조심2010광0148 (2010.02.25)

법인

취소

개정 전 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 제한하고 있지 않았고 영농조합법인은 농업인의 소득증대의 목적으로만 설립할 수 있는 것이며 정관에 사업의 종류로 주유소업을 명시한 상태에서 오랜 기간 정상적으로 주유소업을 영위하여 왔던 점 등을 고려할 때 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아 이를 부인하고 과세한 처분은 부적법함

조세특례제한법 제66조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 / 조세특례제한법 시행령 제63조【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 / 농업· 농촌기본법 시행령 제13조【영농조합법인의 사업】

OO세무서장이 2009.9.16. 및 2009.12.1. 청구법인에게 한 2003.7.1～2004.6.30.사업연도부터 2007.7.1.～2008.6.30.사업연도까지의 법인세 128,594,770원의 부과처분 중

1. 2003.7.1～2004.6.30.사업연도부터 2006.7.1.～2007.6.30.까지의 법인세 100,020,560원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1999.9.1.「농업·농촌기본법」에 의하여 설립한 영농조합법인으로 소매(주유소)업을 영위하면서 이로부터 발생한 소득(이하 “쟁점소득”이라 한다)을 「조세특례제한법」 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당되는 것으로 보아 각 사업연도 법인세 신고당시 쟁점소득을 법인세 일부 면제대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 영농조합법인이 경영하는 주유소업은「농업·농촌기본법」상 영농조합법인의 사업 범위에 포함되지 아니하므로 쟁점소득이법인세가 면제되는 농업소득외의 소득에 해당하지 아니한다고 보아 2009.9.16. 청구법인에게 2003.7.1～2004.6.30.사업연도(이하 “2003사업연도”라 한다) 법인세 10,044,950원을, 2009.12.1. 법인세 2004사업연도53,476,710원, 2005사업연도 20,659,940원, 2006사업연도 15,838,960원, 2007사업연도 28,574,210원 합계 128,594,770원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여2009.12.14.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2007.2.28. 개정되기 전의 「조세특례제한법 시행령」 제63조 제1항은 영농조합법인의 ‘농업소득외의 소득’에 대하여 법인세가 감면되는 금액 한도만을 규정하고 있을 뿐, 그 소득이 발생한 업종을 구분하지는 않고 있으므로, 쟁점소득 중 2006사업연도 이전에 발생한 소득의 경우, 위 조항의 문리해석상 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당한다.

(2) 2007.2.28.「조세특례제한법 시행령」개정 이후에도, 「조세특례제한법 시행령」제63조 제1항은 면제 대상 소득을 “농업소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득”이라고 규정하고 있고,「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조 제5호는 영농조합법인의 사업으로 “기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업”을 규정하고 있는 바, 청구법인의 주유소 소매업은 농민에게 꼭 필요한 유류를 직접 공급하기 위한 것이어서 이에 포함되는 것이므로, 쟁점소득 중 2007사업연도 이후에 발생한 소득 역시 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당한다.

(3) 설사, 쟁점소득이 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당하지 않는다고 하더라도, 쟁점소득 중 농민에게 공급한 면세유류 사업에서 발생한 것은, 실질상 영농조합법인의 목적 달성을 위한 사업에 포함되는 것임은 물론 청구법인 정관에도 그 내용이 포함되어있으므로, 이 부분에 한해서는 감면 대상 소득으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 관련법령이 영농조합법인의 설립목적을 “협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 통하여 조합원(농업인)의 소득증대를 도모”함으로 하면서, 영농조합법인의 사업을 “농업의 경영 및 부대사업, 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영, 농산물의 공동출하·가공 및 수출, 농작업의 대행, 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업”으로 규정하고 있는 점, 이에 따르면 위 설립목적에 부합하는 농업과 관련된 사업만이 영농조합법인의 사업 범위에 포함되는 것으로 보아야 하는 점, 2007.2.28.「조세특례제한법 시행령」개정으로 법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’은 “「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득”으로 제한되었고, 동 개정은 기존에도 영농조합법인의 설립목적과 부합되는 사업에서 발생한 소득에 한하여 법인세를 감면하였던 것을 확인적으로 규정한 것으로 보아야 하는 점, 농업회사법인의 경우에도 농업회사법인의 설립목적과 상이한 농지분양·매출 및 농지 분양대행사업, 찜질방 사업 등에서 발생한 소득에 대하여는 법인세 감면을 인정하지 않았던 점(재법인-218, 2006.3.17.) 등을 종합하면, 어떠한 소득이 당초부터 영농조합법인의 설립목적에 부합하지 않는 사업에서 발생한 소득이라면, 2007.2.28.「조세특례제한법 시행령」개정 이전 사업연도에 발생한 소득이라도 이에 대한 법인세는 감면하지 않는 것이 타당하다.

