가가산법)하여 왔으나,

2003년 OOO장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구법인이 수취한 용역대가의 정상가격을 ‘국외특수관계법인의 최종 판매가격의 OOO%’로 조정하여 과세(Resale Price Minus 방법)하였는바,

위 ‘국외특수관계법인의 최종 판매가격의 OOO%’는 청구법인의 자본재편 이전 전신인 OOO(주) 반도체조립사업부(1998.7.1. 이전)에 귀속되었던 금액인 “최종 판매가격의 OOO%”에서 자본재편 이후 국외특수관계법인으로 옮겨 간 본사 기능에 대한 대가로 OOO%를 추가로 차감하여 산정된 금액이므로 이 금액에는 반도체 조립 및 테스트 용역 대가와 연구개발용역 대가가 모두 포함된 것이며,

위 세무조사 결과에 따라 청구법인은 2003년 이후 Resale Price Minus 방법을 적용하여 ‘국외특수관계법인의 최종 판매가격의 OOO%(2006.1.1. 이후에는 OOO%)’을 용역대가로 수취하여 왔으므로, 계약의 형식에 불구하고 청구법인이 2008～2009사업연도에 적용하여 수취한 ‘국외특수관계법인의 최종판매가격의 OOO%’에는 연구개발용역 대가가 이미 포함되어 있는 것이고,

청구법인의 연구개발활동은 반도체 조립 및 테스트 용역활동과 불가분의 관계에 있으며, Resale Price Minus 방법은 청구법인이 수행하는 기능을 구분하지 않고 통합하여 보상하는 방법이므로 ‘국외특수관계법인의 최종 판매가격의 OOO%’에는 청구법인의 연구개발활동에 대한 보상은 당연히 포함되어 있고, 연구개발활동의 대가를 지급받았으므로 부당행위계산(특수관계자에 대한 채권의 임의포기)에 해당하지 않는다.

또한, 2003～2009사업연도의 영업이익률 변동은 연구개발비에 대한 보상이 누락되어서가 아니라 Resale Price Minus 방법이 판매가격에서 최종 제품판매자의 통상의 이윤을 차감한 금액으로 보상받는 방식이라는 점에서 시장 위험이 용역제공자의 영업이익률에 그대로 반영되기 때문이므로 2003～2009사업연도(Resale Price Minus 방법 적용)와 2010년 이후(거래순이익률법 적용)의 영업이익률을 단순 비교할 수 없다.

청구법인과 국외특수관계법인의 진정한 의사는 연구개발 용역에 대한 대가를 2003년 갱신된 생산계약을 통해 받는 것이었고 또 실제 두 개의 용역대가를 Resale Price Minus 방법을 통하여 통합하여 수수하였으므로, 계약의 자연적 해석의 원칙과 실질과세의 원칙상 그와 같은 쌍방당사자의 진의대로 계약을 해석하여야 하며 이러한 의사의 일치를 세법상 존중하여야 한다.

청구법인이 용역대가 산정방법을 Resale Price Minus 방법으로 변경하면서 R&D계약은 필요 없게 되었지만 이를 폐기하지 않은 이유는, R&D계약서상 대가 규정을 제외한 나머지 규정들은 유지될 필요가 있었기 때문이다.

청구법인이 연구개발용역에 대한 대가를 수취하지 않은 것이 경제적 합리성을 결여하여 「법인세법」 제52조의 부당행위계산 부인 규정이 적용되는지는, R&D계약서의 대가 규정만을 떼어서 볼 것이 아니라 청구법인과 국외특수관계법인 간의 전체 거래를 종합하여 판단하여야 하고, 계약의 형식에 불구하고 청구법인이 실질적으로 연구개발의 대가를 지급받은 이상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

(2) 청구법인의 연구개발활동은 청구인의 주된 사업 내용인 반도체 조립 및 테스트를 위한 자체연구개발에 해당하므로 관련 연구개발비는 조특법 제10조의 세액공제 대상에 해당한다.

