국심2005서3208 (2007.03.22)

법인

경정

비밀계좌 입금액 중 신원이 확인되지 아니하는 금액이 사실상 법인의 매출거래와 관련된 입금액으로 보여지므로 매출누락으로 보아 과세한 것은 정당함

부가가치세법 제21조【경 정】 / 법인세법시행령 제106조【소득처분】

조심2011중0767

(1) 성동세무서장이 2004.10.15. 청구법인에게 한 2000년 귀속 소득금액 680,479,744원(소득자 장병인)의 소득금액변동통지처분 중 소득금액 14,382,697원은 장병인의 소득금액에서 제외하여 소득금액변동통지를 경정하도록 하고,

(2) 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인의 2000～2003사업연도에 대한 법인세 통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과,

① 청구법인이 개업일 이후 장기간에 걸쳐 재화를 공급하고서도 세금계산서를 발행하지 아니하고 자녀 명의의 예금계좌로 대금 등을 수취하였다고 보아 청구법인이 세금계산서를 교부하지 아니한 2000년 거래명세표 395매(이하 “쟁점거래명세표”라 한다) 거래금액 595,279,124원(공급대가) 중 반품거래로 기재된 6매를 제외한 389매 거래금액 593,804,650원 등 609,511,350원(공급대가, 이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 신고(매출)누락한 것으로 보고, 청구법인의 대표이사 장병인의 자녀 장현곤의 신한은행 계좌(306-02-269790) 및 장일곤의 신한은행 계좌(306-02- 381753) 등 2개 금융계좌(이하 “쟁점계좌”라 한다) 등에 대한 거래처·입금인(업체)에 대한 질문·조사를 통하여 매출누락 거래사실을 일부 확인하고 쟁점계좌에 입금한 금액 중 784,152,023원(공급대가, 이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 신고(매출)누락한 것으로 보아 합계 1,393,663,373원(쟁점①금액 및 쟁점②금액으로, 이하 “쟁점매출누락액”이라 한다)을 당해 사업연도 익금에 산입하고,

② 청구법인이 2000사업연도 경비로 계상한 국제특허출원비용 28,765,394원(이하 “쟁점특허출원비용”이라 한다)을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하였으며,

③ 2000.5.31. 청구법인의 예금계좌에서 33,000천원(이하 “쟁점소득세”라 한다)을 출금하여 장동순의 종합소득세를 대납한 것 등에 대하여 손금불산입하였고,

이에 따라 처분청은 2004.10.15. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세를 결정고지하고, 위 쟁점매출누락액과 손금불산입한 제경비(쟁점특허출원비용 및 쟁점소득세)를 포함한 1,455,428,767원을 대표자인 장병인에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

<표1 : 부가가치세, 법인세 고지내역 및 상여처분 내역>

(단위 : 원)

나. 청구법인은 이에 불복하여 2005.1.3. 이의신청을 거쳐 2005.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점매출누락액 산정관련

(가) 쟁점거래명세표관련 거래로서 매출누락으로 보아 과세한 쟁점①금액에 대하여

쟁점거래명세표 중 거래처가 실지거래로 인정한 155,775천원만 실지거래로 보아 과세하여야 하고 나머지는 쟁점①금액에서 제외하여 과세하여야 한다.

즉, 소명불응 및 거래명세표에 의거 사업자등록사실이 확인되지 않는 거래, 거래처가 거래를 부인한 거래 등에 대해 거래명세표만을 근거로 하여 실지거래가 있었다고 추정하는 것은 근거과세에 위반되며, 처분청이 청구법인의 대주주 가족 등에 대한 모든 금융계좌를 조사해도 거래대금의 입금 사실이 확인되지 아니한 것이므로 동 거래명세표는 실현된 거래가 아니고, 쟁점거래명세표에 인수자 서명이 있었다고 하나 법적 증빙이 아니어서 거래취소, 수정 등이 빈번하게 발생하는 것이므로 이에 대하여 실지거래로 추정하는 것은 부당하며 인수자의 서명도 없는 거래명세표 114매에 대해서도 실지거래로 추정하여 과세하는 것은 더욱 부당하다.

