청구인들이 쟁점부동산을 미등기전매한 것으로 보고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

가. 청구인들과 이OOO(이하 “청구인들 등”이라 한다)은 OOO(주)[(구) OOO주식회사로, 이하 “OOO”이라 한다)로부터 2006.1.26. 전라남도 OOO 외 7필지 토지 27,633㎡(OOO이 이OOO으로부터 2005.10.6. OOO원에 취득한 토지로, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득하는 계약을 체결하였으나 토지거래허가문제가 발생되자 특약사항으로 추후 OOO로 편입되어 수용되는 경우 동 협의보상금을 OOO이 수령하여 동 수용금액과 당초 매매약정액과의 차액에 대한 양도소득세등 제세공과금을 차감한 전액을 청구인들 등에게 지급한다는 조건으로 매수대금 전액을 OOO에게 지급한 후 청구인들 등 명의로 쟁점부동산의 소유권이전등기를 경료하지 않는 상태에서, 쟁점부동산이 OOO에 편입되어 수용을 원인으로 2007.11.21. OOO 및 OOO에 OOO원에 양도됨에 따라 동 보상금을 수령한 OOO은 곧바로 제시공과금을 차감한 잔액을 청구인들과 이OOO에게 송금하였으나, 이와 관련하여 청구인들은 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였다.

나. OOO은 OOO에 대한 세무조사 결과, 청구인들 등은 토지거래계약허가구역에 소재한 쟁점부동산을 OOO으로부터 2006.1.26. OOO원에 취득하였음에도 토지거래계약허가신청도 하지 않는 등 소유권이전절차를 이행하지 않았고 청구인들 등으로 소유권이전을 경료하지 않은 상태에서 2007.11.21. OOO 및 OOO에 OOO원에 양도하고 동 수용대금을 OOO을 경우하여 지급받은 사실을 확인하고, 청구인들이 쟁점부동산을 미등기전매방법으로 양도소득세를 신고누락하였다는 양도소득과세자료를 2011.12.19. 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 동 자료에 따라 청구인들이 쟁점부동산을 미등기전매한 것으로 보아 청구인들별로 각각 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하여 OOO원을 과세표준으로 산정한 후 미등기 전매에 해당하는 세율(70%)을 적용하여 2014.2.5. 청구인 나OOO에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을, 이OOO에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 결정·고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2014.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

OOO은 OOO를 건립하기 위하여 쟁점부동산을 이OOO으로부터 2005.11.2. 취득[2005.10.6. OOO원(실제는 OOO원)에 매매계약체결]하였는바, 이 때 청구인들 등이 쟁점부동산을 소개한 것인데, 매매계약을 체결한 이후 쟁점부동산이 2005.11.8.부터 2010.11.7.까지 토지거래허가구역으로 지정됨에 따라 동 쟁점부동산에서 목적한 사업을 이행할 수 없게 된 OOO은 대체부지를 취득하고자 하였으나 자금이 부족하자 청구인들 등에게 재취득을 권유함에 따라 2006.1.26. 쟁점부동산을 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하고, OOO원(이OOO 명의로 2006.1.26. OOO원과 2006.2.20. OOO원을, 2006.2.6. 김OOO 명의로 OOO원을, 2006.2.21. 박OOO 명의로 OOO원을, 2006.2.21. 이OOO 명의로 OOO원)을 송금하고 토지거래허가를 신청하려 하였으나, 쟁점부동산의 공부상 용도는 임야이나 실제는 전(밭)으로 사용하고 있어 해당관청에서 산림과와 농지를 관리하는 부서간에 업무를 떠넘기는 바람에 토지거래허가를 득하지 못할 것으로 판단하여 토지거래허가 및 소유권이전등기를 유보하기로 약정하고, 다만, 특약사항으로 쟁점부동산에 관한 수용 등으로 인해 보상금이 지급되는 경우 그 제세공과금을 제외한 나머지 금액 모두에 대하여 청구인들 등에게 지급하는 것으로 추가하여 계약을 체결하였으나 그 후 허가절차진행의 곤란함을 이유로 2006.4.21. 쟁점부동산 매매계약을 해제하기로 하면서 토지대금반환은 보상금을 수령할 경우 지급받기로 합의한 것이며,

