[청구번호]조심 2016부2885 (2018. 11. 8.)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]쟁점수수료 관련, 이 건 심판청구는 불복대상이 되는 처분이 없고, 상표권 사용료 관련, 일부 기간(20**, 20**년분)의 청구는 불리한 처분이 없어 부적법한 청구에 해당함. 한편, 쟁점안벽이 지적공부상으로는 토지에 해당한다 하더라도 그 실질은 콘크리트 구조물로써 시간의 경과에 따라 침식?파손이 진행되어 그 가치가 감소하게 되는 시설물임이 명백한 점, 청구법인이 채무자에 대하여 쟁점구상채권 및 외상매출금채권을 가진 유일한 채권자로 그 잔여재산을 사용수익할 수 있어 채무자의 청산시점에 대손이 확정되었다고 볼 수 있는 점, 청구법인이 ◎◎◎◎중공업의 전반적인 영업을 대행한 대가로 수수하는 비용으로 상표권 사용료 등이 포함된 금액으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

[관련법령] 법인세법 제15조 / 법인세법 제19조 / 법인세법 제21조 / 법인세법 제23조 / 법인세법 제67조 / 부가가치세법 제16조

[참조결정]조심2014부1219 / 조심2013부4134 / 조심2015부3917 / 조심2011중1333 / 조심2016부1536 / 조심2017구0221 / 국심2005서0102

1. OOO세무서장이 2015.12.3. 청구법인에게 한 <별지1> 기재 2010～2013사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분과 2014사업연도 법인세 과세표준 OOO원의 증액(결손금 감액)경정처분은

(가) 청구법인이 지급한 <표1>(5쪽) 기재 수수료를 각 사업연도에 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분을 취소하여야 한다는 심판청구는 이를 각하하고,

(나) OOO 잡종지 2,918㎡, OOO 잡종지 3,006.2㎡ 소재 안벽(OOO), OOO 공장용지 100,502㎡ 소재 안벽(OOO), OOO 공장용지 2918.8㎡ 소재 안벽, OOO 공장용지 3,006.2㎡ 소재 안벽(OOO)과 관련하여 20102014사업연도에 손금불산입한 <표7>(28쪽) 기재 감가상각비 합계 OOO원을 각 사업연도의 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,

(다) 청구법인이 OOO에 대한 지급보증 및 그에 따른 변제로 인하여 취득한 구상채권 중 회수하지 못하고 2010사업연도 대손금으로 계상하였으나 소멸시효가 이미 완성된 채권이라고 보아 손금불산입한 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. OOO세무서장이 <표1>(5쪽)의 수수료 지급금액을 각 수취자의 2010년～2014년 귀속 기타소득으로 소득처분하여 2015.12.3. 청구법인에게 한 <표2>(5쪽) 기재 OOO원의 소득금액변동통지처분을 취소하여야 한다는 심판청구는 이를 각하한다.

3. OOO세무서장이 2015.12.3. 청구법인에게 한 2013년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인과 OOO 주식회사와의 OOO 매수계약의 해지에 따라 부가가치세 매입세액에서 감액한 OOO원에 따른 가산세(과소신고가산세 및 납부불성실가산세)를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

4. OOO세무서장이 2016.5.2. 청구법인에게 한 법인세 2010사업연도분 OOO원 및 2011사업연도분 OOO원의 각 환급처분, 2014사업연도 법인세 과세표준 OOO원의 증액(결손금 감액)경정처분은

OOO 주식회사가 청구법인의 상표권을 사용하였음에도 그 상표권 사용료를 지급하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 각 사업연도소득금액 계산시 익금산입한 <표3>(9쪽) 기재 상표권 사용료 상당액 중, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원을 각 사업연도의 소득금액계산시 익금불산입하여야 한다는 심판청구는 이를 각하하고, 2014사업연도 OOO원을 익금에 산입하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준을 경정하며,

OOO세무서장이 같은 날 청구법인에게 한 법인세 2012사업연도분 OOO원 및 2013사업연도분 OOO원 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

5. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1973년 설립되어 선박과 해양구조물, 플랜트 및 엔진 등을 제조, 판매하는 법인이다.

나. OOO지방국세청장은 2015.4.1.2015.10.8. 기간 동안 법인제세통합조사를 실시하여 아래 조사적출사항과 기타 조사내용을 통보하자, 처분청은 2015.12.3. 청구법인에게 <별지1>과 같이 2010사업연도～2013사업연도 법인세 합계 OOO원을, 2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 각각 경정·고지하고, 2014사업연도 법인세 과세표준 OOO원의 증액(결손금 감액)경정·통지를 하였으며, 손금불산입한 <표1>(5쪽) 기재 수수료 지급금액을 그 수취자의 2010년～2014년 귀속 기타소득으로 각 소득처분하여 <표2>(5쪽)와 같이 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

(1) (쟁점①) 청구법인은 20102014사업연도 기간 동안 선주사들과 선박건조계약을 체결하면서 선주사가 지정하는 조세피난처 소재 회사(이하 “쟁점회사”라 한다)에 선주사의 요구에 따라 선박건조대금의 일정비율에 해당하는 수수료(이하 “쟁점수수료”라 한다)를 지급하는 계약을 체결하였다.

처분청은 청구법인이 <표1>과 같이 쟁점회사에 지급한 쟁점수수료를 리베이트 성격의 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고 <표2>와 같이 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

OOO

OOO

(2) (쟁점②) 청구법인은 2006.8.17. OOO으로부터 OOO시설용지 조성(대형선박의 계류 및 의장작업용 안벽 확보)을 매립목적으로 하여 공유수면매립면허를 받아 OOO 연장 축조공사에 착수, 2009.1.20. ① OOO(이하 “OOO”이라 한다) OOO 잡종지 2,918㎡, OOO 잡종지 3,006.2㎡에 안벽(OOO)을 기존 안벽에 연장하여 신축취득(2009.2.12. 소유권보존등기)하였고,

2009.1.29. OOO으로부터 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 일원에 OOO국가산업단지 개발산업 계획을 승인받고 2009.12.14. ② OOO 공장용지 2918.8㎡, OOO 공장용지 3,006.2㎡에 안벽(OOO)을 공유수면 매립에 의하여 신축취득(2011.2.28. 준공 인가, 2011.8.26. 소유권보존등기)하였으며,

2010.7.1. OOO와의 교환계약에 의하여 2009년에 신축취득하여 소유하고 있던 OOO 잡종지 45,020㎡의 안벽(OOO)을 양도하고 ③ OOO 안벽(OOO)을 양수(이하 위 ①, ②, ③ 안벽을 합하여 “쟁점안벽”이라 한다)하였으며, 쟁점안벽을 「법인세법」제23조 제3항의 감가상각 대상 자산인 구축물로 보아 20102014사업연도에 <표6>(27쪽) 기재 감가상각비를 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였고, 처분청은 쟁점안벽이 토지에 해당하므로「법인세법」상 감가상각 대상 자산이 아니라고 보아 <표7>(28쪽)과 같이 손금불산입하였다.

(3) (쟁점③) 청구법인은 1991.8.19. OOO, OOO(이하 “OOO”라 한다)와 함께 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 설립(청구법인 45%, OOO 주식회사 30%, OOO 25%)한 후 1995.1.25. OOO와 OOO은행 간 금전소비대차계약에 지급보증을 하였고, 1996.7.29. 위 지급보증에 따라 OOO의 차입 원리금 미화 OOO를 OOO은행에 변제하였으며, OOO에 대한 구상채권 미화 OOO(이하 “쟁점구상채권”이라 한다)를 취득하였다.

