자회사의 유상증자에 참여하여 취득한 주식을 제3자에게 양도하여 발생한 손실에 대하여 자회사의 주식을 고가에 취득함으로서 자회사에 대한 채권을 부당히 손금산입한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정에 따라 부인한 처분의 당부

가. 청구법인은 1991.8.1. 철구조물 등을 제조·판매할 목적으로 설립된 법인으로, 2008.6.4. 자회사(지분 100%를 보유)인 주식회사 OOO의 유상증자에 참여하여 증자대금OOO을 납입한 후 신주 150주(1주당 20,000,000원, 이하 “쟁점신주”라 한다)를 인수하며, 청구법인이 2008.6.4.까지 OOO에게 자금지원의 명목으로 대여한 OOO을 OOO로부터 상환 받는 방식으로 납입한 유상증자대금 중 OOO을 변제받았고, 기존의 보유주식 중 25주와 쟁점신주의 합계인 175주(이하 “쟁점주식 ”이라 한다)를 OOO으로 평가하여서 제3자OOO에게 처분하면서 발생한 손실액 상당인 OOO을 투자유가증권처분손실로 손금산입하여 2008사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 감사원은 2011년 2월 대전지방국세청장이 2010년 5월에 실시한 2008사업연도 법인세에 대한 기획·분석을 감사한 결과, 청구법인이특수관계에 있는 OOO의 유상증자에 참여하여 쟁점신주를 고가로 인수하여 제3자에게 처분할 때 발생한 투자유가증권처분손실을 부당하게 손금산입한 것으로 보아 동 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이를 근거로 투자유가증권처분손실금액 OOO(이하 “쟁점투자유가증권처분손실”이라 한다)을 손금에 불산입하는 등 하여 2011.7.4. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO는 부탄가스 충전용기를 제조 및 판매하는 법인인데, 군소업체의 난립으로 인하여 제품에 대한 가격경쟁이 심하여 존폐 위기에 처하게 되어서 2007년에 임시주주총회를 개최하여 의결한 결손보전과 외부자금조달을 위한 무상감자 및 부동산 매각과 신규 유상증자 등을내용으로 하는 경영정상화방안에 따라, 2008년 2월 중소업체에 잠식된 시장을 석권할 수 있는 획기적이고 새로운 충전용기를 개발하여 특허등록을 마치고「상법」상의 절차를 밟아서 유상증자를 실시하여, 청구법인이 경제적·합리적 의사결정에 의하여 OOO의 유상증자에 참여한 것이며, 당시 1주당 발행가액을 액면가액보다 높게 한 것은 주식발행초과금으로 결손금을 보전하고자 한 때문이므로 고가매입에 해당하지아니하고 자금의 무상지원이나 부당행위계산부인대상으로 볼 수 없다.

(2) 또한, OOO가 향후에 자재를 조달하고 신규거래처를 확보하기 위해서는 재무구조개선이 반드시 필요했기 때문에 부동산 매각대금과 유상증자대금으로 금융기관 및 청구법인의 차입금을 변제한 것이며, 유상증자와 차입금 상환은 별개의 경영행위이며, OOO가 발행한 쟁점주식을 제3자에게 매각하여 쟁점투자유가증권처분손실이 발생한 것에 대한 과세사실판단자문위원회의 의결내용을 무시하고 특수관계법인에 대한 가지급금의 대손처리를 위한 변칙적인 회계처리로 보고동 처분손실을 손금에 불산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2007.12.11. OOO의 임시주주총회에서 보고된 경영보고서에는2007.11.30. 현재 총부채가 OOO으로 OOO의 유상증자일(2008. 6.4.) 현재는 자본잠식으로 인하여「상속세 및 증여세법」상의 보충적평가방법에 의한 1주당 평가액이 “0”원으로 되어 있음에도, 유상증자에참여하여 시가보다 높은 1주당 OOO에 쟁점신주를 인수한 것은 고가매입에 해당하므로 부당행위계산부인대상이다.