2007.11.19. 경 쟁점부동산의 수용합의금으로 총 OOO원을 수령한 OOO으로부터 제세공과금 명목으로 OOO원을 제외한 나머지 금액을 수령한 것일 뿐 청구인들 등의 매매계약은 2006.4.21. 소멸한 것이므로양도소득세 납세의무가 없는 것이고, 쟁점부동산은 2005.11.8.부터 2010.11.7.까지 토지거래허가구역으로 지정되어 있어 2006.1.26. 쟁점부동산의 매매계약이 체결되었다 하더라도「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제118조 제1항 및 제2항에 의하여 유동적무효인 상태로서 그 계약 자체가 무효이며, 2007.11.21. OOO 및 OOO에 수용될 때까지 그 자산의 취득에 관한 등기 차체가 원칙적으로 불가능한 자산에 해당하므로, 「소득세법 시행령」제168조 제1항 제2호에 근거하여 볼 때 미등기전매에 해당하지 않음에도 미등기전매로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인들은 매매계약의 취소로 인하여 양도소득세 납세의무가 성립되지 아니한다고 주장하고 있으나, 「소득세법」제88조 제1항 본문은 ”제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 “자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”라고 규정하고 있을 뿐 자산이 유상으로 이전된 원인인 매매 등 계약이 법률상 유효할 것까지를 요구하고 있지는 않고 있는데, 청구인들은 2006.1.26. 쟁점부동산의 취득대금 OOO원을 OOO의 계좌에 입금한 내역이 OOO의 거래처 원장과 과거거래내역조회(OOO) 등에서 확인되고, 쟁점부동산을 2007.11.19. OOO와 OOO에 협의취득 또는 수용되어 OOO이 수령한 토지보상금 OOO원을 청구인들과 이OOO에게 전액 송금한 사실이 대체전표, 금융거래내역 등에 의해 사실로 확인되고 있는 점으로 보아 쟁점부동산은 유상으로 이전된 것이므로 양도소득세 과세대상에 해당한다.

또한, 청구인들은 쟁점부동산의 양도가 미등기양도에 해당하지 않는다고 주장하나,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 "국토계획법"이라 한다)이 정한 토지거래허가구역 내의 토지 등을 매수하였으나 그에 따른 토지거래허가를 받지 아니하고 이전등기를 마치지도 아니한 채 그 토지를 제3자에게 전매하여 그 매매대금을 수수하고서도 최초의 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 매매계약서를 작성하고 그에 따른 토지거래허가를 받아 이전등기까지 마친 경우에, 그 이전등기가 말소되지 아니한 채 남아 있고, 중간의 매도인이 수수한 매매대금도 제3자에게 반환하지 아니한 채 그대로 보유하고 있는 때에는 예외적으로 중간의 매도인에게 자산의 양도로 인한 소득이 있다고 보아 양도소득세 과세대상이 된다고 봄이 상당한 것(대법원 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결 참조)으로 판시하고 있는데, 쟁점부동산 매매계약서의 특약사항에 매도인과 매수인은 혁신도시로 편입을 전제로 소유권이전등기를 보류하기로 하였고, 쟁점부동산이 토지거래계약허가지역임에도 청구인들은 허가관청에 토지거래허가신청을 하지 아니한 사실이 처분청이 나주시장에게 ‘토지거래허가신청 등 관련서류 요청’에 대해 토지거래계약허가 신청을 한 사실이 없다고 회신하였으며(회신공문에 첨부한 토지거래 허가 규정상에도 임야 또는 잡종지의 경우 특별한 제한 사유가 없음), 쟁점부동산에 채권자를 나주축산업협동조합으로 하고, 청구인 나OOO을 채무자로 하는 근저당권(채권최고액 OOO원)을 설정하는 등 청구인들이 쟁점부동산을 사실상 소유하여 사용·수익한 사실, 합의서에 지급하기로 한 위약금은 지급일자와 지급금액이 특정되어 있지 않고 수용보상금 중 매매대금과 이자 및 설정비용을 차감한 잔액이라고 약정한 것은 통상적인 위약금으로 보기 어렵고, 실질적으로 쟁점부동산을 공공용지 협의취득에 의해 양도한 매매대금 전부를 수취한 것이라는 점 등을 종합하면 청구인들이 OOO으로부터 쟁점부동산을 취득하여 소유권이전등기를 경료하지 아니한 채 OOO 등에 양도한 행위는 미등기 전매행위에 해당하므로 양도소득세를 납부할 의무가 있는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인들이 미등기전매히여 쟁점부동산을 양도한 것으로 보고 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제88조【양도의 정의】①제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