청구법인은 매출 및 수익 부진, 인도네시아 정치불안으로 인한 사업전망 불투명을 이유로 OOO가 1996.3.15. 주주총회의 청산결의로 2010.3.12. 청산이 완료되면서 쟁점구상채권 중 미회수 잔액인 미화 OOO(OOO원, 이하 “쟁점구상채권잔액”이라 한다)를 2010사업연도 대손금으로 계상하여 손금산입하였다.

처분청은 2015.12.3. 쟁점구상채권의 소멸시효가 이미 2006.7.29. 완성되었으므로 청구법인이 2010사업연도에 쟁점구상채권잔액을 대손금으로 손금산입한 것은 위법하다고 보아 이를 손금불산입하였다.

(4) (쟁점④) 청구법인은 2009.1.16. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 태양광 발전용 폴리실리콘 매수계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하고, 2009.4.15.부터 2009.10.8.까지 4회에 걸쳐 선급금 미화 OOO(OOO원)를 지급하고 세금계산서를 교부받아 OOO원의 매입세액을 공제받았으며 선급금 지급과 관련하여 OOO은 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 선급금보증보험계약을 체결하고, 그 증서를 청구법인에게 제출하였다.

청구법인은 2011년 1월∼3월 기간 동안 OOO으로부터 총 43.98톤의 폴리실리콘을 공급받고 선급금 중 미화 OOO(OOO원)를 위 대금으로 지급하였으나 2011년 상반기 이후 태양광 발전시장의 상황이 악화되어 폴리실리콘의 추가 공급은 이루어지지 않았으며, OOO의 부도선언(2012.10.17.) 이후 OOO은 2013.1.21., 청구법인은 2013.1.25. 각각 상대방에게 쟁점계약의 해지를 통보하였다.

청구법인은 2013.2.7. OOO에 선급금 잔액 OOO달러(OOO원 = 선급금 총액 OOO원- 지급한 선급금OOO원, 이하 “쟁점선급금”이라 한다)의 지급을 청구하였으나 거절되자, 2013.4.5. OOO보증보험을 상대로 그 지급을 청구하는 소를 제기한 결과 2016.1.14. 청구법인의 승소판결(대법원 2016.1.14. 선고 2015다231894 판결)이 확정되었고, OOO이 위 판결확정일인 2016.1.14.을 작성일자로 하여 쟁점선급금에 대한 수정세금계산서를 발급함에 따라 청구법인은 2016년 제1기 부가가치세 매입세액에서 쟁점선급금 관련 세액을 감액하였다.

OOO지방국세청장은 2015.12.3. 청구법인이 쟁점계약의 해지를 통보한 2013.1.25. 쟁점계약이 적법하게 해지되었다고 보고, 청구법인이 기공제받은 부가가치세 매입세액OOO원 중 미공급분에 상응하는 OOO원을 2013년 제1기 부가가치세 매입세액에서 감액하여 그 밖의 조사적출 사항과 함께 통지하자 처분청은 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

다. (쟁점⑤) 청구법인은 ‘OOO’상표(이하 “쟁점상표”라 한다)의 단독 상표권자이고, OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 선박과 운반하역설비, 해양구조물 등을 제조, 판매하는 법인인데, 1999.10.27. 상호를 OOO 주식회사로 변경하였고, 청구법인에서 위탁경영(1999～2002년)을 하다가 2002년 청구법인이 인수하여 청구법인의 계열사로 편입되었으며, 2003.1.1. OOO 주식회사로 상호가 변경되었다.

OOO지방국세청장은 OOO이 쟁점상표를 사용하였음에도 이에 대한 상표권 사용료를 청구법인에게 지급하지 아니한 것으로 보아 아래 <표3>과 같이 2010～2014사업연도 상표권 사용료 미수취금액 합계 OOO원(OOO 순매출액의 0.2%)을 익금산입한 과세자료 등을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.5.2. 청구법인에게 법인세 2012사업연도분 OOO원 및 2013사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다[2010사업연도 및 2011사업연도는 연구인력개발준비금의 손금산입으로 인하여 감액경정되어 법인세 2010사업연도분 OOO원 및 2011사업연도분 OOO원을 각 환급통지하였고, 2014사업연도는 결손으로 인하여 2014사업연도 법인세 과세표준 OOO원의 증액(결손금 감액)경정·통지를 하였다].

OOO

라. 청구법인은 이에 불복하여 위 나.의 처분에 대해서는 2016.2.26., 위 다.의 처분에 대해서는 2016.7.22. 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점수수료는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이고 수익 관련성도 인정되므로 손금산입하여야 하고, 원천징수대상이 될 수 없다.

(가) 통상 선주사는 용선료를 지급받을 때까지 필요한 자금(설립비용, 계약체결 후 추가비용, 선박건조감독비용, 선용품 구입비 등)을 조달하기 위해 OOO로부터 어드레스커미션을 지급받는데, 선주사는 OOO에 일정 금액을 가산하여 지급하고 이를 어드레스커미션의 형태로 되돌려 받게 되는바, 청구법인과 선주사는 최종 선가에 쟁점수수료를 포함하여 결정하므로 쟁점수수료는 최종적으로 선주사가 부담한다.

(나) 위와 같이 쟁점수수료는 청구법인의 “사업을 위하여” 또는 “사업에 수반하여” 지출한 것이고, 쟁점수수료의 지급은 우리나라, 일본, 중국 등 전 세계 조선사들의 일반화된 통상적인 관행으로, 법원도 해운업계에서 선박수주시 지급하는 어드레스커미션은 선박이 완성되어 용선료를 받을 때까지 사용할 자금이 없는 선주가 선박건조회사로부터 받아 선박건조 감독비용이나 선용품 등의 구입비용으로 지출하는 금전으로 해운업계의 관행으로 인정하였고(OOO행정법원 2013.8.14. 선고 2012구합9437 판결, 같은 뜻임), 관련 심판례도 통상성을 인정하여 손금산입을 인정하였다(조심 2014부1219, 2015.5.11., 조심 2013부4134, 2015.5.11.).

(2) 쟁점안벽은 기능과 외형에서 토지와 구별되고 시간의 경과 또는 사용에 따라 가치가 감소하는 구조물이므로 「법인세법」상 감가상각대상 자산인 구축물에 해당한다.

(가) 청구법인은 선박건조를 위해 조선소 내부에 안벽을 축조하는데, 지반, 수심 등 환경요인을 고려하여 일부 안벽을 케이슨식으로 축조하고 있고, 케이슨식 공법은 ① 해저에 기초작업을 하고, ② 콘크리트 구조물인 케이슨을 육상에서 제작하여 해저기초 위에 거치한 뒤, ③ 케이슨이 받는 수압, 토압, 접안시 충격을 분산시키기 위한 뒷채움 작업을 하고, ④ 배후 수면을 매립한 뒤, ⑤ 상부공 콘크리트 및 상부시설 설치 작업을 하여 안벽을 축조하는 공법인바, 케이슨식 안벽은 해저기초 사석, 콘크리트 구조물인 케이슨, 뒷채움 사석으로 구성된 구조물로 그 구조 및 형태에서 배후토지와 명백히 구별된다.

(나) 쟁점안벽은 선박접안시 충격, 계류시 견인력, 수압 및 토압을 끊임없이 받고, 상부의 기계, 차량, 사람 등의 하중을 지탱해야 하며, 파도·태풍 등의 자연력을 견뎌야하기 때문에 시간경과 또는 사용에 따라 그 가치가 감소할 수밖에 없고, 관련 법령도 안벽이 마모·손상될 수밖에 없는 점을 전제로 소유주나 관리주체에게 정기적으로 안전점검을 실시하고, 보수·보강공사를 실시하도록 하고 있다.