(2) 또한, OOO가 개발하여 상용화하려고 하였던 공업용 충전용기는 2008.2.1. 특허청으로부터 특허를 받았지만 한국가스안전공사에 사용승인검사도 신청하지 아니한 상태라 상용화 가능성이 희박하여 기업의 미래가치 급등을 유발할 정도의 기술개발이 아니라는 점과 2008.6.4. OOO가 유상증자를 실시할 당시에 청구법인이 동 법인으로부터 받을 대여금 OOO은 특수관계자에게 대여한 업무무관가지급금에해당하고, 만약 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하지 아니하였다면 동 법인이 자본잠식의 상태라는 점을 고려할 때 그에 대한 대여금은 사실상 회수불가능한 채권에 해당하며, 2008년 1주당 OOO에 발행한 주식을 취득한 후에 1주당 OOO에 제3자에게 양도하여 발생한 쟁점투자유가증권처분손실을 손금에 산입한 것은, 그 실질에 있어서 대손처리가 되지 아니하는 특수관계에 있는 법인에 대한 업무무관대여금을 2개 이상의 거래를 경유하는 방법으로 손비로 처리함에 따라 관련 법인세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에 포함되며,또한 청구법인이 주장하는 과세사실판단자문위원회의 의결은 결정력이 없는것이므로 처분청이 업무를 처리할 때 활용하는 자료에 불과한 것이라는 점에서 「국 세기본법」제14조 제3항에서 규정하고 있는 실질과세원칙을 적용하여서 쟁점투자유가증권처분손실을 손금불산입대상으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 특수관계법인이 실시한 유상증자에 참여하여 취득한쟁점주식을 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하고동 주식의 양도와 관련하여 발생한 쟁점투자유가증권처분손실을 손금 불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가라 한다)을 기준으로 한다.

(3) 법인세법 시행령

제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

3. 현물출자 합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

4. 현물출자 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. (단서 생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각 호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액

제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다.

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

제88조【부당행위계산의 유형】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(괄호 생략)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(괄호 생략). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.6.4. OOO가 유상증자할 당시 발행주식 100%를 보유하고 있어 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제2호의 규정에 따른 특수관계에 있는 완전자회사에 해당하며, 청구법인은 유상증자 당시 OOO에게 합계 OOO의 대여금을 가지고 있었는바, 처분청의답변내용에 의하면, OOO가 개발하여 상용화하려던 공업용 충전용기는 2008.2.1. 특허청으로부터 특허는 받았지만 한국가스안전공사에 사용승인검사도 신청하지 아니한 상태라 상용화 가능성이 희박하여 기업의미래가치 급등을 유발할 정도의 기술개발이 아닌 것으로 조사한 사실과유상증자일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도부터 소급하여 3년 연속으로 순손실이 발생하는 등 하여 이미 자본잠식 상태인 OOO의 유상증자에 청구법인이 참여하지 아니하였다면 위 대여금은 사실상 회수 불가능한 특수관계자에게 대여한 업무무관가지급금에 해당하는 사실 등이 나타나고 있으며, OOO의 유상증자일(2008.6.4.) 직전 사업연도인 2007사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산·부채, 손익계산서 및 2007.12.11. 임시주주총회에서 보고된 경영보고서 등에 의하면, OOO는계속적으로 발생한 당기순손실로 2007.12.31. 현재 이월결손금이 OOO이고, 2007.11.30. 총부채는 OOO이며, 그런 재무상황의 해결책으로 ① 법인부채정리(법인 소유 부동산 매각, 주식 감자 후 유상증자), ② 회사인수 및 경영 의사가 있는 주주에게의 회사매각 등의 방안이 제시되었다.