청구법인의 연구개발활동은 반도체 조립 및 테스트 용역활동과 불가분의 관계에 있고, 자본재편 이후부터 국외특수관계법인이 청구법인의 연구개발 결과 창출된 무형자산의 소유권을 취득하게 되었지만,

청구법인의 연구개발 활동이 실패하게 되면 청구법인의 매출이 직접적으로 감소하게 되므로, 연구개발활동으로 인한 실질적인 위험은 청구법인이 부담하여, 형식적으로는 수탁연구개발로 바뀌었다고 하더라도, 실질은 청구법인 자신을 위한 “자체연구개발”에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 1999.8.5. 체결된 R&D계약은 생산계약과는 별도의 독립된 계약이고 현재까지 유효하므로, 양자를 구분하여 대가를 수령하여야 함에도, 청구법인은 R&D계약서상 기재된 대가(원가에 OOO% 가산)를 수령하지 아니하였으므로 과세처분은 정당하다.

청구법인은 국외특수관계법인과 1999.8.5. 생산계약과 별도로 R&D계약을 체결하였고, R&D계약서 최초 작성 이후 문언의 변경 없이 청구법인은 동 계약에 따라 현재까지 국외특수관계법인에 연구개발용역을 제공하고 있으므로 최초의 R&D계약은 현재까지 유효한바,

R&D계약상의 대가는 「법인세법」 제15조에 따라 익금산입하여야 하며, 아울러 청구법인과 국외특수관계법인이 「법인세법」상 특수관계에 해당하므로 채권을 임의포기한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정에 의해서도 동 과세가 가능하다.

최초의 R&D계약의 유효성과 관련하여,생산계약의 1·2차 변경 내용(Amended)을 보더라도, 청구법인 상호변경에 따른 변동 및“Service fee formula(서비스 요금 공식)”를 규정한 “EXHIBIT C(부속서류 C)”만을 변경하였을 뿐 다른 모든 사항은 최초 계약내용이 유효하다고 규정하고 있고,

변경된 생산계약서상 EXHIBIT C의 Service fee formula의 내용을 보면 청구법인이 생산계약에 따라 국외특수관계법인에 제공하고 보상받아야 하는 용역은 “반도체 웨이퍼 및 다이스 패키징 및 테스트 서비스”로 명확히 구분하여 규정하고 있으며 동 용역에 연구개발용역은 포함되어 있지 않다.

생산계약서에 따른 수입금액 정산방법이 원가가산법이나 거래순이익률(총원가가산율)법인 경우 연구개발비가 판관비 및 제조원가에 포함됨에 따라 수입금액 계산과정에서 자연스럽게 연구개발비에 대한 보상이 이루어지게 되나,

Resale Price Minus 방법 하에서는 국외특수관계법인의 매출액의 일정 비율을 청구법인의 매출로 인식하므로 청구법인이 지출한 연구개발비에 대하여 별도의 정산을 하지 않는 한 연구개발비 원가에 대한 보상이 이루어지지 않으므로 별도로 유효하게 존재하는 R&D계약서에 따라 연구개발용역대가를 산정하여 수취하는 것이 타당하고,

청구법인이 생산계약서와 R&D계약서로 용역을 구분하여 계약한 이유 역시 제품생산 관련 정상가격 산출방법의 변동이 있다 하더라도 이와 무관하게 연구용역대가를 산정하여 보상받기 위함이다.

만약 연구용역대가가 생산계약대가에 포함되어 있다면 특별한 영업상 변동 내용이 없는 이상 청구법인의 영업이익률은 일정하게 나타나야 할 것이나, 청구법인이 제출한 자료에 의하면 2003～2009사업연도 기간 동안 Resale Price Minus 방법에 따라 산출된 영업이익률(평균 OOO%)이 2010사업연도 이후 거래순이익률법에 따라 산출된 영업이익률(평균 OOO%)에 비해 현저하게 낮음을 알 수 있는바, 이는 Resale Price Minus 방법을 적용한 이 건 과세기간 중 연구개발비에 대한 별도의 보상이 없었기 때문이다.