(다) 처분청은 지방세 관련 판결(대법원 2014.7.10. 선고 2014두4757 판결)을 제시하고 있으나, “토지”, “구축물” 등은 개별 세법마다 각각 다른 의미로 쓰이므로, 「지방세법」상 취득세와 관련하여 쟁점안벽을 토지로 간주할 수 있다는 대법원 판결을 이유로 쟁점안벽을 「법인세법」상 비상각대상 자산인 토지로 볼 수는 없고, 오히려 대법원과 조세심판원은 감가상각에 있어 「지방세법」과 「법인세법」의 자산분류가 다름을 명백히 밝힌 바 있다(대법원 1992.11.10. 선고 92누5270 판결, 조심 2015부3917, 2016.4.11., 같은 뜻임).

(3) 청구법인은 OOO에 대한 채권자의 지위에서 OOO 잔여재산의 점유를 이전받고 이를 관리·처분하여 쟁점구상채권을 포함한 OOO에 대한 채권에 변제충당한바, 쟁점구상채권의 소멸시효는 완성되지 않았으므로 OOO가 1996.3.15. 주주총회의 청산결의로 2010.3.12. 청산이 완료되면서 청구법인이 쟁점구상채권잔액을 2010사업연도 대손금으로 계상하여 손금산입한 것은 정당하다.

(가) 청구법인은 OOO에 대하여 쟁점구상채권 및 외상매출금채권을 가진 유일한 채권자였고, OOO 청산과정에서 주주였던 OOO와 OOO가 지분권 또는 그 행사를 포기하여 사실상 OOO의 유일한 주주였으며, 1996.3.15. 주주총회에서 청산 결의를 한 후에는 청구법인이 OOO의 잔여재산의 관리·처분·채무변제 및 청산사무를 수행하여 OOO 청산에 관한 포괄적 대리인의 지위도 가지고 있었고, 청산과정에서 아래와 같이 OOO의 잔여재산을 자신의 점유 하에 두고 관리·처분하였으며, 그 처분대금 중 일부를 회수하여 쟁점구상채권을 포함한 청구법인의 OOO에 대한 채권들(이하 “쟁점구상채권등”이라 한다)의 변제에 충당하였다.

OOO

(다) 청구법인의 위와 같은 일련의 행위는 ① OOO의 포괄적 대리인으로서 청산사무를 집행한 것일 뿐 아니라, 동시에 ② OOO의 채권자로서 쟁점구상채권 등을 행사한 것으로, 채무자인 OOO가 채권자인 청구법인에게 잔여재산 전부의 점유를 이전하고, 청구법인이 위와 같은 일련의 행위를 하는 것을 승인 내지는 묵인하였다면, 채권자의 권리 행사에 대해 채무자(또는 채무자의 대리인)가 채권의 존재를 인식하고, 잔여재산의 한도 내에서 성실히 변제하겠다는 뜻을 표시한 것과 동일하며, 이는 소멸시효 중단 사유인 채무의 “승인”에 해당하는바, 쟁점구상채권의 소멸시효는 1999.10.13., 2007.12.17., 2008.8.8. 일부 변제로 각 중단되었으므로 소멸시효는 완성되지 않았다.

(4) 청구법인은 보험금 지급청구소송의 판결확정일(2016.1.14.)을 작성일자로 한 수정세금계산서를 수취하고, 2016년 제1기 부가가치세 매입세액에서 쟁점선급금에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 납부하여야 하며, 설령 수정세금계산서 발급시기를 청구법인이 해지의사를 표시한 2013.1.25.로 보더라도 2013년 제1기에 쟁점선급금에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하여 부가가치세를 납부하지 않은 것에는 “정당한 사유”가 있으므로 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(가) 「부가가치세법」은 계약의 해지에 따라 “공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우” 수정세금계산서를 발급하여야 한다고 규정하고 있으나, 계약의 해지 여부에 대하여 당사자들 사이에 법적 분쟁이 있는 경우에 대해서는 아무런 규정이 없다.

이와 관련하여 계약해지의 적법 여부와 무관하게 해지권 행사시 공급가액이 변경된 것으로 보아 수정세금계산서를 발급하고 분쟁이 해결되면 다시 수정하는 방법 또는, 분쟁이 해결된 때 공급가액이 변경된 것으로 보아 수정세금계산서를 발급하는 방법의 2가지 경우를 생각해 볼 수 있는바, 관련 유권해석(부가-732, 2010.6.14., 서삼46015-11068, 2002.6.26. 등)과 심판례(조심 2011중1333, 2011.11.10.)는 납세자의 편의를 위해 분쟁해결일, 즉 법원의 확정판결일에 수정세금계산서를 교부해야 한다고 보고 있다.

(나) 청구법인과 OOO은 계약의 해지 여부에 다툼이 있는 경우의 수정세금계산서 발급시기 및 그에 따른 부가가치세 납부시기에 대한 세법의 규정이 불명확하여 여러 가지 해석이 있을 수 있는 상황에서 기존 유권해석과 심판례를 신뢰하여 위 보험금 지급청구소송이 확정된 2016.1.14. 수정세금계산서를 수수하였다.

또한 계약의 해지 여부에 대해 다툼이 있는 상황에서 공급자가 수정세금계산서를 발급하는 것은 계약이 해지되었다고 인정하는 유력한 근거가 되므로 공급자가 수정세금계산서를 발급하는 것을 기대할 수 없는바, 청구법인이 2013년 제1기에 수정세금계산서를 수취하고, 쟁점선급금에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하여 부가가치세를 납부하지 않은 것에는 “정당한 사유”가 있어 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(다) 대법원도 세법 해석상 견해의 대립이 생길 수 있는 등 납세의무자에게 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 경우를 가산세를 면제하는 “정당한 사유”로 보고 있고(대법원 2012.4.12. 선고 2011두3173 판결, 같은 뜻임), 조세심판원도 쟁점계약의 상대방인 OOO 관련 사안에서 이러한 사정을 고려, OOO이 2013.1.25. 수정세금계산서를 발급하지 않은 것에는 “정당한 사유”가 있다고 판단하여 가산세를 부과한 처분을 취소하였다(조심 2017구221, 2017.6.15.).

(5) OOO의 영업과정에 쟁점상표가 사용될 여지가 전혀 없어 그 사용이 매출·수익의 증대에 직접 연결되지 않는다면 청구법인이 상표권 사용료를 수취할 수 없고 처분청이 산출한 상표권 사용료인 매출액의 0.2%는 시가로 볼 합리적·법률적 근거가 없는바, 상표권 사용료 상당액을 익금산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(가) 특수관계자간에 상표권 사용료를 수수하려면 상표사용자에게 사용편익, 즉, 상표권 사용으로 인한 매출 또는 수익증대의 효과가 있어야 하나, OOO이 쟁점상표를 영업에 사용하고 있지 않아 상표 사용편익이 있다고 볼 수 없으므로 청구법인은 특수관계자인 OOO으로부터 상표권 사용료를 수취할 수 없다.

OOO은 선주의 주문에 따라 선박을 건조·판매하는 회사로 상품(선박)에 쟁점상표를 부착하여 판매하지 않고, 영업부서가 존재하지 않는 등 독자적인 영업활동을 전혀 하지 않으며, 오로지 청구법인의 영업대행을 통해서만 매출을 얻고 있다. 청구법인이 영업·설계·구매·회계·감사 등 용역을 수행하고, OOO은 청구법인이 수주한 선박 중 일부의 생산만을 전담하는바, 청구법인은 관련 용역을 아래 <표4>와 같이 OOO에 제공하고 수수료를 수취하고 있다.

OOO

(나) 특히 선박수주지원계약은 청구법인이 수주한 선박의 일부를 OOO에게 넘겨주고 선박수주지원수수료를 수수하기로 하는 계약이므로 상표사용과 그 대가에 관한 내용이 포함되지 않은 것일 뿐이고, 선박수주지원수수료에는 청구법인의 명성·신용·거래선·노하우 등 무형자산 사용에 대한 대가가 당연히 포함되어 있다.