(2) 쟁점소득 중 2007사업연도 이후분의 경우 개정 시행령에 의하여, 주유소 소매업에서 발생한 소득은 법인세 감면 대상으로 볼 수 없음이 명백하다.

(3) 청구법인이 운영한 주유소 소매업 자체가 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업이 아니므로, 여기에서 발생하는 소득 중 농민에게만 공급되는 면세유 판매에 따른 소득에 대하여서는 감면을 인정하여야 한다는 청구법인의 주장은 법령의 자의적인 해석에 불과하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

영농조합법인이 주유소 운영을 통하여 얻은 쟁점소득이 「조세특례제한법」 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는‘농업소득외의 소득’에 해당되는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

(가) 제66조(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되고, 2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농업ㆍ농촌기본법」에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(나) 제66조(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되고, 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 「농업ㆍ농촌기본법」에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(다) 제66조(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되고, 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(라) 부칙(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되고, 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제1조【시행일】이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】 ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

(마) 제66조(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되고, 2009.4.1. 법률 제9620호 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」부칙에 의하여 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(바) 제66조(2009.4.1. 법률 제9620호 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」부칙에 의하여 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

(가) 제63조(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되고, 2007.2.28.대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다.

사업연도월수

1천200만원 × 조합원 수 × ───────

12

(나) 제63조(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되고, 2008.6.20. 대통령령 제20854호 「농업ㆍ농촌 기본법 시행령」 부칙에 의하여 개정되기 전의 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. (산식 생략)

(다) 부칙(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되고, 2008.6.20. 대통령령 제20854호 「농업ㆍ농촌 기본법 시행령」 부칙에 의하여 개정되기 전의 것) 제2조【일반적 적용례】① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

(라) 제63조(2008.6.20. 대통령령 제20854호 「농업ㆍ농촌 기본법시행령」부칙에 의하여 개정된 것)【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중법인세가 면제되는 소득금액은 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제22조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다.

(3)구 농업·농촌기본법(「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」로 개정되었으나, 이하 “「농업·농촌기본법」”이라 한다) 제15조【영농조합법인의 육성】(영농조합법인의 육성) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출등을 공동으로 하고자 하는 농업인은 5인이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

② 영농조합법인은 법인으로 하며, 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

③ 영농조합법인은 농업인과 농산물의 생산자단체중 정관이 정하는 자를 그 조합원으로 하되, 조합원이 아닌 자로서 대통령령이 정하는 자는 정관이 정하는 바에 의하여 영농조합법인에 출자하고 의결권이 없는 준조합원으로 가입할 수 있다.

④ 영농조합법인은 대통령령이 정하는 생산자단체의 조합원 또는 준조합원으로 가입할 수 있다.

⑤ 상법 제176조의 규정은 영농조합법인의 해산명령에 관하여 이를 준용한다. 이 경우 농림부장관은 법원에 영농조합법인의 해산을 청구할 수 있다.

⑥ 영농조합법인의 설립·출자·사업·정관기재사항 및 해산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 구 농업·농촌기본법 시행령(「농업ㆍ농촌 및 식품산업기본법 시행령」,「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」으로 개정되었으나, 이하 “「농업·농촌기본법 시행령」”이라 한다)제13조【영농조합법인의 사업】영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다.

1. 농업의 경영 및 부대사업

2. 농업에 관련된 공동이용시설의 설치·운영

3. 농산물의 공동출하·가공 및 수출

4. 농작업의 대행

5. 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업

제14조【정관기재사항】①영농조합법인의 정관에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

3. 사업

② 농림부장관은 영농조합법인의 효율적인 설립을 위하여 영농조합법인의 정관례를 정하여 이를 정관작성의 기준으로 이용할 것을 권장할 수 있다.

제15조【영농조합법인의 해산】영농조합법인은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 해산한다.

1. 총회의 의결이 있는 경우

2. 영농조합법인이 합병한 경우

3. 영농조합법인이 파산한 경우

4. 법 제15조제5항의 규정에 의한 법원의 해산명령을 받은 경우

5. 조합원이 5인 미만이 된 후 1년 이내에 5인 이상이 되지 아니한경우

6. 기타 정관에서 정한 해산사유가 발생한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서, 청구법인의 정관, 농림수산식품부장관의 회신, 처분청의 청구법인에 대한 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 확인된다.

(가)「농업ㆍ농촌기본법」에 의한 영농조합법인인 청구법인은 주유소 소매업을영위하여 얻은 쟁점소득을 「조세특례제한법」제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 보아 각 사업연도 법인세 신고를 하였는데, 처분청은 일부 면제를 부인하고 이 건 과세처분을 하였다.

(나) 청구법인의 정관에는 청구법인의 사업으로 “석유의 도·소매 중개업 및 주유소업”이 규정되어 있다.

