법인에게 지급한 아파트분양대행계약 위약금 및 개인에게 지급한 가건물 철거보상비에 대하여 청구법인이 원천징수의무가 있는지 여부(경정)

국심2003중2980/국심2004구0265/국심2004구0762/OOOOOOOOOO/OOOOOOOOOO/OOOOOOOOOO/OOOOOOOOOO/OOOOOOOOOO/OOOOOOOOOO/국심2006중2656/국심2007서3254/조심2008중0595 / 조심2011서3466 / 조심2011서2612 / 조심2011중0402 / 조심2013서0523 / 조심2012서3619 / 조심2012서1973 / 조심2014전2612

[주 문]

1. OOO세무서장이 2003.1.5 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 OOO원 (특별부가세 OOO원 포함)의 부과처분은 (1) 청구법인이 2000.1.4 취득한 OOO도 OOO시 OOO번지외 12필지 토지 60,845㎡에 대하여 누락한 취득가액 OOO원중 OOO원을 법인 소득금액 계산시 손금에 산입하고, 특별부가세 양도차익 계산시 취득가액에 포함하는 것으로 하며,

(2) 법인 소득금액 계산시 아래 내역의 비용 OOO원을 손금산입하고, 특별부가세 양도차익 계산시 양도비용에서 제외한 OOO원을 양도비용에 포함하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

OOO

(3) 나머지 청구는 이를 기각합니다.

2. OOO세무서장이 2003.1.2 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세(원천분) OOO원 및 2001년 귀속 기타소득세(원천분) OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 아파트건설업체로 2000.1.4 OOO도 OOO시 OOO번지외 12필지 60,845㎡(이하 “원토지”라 한다)를 취득하였다가 아파트 신축을 포기하고 그 중 10필지 토지 60,405㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2001.3.21 양도하고 원토지의 취득가액을 OOO원, 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 2001사업연도 법인세 및 특별부가세를 신고납부하였다.

처분청은 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 확인하고 양도가액 누락액 OOO원을 익금산입하는 한편, 양도비용 OOO원(이하 “쟁점양도비용” 이라 한다)과 부외양도비용 OOO원(이하 “쟁점부외양도비용”이라 한다)을 손금불산입하는 등 하여, 2003.1.5 청구법인에게 2001 사업연도 법인세 OOO원 (특별부가세 OOO원 포함 )을 결정고지하였다.

또한, 처분청은 청구법인이 아파트분양계약 불이행에 따른 손해배상금 OOO원을 2001.3.30 (주)OOO투자개발에 지급하고, 쟁점토지상의 가건물철거비 OOO원을 2001.4.3 최선원 외 6인에게 지급하고 원천징수를 이행하지 아니하였다 하여, 2003.1.2 청구법인에게 2001사업연도 법인세(원천분) OOO원 및 2001년도 귀속 기타소득세(원천분) OOO원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.2.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구외 강OOO와 1999.3.31 원토지를 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결하였으나, 매매대금 잔금지급기일이 당초 계약한 1999.8.31에서 2000.1.4로 늦춰지면서 대금지급지연과 지연기간중에 부동산가액의 상승 등을 이유로 당초 OOO원에서 OOO원으로 변경한 후 동 금액을 지급하였다.

따라서, 청구법인이 원토지의 취득가액으로 장부에 계상한 금액 OOO원과 실지취득가액 OOO원과의 차액 OOO원(이하 “쟁점취득가액누락액”이라 한다)중 쟁점토지 상당분은 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금 및 취득가액으로 인정하여야 한다.

(2)처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도비용으로 계상한 OOO원을 손금불산입하였으나 그 중 아파트설계용역비 등 OOO원은 쟁점토지의 아파트 건설사업을 위한 비용으로 결국 토지의 가치를 상승시킨 비용이므로 법인 소득금액 계산시 OOO원, 특별부가세 양도차익 계산시 OOO원(OOO원에서 은행대출연체이자 OOO원 제외)을 손금 및 양도비용에 산입하여야 한다.

(3) 처분청은 청구법인이 손금으로 계상한 사실이 없는 쟁점토지의 부외 양도비용 OOO원(쟁점부외양도비용)을 근거도 없이 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금 및 양도비용에 불산입한 것은 부당하다.

(4) 청구법인이 아파트분양대행계약 의무불이행으로 (주)OOO투자개발에 지급한 배상금 OOO원과 최OOO외 6인에게 지급한 쟁점토지상의 가건물 철거보상비 OOO원에 대하여 청구법인은 법인세법상 원천징수의무가 없음에도 처분청이 법인세(원천분) 및 기타소득세(원천분)를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 원토지의 취득가액중 쟁점취득가액누락액 OOO원은 증빙서류를 제시하지 아니하였으므로 청구주장이 이유 없다.

(2)청구법인이 주장하는 쟁점양도비용 OOO원은 지출관련증빙을 제시하지 아니하므로 손금불산입한 처분은 정당하다.