청구법인은 아래 <표5>와 같이 2010∼2014사업연도 기간 동안 약 OOO원의 선박수주지원수수료를 수취하였고, 이는 발생원가 약 OOO원의 3배, 타 용역수수료 계산 기준(10% mark-up 방식)의 2.7배, OOO 매출의 0.3∼0.5%에 해당하는 금액인바, 별도의 상표권 사용료를 수취해야 한다는 처분청의 의견은 청구법인의 명성·신용 등의 사용대가를 이중으로 수취해야 한다는 것으로 타당하지 않다.

OOO

(다) 청구법인이 상표권 사용료를 수취해야 한다 하더라도 처분청이 산출한 상표권 사용료인 매출액의 0.2%는 시가로 볼 합리적·법률적 근거가 없는바, 처분청의 기준은 사실상 국내 대기업의 거래를 모두 유사거래로 보겠다는 것으로, 유사거래가격이 시가가 되기 위해서는 제3자간 거래가 거래단계·시기, 재화·용역의 종류·속성 등에서 유사하여 정상적인 상황이라면 제3자간 거래가격이 곧 당해 거래가격이 될 것이라는 관계가 인정될 것을 요구하는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항과 법원의 판례(대법원 2004.1.16. 선고 2003두4041 판결, 서울고등법원 2012.10.18. 선고 2011누46165 판결 등)의 태도에 정면으로 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 선주회사의 요구에 따라 쟁점수수료를 지급받는 자가 누구인지 확인할 수 없는 조세피난처의 명목회사인 제3자에게 지급한 사실 등으로 미루어 일반적으로 용인되는 거래라 볼 수 없고 이는 업무무관 비용에 해당하므로 손금에 산입할 수 없으며, 업계의 잘못된 관행에 따라 지급한 것으로 보아야 하므로 그 지급액에 대하여 원천징수하여야 한다.

(가) 청구법인이 브로커로부터 용역을 직접 제공받은 사실은 없지만 선주가 청구법인에게 브로커 수수료를 지급할 것을 요청하여 국제적 관례에 따라 선주가 지정하는 제3자(조세피난처 명목회사)와 용역계약서를 작성하고 지급한 쟁점수수료를 정상적인 지출로 볼 수 없고, 청구법인이 주장하는 국제관례는 부패지수가 높은 그리스, 쟁점회사(조세피난처)에 지급하도록 선주들이 요구하는 리베이트일 뿐이며, 비정상적인 리베이트 수수행위를 국제적 관례라고 볼 수 없고 이러한 업계의 잘못된 관행은 사회질서에 반하는 것이다.

(나) 쟁점수수료는 청구법인이 선주사에 귀속될 것이라 주장함에도 선주사와 계약을 체결하지 않고 일반 중개회사와도 별개인 제3자와 커미션계약을 하고 지급한 점, 쟁점회사가 쟁점수수료를 선주사에 전달한다면 그 금액이 선주사에 귀속되지 않고 그 사주에게 귀속될 것으로 보이는 점(결국 선주사에 귀속될 것이라면 굳이 제3자의 계좌로 송금 받을 이유가 없음) 등을 종합하여 볼 때 선주사의 사주가 조선사를 지정한 대가로 받아가는 리베이트 성격의 금전에 해당하는바, 이는 업계의 잘못된 관행에서 비롯된 사회질서에 위반하여 지출된 비용이므로 손금불산입하고, 「법인세법」제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호에 따라 기타소득으로 처분하면서 그 지급액에 대하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

(2) 쟁점안벽은 그 구조와 형태가 물리적으로 토지와 구분되어 있지 않고, 독립적인 경제적 가치도 없으며, 지적공부상 토지등록 및 부동산등기까지 되어 있고 배후부지와 일체로 구성된 토지에 해당할 뿐만 아니라 청구법인이 제기한 소송에서 이미 대법원은 쟁점안벽을 구축물이 아닌 토지라고 판단하였으므로「법인세법」상 감가상각대상에 해당하지 아니한다.

(가) 물리적으로 토지와 구조형태가 구분되고, 독립적·경제적 가치를 가진 경우에 한하여 감가상각대상인 구축물 등에 해당하며, 이러한 요건을 갖추지 못한 경우에는 토지와 일체로서 평가되는 자산으로서 감가상각대상에 해당하지 않는다.

(나) 청구법인이 케이슨식 암벽에 대하여 OOO이 2012.1.4. 고지한 지방세(취득세)와 관련하여 제기한 소송에서 대법원은 “부두 축조공사 중 선박이 접안하는 안벽은 배후부지와 바로 접하고 있을 뿐만 아니라 배후부지를 포함한 이 사건 전체 매립지를 조성하는데 필수적인 구성부분에 해당하여 다른 매립지 부분과 기능적으로 명확히 구분된다고 볼 수 없다”고 판시(대법원 2014.7.10. 선고 2014두4757 판결)하였는바, 쟁점안벽이 물리적으로 토지(배후부지)와 구조·형태가 구분되지 않을 뿐만 아니라 독립적·경제적 가치를 가진 것으로도 볼 수 없어 토지와 일체로 평가되는 자산에 해당함이 명백하다.

(다) 청구법인은 쟁점안벽을 배후부지와 합하여 지적공부상 토지(잡종지, 공장용지)로 편입하여 등록하고, 이에 대하여 토지에 관한 부동산등기까지 경료하였는바, 쟁점안벽은 배후부지와 일체로 구성된 토지에 해당할 뿐, 배후부지와 분리된 별도의 구축물 등으로 볼 수 없고 실제로도 배후부지와 일체로 하여 사실상 하나의 토지로 이용하고 있으므로 쟁점안벽은 「법인세법」제23조 제1항 및 제3항에서 규정하는 감가상각 대상 고정자산에 해당하지 않는다.

(3) 쟁점구상채권은 채권발생 당시부터 회수불능상태였고 청구법인이 채무승인 등 동 채권잔액을 회수하기 위한 조치를 전혀 취하지 아니하여 이미 소멸시효가 완성되었으므로 청구법인의 대손처리는 위법하다.

(가) 쟁점구상채권의 원채무자 OOO가 1996년 청산결의된 후, 잔여재산 부동산(장부가액 OOO원)을 남기고 사업을 폐지한 상태로, 잔여재산 회수예상가액은 채권 중 먼저 발생한 외상매출금(OOO원 가량)의 일부를 변제하기에도 현저히 미달하는 것으로 보이므로, 실질적으로 쟁점구상채권은 1996년 채권이 발생한 당시부터 회수불능상태였고, 실제 2007년 OOO의 잔여재산을 매각(매각금액 OOO원)하여 먼저 발생한 외상매출금의 일부가 회수되었다.

(나) 이와 같이 청구법인이 주주 지위에서 위 구상채권의 회수불능사실을 충분히 알 수 있었던 상황인 것으로 보아 처음부터 사실상 회수를 포기하였기 때문에 어떠한 청구나 강제집행도 없었던 것으로 보이며, 따라서 소멸시효 중단 사유가 발생된 사실이 없으므로 결국 소멸시효가 완성되었음에도, 이를 2010년에 부당하게 대손상각하였다.

(다) 설령 1999.10.13. 일부를 변제(미화 OOO)받았다는 청구 주장을 인정한다 하더라도, 소멸시효 중단 시점(1999.10.13.)부터 10년 후인 2009.10.13. 소멸시효가 완성되는바, 청구법인은 2009년을 귀속시기로 하여 대손처리를 하여야 하나 2010년을 귀속시기로 하여 대손처리를 하였으므로 이를 부당대손으로 처리한 당초 처분은 적법하다.