청구법인은 2003년 세무조사시 Resale Price Minus 방법에 의한 정상가격을 산출함에 있어 연구개발비를 포함한 금액과 비교하여 적정요율을 산출하였으므로 연구개발용역에 대한 대가가 반영되었다고 주장하나, 이는 Resale Price Minus 방법으로 산정함에 있어 계산상의 구조일 뿐 이를 근거로 연구개발용역에 대한 대가를 별도로 수취하였다고 할 수는 없는 것이고,

Resale Price Minus 방법은 판매법인에게 적용하는 것으로 제조업을 영위하는 법인에는 적정하지 아니한 방법이며, 조세심판원에서도 과세관청이 청구법인에게 적용하였던 Resale Price Minus 방법은 적정하지 않다고 판단하였다(조심 2009중1189, 2010.11.18.)

생산계약서 및 R&D계약서의 내용은 계약내용에 하자나 착오가 있다고 볼 이유가 없고, 쌍방 간에 계약 내용과 실질을 달리하는 의도가 있었다고 볼 아무런 근거가 없으며, 계약당사자 간 실질적인 의사를 구체적으로 확인할 수 없는 경우 자연적 해석보다는 규범적 해석을 통해 계약 내용을 해석하는 것이 합리적인바,

생산계약서상 국외특수관계법인에 제공하는 용역은 “반도체 웨이퍼 및 다이스 패키징 및 테스트 서비스”로 한정하였고, R&D계약서상 연구개발용역의 내용 및 그 대가 산정방법에 정하고 있으므로, 유효한 각 계약서의 내용에 따라야 한다.

또한 청구법인이 이 건 과세기간에 대해 신고한 이전가격 보고서상 정상가격 산출을 위한 비교대상업체 선정시 생산과 연구개발 활동을 동시에 수행하여 매출을 발생시키는 업체와 비교하지 아니하고 반도체 제조업체만을 한정하여 비교대상업체를 산정하였는바,

즉 청구법인은 국외특수관계법인과의 이전가격 해당 여부를 검토하면서 연구개발활동과 관련된 매출부분은 제외하고 순수 “생산계약서”상의 활동을 기준으로 비교대상업체를 선정하였으므로, 이는 청구법인 스스로 청구법인의 매출액에는 연구개발에 따른 보상금액이 포함되어 있지 않음을 인정한 것이다.

(2) R&D계약상 연구개발을 통해 창출된 모든 무형자산의 소유권, 이익, 사용권 등 모든 권리가 국외특수관계법인에 귀속되도록 되어 있고, 청구법인은 국외특수관계법인으로부터 수탁받은 연구용역을 수행하는 것이므로 조특법상 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

조특법 제10조 제2항 제7호는 위탁받아 수행하는 활동은 세액공제대상인 연구개발활동에 포함되지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인의 모든 연구개발활동은 OOO의 OOO의 지시 하에 이루어지고 있고, R&D계약에 따라 연구개발성과로 얻어지는 무형자산의 소유권, 이익, 사용권 등 모든 권리는 국외특수관계법인이 가지게 되어 있으며,

청구법인은 연구개발에 따른 위험부담이 없이 단지 수탁받은 연구용역을 수행하는 역할만 할 뿐이므로 자체 연구개발활동으로 볼 수 없고, 청구법인이 수행한 연구개발성과는 그 무형자산의 소유권자이며 판매법인인 국외특수관계법인의 매출증대 및 경쟁력 강화에 기여하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 국외특수관계법인으로부터 연구개발용역대가를 미수취한 것으로 보아 관련 계약서에 따라 청구법인이 지출한 연구비에 OOO%를 가산한 금액을 익금산입하고 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지 및 배당소득(원천)세를 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 지출한 연구개발비가 「조세특례제한법」 제10조의 세액공제대상에 해당되지 않는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세조정(연구개발용역 대가 익금 산입 및 배당 소득처분) 내역을 보면, 처분청은 청구법인이 2008～2009사업연도에 청구법인이 연구비로 지출한 금액 OOO원에 OOO%를 가산한 OOO원을 익금산입하고, 배당으로 소득(원천)처분(배당소득자 : 국외특수관계법인)한 것으로 나타나며, 그 구체적 내역은 다음 <표1>과 같고, 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제내역은 다음 <표2>와 같다.

