[사건번호]조심2012부1872 (2012.06.26)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]10.12.27. 신설된 조세특례제한법 제77조 제2항은 그 부칙 규정 등을 종합할 때, 09년 양도한 쟁점부동산에 대하여 소급적용하기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제77조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1999.9.17. 매매에 의하여 취득한 경기도 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.4.4. 청구외 주식회사 OOO(이하 “사업시행자”라 한다)에게 양도하고 잔금을 수령하였으나 토지거래계약허가를 받지 못하여 법률적으로 유동적 무효상태로 있다가 2011.5.31. 토지거래계약허가구역에서 해제되자, 2011.7.31. 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 이후, 2011.12.20. 청구인은 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조 제1항 제1호 및 제2항에 따른 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면과 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항 제3호에 따른 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 토지에 해당되어 사업용토지에 해당된다는 이유로 장기보유특별공제를 적용하여 OOO을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 조특법 제77조 제1항의 적용에 있어서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다)이 적용되는 공익사업에 해당되지 않으므로 감면적용 불가하다는 이유 등으로 2012.1.16. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.

다. 청구인 등은 이에 불복하여 2012.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지의 사업부지는 사업시행자가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토이용법”이라 한다)과 「주택법」에 의하여 제1종지구단위계획의 사업승인(사업인정고시)을 받은 공익사업용토지에 해당하며, 국토이용법 제96조와 「주택법」 제27조에서 공익사업법을 준용한다는 규정이 있는 것으로 보아도 이 법에 의한 사업인가는 공익사업에 해당한다. 조특법 제77조의 감면규정은 사업시행자에게 공익사업에 필요한 토지를 원활하게 공급받을 수 있도록 토지소유자의 세금을 감면하여 주는 취지로 볼 때 사업인가 전에 토지를 매매한 양도인이 사업인가 후에 매매한 양도인 보다 더 적극협조자이므로 사업인가 전에 사업시행자에게 양도하고 사업시행자가 후에 사업인가를 받았다면 당연히 공익사업에 대한 감면을 적용하여야 마땅하다. 또한 2010.12.27. 조특법 제77조 개정사항의 개정취지를 볼 때 이 법 조항이 신설법안이 아니라 그 이전 조항을 명확하게 규정하고자 개정한 것이라면 2009년 법 해석 또한 같은 취지에서 해석하여야 한다.

(2) 또한, 「소득세법 시행령」 제168조의14에서 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지는 사업용토지로 본다고 되어있으며, 사업인가 전에 양도한 청구인과 사업인가 후에 양도한 토지주가 동일한 공익사업부지, 동일한 공익사업 시행자에게 매매, 동일한 사업인정고시에 의한 허가라면 모두 공익사업부지로 판단하여 장기보유특별공제가 가능할 것이다. 이는 공익사업을 원활하게 추진하기 위하여 수용이 예고된 불리한점을 감안하면 당연히 사업인가 전에 매매하였어도 사업용부지로 판단해 주어야 하며, 조특법 제77조에 따라 수용 등으로 인한 감면적용이 가능하면 사업용토지 적용도 가능한 조항으로서 감면요건과 취득요건이 충족한다면 사업용부지로 판단하여 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 주택법에 따라 수용할 수 있는 사업주체는 국가·지방자치단체·한국토지주택공사 및 지방공사(이하 “국가 등”이라 한다)로 한정하고 있으므로 사업시행자가 국가 등의 사업자에 해당되지 않으므로 공익사업법에 적용되는 토지에 해당되지 않고, 조특법 제77조 제2항 신설 개정사항은 조특법 부칙 제25조에 의거하여 이 법 공포일(2010.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용하므로 2009년 양도분에 대하여 소급 적용할 수 없으므로 양도소득세 감면적용 배제함이 타당하다.

(2) 공익사업법상 사업시행자로 지정을 받기 위하여 일정 비율의 토지소유 요건을 충족하기 위해 미리 취득하는 경우로서 토지소유자 등이 사업시행자로 지정되거나 실시계획인가를 받기 전까지는 사업시행자의 지정이나 실시계획인가가 예정되어 있다고 할 수 없고 사업시행자에게 부여되는 수용 권한 등이 인정된다고 보기 어려우므로 사업시행자로 지정되기 이전에 토지를 양도하는 경우 공익사업법에 의한 협의매수 또는 수용되는 토지로 볼 수 없어 장기보유특별공제 배제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

사업시행자로 지정하기 전의 사업자에게 양도한 쟁점부동산을 공익사업용 토지로 보아 조특법 제77조 제1항에 의한 양도소득세 감면 및 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항에 의한 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 과세표준 및 세액의 경정청청구서에 의하면 쟁점토지를 1999.9.17. 취득하여 2009.4.4. 양도하고 양도소득세 과세표준 예정신고한 내용이 나타난다.

(2) 사업시행자가 확인하여 제출한 ‘토지 등 수용사실 확인서’에 의하면 청구인은 2009.4.6. 사업시행자로부터 쟁점토지 협의매수에 대한 현금 보상금 OOO을 수령한 것으로 나타난다.

(3) 사업시행자가 제출한 ‘OOO 사업관련 사업의 추진경위 및 향후계획’에 의하면 2007.5.4 OOO와 사전협의요청에서부터 2011.11.14. 주택건설사업계획승인까지의 기간 동안 OOO와 OOO 사업관련 추진한 내용이 나타난다.

(4) 2011.11.14. OOO에 의하면 사업시행자가 OOO에 대한 사업주체로서 주택건설사업계획승인 고시된 내용이 확인된다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대

(가) 조특법 제77조(2010.12.27. 개정되기 전의 것) 제1항에서는 공익사업법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다고 되어 있으며, 조특법 제77조(2010.12.27. 개정된 것) 제2항에서는 거주자가 제1항제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 "사업시행자"라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 "지정 전 사업자"라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다고 개정 신설하였으며, 같은 법 부칙<제10406, 2010.12.27.> 제25조에서는 제77조 제2항의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 되어있다. 또한 소득세법 시행령 제168조의14 제3항에서는 법 제104조의3제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다라고 하여, 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(괄호 생략)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지로 되어 있다.

(나) 청구인은 조특법 제77조의 감면규정은 사업시행자에게 공익사업에 필요한 토지를 원활하게 공급받을 수 있도록 토지소유자의 세금을 감면하여 주는 취지로 볼 때 사업인가 전에 토지를 매매한 양도인이 사업인가 후에 매매한 양도인 보다 더 적극협조자이므로 사업인가 전에 사업시행자에게 양도하고 사업시행자가 후에 사업인가를 받았다면 당연히 공익사업에 대한 감면을 적용하여야 한다는 취지의 주장을 하고 있으나, 조특법 제77조 제2항 신설 개정사항은 조특법 부칙 제25조에 의거하여 이 법 공포일(2010.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 되어있으므로 2009년에 양도한 쟁점부동산에 대한 양도소득세 감면은 적용할 수 없다고 판단된다.

(다) 또한, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 부재지주로서 비사업용토지에 해당되어 장기보유특별공제를 적용하지 아니하였는바, 공익사업법 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되는 토지라도 부재지주의 부적격 사유가 해소되지 않았으며, 쟁점부동산의 거래가 양도소득세 감면을 적용할 수 없으므로 장기보유특별공제도 적용할 수 없다고 판단된다.

따라서 쟁점부동산의 양도에 대한 처분청의 이 건 환급 거부처분은 잘못이 없다할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.