(4) 쟁점계약은 청구법인이 해지통지한 2013.1.25. 적법하게 해지되었고, 청구법인은 2013.6.21. OOO으로부터 쟁점선급금을 지급받았으므로, 실제 계약이 해지된 시점(2013년 제1기 과세기간)에 부가가치세 매입세액을 감액하여야 하며, 청구법인에게는 대법원 판례상 인정되는 가산세 면제의 어떠한 정당한 사유도 인정되지 않는다.

(가) 계약해지의 효력은 해지의 의사표시가 상대방에게 도달한 때 확정적으로 발생하는바, 청구법인이 2013.1.25. OOO에게 계약해지를 통지한 사실이 청구법인과 OOO이 주고받은 문서에서 확인되고, 쟁점계약과 관련한 청구법인과 OOO과의 보험금지급청구소송의 판결(OOO중앙지방법원 2014.5.1. 선고 2013가합514095 판결)에서도 쟁점계약은 원고(청구법인)의 2013.1.25.자 해지의 의사표시에 의하여 적법하게 해지되었다고 판시하였다.

(나) 조세심판원도 쟁점계약의 상대방인 OOO이 이 건과 동일한 쟁점으로 제기한 청구에 대하여 쟁점계약은 2013.1.25.자 해지의 의사표시에 의해 적법하게 해지되었다고 보아 수정세금계산서 발급사유가 발생한 과세기간은 2013년 제1기로 보아야 한다고 판단하였다(조심 2017구221, 2017.6.15.).

(다) 청구법인은 해지의 의사표시 상대방인 OOO과 달리 일방적으로 해지 의사표시에 의해 계약관계를 변동시키는 형성권을 행사한 자이므로 매입세액을 감액하는 의무이행을 기대하는 것이 충분히 가능하였고, 나아가 청구법인은 2013년 제1기 과세기간(2013.6.21.)에 보증보험사인 OOO으로부터 쟁점선급금을 전부 반환받아 2013년 제1기 과세기간에 매입세액을 감액할 사정이 충분히 존재하였는바, OOO과 달리 청구법인에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정될 수 없다.

(5)OOO은 홈페이지, 명함, 계약서, 품의서, 브로셔, 영상물, 홍보물 등 영업활동 과정 전반에 걸쳐 쟁점상표 내지 상호를 사용하고 있으며 청구법인이 선주에게 선박건조회사를 ‘OOO’으로 안내하고 홍보하는 것 자체가 수주에 영향을 미치므로 당연히 영업측면에서 브랜드 사용편익이 있다고 보아야 하고 본 건 시가(순매출액의 0.2%)는 매우 합리적인 수준에 해당한다.

(가) 상표는 특정 상품·서비스를 지정하여 등록하여야 하는 것을 전제로 하여 그 요부(要部)의 동일유사성을 바탕으로 동일유사 상표인지 여부를 판단하는 것으로서, 쟁점상표에서 ‘중공업’은 사업분야를 나타내고 있어서 식별력이 없으므로 조선업에 있어서 쟁점상표는　‘OOO’상표와 다르지 않으며, ‘OOO’상표에서 ‘중공업’은 사업분야를 나타내고 있고 ‘OOO’는 지명으로서 식별력이 없다.

따라서, ‘OOO’상표는 도형(OOO)을 포함한 ‘OOO’가 요부(要部)로서 동일하므로 전체적으로 쟁점상표와 유사상표에 해당한다는 것이 법원 판례의 접근방식이며, 이는 ‘OOO’상표에 대한 특허청의 상표등록 거절에서도 확인되므로 청구법인이 선박·조선업을 지정상품·서비스로 하여 등록한 쟁점상표와 유사한 상표인 ‘OOO’ 상표를 OOO으로 하여금 동일 업종에서 무상으로 사용하게 하는 것은 특수관계자에게 무상으로 이익을 분여한 행위에 해당한다.

(나) OOO은 홈페이지, 명함, 계약서, 품의서, 브로셔, 영상물, 홍보물, 간판, 차량, 우편물봉투, 보고서용지 등 영업활동 과정 전반에 걸쳐 쟁점상표 내지 상호를 사용하고 있으며 이와 같이 사용하는 것은 「상표법」상 상표의 사용행위에 해당한다. 나아가 독자적인 영업활동을 수행하지 않는다고 하여도 청구법인이 선주에게 선박건조회사를 ‘OOO’으로 안내하고 홍보하는 것 자체가 청구법인이 가진 명성을 OOO에 부여하여 수주하는데 영향을 미치는 것이므로 당연히 영업측면에서 브랜드 사용편익이 있다고 보아야 하는바, 결과적으로 이 건 사용료는 단편적인 특정 상표에 국한된 것이 아니라 동 상표에 체화되어 수십년에 걸쳐 청구법인이 형성해 놓은 우수한 선박건조회사로서의 이미지 즉, 브랜드 사용료(2014년 OOO 쟁점상표의 평가가치는 1조 OOO원임)인 것이다.

(다) 청구법인은 청구법인의 자회사인 OOO과 선박수주지원계약을 체결하여 선박수주 등 영업활동을 대행하고 있으며, 이에 대한 대가로 OOO으로부터 선박계약금액의 수금실적에 따라 0.3～0.5%의 단계별 요율을 적용하여 상표권 사용료를 포함한 선박수주지원수수료를 수취하고 있다고 주장하나, 선박수주지원수수료율이 과거 청구법인과 OOO 주식회사와의 중개수수료율(0.5%)을 근거로 하여 결정한 것이라는 점, 선박수주지원수수료에 상표권 사용료가 포함되어 있었다면 계약 상대방인 OOO이 수수료율을 낮추자고 현실화를 주장하지는 않았을 것이라는 점 등이 OOO의 내부문서(對 OOO 용역계약 검토)에서 확인되고, 조사 당시부터 줄곧 청구법인은 OOO이 청구법인의 상표를 사용하고 있다고 볼 수 없어 상표권 사용료를 받을 수 없다고 주장하고 있다는 점을 더하여 판단한다면, 계약체결의 목적 및 내용, 계약당사자들의 진정한 의사, 중개수수료율 수준 등 거래 관행 등을 고려해 볼 때 선박수주지원계약서에 계약업무의 범위가 선박수주지원 및 선박공동수주임이 명확히 언급되어 있어 형식과 실질 어느 부분을 보더라도 상표권 허여계약으로 볼 수 없으며, 그러한 내용이 포함되어 있다고도 볼 수 없다.

(라) 청구법인은 비교대상인 제3자 기업집단의 브랜드 사용료 요율을 쟁점상표권 사용료의 시가로 보기 위해서는 상표가 사용되는 시장 및 상품의 유사성, 상표사용에 따른 기대편익의 유사성 등이 입증되어야 하고, 사용료 결정에 중요한 차이를 발생시키는 요소가 있을 경우 이를 반영하여 사용료를 합리적으로 조정해야 하는바, 조선업과 무관한 국내 대기업의 거래는 유사 거래로 볼 수 없어 비교대상이 될 수 없다고 주장하나, 청구법인 또한 ‘조선, 해양, 플랜트, 엔진, 건설장비, 전기전자시스템, 그린에너지, 기타 산업’ 등 매우 다양한 사업부문을 보유하고 있는 종합중공업 영위 법인으로 조선업을 포함하여 다양한 업종을 영위하는 관계회사를 보유하거나 추가 설립할 수 있으므로 반드시 조선업에 국한하여 유사 사례를 찾아야 할 이유가 없다.