<표1> 처분청의 연구개발용역 대가 익금 산입 및 배당 소득처분 내역

<표2> 청구법인의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 내역

(2) 청구법인과 처분청의 시기별 정상가격 산출방법 변경 내역은 다음 <표3>과 같은바, 청구법인은 1999.8.5. R&D계약서와는 별도로 생산계약서를 작성하여 R&D계약서와 동일한 방법으로 대가를 수취(발생원가 + 발생원가 × OOO% :패키징 및 테스트 서비스와 관련된 서비스 비용 + OOO% Markup)하다가,이후 생산계약서의 내용만을 변경하여 아래와 같이 1999년～2002년까지 원가가산법을 적용하였고,

처분청이 청구법인에 대한 2003년 세무조사시(대상기간 : 1999년～2002년) Resale Price Minus 방법을 적용하여 이전가격 과세를 함에 따라,청구법인은 위 세무조사 이후 정상가격 산출방법을Resale Price Minus 방법으로 변경하고 생산계약서만을 수정하였으며,Resale Price Minus 방법에 의할 경우 2001·2002사업연도에 산출되는 정상가격 초과분 계상액에서 관련 인정이자 상당액을 차감한 금액을 2003사업연도의 특별손금 등 손금으로 계상하고, 그에 따라 발생된 결손금을 2004～2006사업연도의 각 사업연도소득금액 계산시 이월결손금으로 공제하였으나,

OOO장은 2008년 3월 처분청에 대한 감사를 실시하여, 청구법인이 2003사업연도에 계상한 특별손실 등으로 손금에 산입한 금액은 합리적 근거 없이 임의로 계상한 업무무관비용에 해당한다고 보아 이를 손금불산입하여 배당소득처분하도록 지시하였으며, 처분청은 그에 따라 2009.1.2. 청구법인에게 2003～2006사업연도 법인세를 각 경정·고지하였고, 청구법인이 이에 대해 불복하여 조세심판원으로부터 2010.11.18. 일부 인용결정을 받은 것으로 나타나며(조심 2009중1189),

청구법인은 이후 2010사업연도 이후분에 대해 거래순이익률법(총원가가산율)으로 계약서를 다시 수정하여 현재까지 거래순이익률법을 적용하여 신고하고 있다.

<표3> 청구법인과 처분청의 시기별 정상가격 산출방법 변경 내역

(3) 청구법인과 국외특수관계법인 간 체결한 계약 내용에 관하여 보면, 우선 청구법인이 처분청에 제출한 생산계약서 및 R&D계약서의 주요 내용 비교표는 다음 <표4>와 같고,

<표4> 생산계약서 및 R&D계약서의 주요 내용 비교

청구법인과 국외특수관계법인이 작성한 계약서의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 생산계약서 최초 작성분의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 2006.1.1.자(효력발생일)로 변경 및 수정된 생산계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(다) R&D계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(4) OOO장의 2003년 이전가격 조사 보고서(2003년 12월, 조사대상기간 : 1999～2002사업연도)의 주요 내용은 다음과 같다.