또한, 거래처가 실지거래로 시인한 155,775천원을 매출누락으로 보더라도 동 매출액은 청구법인에 귀속되는 것이 아니라 장현곤 개인의 매출액인 바, 장동순이 폐업하기 이전에 판매한 제품을 거래처의 부도로 대금을 회수할 수 없어 판매한 제품을 회수하여 장현곤 개인이 이를 판매하고 대금도 청구법인의 금융계좌가 아닌 장현곤 개인의 금융계좌로 입금받았으므로 쟁점거래명세표 중 거래상대방이 실지거래로 시인한 부분에 대해서도 귀속자를 장현곤 개인으로 보아야 한다.

(나) 쟁점계좌에 입금된 금액 중 매출누락으로 보아 과세한 쟁점②금액에 대하여

쟁점계좌의 입금액 중 처분청이 내용을 확인하여 매출누락에서 제외한 금액이 492,420천원(38.6%)이므로 쟁점계좌는 청구법인의 계좌가 될 수 없고, 세금계산서가 발행된 것으로 인정한 금액도 337,723천원에 이르므로 동 계좌를 비밀계좌로 볼 수 없으며, 위 금액을 합한 830,143천원은 총 입금액의 65%에 해당되어 동 계좌를 청구법인 계좌 또는 비밀계좌로 보는 것은 부당하다. 특히, 쟁점계좌에 입금된 금액 중 내용을 알지 못하는 입금액 254,572천원을 매출누락으로 추정하는 것은 더욱 부당하다.

청구법인이 최종배서자가 되어 입금한 금액 132,211천원은 장현곤이 개인적으로 입금할 때마다 수기하는 것이 불편하여 청구법인의 고무인을 날인하여 입금한 것으로서 청구법인의 제품을 판매한 대금이 아니고, 설령 제품을 판매한 대금이 일부 있다 하더라도 대표자 가수금 및 가수반제의 거래로 추정되어야 하며, 위 금액을 제외한 나머지 금액도 쟁점계좌가 청구법인의 비밀계좌가 아니므로 청구법인이 입금하였다 하더라도 대표자 가수금 및 가수반제의 거래로 추정되어야 하므로 쟁점②금액을 매출누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점특허출원비용에 대하여

이 건 국제특허등록은 청구법인의 영업폐쇄를 의도하는 소송 중에 청구법인의 영업을 위해 분쟁가능국가에 등록한 것으로서 등록권자는 사용료 수입이 없어 이익과 무관하고 특허출원의 실질 수혜자는 청구법인이므로 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다.

즉, 특허소송의 당사자가 개인으로 되어 있으나 소송의 취지는 청구법인의 제품과 관련된 폐기·사용금지 가처분으로 청구법인의 손익과 직결되며 청구법인은 동 특허제품만을 취급하면서 특허사용료를 부담하지 아니하므로 쟁점특허출원비용을 부담하였다 하더라도 부당하게 부를 이전하였다고 볼 수 없다. 또한, 특허 등록권자가 장병인, 장동순 공동소유인데 장병인 1인에게 상여로 소득처분하는 것도 부당하다.

(3) 쟁점소득세에 대하여

장동순이 대륙전기공업사를 청구법인에 양도·양수시(1998.12.28.) 청구법인으로부터 받을 사업의 양수금이 570백만원이 있었고, 이를 인정이자로 계산할 경우 62,700천원에 상당하는 금액으로 쟁점소득세를 훨씬 상회하므로 청구법인이 인정이자에 미달하는 쟁점소득세를 대납하였다 해도 법인이 부당하게 부를 이전한 거래로 볼 수 없다.

또한, 쟁점소득세에 대해 상여처분 대상으로 보더라도 장동순의 세금이므로 장동순에 대한 상여로 소득처분하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점매출누락액 산정관련

(가) 쟁점거래명세표관련 거래로서 매출누락으로 보아 과세한 쟁점①금액에 대하여

쟁점거래명세표 389매(반품거래 6매 제외)중 331매(85%)(공급대가의 87.8%)의 거래는 실지거래로 확인 되는 바, 인수자 서명이 된 것 275매와, 인수자서명이 없는 것 114매 중 56매는 현금매출로 확인된다. 또한, 쟁점거래명세표에 기재된 거래처 141개 업체 중 그 인적사항을 알 수 있는 68개 업체에 대하여 거래사실을 확인한 바, 24개 업체는 거래사실을 인정하는 확인서를 제출하였고, 7개 업체는 거래사실을 인정하였으며, 3개 업체는 반품거래로 인정하여 인적사항이 확인되는 68개 업체 중 34개 업체(50%)가 쟁점거래명세표의 거래를 인정하고 있고, 청구법인의 사업장에 보관된 거래명세표 885매(2000년)와 쟁점거래명세표의 양식이 동일하며, 인영, 일련번호 부여방식이 동일한 점 등 쟁점거래명세표가 과세요건을 충족한다.