(마) 위와 같이 OOO은 상표권 사용의 편익을 누리고 있는 것이므로 영업방식의 차이를 이유로 상표권 사용료의 시가가 적정하지 않다고 볼 수 없고, 가사, 영업방식의 차이에 따라 상표사용의 편익이 다르다고 하더라도 본 건 시가(순매출액의 0.2%)는 그러한 내용을 충분히 반영하고 있을 만큼 낮은 수준이라는 것이 국내 대기업이 비특수관계인에게 적용한 요율(사분위 범위 0.25～1%, 중위값 0.65%, 평균값 0.63%)과 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격으로 보이는 특수관계인에게 적용한 요율(사분위 범위 0.2～0.3%, 중위값 0.2%, 평균값 0.27%, 최빈값 0.2%) 및 청구법인이 엔진사업부문 관련 유럽 대리점(OOO)에 적용하고 있는 요율(1%)과의 비교 사례에서 확인되며, 이 건 조세심판청구에서 상표권 사용료가 선박수주지원수수료에 포함되었다고 주장하면서 청구법인이 제시한 사용료 OOO원(환산시 요율 약 0.22%)과도 유사하여 매우 합리적인 수준에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 선주회사가 지정하는 조세피난처 소재 제3자에게 지급한 쟁점수수료를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부 및 쟁점수수료를 국내원천 기타소득으로 보아 소득금액변동통지한 처분의 당부

② 쟁점안벽이「법인세법」상 감가상각 대상 자산이 아니라고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

③ 쟁점구상채권의 소멸시효가 2010사업연도 이전에 완성되었다고 보아 청구법인이 2010사업연도에 대손금으로 손금산입한 쟁점구상채권잔액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부

④ 쟁점계약의 해지소송에 따른 수정세금계산서 발급시기(기 공제한 매입세액의 감액시기)를 판결확정일이 아닌 계약해지일로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부 및 그 가산세 부과처분의 당부

⑤ 청구법인의 상표권을 특수관계법인이 무상사용한 것으로 보아 사용료 상당액을 익금산입하여 경정한 처분의 당부 및 이에 대한 심판청구 중 감액경정(2010사업연도 및 2011사업연도)에 대한 심판청구가 적법한지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 2018.9.27. 및 2018.10.4. 쟁점수수료와 관련하여 <표1>과 같이 손금불산입하여 계산한 법인세 과세표준 및 세액과 <표2>와 같이 청구법인에게 한 소득금액변동통지처분을 청구주장에 따라 각각 직권으로 감액경정 또는 취소한 것으로 나타난다.

(나) 본안심리에 앞서 쟁점①과 관련한 심판청구가 적법한 청구인지 여부를 살펴본다.

「국세기본법」제55조 제1항에 의하면 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 심판청구를 제기하여 다툴 수 있다고 규정되어 있는바, 처분청이 청구법인의 주장을 받아들여 쟁점①과 관련된 과세처분 및 소득금액변동통지처분을 직권으로 감액경정하거나 취소하였으므로 쟁점①과 관련하여 청구법인이 제기한 심판청구는 심리일 현재 불복 대상이 되는 처분이 부존재하여 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 케이슨식으로 축조된 쟁점안벽을 지적공부에 토지(지목 : 잡종지 또는 공장용지)로 등기등록한 것으로 나타난다.

(나) 쟁점안벽에 대한 청구법인의 부두별 각 사업연도의 감가상각비 손금산입액은 아래 <표6>과 같다.

OOO

(다) 처분청이 손금불산입한 쟁점안벽의 감가상각비 내역은 아래 <표7>과 같다.

OOO

(라) 청구법인은 계류시설인 쟁점안벽이 선박 접안시 충격, 계류시 견인력, 수압 및 토압을 끊임없이 받고 있으며, 파도·태풍 등으로 시간경과·사용에 따라 그 가치가 감소하므로 관련 법령도 소유주나 관리주체에게 정기적으로 안전점검 및 보수·보강공사를 실시하도록 의무지우고 있다고 주장하며「시설물의 안전관리에 관한 특별법」, “시설물의 안전점검 및 정밀안전진단지침(국토교통부)”, “안전점검 및 정밀안전진단 세부지침해설(해양수산부)” 등의 관련 부분을 제시하였고, 2014년 11월 안전점검 결과 유지·보수 공사가 필요하다는 사실이 확인되어 2016년 관련 보수·보강공사가 진행 중이라며, “OOO 안벽 정밀점검 결과”, “기타 안벽 안전진단 결과”와 “OOO 안벽 침하대책 공사계약서”를 제출한 것으로 나타난다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 과거「법인세법 시행규칙」“별표1”(1995.3.30. 총리령 제492호로 일부개정되기 전의 것)에서 감가상각대상 자산인 구축물에 “안벽”을 열거해 오다가 1995.3.30. 동 시행규칙을 개정하면서 제외한 사실은 있으나, 동 개정취지가, 종전에는 유형고정자산의 감가상각 내용연수표상에 자산명, 구조명, 사업명, 설비명을 구체적으로 열거하고 있어, 자산명·용도·설비명 등이 다양해지고 있는 현실하에서 열거되지 아니한 자산에 대하여는 내용연수적용이 곤란한 문제점을 해소하기 위해, 유형고정자산을 자산의 구조 또는 한국표준산업분류상의 중분류업종을 기준으로 포괄적으로 대분류함으로써 예시적으로 규정하고자 하는데 있었던 점, 동일한 형상과 구조를 가지고 있는 자산(시설물)이라 할지라도 각 개별 세법에서 과세요건으로 삼고 있는 고유한 목적이나 기능의 분류를 다르게 정하고 있는 경우, 이에 따라 과세상 취급을 달리 하는 것이 합리적이라 보이는 점, 쟁점안벽이 지적공부상으로는 토지에 해당한다 하더라도 그 실질은 콘크리트 구조물로서 시간의 경과에 따라 침식·파손이 진행되어 그 가치가 감소하게 되는 시설물임이 명백한 점,「항만법」이나 “구 기업회계기준” 등 관련 유사 규정에서 안벽을 토지와 구분되는 구축물(시설물)로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하면, 쟁점안벽은 「법인세법」상 감가상각대상 자산인 구축물로 보는 것이 타당[조심 2016부1536·2233(병합), 2017.3.31.)하다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점안벽을 「법인세법」상 감가상각 대상 자산이 아니라고 보아 관련 감가상각비를 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) OOO는 1991.8.19. 청구법인, OOO, OOO가 공동출자하여 설립된 인도네시아 법인으로 전기기기(전동기, 발전기, 변압기 등) 수리 및 산업서비스업을 사업내용으로 하였다.

(나) OOO의 지분비율은 설립당시 청구법인 45%, OOO 30%, OOO 25%였으나, 1995.10.31. OOO가 지분권 행사를 포기하고, 1998.12.24. OOO가 지분권을 포기하여 청구법인이 OOO의 사실상 유일한 주주가 되었다.

(다) OOO는 매출 및 수익이 부진하고, 인도네시아 정치불안으로 인한 사업전망이 불투명함에 따라 1996.3.15. 주주총회에서 청산결의를 하였고, 2010.3.12. 청산이 완료되었는바, 구체적인 청산과정은 아래와 같다.

OOO

(라) 청구법인은 1995.1.25. OOO와 OOO은행 간의 금전 소비대차계약에 지급보증을 하였고, 1996.7.29. 위 지급보증에 따라 OOO 차입금을 OOO은행에 대납한 후 OOO에 대한 쟁점구상채권(미화 OOO)을 취득하였으며, OOO 청산완료 이후인 2010.3.31. 회수하지 못한 나머지 쟁점구상채권잔액 미화 OOO(OOO원)를 2010사업연도 대손금으로 계상하여 손금산입하였으나 처분청은 소멸시효가 이미 완성된 채권의 잔액을 대손금으로 손금산입한 것은 위법하다고 보아 손금불산입하였다.

