[사건번호]조심2012서5154 (2013.03.19)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지] 「조세특례제한법」제99조의3의 과세특례규정은 건설경기 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있는 점, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것인 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조

[참조결정]조심2011서1349

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1989.4.27. 서울특별시 OOO OOO OOO-OOO주택49.58㎡ 토지 86㎡ 및 1993.2.26. 같은 동328-156토지 36㎡(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중, 재건축으로 인하여서울특별시 OOO OOOOOO OOOOOOOOOO-OOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를1999.5.14. 취득(임시사용승인)하여2006.12.21.OOO원에 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】규정에 따라 양도소득금액 OOO원을 감면소득으로,양도소득세 산출세액 OOO원 전액을 감면,납부할 세액을 “0”로 하여신고하였다.

나.처분청은 청구인의신축주택 감면세액 계산 적정성을 검토하면서 “종전주택” 취득일로부터 쟁점 “신축주택” 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세의 감면대상이 아니라고 판단하여 “신축주택” 양도에 대한 감면세액을 일부 배제하여 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.1. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 신축주택취득에 대한 양도소득세 감면소득 산정은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항에서 5년간 발생한 양도소득 감면소득금액은 아래와 같이 계산하도록 규정되어 있다.

처분청은 양도소득세 과세결정을 하면서 분모와 분자에 동일하게 명시된 취득당시 기준시가를 내부지침인 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에의하여 달리 적용하고 있다 즉 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가로)}”로 계산한바,이는 처분청의 취득당시 기준시가에 대한 자의적 해석으로 조세법률주의에 반하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가를 분자의 취득당시 기준시가와동일하게 해석하여 적용하여야 할 것이다.

(2) 신축주택의 양도시 양도차익은 실지거래가액에 의하여 계산하고있으나, 신축주택의 감면소득 계산은 기준시가에 의하여 계산하므로 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생함 따라서 신축주택의 감면소득 계산도 실지거래가액에 따라 계산하여야 정당하다.

(3) 감면대상소득금액 계산시 분모에서 구하는 전체 양도차익에는 청산금 납입액 해당액도 기준시가로 계산하여 취득당시 기준시가에 반영되어야 하며, 청산금 납입분 해당액 기준시가는 [신축아파트 취득당시 기준시가 × (청산금 납입액 / 신축아파트 분양가)]가 되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제99조 및 예규 부동산거래관리과-127 (2011.2.10.)등에 의하면 신축주택 감면대상 양도차익은 종전주택 취득일로 계산하는 것이 아니라 신축주택 취득일로부터 계산하는 것으로 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여야 하며 청구인의 주장은 위 산식의 분자의 감면기간(신축주택 취득시부터 감면기간에 이를 때까지의 기간)에 대응하는 분모의 보유기간을 양도자산의 양도소득금액이 계산된 보유기간(종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지)이 아닌 신축주택의 보유기간(신축주택의 취득시부터 신축주택의 양도시까지)을 적용하여야 한다는 모순된 주장을 하고 있다.

(2) 청구인은 양도소득금액을 실지거래가액에 의하여 계산하므로 감면소득금액도 실지거래가액에 의하여 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 신축주택에 대한 양도소득세 감면 계산방법은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항에 기준시가로 안분하여 감면소득금액을 계산하도록 규정되어 있으므로 실지거래가액에 의하여 감면소득금액을 산정해야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 청구인은 신축주택을 취득하기 위하여 재개발조합에 종전주택은 현물출자, 청산금은 현금출자 하였으므로 신축주택 취득의 실지취득가액은 종전주택 취득가액과 청산금 납입액 이므로 청산금도 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식 분모의 취득당시의 기준시가에 포함되어야 한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식은 보유기간에 따른 기준시가를 구한 다음, 그에 비례하여 감면소득을 계산하는 것이므로 청산금은 신축주택의 취득가액에는 포함되는 것이나, 종전주택의 취득가액에는 포함될 수 없는 것으로 이건 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 분자의 취득당시 기준시가와 동일하게 해석하여 적용하여야 하는지 여부