장현곤 명의로 된 쟁점계좌는 청구법인의 비밀계좌로 계획적이고 상습적인 방법으로 조세포탈을 한 것이므로 동 계좌의 귀속자는 장현곤이 아니라 청구법인이며, 쟁점거래명세표에 의한 매출누락액 중 445,805천원은 D.P.F.(청구법인의 생산제품명) 신제품을 정상가격으로 판매한 것이고 청구법인의 독점제품이므로 장현곤 개인의 중고품 매매가 아니다. 따라서 쟁점①금액을 매출누락으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

(나) 쟁점계좌에 입금된 금액 중 매출누락으로 보아 과세한 쟁점②금액에 대하여

쟁점계좌의 입금액 중 상호·성명 등 인적사항이 기재된 금액은 692,650천원이고 청구법인에 동 금액의 입금사유를 해명할 것을 요구하였으나 해명하지 아니하여 상호·성명을 근거로 신원 확인한 결과 송금인의 신원이 확인된 금액은 438,077천원이며 나머지 254,572천원은 신원의 확인이 불가하였는 바, 신원이 확인된 438,077천원 중 금전거래 등 입금사유가 밝혀진 금액이 357,509천원으로 71.3%가 청구법인의 거래와 관련된 입금액으로 확인된다.

또한, 청구법인이 입금한 539,083천원 중 수표 등으로 입금한 금액의 일부인 132,211천원에 대한 금융조회 결과 111,511천원의 회신을 받았고 동 금액이 모두 청구법인이 최종 배서인으로 확인되므로 청구법인이 쟁점계좌에 입금한 금액은 청구법인의 거래와 관련된 입금액임을 알 수 있다.

위와 같이 쟁점계좌의 입금액이 매출거래와 관련된 입금액이며, 쟁점계좌의 실제 사용자가 청구법인으로 확인된 이상 입금액 중 송금인의 인적사항이 확인되지 아니하는 금액 254,572천원과 청구법인이 입금한 539,083천원을 청구법인의 과세(매출)거래와 관련된 입금액으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 쟁점특허출원비용에 대하여

쟁점특허출원비용의 경우 소송의 당사자가 장병인·장동순이고, 장병인·장동순 명의의 특허권 등록을 위하여 소요된 비용이므로 청구법인이 동 비용을 부담한 것은 적정하지 않다.

또한, 쟁점특허출원비용을 장병인, 장동순에게 균등하게 소득처분할 것을 주장하나, 먼저 동 금액이 누구에게 실질적으로 귀속되었는지 밝혀 그 귀속자에게 소득처분을 하여야 할 것이다.

(3) 쟁점소득세에 대하여

청구법인의 장동순에 대한 미지급금(570백만원)이 소비대차로 전환되어 이자를 지급하기로 한 특별한 사정이 없고, 법인의 자금을 장부에 기재함이 없이 인출하여 대표이사 개인적 용도로 사용한 것이므로 손금불산입한 것은 적법하며, 법인 자금을 인출하여 납부한 것이므로 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 것도 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점매출누락액 산정이 적정한지 여부와 관련하여

㉮ 2000사업연도 거래명세표 395매 중 반품거래분(6매)을 제외한 거래금액인 쟁점①금액을 실지거래가 있었다고 보아 과세한 처분이 정당한지 여부와

㉯ 쟁점계좌로 입금된 금액 중 쟁점②금액을 청구법인의 매출누락과 관련된 입금액으로 보아 과세한 처분이 정당한지 여부

② 청구법인이 전용사용권을 가지고 있는 장병인·장동순 소유 특허권에 대한 국제특허출원비용(28,765,394원)을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고 장병인에 대한 상여로 소득처분한 것이 정당한지 여부

③ 청구법인이 대납한 장동순의 종합소득세(33,000천원)에 대해 손금불산입 및 상여처분의 적정 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조【경 정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 내용 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것.