(마) 처분청은 OOO가 1996년 청산결의 당시 잔여재산 토지를 보유하고 있었고, 당시 인도네시아 경제위기로 인하여 부동산 가치가 하락하여 해당 토지를 11년간 보유한 후 2007년에 OOO원에 매각하여 청구법인의 외상매출금 일부를 상환하는데 사용하였다는 의견이다.

(바) 청구법인은 OOO 청산관련 내부보고 자료, OOO 토지매각관련 자료, 지분포기서, 외상매출금 및 구상금 채권 발생·변동 내역 등을 제시하였으나, 처분청은 이 중 조사당시 충분히 소명기간을 주었음에도 청구법인이 제출하지 않았던 내부보고자료, 지분포기서 등은 신뢰하기 어렵다는 의견이다.

(사) 1995.8.31. 청구법인의 OOO 청산 내부결의 당시를 기준으로 한 OOO의 자산 및 부채 상황을 요약하면 아래 <표8>과 같다.

OOO

(아) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점구상채권이 채권발생 당시부터 회수불능상태로 청구법인이 채무승인 등 동 채권잔액을 회수하기 위한 조치를 전혀 취하지 아니하여 이미 소멸시효가 완성되었으므로 청구법인이 2010사업연도에 이를 대손금으로 손금산입한 것은 부당하다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 OOO에 대하여 쟁점구상채권 및 외상매출금채권을 가진 유일한 채권자이자 사실상의 유일한 주주였으며, 1996.3.15. 주주총회에서 법인청산을 결의한 이후 1996.5.24. OOO는 영업중단 및 종업원들의 해고 등에 따라 OOO 형태로 유지된 것으로 나타나고, 청구법인이 OOO의 잔여재산(장비, 기구, 토지 및 건물 등) 관리·처분·채무변제 및 청산사무를 수행하여 OOO 청산에 관한 포괄적 대리인의 지위를 가지고 있었던 것으로 나타나는 점, 대법원은 매수인이 부동산을 인도받아 사용수익하고 있었으나 등기청구권을 행사하지 않고 소멸시효기간이 도과한 사안에서 “시효제도의 존재이유에 비추어 보아 부동산 매수인이 그 목적물을 인도받아서 이를 사용수익하고 있는 경우에는 그 매수인을 권리 위에 잠자는 것으로 볼 수도 없다”고 하여 소멸시효가 진행되지 않는 것으로 판시(대법원 1976.11.6. 선고 76다148 판결, 같은 뜻임)하고 있는바, 청구법인의 OOO에 대한 채권(쟁점구상채권 및 외상매출금채권)과 관련하여 채권자인 청구법인이 잔여재산 전부의 점유를 이전받아 사실상 채무자(OOO)의 재산 전부에 대한 관리·처분권 행사 등을 하고 있었다면, 소멸시효가 진행되지 않는 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점구상채권의 소멸시효가 이미 완성되었다고 보기는 어렵다 하겠다.

따라서 청구법인이 2010사업연도에 대손금으로 손금산입한 쟁점구상채권잔액의 소멸시효가 이미 완성되었다고 보아 처분청이 이를 손금불산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2009.1.16. OOO과 태양광 발전용 폴리실리콘을 매수하는 내용의 쟁점계약을 체결하고, 2009.4.15.부터 2009.10.8.까지 아래와 같이 4회에 걸쳐 선급금 미화 OOO(OOO)를 지급하고 세금계산서를 교부받아 OOO원의 매입세액을 공제받았다.

OOO

(나) 청구법인이 2011년 1월∼3월 기간 동안 OOO으로부터 총 43.98톤의 폴리실리콘을 공급받은 후 시장 상황의 악화로 OOO의 추가 공급은 이루어지지 않았고, 청구법인은 2013.1.25. OOO의 이행불능을 이유로 쟁점계약의 해지를 통지한 후 2013.2.7. OOO에 쟁점선급금의 지급을 청구하였으나, 거절되자 2013.4.5. OOO을 피고로 하여 그 지급을 청구하는 소를 제기한 결과 2016.1.14. 아래와 같이 승소판결이 확정되었다.

OOO

(다) OOO이 위 판결확정일인 2016.1.14.을 작성일자로 하여 쟁점선급금에 대한 수정세금계산서를 발급함에 따라 청구법인은 2016년 제1기 부가가치세 매입세액에서 동 금액을 감액하였으나, 처분청은 2015.12.3. 청구법인이 쟁점계약의 해지를 통보한 2013.1.25. 쟁점계약이 적법하게 해지되었다고 보고, 청구법인이 기공제받은 부가가치세 매입세액 OOO원 중 미공급분에 상응하는 OOO원을 2013년 제1기 부가가치세 매입세액에서 감액하고 이에 따른 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세(이하 “쟁점가산세”라 한다)를 가산하여 이 건 부가가치세를 경정고지하였다.

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점선급금 관련 수정세금계산서 발급시기에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점선급금에 대한 수정세금계산서 발급시기가 동 선급금 관련 보증보험금지급청구소송의 판결확정일(2016.1.14.)로서 2016년 제1기의 부가가치세 매입세액에서 동 선급금에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 납부하여야 한다고 주장하나, 위 판결(대법원 2016.1.14. 선고 2015다231894 판결)에서 거래상대방의 쟁점계약에 기한 OOO 공급의무는 2013.1.12.경 무렵에는 이미 사회통념상 그 이행의 실현을 기대할 수 없어 이행불능에 이르렀다고 봄이 상당하고, 특별한 사정이 없는 한 쟁점계약은 거래상대방의 이행불능을 이유로 한 청구법인의 2013.1.25.자 해지의 의사표시에 의해 적법하게 해지되었다고 한 점 등에 비추어 쟁점선급금 관련 수정세금계산서는 그 발급사유가 발생한 날(2013.1.25.)이 속하는 2013년 제1기에 발급하여야 할 것(조심2017구221, 2017.6.15.)으로 판단된다.

(마) 다음으로 쟁점가산세 부과처분에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 거래상대방(OOO)과 달리 일방적 해지 의사표시에 의해 계약관계를 변동시키는 형성권을 행사한 자이므로 매입세액을 감액하는 의무이행을 기대하는 것이 충분히 가능하다는 점 등을 들어 가산세를 면제할 정당한 사유를 인정할 수 없다는 의견이다.

