1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 기초사실

가. 원고는 배선용 전선제품인 하네스(Harness) 등 전자부품의 제조유통업 등을 목적으로 하여 설립된 법인이다.

나. 원고는 2010. 1. 1. 중국의 위해북양행성전자(Weihai Beiyang Haengsung Electronic Co. Ltd)와 사이에 위해북양행성전자가 원고로부터 공급받은 전선 등 원부자재를 하네스 제품으로 가공하여 원고에게 이를 납품하는 내용의 임가공계약을 체결하였다.

원고는 위 임가공계약에 따라 국내 또는 중국 현지에서 조달한 전선 등 원부자재를 위해북양행성전자에 무상으로 공급하고, 위해북양행성전자로부터 하네스 제품을 수입하였다.

원고는 국내에서 조달하여 위해북양행성전자에 수출한 원부자재에 대하여는 관세법 제101조 제1항 및 관세법 시행규칙 제56조 제1항에 따라 해외임가공물품의 감면을 받았고, 중국 현지에서 조달한 원부자재 및 임가공업체의 임가공비에 대하여는 수입신고 후 관세 등을 납부하여 왔다.

다. 피고는 2015. 8.경 원고에 대한 법인심사를 실시하여 원고의 2010. 9.부터 2012. 9.까지의 수입신고 건에 대하여 중국 현지에서 조달한 원부자재의 가격 등에 대한 신고가 일부 누락되었다고 보고 2015. 9. 1. 1차적으로 관세 55,778,910원, 부가가치세 75,301,580원, 관세 및 부가가치세의 각 가산세 65,791,380원 합계 196,871,870원을 경정고지하였고, 2015. 11. 17. 2차적으로 관세 378,333,290원, 부가가치세 510,749,940원, 관세 및 부가가치세의 각 가산세 390,288,040원 합계 1,279,371,270원을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 제1처분’이라 한다). 라.

원고는 피고에게 부가가치세 586,051,520원에 대한 수정수입세금계산서 발급을 신청하였다.

피고는 2015. 11. 17. 및 2016. 3. 3. 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목 및 동법 시행령 제72조 제2~4항에...