(4) 법인세법 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득 관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

(5) 법인세법시행령 제50조【업무와 관련이 없는 지출】법 제27조 제2호에서 대통령령이 정하는 것 이라 함은 다음 각호의 1에 규정하는 것을 말한다.

1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소 건축물 물건 등의 유지비 관리비 사용료와 이에 관련되는 지출금. 다만, 법인이 중소기업의 사업영역보호 및 기업간 협력증진에 관한 법률 제9조의 규정에 의한 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에게 이양하기 위하여 무상으로 당해 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등을 제외한다.

2. 당해 법인의 주주 등(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주를 제외한다) 또는 출연자인 임원 또는 그 친족( 국세기본법시행령 제20조 제1호 내지 제8호에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)이 사용하고 있는 사택의 유지비 관리비 사용료와 이와 관련되는 지출금

(6) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(7) 법인세법시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

16. 제1호 내지 제15호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

(8) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 이자율 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다.

(9) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사 결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

다. 쟁점①에 대하여

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 2000.1.1. 개업하여 의복 및 가죽산업용 기계 제조업을 영위하는 법인으로, 1999.12.28. 대륙전기공업사 장동순(청구법인 대표이사 장병인의 처)으로부터 사업 양도·양수를 받아 법인을 설립하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 세금계산서를 발행하지 않고 편직기 부품 등을 판매하고 그 판매대금을 자녀 명의의 예금계좌로 수수하는 수법으로 제세를 포탈한 혐의를 포착하여 2004.5.24.～2004.7.5. 법인세 일반조사 및 2004.7.6.～2004.9월까지 조세범칙조사를 실시한 결과,

아래 <표2>와 같이 쟁점매출누락액을 적출하여 익금산입 및 대표자 상여처분하여 제세 경정하고 조세범처벌법 및 특정범죄가중처벌법 위반혐의로 동부지방검찰청에 고발하였다.

<표2 : 쟁점매출누락액 내역>

(단위 : 원)

(2) 먼저, 처분청이 청구법인의 매출누락액으로 본 금액 중 쟁점①금액에 대하여 본다.

(가) 쟁점①금액의 계산내역을 보면, 처분청은 청구법인이 보유하고 있던 거래명세표 885매를 제시받아 확인한 결과 쟁점거래명세표(395매)에 해당하는 거래명세표가 없어 청구법인이 보관하던 위 885매 외에 거래명세표가 있는지 확인할 것을 요구하였으나 청구법인은 더 이상의 거래명세표가 없다고 하자, 처분청에서 별도로 파악하고 있던 쟁점거래명세표(395매)를 제시하고, 동 거래명세표를 분석한 결과 거래업체 141개, 거래금액 595,279,124원(공급대가)이 실지거래가 있었다고 조사하였으며,

위 141개 업체 중 인적사항이 확인되는 68개 업체 거래금액 526,614,924원에 대한 거래사실 여부를 확인한 결과, 거래사실을 인정(확인서 제출 및 거래인정)한 31개 업체 거래대금 155,775,100원, 반품으로 확인한 3개 업체 거래대금 2,315,474원, 소명불응한 업체 등 21개 업체 거래대금 365,412,235원으로 조사되어 있다.

쟁점거래명세표 중 반품거래 6매(당초 3매, 추가 3매)를 제외한 389매 거래금액 593,068,650원의 내역을 보면, 인수자 서명이 있는 것 275매 거래금액 497,250,450원, 인수자 서명이 없는 것 114매 거래금액 95,818,200원으로 조사되어 있고, 인수자 서명이 없는 것 114매 중 현금매출로 기재된 것이 56매 23,222,700원이라고 조사되어 있으며, 이와는 별도로 청구법인이 보관하고 있던 거래명세표와 세금계산서를 대사한 결과 세금계산서 미발행분 15,706,700원을 매출누락한 것으로 조사되어 있다.

처분청은 위 조사내용에 근거하여 청구법인이 보관하고 있던 거래명세표 중 세금계산서 미발행분 거래금액 15,706,700원과 쟁점거래명세표 중 389매관련 거래금액 593,804,650원, 계 609,511,350원(쟁점①금액)을 거래명세표관련 매출누락액으로 보아 이 건 과세하였다.