(3) 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금불산입하고 양도비용에서 제외한 쟁점부외양도비용 OOO원을 다시 손금에 가산하였으므로 당초 과세가 정당하다.

(4) 아파트 분양대행계약 위약 손해배상금 OOO원은 원천징수대상이 아님에도 착오로 과세하였고, 가건물 철거보상비 OOO원은 기타소득에 해당되어 원천징수대상이므로 당초 과세가 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 법인세 신고시 원토지의 취득가액을 실지거래가액보다 OOO원을 과소계상한 것으로 보아 이중 쟁점토지 상당분을 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금 및 취득원가로 인정할 수 있는지 여부

(2) 아파트신축을 목적으로 취득한 쟁점토지를 아파트신축공사를 포기하고 양도한 경우 아파트 신축관련비용 및 토지취득관련 차입금연체이자를 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금 및 양도비용으로 인정할 수 있는지 여부

(3) 청구법인이 장부상 손금계상하지 아니한 부외양도비용을 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 손금불산입하고 양도비용에서 제외한 처분의 당부

(4) 법인에게 지급한 아파트분양대행계약 위약금 및 개인에게 지급한 가건물 철거보상비에 대하여 청구법인이 원천징수의무가 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점(1) 관련규정

국세기본법 제22조의 2 【경정 등의 효력】① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다. (본조 신설 2002.12.18)

◇ 부 칙 (법률 제6782호, 2002.12.18.)

① [시행일] 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

② 【경정 등의 효력에 대한 적용례】 제22조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 경정하는 분부터 적용한다.

(2) 쟁점(2)(3) 관련규정

법인세법 제41조 【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

법인세법 제99조 【과세표준】①특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.(각호 생략)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액.

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

법인세법시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자

법인세법시행령 제52조 【건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위】① 법 제28조 제1항 제3호에서 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 건설 등 이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.

④ 차입한 건설자금의 연체로 인하여 생긴 이자를 원본에 가산한 경우 그 가산한 금액은 이를 당해 사업연도의 자본적 지출로 하고, 그 원본에 가산한 금액에 대한 지급이자는 이를 손금으로 한다.

(3) 쟁점(4) 관련규정

법인세법 제73조 【원천징수】① 소득세법 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조 제1항 제5호의 증권투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 원천징수의무자 라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 원천징수 라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

소득세법 제21조 【기타소득】① 기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득 근로소득·일시재산소득·연금소득·퇴직소득 양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금

참고 : 소득세법 기본통칙 21-1 【기타소득의 범위】④ 법 제21조 제1항 제10호에 규정하는 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금과 배상금에는 다른 소득에 속하지 아니하는 것으로서 다음 각호의 것을 포함한다.

6. 상행위에서 발생한 클레임(Claim)에 대한 배상으로서 현실적으로 발생한 손해의 보전 또는 원상회복을 초과하는 배상금

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다

(가) 본안심리 여부에 대하여 본다.

1) 청구법인은 원토지의 취득가액을 OOO원, 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 하여 2001사업연도 법인세 및 특별부가세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 확인하고 양도가액누락액 OOO원을 익금산입하고 양도가액에 포함시키는 등 다른 사항을 세무조정하여 2003.1.5 2001사업연도 법인세 및 특별부가세를 증액경정고지하였음이 법인세 신고서 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

2) 국세기본법 제21조는 소득세·법인세 등 국세의 납세의무성립시기에 대하여 규정하고 있다. 즉 일정시점을 기준으로 과세요건이 충족되었는지를 가려 이에 따른 납세의무가 성립되었는지를 가리도록 하였다. 그러나 납세의무가 성립되었다고 할지라도 이는 추상적·관념적인 것에 불과할 뿐이므로 납세의무자가 그 의무를 이행하거나 정부가 납세의무자로 하여금 그 의무를 이행토록하기 위하여는 그 내용을 구체적으로 확정하는 절차가 필요하다. 국세기본법 제22조 제1항은 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다고 하여 각 세법이 정한 절차에 의하여 납세의무가 확정되도록 하였다. 이에 따라 각 세법은 당해세액의 확정절차에 관하여 구체적으로 정하고 있다. 한편, 세액 확정절차에 관한 일반규정으로서 국세기본법시행령 제10조의 2는 세목에 따라 납세의무자의 신고행위에 의하여 그 세액이 확정되는 신고납부제도 및 정부의 결정에 의하여 그 세액이 확정되는 정부부과제도를 두고 있다.

납세자의 신고 또는 정부의 결정에 의하여 일단 세액이 확정되었을지라도 그 신고 또는 결정에 오류 또는 탈루가 발견되는 때에는 정부는 경정을 하도록 각 세법( 소득세법 제80조 등)에서 정하고 있으므로 정부는 국세부과제척기간이 도과되기 전에 경정을 함으로써 납세의무를 확정하게 된다.