(2) 이코의 2008사업연도 주식변동내역을 보면, 2008.2.22. 자본금인 OOO을 OOO으로 무상으로 감자하며 발행주식총수를 4,092,000주OOO에서 100,000주OOO로 3,992,000주를 조정하였으며, 2008.5.20. 다시 발행주식총수를 25주OOO로 변경하였고, 위 (1)의 제시방안에 따라 OOO는 부채변제자금 마련을 목적으로 유상증자를 계획하여, 2008.6.4. 자본금 OOO으로 유상증자를 실시하여 쟁점신주OOO를 발행하여 발행주식총수는 175주이고, 주식발행초과금 OOO이 발생한것으로 확인되며, 처분청이 과세한 내역에 의하면 청구법인은2008.6.4. OOO가 실시한 유상증자에 참여하여 당시에 자본잠식 때문에「상속세및 증여세법」상의 보충적 평가방법에 의한 1주당 평가액이 “0”원임에도 1주당 발행가액을 OOO으로 하여 증자대금OOO을 납입하고 쟁점신주를 인수하고, OOO로부터 유상증자 납입대금을 전액 출금 받아 OOO의 설립부터 2008.6.4.까지 자금지원의 명목으로 대여한 OOO 중 OOO을 회수한 것으로 확인된다.

OOO

(3) 청구법인은 OOO의 발행주식인 175주(발행주식총수의 100%)를 보유하던 중 2008.12.29. 1주당 OOO으로 평가하여 OOO에 유OOO에게 양도하고, 이 때 발생된 쟁점투자유가증권처분손실인 OOO을 2008사업연도의 법인세 신고당시 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 신고한 사실이 처분청의 과세자료에 의하여 확인되며, 쟁점투자유가증권처분손실은 구주 25주의 처분손실OOO과 쟁점신주의 처분손실 OOO이다.

(4) 처분청은 2010.7.27. 청구법인이 2008.6.4. 자회사(지분의 100%를 보유) OOO의 유상증자에 참여하여 쟁점신주를 1주당 OOO에 고가로 인수한 후에 2008.12.29. 동 주식을 제3자에게 1주당 OOO에 처분하면서 발생하는 쟁점투자유가증권처분손실을 손금에 산입한것에 대하여, 처분청의 내부자문기구인 과세사실판단자문위원회의를 ·개최하여 당해 처분손실의 손금산입이 부당행위계산부인대상이 아닌 것으로 의결하고, 이는 서면분석결과로 추후 세무조사를 실시하거나 또는 새로운 내용이 발견되는 경우에는 재검토할 수 있다는 전제하에별도로 법인세를 과세하지 아니한다는 뜻을 청구법인에게 통지하였고,

「법인세법」제28조 제1항 제4호 나목 및 제34조 제3항에서 “특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금의 대손금은 손금불산입”하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제52조 제1항 및 제2항에서는특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 법인의 소득금액에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 저가양도, 증자·감자 등의 자본거래에대하여도 부당행위계산부인규정을 적용하도록 규정하고 있으며, 「국 세기본법」제14조 제3항에 “둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용하도록 규정하고 있는데,

OOO의 유상증자일 현재 주식가치의 경우 시가로 볼 만한 매매사례가액이 없고, 충전용기의 상업화 가능성 등을 고려하는 경우 미래기업가치가 급격하게 증가할 가능성이 없으며, 보충적 평가방법에 의한 1주당 평가액이 “0”원임에도, 청구법인이 OOO가 실시하는 유상증자에 참여하여 1주당 OOO을 납입하고 150주를 인수하는 것은 고가매입이라 정상적이고 합리적인 투자행위로 볼 수는 없고, 또한, 유상증자일 현재 청구법인이 보유하고 있던 OOO에 대한 업무무관대여금 OOO을 유상증자일에 상환 받은 후 2008.12.29. OOO가 발행한 주식 175주를 제3자에게 OOO에 양도하면서 발생한 쟁점투자유가증권처분손실을 손금에 산입한 것은, 특수관계자에 대한 업무무관대여금은 대손으로 처리되지 아니하는 점에 비추어 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 법인세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우로서 특수관계자에 대한 업무무관대여금을 대손처리한 것과 실질이 동일하므로, 쟁점투자유가증권처분손실은 「국 세기본법」제14조 제3항에서 규정한 실질과세원칙에 따라 법인소득금액을 계산할 때 손금불산입함이 타당하다는 감사원의 시정요구에 따라, 처분청은 부당행위계산부인규정을 적용하여쟁점신주에 대하여 OOO을 손금에 산입하여 사내유보로 소득처분한 후 이를 처분할 때 같은 금액을 익금에 산입하여 사내유보로 소득처분 하였고, 쟁점투자유가증권처분손실 OOO을 손금에 불산입하여 기타사외유출로 소득처분하며 해당법인세를 과세한 사실이 2008사업연도 법인세 경정결의서에 나타난다.