(나) 한편, 이 건 조세범처벌법위반과 관련된 서울동부지방법원의 판결문(사건번호 2005고단429, 2005고정1060 병합, 2005.7.21.판결)에 의하면, 청구법인이 세금계산서를 교부하지 아니하고 거래명세표만 교부하여 아래 <표3>과 같이 매출누락하여 부가가치세 및 법인세를 포탈하였고 청구법인의 실질적인 대표자는 장현곤(대표이사의 아들)으로 위와 같이 부정한 방법으로 조세를 포탈하였다 하여 장현곤은 징역 8월에, 청구법인은 벌금 50,000천원에 각 처하며, 다만 장현곤에 대하여는 이 판결 확정일로부터 2년간 위 형의 집행을 유예한다고 되어 있다.

<표3 : 법원이 결정한 청구법인의 매출누락액 내역>

(단위 : 원)

(다) 청구법인은 1999.12.28.자 대륙전기공업사(대표자 장동순)와 청구법인간에 체결한 사업 양도·양수계약서, 2000.1.24.자 대륙전기공업사의 폐업신고서 및 청구법인이 주장하는 대륙공업사가 현물 회수한 부도어음 명세(장동순에게 발행한 약속어음 사본 첨부), 대륙전기공업사의 재고상품 등을 청구법인이 아닌 개인 자격으로 판매한 사실이 있다고 확인하는 장현곤의 사실확인서(세무조사시 제출), 2000년 매출누락으로 과세한 1,810천원은 실제 거래라고 확인하는 처분청이 징취한 2004.10.5.자 김을선 등의 확인서, 청구법인 및 대표이사를 조세범처벌법 위반 및 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률 위반으로 검찰에 고발한 것에 대하여 혐의없음(증거불충분)으로 통지한 2005.3.2.자 서울동부지방검찰청(검사 김준연)의 피의사건 처분결과 통지서 및 고발서, 위 <표3>관련된 2005.7.21.자 서울동부지방법원의 판결문 등을 증빙으로 제시하면서, 쟁점거래명세표와 관련된 매출누락액이 쟁점①금액이 아니라 처분청이 실지거래로 확인한 거래금액 155,775,100원(거래처의 확인서 징취 및 전화확인)으로 보거나 법원이 실지거래로 결정(2000사업연도 귀속)한 156,855,100원(위 <표3> 참조)을 매출누락액으로 보아 과세하여야 한다고 주장한다.

(라) 그러나, 청구법인의 주장대로 쟁점거래명세표관련 거래가 대륙전기공업사(대표 장동순)의 부도어음과 관련되어 현물 회수한 것을 장현곤이 청구법인과 별도로 판매한 것이라면 반품관련 거래명세표 및 반품세금계산서 등을 제시하여야 할 것으로 보이나 이에 대한 증빙이 없는 반면, 청구법인이 별도로 관리하던 쟁점거래명세표의 경우 청구법인이 세무조사시 보관하면서 제출한 거래명세표와 양식, 인영, 일련번호 부여방법 등이 동일한 것에 대하여 다툼이 없는 점, 처분청에서 쟁점거래명세표에 대해 상당부분을 실지거래로 확인하고 있는 점, 조세포탈과 관련된 형사사건과 조세부과 사건과는 차이가 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 당초 제세를 신고하면서 보관하고 있던 거래명세표와 별도로 보관(관리)하면서 제세를 신고하지 아니한 쟁점거래명세표를 달리 취급할 이유가 없다고 보여지므로, 처분청이 쟁점거래명세표상의 거래를 실지거래로 보고 쟁점①금액을 매출누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

또한, 이상 살펴본 바와 같이 쟁점①금액은 청구법인의 매출누락금액으로 판단되므로 쟁점①금액이 장현곤 개인의 매출이라는 청구 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 다음, 쟁점계좌에 입금된 금액 중 쟁점②금액을 청구법인의 매출누락액과 관련된 입금액으로 보아 과세한 처분이 정당한지를 본다.