(5) 청구법인의 이 건 2008～2009사업연도 과세 관련 관련 OOO장의 청구법인에 대한 이전가격 조사 보고서(2013년 8월)의 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 청구법인이 과세전적부심사과정에서 처분청에 제출한 자본재편 이후 영업이익률은 다음 <표5>와 같은바, 처분청은 자본재편 후 연구용역대가가 생산대가에 포함되어 있다면 특별한 영업상 변동 내용이 없는 이상 자본재편 이후 청구법인의 영업이익률은 일정하게 나타나야 하나, 청구법인의 영업이익률을 보면 Resale Price Minus 방법과 거래순이익률법 하에서 영업이익률이 크게 변동됨을 알 수 있는바, 이처럼 Resale Price Minus 방법에 따라 산출된 영업이익률이 거래순이익률에 따라 산출된 영업이익률에 비해 현저하게 낮은 이유는 연구개발비에 대한 별도의 보상이 없었기 때문이라는 의견이고,

이에 대해 청구법인은 2003년∼2009년 사업연도의 영업이익률 변동은 연구개발비에 대한 보상이 누락되어서가 아니라 시장위험이 청구법인의 영업이익률에도 반영되는 Resale Price Minus 방법의 특성 때문이라고 주장한다.

<표5> 청구법인의 자본재편 이후 영업이익률

(7) 청구법인이 제시한 청구법인의 자본재편 이전 전신인 OOO(주)에 대한 1998사업연도 이전가격보고서(OOO 작성)에 의하면, CPI에 대한 정상가격 산출방법으로 거래순이익률법을 선택하였으며, 1998년 회계연도 당시 적용한 청구법인과 CPI의 이전가격율은 최종 판매가의 OOO%인 것으로 나타나고,

청구법인에 대한 2007～2010사업연도를 위한 이전가격 분석 보고서(2011년 4월, OOO 작성)에 의하면, 거래순이익률법을 가장 합리적인 정상가격 산출방법으로 선정하여 적용한 것으로 나타나며, 재판매가격방법은 특수관계자인 제조업자로부터 구매한 제품 혹은 원재료를 아무런 가공절차없이 제3자에게 판매하는 경우 적합한 방법으로 고려할 수 있으나, 청구법인이 제조업자의 기능을 수행함에 따라 재판매가격방법은 청구법인과 국외특수관계자와의 거래를 분석하는 데에 적합한 방법이 아닌 것으로 판단된다고 되어 있는 것으로 나타난다.

(8) 그 밖에 청구법인은 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로,생산계약서 최초 작성분 및 수정분, R&D계약서, 소득조정금액 산출근거, 2003년 세무조사 결과통지, 소득금액조정액 세부 산출내역, 2002～2003년 정상가격산출방법신고서 등을 제시하였다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인과 국외특수관계법인 사이에 생산계약서와 R&D계약서가 별도로 작성되어 유효하게 존재하고, 2006.1.1. 이후 적용되는 변경된 생산계약서상 계약 내용은 “청구법인이 국외특수관계법인에 반도체 웨이퍼 및 다이스 패키징 테스트 서비스를 제공하여야 한다”는 것이며, 관련 수수료는 “최종판매가에서 최종판매가의 OOO%를 제외한 대가를 청구법인에게 보상”하는 것인 반면,

R&D계약서상 계약 내용은 “청구법인은 국외특수관계법인에 반도체 연구 및 개발 서비스를 제공하여야 한다”는 것이고, 관련 수수료는 “연구개발 용역과 관련된 Direct cost와 배부된 Indirect Cost + OOO7% Mark-up”으로 되어 있는바, 각 계약서상 문언의 내용에도 불구하고 생산계약서상 대가(수수료) 관련 규정에 연구개발용역 대가가 모두 포함되어 있다고 볼 만한 특별한 사정이 없으며, 이를 입증할 구체적·객관적 증빙이 불충분한 점,