(5) 청구법인은 2008년 2월 중소업체에 잠식된 시장을 석권할 수가 있는 획기적이고 새로운 충전용기를 개발하여 2008.2.1. 특허청장으로부터 특허등록OOO을 하고「상법」상 정상적인 절차를 밟아 유상증자를 실시함에 따라서 경제적이고 합리적인 경영의사결정에 의하여 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여한 것이며,

유상증자시 1주당 발행가격을 액면가액보다 높게 한 이유는 주식발행초과금으로 결손금을 보전하고자 한 때문이므로 고가매입에 해당하지 아니하며, 2008.6.4.자 에코의 유상증자는「법인세법」에서 규정하고 있는 자본거래인 바, 이에 기인한 손익은 각각 익금과 손금에서 제외되는 것으로 청구법인의 소득금액 계산에는 아무런 영향이 없으므로 부당행위계산부인대상이 아니라고 주장하나,

OOO가 개발하여 상용화하려 하였던 공업용 충전용기는2008.2.1. 특허청으로부터 특허를 받았지만 한국가스안전공사에 사용승인검사도 신청하지 아니한 상태라 상용화 가능성이 희박하여 기업의 미래가치 급등을 유발할 정도의 기술개발이 아니라는 처분청 답변과 유상증자직전 사업연도부터 소급하여 3년 연속으로 순손실이 발생하는 등 이미 자본잠식의 상태에 있어 유상증자일 현재「상속세 및 증여세법」에서 규정한 보충적인 평가방법에 의한 1주당 평가액이 “0”원인 반면, 청구법인은 실제 에코의 주식가치가 청구법인이 인수한 1주당 OOO으로 인정할 만한 객관적인 평가자료를 제시하지 아니하고 있으며, 또한 유상증자당시 1주당 발행가격을 액면가액보다 높게 산정한 것의 정당성을 입증할 만한 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 소득금액에 영향을 미치는 이상 부인의 대상으로서의 행위계산에는 손익거래뿐만 아니라 자본거래도 포함되는 점(서울행법 2001.7.24. 선고 2001구419 판결 참조) 등을 감안할 때,

청구법인은 경제적인 합리성이 없는 유상증자에 참여하여 OOO로부터 보충적인 평가방법에 의한 평가결과 재산적인 가치가 없는 쟁점신주를 1주당 OOO에 배정받아 그 대가로 출자금 OOO을 납입한 다음, 투자유가증권으로 보유하다 이를 1주당 OOO으로 평가하여 양도한 이후에 동 사업연도에 투자유가증권처분손실로손금에 산입하여 결과적으로 청구법인의 소득금액 계산상 동 처분손실 중 쟁점신주의 양도분에 해당되는 OOO의 소득금액이 감소하게 되는 등 유상증자 참여가 소득금액에 영향을 미쳤다 하겠다.