(가) 처분청은 쟁점계좌의 실지 사용자를 확인하기 위해 출금내역 중 일부를 금융 조회한 바, 동 계좌에서 출금된 금액이 장동순 및 장병인, 청구법인 명의로 송금되어 청구법인의 대출금을 상환하는데 사용되는 등 사실상 청구법인의 비밀계좌인 것으로 보고, 2000.1.1.～2003.12.31.까지 쟁점계좌의 입금액 1,276,003,360원 중 세금계산서 발행분 입금액 337,823,000원과 거래명세표와 관련된 입금액 154,028,337원, 계 491,851,337원을 제외한 784,152,023원(쟁점②금액, 위<표2>참조)을 매출누락한 것으로 보아 과세하였는 바,

쟁점계좌 입금액 1,276,003,360원의 내역을 보면, ㉠ 청구법인의 입금액(가계·당좌수표 등, 현금 등) 539,083,335원, ㉡ 친인척의 입금액 44,270,010원, ㉢ 상호 및 성명이 기록된 입금액 692,650,015원으로 조사되어 있고, 상호 및 성명이 기록된 입금액 692,650,015원(㉢) 중 신원이 확인된 입금액은 438,077,263원, ㉣ 신원이 미확인된 입금액은 254,572,752원으로 조사되어 있다.

처분청은 청구법인의 입금액 539,083,335원(㉠)과 신원이 확인되지 아니하는 입금액 254,572,752원(㉣)의 합계 784,152,023원(쟁점②금액)을 청구법인의 거래대금과 관련된 것으로서 신고(매출)누락하였다고 보아 이 건 과세하였다.

(나) 청구법인은 위 쟁점①금액과 관련하여 제출한 증빙과 같이 쟁점계좌로 입금된 금액 중에는 상당부분이 세무상 문제가 없으므로 동 계좌가 수입금액 누락과 관련된 비밀계좌가 아니며, 일부 수입금액관련 금액이 동 계좌로 입금되었다고 하더라도 동 금액은 대표자 가수금 및 가수반제의 거래로 보아야 한다고 주장하면서, 쟁점계좌의 입금액을 매출누락과 직접 관련된 것으로 보더라도 법원이 매출누락으로 판결한 2001～2003사업연도 매출누락액 92,125,900원(위 <표3>참조)을 실제 매출누락으로 보아 과세할 것을 주장하고 있다.

(다) 그러나, 위에서 보듯이 쟁점계좌의 입금액 중 상당부분이 세금계산서 발행분 입금액(337,823,000원)과 거래명세표와 관련된 입금액(154,028,337원)으로 조사되어 있는 점과 쟁점계좌의 입금액 중 신원이 확인된 입금액(438,077천원) 중 청구법인의 거래와 관련된 입금액이 357,509천원에 이르는 점 등에 비추어 쟁점계좌를 장현곤 개인의 예금계좌로 보기보다는 사실상 청구법인의 예금계좌로 보여지고, 청구법인의 명의 등으로 쟁점계좌에 입금한 금액 등(쟁점②금액)이 청구법인의 주장과 같이 가수금 및 가수반제와 관련된 거래라면 이와 관련된 장부 및 증빙 등을 통해 이를 입증하여야 할 것이나 관련 증빙자료를 제시하지 않는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 쟁점계좌에 입금한 금액(539,083천원)과 동 계좌 입금액 중 신원이 확인되지 아니하는 금액(254,572천원)은 사실상 청구법인의 매출거래와 관련된 입금액으로 보여지므로, 청구법인이 쟁점②금액을 신고(매출)누락하였다고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 쟁점②에 대하여

(1) 사실관계

(가) 처분청은 1999.12.28. 청구법인은 대륙전기공업사와 사업의 포괄 양수양도계약을 체결하고 동 사업장을 인수하였으나 동 사업에 사용하던 특허권을 제외한 양수양도로서 사업의 양도에 해당되지 아니한다고 보아 폐업시 재고자산에 대한 부가가치세 과세자료 통보하고,

청구법인이 전속사용권을 갖고 있는 위 장병인·장동순 소유의 특허권에 대하여 2000사업연도에 국제특허출원비용 28,765,394원(쟁점특허출원비용)을 손금으로 계상한 것에 대하여 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고 동 금액을 장병인에 대한 상여로 소득처분하였다.

(나) 쟁점특허출원비용의 내역을 보면, 미국특허출원비용(번역료 등 포함) 3,205,000원, 변리사 수수료 및 특허비용 20,000,000원, 기타 5,560,394원, 계 28,765,394원으로 되어 있다.