청구법인은 OOO장의 2003년 세무조사를 통해 결정된 ‘국외특수관계법인의 최종판매가격의 OOO%’를 적용하여 대가를 수취한 것이므로 해당 금액에 연구개발용역 대가가 모두 포함된 것이라고 주장하나, 2003년 세무조사시 산출된 금액은 청구법인이 자본재편 이전에 적용한 이전가격율인 국외특수관계법인의 최종판매금액의 OOO%에서 총괄관리기능을 수행하는 CPI가 청구법인에 기여한 부분을 감안하여, 1999사업연도는 OOO%, 2000사업연도는 OOO%, 2001사업연도는 OOO%, 2002사업연도는 OOO%로 이전가격율을 재조정하여 과세한 것으로, OOO%가 반드시 고정 값인 것으로 보기 어려운 측면이 있고, 실제로 청구법인의 1999～2002사업연도에 있어서도 변동이 있었으며, 청구주장에 의하더라도 청구법인이 수취한 대가가 2006.1.1.부터는 국외특수관계법인의 최종판매가격의 OOO%로 변경되었다는 것인바, 청구법인이 변경된 생산계약서상 관련 수수료(국외특수관계법인의 최종판매가격에서 그 최종판매가격의 OOO%를 제외한 대가 = 최종판매가격의 OOO%)에 생산용역 및 연구개발용역 관련 수수료가 구체적으로 어떻게 포함되었는지 그 산정근거를 제시하지 못하고 있는 이상 청구법인이 제시한 ‘국외특수관계법인의 최종판매가격의 OOO%’에 연구개발용역대가가 모두 포함된 것으로 인정하기 어려운 점,

청구법인에 대한 영업이익률을 보면, 이 건 과세기간인 2008사업연도는 OOO%, 2009사업연도는 OOO%이나, 거래순이익률법을 적용한 2010사업연도 이후에는 OOO%로 이 건 과세기간의 거래순이익률이 현저히 낮은 것으로 나타나고, 처분청의 과세조정(연구개발용역 대가 산입) 이후 영업이익률은 2008사업연도의 경우 OOO%, 2009사업연도의 경우 OOO%인바, 이와 같이 청구법인의 2008·2009사업연도 영업이익률이 그 이후 사업연도에 비해 현저히 낮은 이유에 대해 청구법인이 연구개발용역 대가를 수취하지 않았기 때문이라고 추론할 수 있는 반면, 청구법인은 2008·2009사업연도와 2010사업연도 이후 사이에 판관비 구성 등의 유의한 변동이 있었다는 점 등 영업이익률 차이의 요인이라고 볼 수 있을 만한 구체적이고 객관적인 사정을 제시하지 못하고 있는 점,

청구법인이 영위하는 반도체 조립 및 테스트 용역은 웨이퍼에 고객의 주문 내용대로 조립 및 테스트 용역을 실시하여 제품을 완성하는 것으로, 주된 업무내용은 “조립 및 테스트 용역”인 것으로 보이고, R&D계약서상 연구개발활동 성과로 인한 무형자산의 소유권 등 제반 권리는 국외특수관계법인에 귀속된다고 규정되어 있는 점 등으로 볼 때, 반도체 조립 및 테스트 용역과 연구개발용역이 불가분의 관계에 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 연구개발용역 대가를 미수취한 것으로 보아 청구법인과 국외특수관계법인 간의 R&D계약서에 따라청구법인이 지출한 연구비에 OOO%를 가산한 금액을 익금산입하고 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지하고 배당소득(원천)세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(10) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 조특법 제10조 제2항제7호에서 내국인이 위탁받아 수행하는 활동은 연구·인력개발비 세액공제대상인 연구개발에 포함되지 않는 것으로 규정하고 있는바,청구법인은 연구개발활동으로 인한 실질적인 위험을 청구법인이 부담하므로 실질적으로는 청구법인 자신을 위한 “자체연구개발”에 해당한다고 주장하나,