(6)「법인세법」상 부당행위계산부인규정의 입법취지는 특수관계에있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나, 그 거래가 세법에서 열거하는 각종의 거래형태를 빙자하거나 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적인 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또는 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 판단될 때, 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세공평을 기하고 조세회피를 방지하고자 하는 데에 있고, 이는 실질과세원칙에 근거를 두고 있는 것으로(대법원 97누19229, 1988.7.24. 참조), 세법상 과세소득만을 다시 계산하는 부당행위계산부인규정을 적용하는 경우 이 건 유상증자에의 참여는 증자를 빙자하여 청구법인이 특수관계에 있는 OOO에게 무상으로 자금을 지원한 것이 그 실질이라고 할 수 있는 측면이 있으나, 부당행위계산부인의 대상이 되는 거래나 행위의 경우 모두 그 상대방에게 이익을 분여하게 되는데, 부당행위의 실질을 「법인세법」제52조 제4항의 위임에 따라서 같은 법 시행령 제88조에서 정하고 있는 부당행위계산의 여러 유형 중 어디에 해당하는지 판단함에 있어서 이익의 분여라는 본래의 성질에 더하여 그 거래나 행위의 법률적인 외관 및그 유효성, 구체적인 거래구조, 개별적인 특수성 등을 종합적으로 고려하여야 하는바, 이 건 유상증자가「상법」의 절차 및 방법에 의하여 흠결 없이 유효하게 성립되어 특별한 사정이 없는 한 유효성을 부정하기 어려운 측면이 있고, 처분청도 그러할 만한 특별한 사정을 제시하지는 못하고 있으며, 자금지원으로 보는 것이 타당하다고 하면서도 자산의 고가매입으로 판단하여 과세한 것으로 나타난다.

(7) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 답변서에서 청구법인이 자회사에 자금을 지원하기 위하여 형식만 유상증자를가장한 것이므로 자금지원으로 보는 것이 타당하다고 하면서도 쟁점신주를 고가매입한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용한 점, 쟁점신주를 양도한 이후에 유가증권처분손실로 계상한 유상증자대금 OOO 전체를 손금에 불산입함에 따라 실질적으로 유상증자자체를 부인하는 결과가 되었으나,「상법」에 의하여 정당하게 설립된 법인의 경우 당초 자본금을 정당한 자본금으로 보는 것이라는 점에서 OOO의 2008.6.4.자 유상증자는「상법」상 적법하고 유효하게 성립된 것으로 보는 것이 타당한 점(국심 2006부2462, 2009.3.24. 참조), 부당행위계산부인규정은「상법」상 적법하게 성립된 사실에 대하여 경제적합리성을 기준으로 하여 세법 측면에서 과세소득만을 재계산하는 부당행위계산부인법리의 취지에 비추어 청구법인의 증자참여행위를 부인하여 특수관계자에 대한 자금의 대여나 무상증여로 보기는 어렵다고 하겠으며, 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하여 쟁점신주를 인수하는 것은 투자자산을 매입하는 것인데, 이 건 유상증자의 경우 특수관계에 있는 자가 아니었다면 가치가 전혀 없는 OOO의 주식을 1주당 OOO에 인수하지는 아니하였을 것이므로, 시가가 “0”원인 쟁점신주를 1주당 OOO에 취득하여 OOO에 양도한 후에 그 차액을 손금에 산입함에 따라 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 청구법인의 이 건 유상증자 참여는 「법인세법 시행령」제88조 제1항에서 정한 부당행위계산의 유형 중 제1호에 규정된 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우”에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(대법원 88누7255, 1989.12.22. 국심 2007서1465, 2008.8.21. 참조).

그렇지만, 구주 25주의 장부가액은 OOO이고, 유상증자일(2008.6.4.) 현재「상속세 및 증여세법」에 규정된 보충적 평가방법에의한 1주당 평가액이 “0”원인 쟁점신주의 취득에 대하여 처분청이 부당행위계산부인규정을 적용하여 쟁점신주의 장부가액은 “0”원이며, 청구법인이 2008사업연도 법인소득금액 계산당시 투자유가증권처분손실로 손금산입한 쟁점투자유가증권처분손실OOO은 구주 25주의 처분손실 OOO과 쟁점신주의 장부상 처분손실 OOO을 합한 금액이므로 쟁점투자유가증권처분손실 중 손금불산입할 금액은 쟁점신주의 투자유가증권처분손실인 OOO으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점투자유가증권처분손실 전체를 손금에 불산입하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.