그러나, 청구법인이 2013.1.25. 거래상대방(OOO)에게 쟁점계약의 해지통보를 한 것과 동일하게 거래상대방(OOO)도 2013.1.21. 청구법인에게 쟁점계약의 해지통보를 하였고, 정당한 해지권 행사를 하였는지 여부 등과 관련하여 소송(보험금 지급 청구 소송)이 진행되었으며, 이와 같이 계약의 해지와 관련하여 다툼이 있는 경우의 수정세금계산서 발급시기 등에 대하여 다양한 해석이 있을 수 있는 상황에서 기존 유권해석 등을 고려하여 위 보험금 지급청구소송의 결과가 확정된 2016.1.14. 수정세금계산서를 수수한 것으로 나타나는 점, 위와 같이 청구법인과 거래상대방(OOO)이 계약의 해지와 관련하여 다툼이 있는 상황에서 공급자가 수정세금계산서를 발급하는 것은 계약이 해지되었다고 인정하는 근거가 되므로 공급자가 수정세금계산서를 발급할 것을 기대하기 어렵다는 청구주장이 신빙성 있어 보이는 점, 판례도 세법 해석상 견해의 대립이 생길 수 있는 등 납세의무자에게 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 경우를 가산세를 면제하는 “정당한 사유”로 보고 있는(대법원 2012.4.12. 선고 2011두3173 판결, 같은 뜻임) 점, 우리 원도 청구법인의 쟁점계약 거래상대방(OOO)이 이 건과 동일한 쟁점인 수정세금계산서 발급시기와 관련하여 그 발급사유가 청구법인의 해지통보일(2013.1.25.)에 발생하였다고 하면서 동 해지통보일에 거래상대방(OOO)이 수정세금계산서를 발급하지 않은 것에는 “정당한 사유”가 있다고 판단하여 가산세 부과처분을 취소(조심 2017구221, 2017.6.15.)한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 쟁점가산세를 부가하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 조선, 해양, 플랜트, 엔진, 건설장비, 전기전자시스템, 그린에너지 등의 사업을 영위중인 종합중공업 법인으로서 쟁점상표를 포함하여 각 사업부문에서 주요 제품 등을 지정상품·서비스업으로 하는 다수의 상표(OOO, OOO, OOO, OOO 등 265개)를 등록하여 보유하고 있는바, 쟁점상표(‘OOO’상표)는 선박·조선업 등을 지정상품으로 하여 청구법인이 단독으로 소유하고 있고, ‘OOO’, ‘OOO’, ‘OOO’ 등의 일부 상표는 청구법인을 포함한 구 OOO그룹 계열사들이 공동으로 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(나) OOO은 1998.11.4. OOO 주식회사로 설립되어 1999.10.27. 상호를 OOO 주식회사로 변경하였고, 2003.1.1. 상호를 OOO 주식회사로 다시 변경하였는바, ‘OOO’상표를 현재까지 사용하고 있으나, 상표권 사용료의 명칭으로 별도의 수수료를 청구법인에 지급한 바는 없는 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 1999.10.29. OOO(당시 OOO 주식회사)과 체결한 회사경영위탁계약서 등에 의하면, OOO은 OOO의 경영과 관련된 사항으로서 「상법」, OOO의 정관에서 정한 사항 및 주주총회와 이사에서 결의한 업무를 청구법인에 위탁하고, 매년 영업이익의 10%를 지급받기로 하였고, 청구법인이 2002.5.15. OOO의 최대주주가 되면서 위 경영위탁계약은 종결된 것으로 나타난다.

(라) 특허청의 의견제출통지서(2006.3.31.)에 의하면, OOO은 ‘OOO’상표의 상표등록출원을 하였으나, 특허청은 위 상표가 지정상품 전부와 관련하여 볼 때, 타인의 선출원 상표 OOO(쟁점상표), OOO와 일 요부의 칭호, 관련 또는 외관이 동일 또는 유사한 상표로서 「상표법」 제8조에 해당하여 상표등록을 받을 수 없다고 회신하였는바, OOO에게 이에 대한 의견서를 제출할 것을 요구한 것으로 나타난다.

(마) 특허청의 거절결정서(2006.6.27.)에 의하면, 특허청은 OOO의 ‘OOO’상표의 상표등록출원과 관련하여 의견서 제출을 요구하였으나, OOO이 의견서를 제출하지 아니하고, 2006.3.31.자 거절이유의 일부를 번복할 만한 사항을 발견할 수 없어 상표등록거절결정을 한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인과 OOO은 2002.5.16. 선박수주지원계약서, 용역계약서 및 구매대행계약서를 각 체결한 이후 여러 차례 개정을 거쳐 현재에 이르고 있는바, 그 주요내용은 아래와 같다.

1) 청구법인과 OOO이 2007.1.1. 체결한 선박수주지원계약서의 주요내용을 보면 청구법인은 OOO에게 선박수주와 관련된 영업정보 입수, 마케팅 등 영업과 관련된 전반적인 업무를 갑에게 제공하고 그에 대한 용역대가인 선박수주지원 수수료( 선박계약금액의 0.3～0.5%)를 지급받는 것으로 나타나고 그 지급내역은 아래 <표9>와 같다.

OOO

2) 청구법인과 OOO이 2007.1.1. 체결한 용역계약서의 주요내용을 보면 청구법인이 OOO에게 기본설계 및 구매지원·기타 업무지원 용역을 제공하고 그 대가로 실발생 비용에 관리비 10%를 가산하여 산정한 금액을, 시리즈선 상세설계 도면, 참고용 도면 및 DOCUMENT를 제공하고 그 대가로 “제공도면 표준공수×20%×단가”를 적용한 금액을 각각 용역수수료로 청구한다고 기재되어 있다.

3) 청구법인과 OOO이 2006년 5월 체결한 자재구매위탁계약서의 주요내용을 보면 청구법인이 제공하는 구매지원 용역 및 기타 업무지원 용역에 대하여 실발생 비용에 관리비 10%를 가산하여 산정한 용역수수료를 구매수수료로 청구하는 것으로 되어 있다.

(사) 국세청장의 과세전적부심사결정서(2016.4.21.)에 의하면, 청구주장 중 연구인력개발준비금의 환입 조정에 대한 주장 등은 채택하고, 상표권 사용료에 대한 주장 등은 불채택한 것으로 나타난다.

(아) 한편, 처분청이 2016.5.2. 청구법인의 2010사업연도 및 2011사업연도 각 사업연도소득금액을 계산하면서 상표권 사용료 상당액을 <표3>(9쪽)과 같이 익금산입(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)하였으나 연구인력개발준비금의 손금산입(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)으로 인하여 감액경정됨에 따라 법인세 2010사업연도분 OOO원 및 2011사업연도분 OOO원을 각 환급통지하였는바,

본안심리에 앞서 처분청이 청구법인의 2010사업연도 및 2011사업연도의 법인세를 경정하면서 익금산입한 상표권 사용료 상당액(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)을 익금불산입하여야 한다는 심판청구가 적법한 청구인지 여부에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」제55조 제1항에 의하면 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 심판청구를 제기하여 다툴 수 있다고 규정되어 있고, 이 건은 하나의 항목에 대한 증액(익금산입)과 다른 항목에 대한 감액(손금산입)이 동시에 이루어진 결과 전체로서는 감액경정(환급)이 된 것으로 나타난다.

이러한 사실에 비추어 처분청이 2010사업연도 및 2011사업연도 법인세를 경정하면서 상표권 사용료를 익금산입하였다 하더라도「법인세법」에 의한 익금가산처분은 법인세 과세처분에 앞선 결정으로서 그로 인하여 법인이 구체적인 납세의무를 부담하게 된다거나 현실적으로 어떤 권리침해 내지 불이익을 받는다고는 할 수 없으므로 동 익금가산처분은 불복 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없는 것(대법원 1989.7.25. 선고 87누902 판결, 같은 뜻임)이고,

경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자의 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수는 없다 할 것(대법원 1996.11.15. 선고 95누8904 판결, 국심 2005서102, 2007.2.15. 외, 같은 뜻임)이다.

따라서 처분청이 청구법인의 2010사업연도 및 2011사업연도 법인세를 경정하면서 상표권 사용료 상당액을 익금산입한 것 또는 연구인력개발준비금의 손금산입과 함께 전체로서 감액경정을 한 것을「국세기본법」상 불복의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없으므로 이를 익금불산입하여야 한다는 심판청구는 부적법하다 하겠다.

(자) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 그 외 사업연도에 대한 심판청구에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 선박수주지원 및 선박공동수주 등을 대행하고 선박수주지원수수료를 지급받고 있는바, 이는 청구법인이 OOO의 전반적인 영업을 대행한 대가로 수수하는 비용으로 상표권 사용료 등이 포함된 금액으로 볼 수 있는 점, 설계용역수수료 및 자재구매대행수수료가 실발생 원가에 10%를 가산한 금액인 반면, 선박수주지원수수료는 선박계약금액의 0.3～0.5%로 실발생 원가에 10%를 가산한 금액 대비 OOO원이 큰 것으로 나타나는바, 처분청이 상표권 사용료 상당액으로 익금산입한 OOO원과 비슷한 수준인 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점상표를 특수관계법인이 무상사용한 것으로 보아 그 사용료 상당액을 익금산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 일부 부적법하고, 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.