② 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시기준시가가 아닌 실지거래가액에 의하여 감면대상 소득금액을 계산하여야 하는지 여부

③ 신축주택 양도에 따른 감면소득금액의 취득당시 기준시가에 재개발조합에 납입한 청산금을 포함하여 기준시가를 계산하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법

제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조제1항제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 사이에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

② 「소득세법」 제89조제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제99조제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 국세기본법

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구은 1989.4.27. 및 1993.2.26. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 도시재개발 사업으로 종전주택이 환지되어 1999.5.14.(임시사용승인일)신축주택을 취득하였으며 이후 2006.12.21. 신축주택을 양도하고 양도소득세 예정신고한 사실이 확인된다.

(나) 청구인의2007.2.23. 양도소득세 신고서를 보면, 신축주택 양도가액 OOO원 취득가액 OOO원 양도차익 OOO원 장기보유특별공제 OOO원 양도소득금액 OOO원 감면소득금액 OOO원 감면세액OOO원으로 신고한 사실이 나타나고양도소득금액 계산시 취득가액OOO원은 종전주택 취득환산가액 OOO원과조합원 청산금 OOO원을 합계하여 산정한 것으로 아래와 같이 확인된다.

(OO : O)

(다) 양도소득세 신고 시 청구인이 계산한 감면대상 양도소득금액 및 처분청의 계산내역은 아래와같이 확인된다.

청구인은 신축주택에 대한 양도소득세 신고시, 아래 산식에 따라 감면소득을 OOO원 산정하고, 산출세액 OOO원 이에 대한 감면세액을OOO원으로 하여 신고하였음이 확인된다.

처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다고 보아, 당초 아래 산식에 따라 감면소득을 OOO원으로 계산하였음이 확인된다.

(라) 당초 처분청은 신축주택에 대한 조합원 추가부담금 OOO원을 취득가액에서 누락하였다가 이의신청에 의하여 취득가액에 추가하여 양도차액을 산정하였음이 결정결의서에 의해 확인된다.

(마) 살피건대, 청구인은 「조세특례제한법 시행령」제40조에 의한 계산산식을 적용함에 있어서 분자는 신축주택의 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 해석하는 것은 근거가 없고, 조세법률주의에 반하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가를 분자의 취득당시 기준시가와 동일하게 해석하여 적용하여야 한다는 주장이나, 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 종전주택을 취득하여 보유하다가 재건축 등에 의해 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 점, 「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제2항은 「조세특레제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득 계산산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수)인 점 등에 비추어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 신축주택의 양도시 양도차익은 실지거래가액에 의하여 계산하고 있으나, 신축주택의 감면소득 계산은 기준시가에 의하여 계산하여 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로 신축주택의 감면소득 계산도 실지거래가액에 따라 계산하여야한다고 주장하고 있으나 신축주택에 대한 양도소득세 감면 계산방법은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항에 기준시가로 안분하여 감면소득금액을 계산하도록 법조항에 명문으로 규정되어 있으므로 실지거래가액에 의하여 감면소득금액을 산정해야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

청구인은 감면대상소득금액 계산시 신축주택을 취득하기 위하여 재개발조합에 종전주택은 현물출자, 청산금은 현금출자 하였으므로 신축주택 취득의 실지취득가액은 종전주택 취득가액과 청산금 납입액 이므로 청산금도 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 산식 분모의 취득당시의 기준시가에 포함되어야 하며 청산금 납입분 해당액 기준시가는 [신축아파트 취득당시 기준시가 × (청산금 납입액 / 신축아파트 분양가)]가 되어야한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식은 보유기간에 따른 기준시가를 구한 다음, 그에 비례하여 감면소득을 계산하는 것이므로 청산금은 「소득세법 시행령」제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐, 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이 부분 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.