한편, 처분청은 청구법인이 개인(장병인, 장동순)의 특허권 사용에 대한 사용료를 지급하지 아니한 것에 대하여 부당행위계산부인 대상으로 보아 관할세무서에 과세자료 통보하였다.

(2) 이 건 쟁점특허출원비용을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고 대표이사(장병인)에 대한 상여로 소득처분하여 과세한 처분이 정당한지를 본다.

(가) 청구법인은 독일회사가 장병인, 장동순을 상대로 제기한 이 건 특허관련 등록무효소송에 대한 2000.8.24.자 특허법원의 판결문(사건번호 99허4187)과, 독일회사가 장병인, 장동순을 상대로 제기한 이 건 특허관련 손해배상청구 소송에 대한 2000.11.15.자 서울고등법원의 판결문(사건번호 98나47520)을 증빙으로 제시하면서, 당시 외국 업체의 손해배상소송에 피소된 바 있어 장차 제기될지 모르는 분쟁업체들의 재소를 방지하기 위하여 미국에 특허출원을 한 것으로 동 특허에 따른 사용수익은 특허권자에게 귀속되는 것이 아니라 청구법인에 귀속되는 것이므로 쟁점특허출원비용의 경우 업무와 관련된 비용에 해당되므로 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다고 주장한다.

(나) 그러나, 이 건 특허권이 청구법인의 이익을 위한 것이라 하더라도 특허출원의 1차 수혜자는 어디까지나 청구법인이 아니라 특허권자에게 있는 점에 비추어 개인 소유의 특허권에 대한 출원비용(쟁점특허출원비용)을 법인의 업무와 관련된 비용으로 보기는 어렵다고 판단되므로, 청구법인이 부담한 쟁점특허출원비용을 업무와 직접 관련이 없는 지출로 보아 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

다만, 이 건 특허권이 형식상 장병인·장동순 공동 소유로 되어 있고 사실상 장병인 단독 소유로 볼 수 있는 증빙이 없으므로 쟁점특허출원비용 전부를 장병인에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당한 것으로 보이고, 동 특허권에 대해 장병인·장동순간 소유권지분비율이 정리된 바가 없으므로 각각 동등한 지분을 소유한 것으로 보아 장병인에게는 쟁점특허출원비용의 2분의 1만을 상여로 소득처분함이 타당하다고 판단된다.

마. 쟁점③에 대하여

(1) 사실관계

(가) 청구법인은 2000.5.31. 장동순(대표이사 장병인의 처)의 종합소득세 확정신고시 장동순의 종합소득세 33,000천원(쟁점소득세)을 청구법인의 계좌에서 출금하여 대납하면서, 동 금액을 가지금금으로 계상하거나 기존의 가수금을 상계하는 등의 회계처리를 하지 아니하였다.

(나) 처분청은 쟁점소득세를 업무무관 비용으로 보아 손금불산입하고 청구법인의 대표이사인 장병인에 대한 상여로 소득처분하여 과세하였다.

(2) 청구법인이 대표이사의 배우자인 장동순의 쟁점소득세를 대납한 것에 대하여 손금불산입하고 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 것이 정당한지를 본다.

(가) 청구법인은 1999.12.28. 이 건 사업 양수양도와 관련된 단기차입금 570백만원이 기재되어 있는 청구법인의 계정별 원장(단기차입금)을 증빙으로 제시하면서 청구법인이 장동순에게 이자없이 미지급한 금액이 570백만원이 있고 청구법인이 대납한 쟁점소득세가 위 미지급금의 인정이자율로 계산한 금액의 이하이므로 쟁점소득세는 미수이자 상당액을 지급한 것으로 보아 청구법인의 손금으로 인정할 것을 주장한다.

(나) 그러나 개인의 소득세를 청구법인이 부담한 것에 대하여 법인의 업무와 관련된 지출로 보기 어렵고, 법인의 자금을 대표이사가 인출하여 쟁점소득세를 대납한 것으로 볼 수 있으므로, 청구법인이 개인의 쟁점소득세를 대납한 것에 대하여 손금불산입하고 동 금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007년 월 일

주심국세심판관 주 영 섭

배석국세심판관 임 성 균

김 재 구

안 경 봉