②「도시개발법」기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1호 내지 2-8호 생략

3. 미등기양도자산 양도소득과세표준의 100분의 70

② 생략

③ 제1항 제3호에서 "미등기양도자산"이라 함은 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.(이하 생략)

(2) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(이하 생략)

제168조【미등기양도제외 자산의 범위 등】① 법 제104조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제117조【허가구역의 지정】① 국토해양부장관은 국토의 이용 및 관리에 관한 계획의 원활한 수립과 집행, 합리적인 토지 이용 등을 위하여 토지의 투기적인 거래가 성행하거나 지가(地價)가 급격히 상승하는 지역과 그러한 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에 대하여는 5년 이내의 기간을 정하여 제118조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역(이하 “허가구역”이라 한다)으로 지정할 수 있다.

⑥ 국토해양부장관은 허가구역의 지정 사유가 없어졌다고 인정되거나 관계 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장으로부터 허가구역의 지정 해제 또는 축소 요청이 이유 있다고 인정되면 지체 없이 허가구역의 지정을 해제하거나 지정된 허가구역의 일부를 축소하여야 한다.

제118조【토지거래계약에 관한 허가】① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권·지상권(괄호 생략)을 이전하거나 설정(괄호 생략)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산이 포함된 OOO(나주 금천, 봉황, 산포) 추진 일정 내역을 보면, 2005.11.8. 토지거래허가구역으로 지정·고시(허가를받아야 하는 면적은 222,144㎢로 도시지역은 주거, 상업, 공업, 녹지, 용도지역의 지정이 없는 구역이고, 도시외 지역은 농지, 임야, 농지 및 임야 이외의 토지이며 그 지정기간 2005.11.8.부터 2010.11.7.까지)되어 2005.11.17. OOO로 최종선정되어 2007.3.19. 혁신도시예정지구로 지정·고시되었으며, 2007년 5월경 보상계획 및 열람공고되었는바, 청구인들의 주장에 의하면, OOO이 OOO를 건립하기 위하여 쟁점부동산을 이OOO으로부터 2005.11.2. 취득[2005.10.6. OOO원(실제는 OOO원이라 주장)에 매매계약체결]하는 과정에서 청구인들 등이 쟁점부동산을 OOO에 중개한 것인데, 중개 당시와 달리 쟁점부동산이 2005.11.8.부터 2010.11.7.까지의 기간동안 토지거래허가구역으로 지정됨에 따라 동 쟁점부동산에서 목적한 사업을 이행할 수 없게 된 OOO은 대체부지를 취득하고자 하였으나 자금이 부족하자 청구인들 등에게 재취득을 권유하게 됨에 따라 2006.1.26. 매매대금을 OOO원으로 정하여 매매계약을 체결하고, OOO원(이OOO 명의로 2006.1.26. OOO원과 2006.2.20. OOO원을, 2006.2.6. 김OOO 명의로 OOO원을, 2006.2.21. 박OOO 명의로 OOO원을, 2006.2.21. 이OOO 명의로 OOO원 등)을 지급하였으나 토지거래허가를 받지 못할 것으로 판단하여 토지거래허가 및 소유권이전등기를 유보하기로 한 것으로 나타난다.

(2) OOO이 청구인들에게 쟁점부동산을 양도한 계약 내용(실제 소유권이전 미이행되었다)을 보면, 계약일자 및 금액이 2006.1.26. OOO원(2006.3.31. 잔금청산)으로 기재되어 있고, 그 특약사항에 의하면 ① 중도금 중 일부금(OOO원)은 매도인이 담보제공하기로 하고 채무자는 매수인으로 하여 은행대출로서 지급하기로 하고, ② 매도인과 매수인은 혁신도시로의 편입을 전제로 소유권이전등기를 보류하고, 매매대금의 120% 범위의 근저당권 설정등기를 이행하기로 약정하고 관련서류 구비하기로 하며(단, 위 중도금지급대출금의 차액부분에 대하여 근저당권 설정하기로 한다), ③ 특약사항 제2항에 의거하여 위 토지가 혁신도시지역으로 편입되어 수용협의보상금을 수령하게 될시는 금일 약정한 매매대금과의 차액에 대한 양도소득세는 매수인이 부담하고 이를 정산한 후 매도인은 매수인에게 전액 지급하여야 하며, ④ 매도인과 매수인은 위 매매에 대하여 토지거래허가신청을 보류하고 서로간에 토지거래에 대하여 추후 이의신청을 하지 않기로 하며, 서로간에 공동으로 민·형사항 책임을 지는 것으로 기재되어 있다.