(다) 이 건과 관련한 OO지방국세청장의 질의에 대하여, 농림수산식품부장관은 2008.9.11. “주유소 도·소매업은 「농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제22조에서 규정하는 영농조합법인의 사업의 범위에 명시되어 있지 않고, 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 통하여 조합원(농업인)의 소득증대를 도모한다는 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업으로 볼 수도 없으므로 「농업·농촌 및 식품산업기본법」 및 같은 법 시행령상의 영농조합법인의 사업의 범위에 포함되지 않는 것임”이라고 회신(농림수산식품부 경영인력과-2255, 2008.9.11.)한 바 있다.

(2) 「조세특례제한법」 제66조 및 같은 법 시행령 제63조는 당초 영농조합법인의 소득 중 ‘농업소득( 「지방세법」 제197조에 의한 소득으로 작물재배업소득이다)’의 경우 법인세를 전액 면제하고, ‘농업소득 외의 소득’은 인적 한도 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을2003.12.31.(일몰기한은 2003.12.30. 법률 제7003호에 의하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가, 2006.12.30. 「조세특례제한법」의,2007.2.28.「조세특례제한법 시행령」의 각 규정 개정(이하 “2007년 시행령 개정”이라 한다)을 통하여, 일몰기한을 “2009.12.31.”로 연장하고, 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’을 “「농업· 농촌기본법 시행령」제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득”으로 한정하면서, 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데, 2007년 개정세법해설(기획재정부 및 국세청)은 그 개정취지에 관하여 “한·미 FTA 추진 등과 관련하여 농·어업 경쟁력강화를 위해 농·어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정”한 것이라고 밝히고 있다.

(3) 이에 대하여 처분청은, 2007년 시행령 개정 전후를 불문하고법인세가 감면되는 ‘농업소득외의 소득’은 그 취지상 「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 제한되는 것으로 봄이 타당하고, 특히 관련 법령에 따른 영농조합법인의 설립목적과 사업범위 등을 고려할 때, 협업적 농업경영을 통한 농업인의 소득증대 도모를 위한 사업만이 영농조합법인의 사업범위에 포함된다 할 것인데, 청구법인이 영위한 주유소업은 위 사업범위 내에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로, 이로부터 발생한 쟁점소득은 모두 법인세의 일부 면제 대상인 ‘농업소득 외의 소득’으로 보기 어렵다(국세청 법규과-4880, 2008.11.20., 참조)는 의견이다.

(4) 반면, 청구법인은 주유소업을 통하여 획득한 쟁점소득 전부가 2007년 시행령 개정 전후를 불문하고 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당한다고 주장하고 있는 바, 그 주장의 상세이유는 다음과 같다.

(가) 우선, 2007년 시행령 개정 이전 사업연도분의 경우, 2007년 시행령 개정 이전에는 관련 법령이 소득의 구분 없이 단순하게 ‘농업소득 외의 소득’ 중 조합원 1인당 1,200만원의 소득에 대하여 법인세를 면제하는 것으로 규정하고 있었으므로, 이제와 소득의 발생원천에 따라 면제 대상 여부를 구분하는 것은 부당하다.

(나) 2007년 시행령 개정 이후 사업연도분의 경우도, 개정 「조세특례제한법 시행령」제63조는 법인세가 일부 면제되는 영농조합법인의 ‘농업소득 외의 소득’을 “「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득”이라고 규정하고 있고, 이어 「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조 제5호는 영농조합법인의 사업으로 "기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업"을 규정하고 있는데, 청구법인이 영위한 주유소업은 명백하게 청구법인의 정관이 정하고 있는 사업이므로, 동 주유소업으로부터 발생한 쟁점소득 역시 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 특히 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 확장해석이나 유추해석은 허용하지 않고 법문대로 해석하여야 한다는 조세법률주의 원칙과 처분청 의견에 따를 경우 「농업ㆍ 농촌기본법 시행령」제13조 제5호가 인정하는 법인세 일부 면제 대상 사업의 종류 자체가 불분명하게 되어 명확성의 원칙에 반하는 결과가 되는 점을 고려하여도 위와 같이 해석함이 타당하다 할 것이다.

(다) 설사, 주유소업이 영농조합법인의 목적 달성에 부합하는사업에 해당하지 않아 이로부터 발생한 쟁점소득 전체를 법인세가일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 볼 수는 없다고 하더라도, 쟁점소득 중 농민에게 공급한 면세유류 사업에서 발생한 소득은 그 실질상 영농조합법인의 목적 달성을 위한 사업에 포함되는 것이 명백하다 할 것이므로 이 부분에 한해서라도 법인세 일부 면제 대상 소득으로 봄이 타당하다 할 것이다.