청구법인과 국외특수관계법인 간의 R&D계약에 따라 청구법인의 연구개발성과로 얻어지는 무형자산의 소유권, 이익, 사용권 등 모든 권리는 국외특수관계법인에 귀속되므로 청구법인은 연구개발에 대한 위험부담이 없이 수탁받은 연구용역을 수행하는 것으로 보이는 점, 그 밖에 반도체 조립 및 테스트 용역과 연구개발용역이 불가분의 관계에 있다거나 청구법인이 연구개발활동으로 인한 실질적인 위험을 부담한다고 볼 만한 특별한 사정이 확인되지 않는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 지출한 연구개발비를 조특법 제10조의 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제11조(수익의 범위) 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액·판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. (이하 생략)

(3) 국제조세조정에 관한 법률

제2조의2(국제거래에 관한 실질과세) ② 국제거래에 있어서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 조세조약을 적용한다.

제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래(그 일방이 국내사업장인 경우로서 「소득세법」 제119조 또는 「법인세법」 제93조에 따른 국내원천소득을 발생시키는 거래는 제외한다. 이하 이 장에서 같다)에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

② 제1항의 규정은 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목의 규정에 의한 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유의 제시가 있는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법

거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법

거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법

거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어 자산의 제조·판매나 용역의 제공과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나 용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법

제4조(정상가격의 산출방법) 법 제5조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법"이란 다음 각 호에서 정하는 방법을 말한다.

1. 이익분할방법

거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)와 국외특수관계자 간의 국제거래에 있어, 거래쌍방이 함께 실현한 거래순이익[제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 영업비용(판매와 일반관리비를 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 차감한 금액]을 다음 각 목에서 정하는 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부(거래형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 이 경우 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래 시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정한다.

가. 자산의 매입·제조·판매 또는 용역의 제공을 위하여 지출하였거나 지출할 비용

나. 자산의 개발 또는 용역의 제공을 위하여 소요된 자본적 지출액, 사용된 자산총액 또는 부담한 위험정도

다. 각 거래단계에서 수행된 기능의 중요도

라. 기타 측정가능한 합리적인 배부기준

2. 거래순이익률방법

거주자와 국외특수관계자 간의 국제거래의 경우에서 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 다음 각 목에서 정하는 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 다만, 해당 거래와 비슷한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자 간의 거래 중 해당 거래의 조건과 상황이 비슷한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

가. 거래순이익의 매출에 대한 비율

나. 거래순이익의 자산에 대한 비율

다. 거래순이익의 매출원가 및 영업비용에 대한 비율

라. 매출총이익(거래순이익과 영업비용의 합을 말한다)의 영업비용에 대한 비율

마. 기타 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

4. 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법

제5조(정상가격산출방법의 선택) ① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 1에 해당하는 경우를 말한다.

가. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우

나. 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

2. 사용되는 자료의 확보·이용 가능성이 높을 것

3. 특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건·경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것

4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상 가격에 미치는 영향이 작을 것

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화, 경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.

③ 제4조 제2호 라목의 방법은 거주자가 재고에 대한 부담이 없이 단순 판매활동을 수행하거나 용역을 수행하는 경우에 적용할 수 있다.

④ 제4조 각 호에 따른 정상가격산출방법을 적용하는 경우 같은 조 제4호의 방법은 같은 조 제1호 및 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에만 적용한다.

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자 간의 거래가 거래당사자에 의하여 임의로 조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 동 거래를 비교가능한 거래로 선택하지 아니할 수 있다.

제6조(정상가격산출방법의 보완 등) ① 제4조 각 호의 정상가격산출방법은 법 제5조 제1항 제1호 내지 제3호의 정상가격산출방법을 보완하기 위하여 사용할 수 있다.

② 법 제5조의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우 당해 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 수행된 기능, 부담한 위험 또는 거래조건 등의 차이로 인하여 적용하는 가격·이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 때에는 그 가격·이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.

(4) 조세특례제한법

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1.해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항에 따라 연구·인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구·인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

⑤제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ①내국인이 각 과세연도에연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는법인세에서 공제한다. (이하 생략) 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 조세특례제한법 시행령

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

②제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

7. 위탁받아 수행하는 연구활동