(3) 2007.11.19.부터 2007.11.27.까지 쟁점부동산이 OOO와 OOO에 수용된 후 OOO은 쟁점부동산의 수용합의금으로 총 OOO원을 아래〈표1〉과 같이 수령한 후, 제세공과금 명목으로 OOO원을 제외한 나머지 금액을 청구인들에게〈표2〉와 같이 지급하였다.

〈표1〉쟁점부동산 양도대금 수령내역

(단위 : 천원)

〈표2〉OOO이 청구인들 등에게 지급한 내역

(단위 : 원)

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산이 2005.11.8.부터 2010.11.7.까지 토지거래허가구역의 지정지역에 포함되어 있어 2006.1.26. 쟁점부동산의 매매계약이 체결되었다 하더라도「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제118조 제1항, 제2항에 의하여 유동적무효인 상태로서 그 계약 자체가 무효이며, 2007.11.21. OOO 및 OOO에 수용될 때까지 그 자산의 취득에 관한 등기 자체가 원칙적으로 불가능한 자산에 해당하므로, 「소득세법 시행령」제168조 제1항 제2호에 따라 미등기전매에 해당하지 않는다고 주장하나, 「소득세법」제88조에서 “양도란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항에서는 ‘양도차익을 산정하기 위한 자산의 취득시기 및 양도시기는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 하되 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일로 한다’라고 규정하고 있으며, 이러한 취득시기 및 양도시기에 관한 규정은 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는 기준시기도 되고, 나아가 법령 적용의 기준시기도 된다고 할 것이며(대법원 1994.8.26. 선고 94누2480 판결, 같은 뜻임), 설령 양도에 따른 등기가 경료되지 않아 법률적으로 소유권이 아직 이전되지 않은 상태라도 그 대금을 모두 교부받으면 양도소득세의 과세요건이 충족되며, 일반적으로「소득세법」은 개인의 소득이라는 경제적 현상에 착안하여 담세력이 있다고 보이는 것에 과세하려는데 그 근본취지가 있다 할 것이므로, 어떤 소득이 부과소득이 되는지 여부는 이를 경제적인 측면에서 보아 현실로 이득을 지배ㆍ관리하면서 이를 향수하고 있고 담세력이 있는 것으로 판단되면 족하고, 그 소득을 얻게 된 원인관계에 대한 법률적 평가는 반드시 적법ㆍ유효한 것이어야 하는 것은 아니므로(대법원 1995.11.10. 선고 95누7758 판결, 같은 뜻임), 사법상 무효인 행위 또는 위법행위로 인하여 발생한 소득에 대해서도 소득세의 부과할 수 있는 것이고, 또한 일반적으로「소득세법」상 이자소득, 사업소득 등의 종합소득이든 양도소득이든 소득세 부과는 개별 세법에서 정하고 있는 과세요건을 충족하는지 여부를 고려하여 판단하는 것이지, 소득 발생의 원인 및 그 효력 유무까지 고려해야 하는 것은 아니며, 이러한「소득세법」의 원리는 양도소득세의 경우에도 그대로 적용되어야 할 것이므로, 토지거래허가없이 이루어진 매도행위에 대하여 이러한「소득세법」의 원리를 수정하여 특별하게 보아야 할 이유는 없다고 할 것(대법원 2014.1.29. 선고 2011두29229 판결, 2011.7.21. 선고 2010두23644 전원합의체 판결,조심 2012중2316, 2012.10.10. 같은 뜻임)이고, 청구인들은 2006.1.26. 쟁점부동산의 취득대금 585,130,000원을 OOO의 예금계좌에 입금한 내역이 OOO의 거래처 원장과 과거거래내역조회(OOO) 등에서 확인되며, 쟁점부동산을 2007.11.19. OOO와 OOO에 양도한 후 OOO이 수령한 토지보상금 OOO원 중 약정이 의한 제세공과금을 차감한 전액을 청구인들에게 송금한 사실이 대체전표, 금융거래내역 등에 의해 사실로 확인되고 있는 점 등에 비추어 청구인들이 OOO으로부터 쟁점부동산을 취득하여 소유권이전등기를 경료하지 아니한 채 OOO 등에 양도한 행위는 미등기 전매행위에 해당하여 양도소득세를 납부할 의무가 있다 할 것이므로, 청구인들이 쟁점부동산을 미등기전매하여 양도소득세를 신고누락한 것으로 보고 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.