(5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 우선 2007년 시행령 개정 이전 사업연도분(2006.12.31. 이전에 개시된 사업연도분을 말한다)의 경우, 처분청은 동 개정 이전에도 관련 법령의 취지상 영농조합법인의 목적에 부합하지 않는 사업인 주유소업으로부터 발생한 쟁점소득은 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 보기 어렵다는 의견이나, 동 개정 이전에는 「조세특례제한법 시행령」제63조 등이 영농조합법인의 소득 중 작물재배업에 의하지 않은 ‘농업소득 외의 소득’에 대하여 일률적으로 조합원 1인당 1,200만원까지 법인세를 면제하여 준다고만 규정하고 있을 뿐이고, 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 제한하고 있지 않았던 점, 영농조합법인은 「농업ㆍ농촌기본법」을 근거로 협업적 농업경영을 통한 농업인의 소득증대의 목적으로만 설립할 수 있는 것이고, 관련 법령에 의하면 설립 및 설립 이후에도 엄격하게 관리가 이루어지도록 되어 있으며, 특히 영농조합법인의 사업이 설립목적에 부합하지 않을 때에는 시·도지사가 직권으로 해산할 수도 있도록 규정된 사실에 비추어 보면, 원칙적으로 영농조합법인이 영위하는 사업이 그 설립목적에서 완전히 어긋난 것으로 단정하기 어려운 측면이 있는 점, 그에 따라 청구법인도 자신의 정관에 사업의 종류로 주유소업을 명시한 상태에서 오랜 기간 정상적으로 주유소업을 영위하여 왔던 점, 영농조합법인의 소득에 대한 감면규정의 기본취지가 쌀시장 개방 등으로 어려움을 겪고 있던 농촌경제의 현실을 개선하고 한-칠레 FTA 및 DDA 협상 등에 대비하여 농업경쟁력 강화를 위하여 농업경제의 지원을 위한 것임에 비추어 볼 때, 2007년 시행령 개정 이전 법령은 영농조합법인에게 다소 폭넓은 혜택을 부여하는 방향으로 해석함이 합리적인 점, 2007년 시행령 개정 이전의 경우 영농조합법인의 토지양도소득도 법인세 감면대상 소득으로 본 사례(국심 2003.1781, 2004.5.27. 참조)가 있고, 처분청의 근거로 든 집행례(재법인-218, 2006.3.17.)는 「조세특례제한법」제68조 소정의 ‘농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등’에 관한 것으로 농업회사법인은 영농조합법인인 청구법인의 경우와는 설립목적, 사업범위(포괄규정 없음), 관련법령의 내용, 법인세의 면제범위 등에 차이가 있어 이 건에 적용되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면, 쟁점소득 중 2007.2.28. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 부칙 제2조에서 규정하는 개정규정의 적용시기(2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용) 이전에 개시되는 사업연도에 발생한 소득의 경우에는 「조세특례제한법」 제66조에 따라 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득 외의 소득’으로 보아야 할 것이어서, 처분청이 이를 부인하고 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(6) 그러나 시행령 개정 이후 사업연도분(2007.1.1. 이후 개시된 사업연도분을 말한다)의 경우, 청구법인은 주유소업이 청구법인의 정관에 명시되어 있으므로 개정 조항에 의하더라도 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’에 쟁점소득이 포함되는 것이라고 주장하나, 개정 취지 등을 고려할 때, 2007년 시행령 개정 이후에는 단순히 영농조합법인의 정관에 규정된 사업이 아니라 ‘영농조합법인의 목적달성을 위한 사업’에서 발생한 소득만이 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 보아야 할 것이고, 부가적으로 그 사업은 ‘작물재배업’과 최소한의 유사성이 있는 사업에 한정되는 것으로 봄이 타당하다 할 것인 바, 청구법인이 영위한 주유소업이 이에 해당하는 것인지 여부가 불분명하므로(여기서 ‘영농조합법인의 목적달성을 위한 사업’인지 여부는 그 사업이 ‘협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출등을 공동으로 하기 위한’것인지 여부에 달려 있다 할 것인데, 농림수산식품부는 이를 부정하고 있다), 이로부터 발생한 소득은 「조세특례제한법」 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’으로 보기는 어려워, 청구법인의 위 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고, 아울러 청구법인은 2007년 시행령 개정 이후의 쟁점소득 중 최소한 면세유 판매에 따른 소득만은 법인세가 일부 면제되는 ‘농업소득외의 소득’에 해당한다고 주장하나, 관련 법령상 위 주장과 같이 구분하여 법인세를 일부 면제할 수 있는지 여부가 불분명한 점, 주유소업에서 발생하는 수익과 비용 중 면세유 판매와 관련된 수익과 비용만을 명확하게 구분하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 주장을 받아들일 경우 일반 주유소와 비교할 때 청구법인에게만 추가적인 혜택을 부여하는 결과가 되는 점 등을 종합하면, 청구법인의 위 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.