이와같이 각 세법이 납세의무를 확정시키는 절차로서의 경정에 관한 규정을 마련한 것은 납세의무자의 신고 또는 정부의 결정에 의하여 일단 납세의무가 확정되었을지라도 그 세액이 세법에서 정한 과세요건에 합치하지 아니한 경우에는 정당한 세액을 확정하여 납세의무를 지우기 위한 것으로 보인다. 정부의 경정처분이 조세법이 정한 정당한 납세의무를 지우기 위한 절차라는 점에 비추어 보면 정당한 납세의무를 지우기 위한 경정절차는 되풀이 되는 것을 전제로 하고 있다.

3) 정부의 경정에 의하여 납세의무가 확정되면 납세의무자는 확정된 세액을 납부하여야 하며 납세의무자가 이를 납부하지 아니한 경우에는 정부는 독촉·압류등 체납절차를 속행하게 된다. 이 경우 당해 경정처분의 하자를 이유로 취소되거나 일부 경정을 하게 되면 후속절차로서의 독촉·압류도 실효되거나 경정된 잔여부분에 대하여만 그 효력이 유지되며 납부한 세액은 일부 또는 전액 납세의무자에게 환급된다. 한편, 납세의무자는 경정처분의 하자를 이유로 당해 경정처분의 취소 또는 경정을 구하는 불복절차를 진행할 수도 있다. 이와같이 정부의 경정처분에 의하여 납세의무가 확정되는데 따라 각종 절차가 부수될 뿐만 아니라 경정처분이 반복되어 이루어짐에 따라 경정처분이 그에 앞서 이루어지는 납세의무를 확정시키는 납세의무자의 신고행위 및 정부의 결정 또는 경정처분과의 관계와 경정처분과 이에 따라 속행되는 후행처분과의 관계 등이 문제가 된다.

4) 이와 관련하여 2002.12.18 법률 제6782호로 국세기본법이 개정되면서 제22조의 2(경정등의 효력)를 신설하여 동 개정일(2002.12.18)이후 경정하는 분부터 동 규정을 적용하도록 하였다. 즉 동조 제1항에서 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”는 규정과 동조 제2항에서 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다”는 규정을 두었다. 즉 경정의 효력에 관한 위의 규정은 납세의무의 확정행위가 되풀이되는 경우에 당초 확정된 세액을 증가시키거나 감액시키는 경정이 있는 경우 경정의 효력은 당초 확정된 세액에 관하여 국세기본법 또는 세법에서 규정한 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니하도록 하였다.

5) 이와같이 당초 확정된 세액을 증가시키거나 감액시키는 경정의 효력이 당초 확정된 세액에 관한 국세기본법 또는 세법에서 정한 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니하도록 한 취지는 앞서 본 바와 같이 납세의무자의 신고 또는 정부의 결정·경정에 의하여 납세의무가 확정되면 이를 기초로 하여 각종 절차가 진행하게 되는데 당초 확정된 세액과 관련된 권리·의무가 그 후의 경정처분에 의하여 영향을 받게된다면 그 권리·의무가 실효되게 되는 등 법적 안정성이 저해되기 때문으로 보인다. 이러한 점에 비추어 볼 때에 당초 확정된 세액과 관련된 독촉·압류등의 체납처분절차는 후의 경정처분에 의하여 아무런 영향을 받지 아니하고 적법한 절차로서의 효력이 유지된다 하겠다.

6) 그러나 경정처분이 있는 경우 동 처분을 대상으로 불복을 제기하는 경우 경정처분이 당초 확정된 세액을 증액시키는 경우와 감액시키는 경우를 동일하게 취급하여야 할지, 또는 불복청구의 대상에 경정처분의 원인이 된 과세요건만을 그 대상으로 하여야 할지, 당초 확정시의 하자있는 과세요건도 포함시켜야 할지 또는 그 불복청구대상 청구세액을 당초 확정된 세액을 초과하는 세액도 그 대상에 포함되는지는 쟁송절차로서의 불복제도를 둔 취지, 과세처분으로서의 경정처분의 성격 및 경정등의 효력을 정한 전시 국세기본법 제22조의 2 규정의 입법취지등을 감안하여 정하여야 할 것이다.

국세기본법 제55조 제1항이 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 및 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 하여 과세처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 불복청구를 할 수 있도록 규정하고 있다. 이러한 점에 비추어 볼 때에 당초 처분을 감액시키는 경정처분을 당한 자는 그 경정처분에 의하여 권리 또는 이익을 침해당하였다고 볼 수 없으므로 감액경정처분이 있는 경우에는 불복을 제기할 수 없다고 보아야 할 것이다. 이에 반하여 증액경정처분을 당한 자는 그 경정처분에 의하여 그의 권리·이익이 침해당하였다고 할 수 있으므로 불복청구의 당사자 적격이 있다 하겠다.

과세관청의 증액경정처분이 있는 경우 당해 증액경정처분의 원인이 된 과세요건사실의 하자를 이유로 불복청구를 제기할 수 있다 하겠다. 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기 전의 확정행위(신고 또는 결정)의 하자를 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별도 독립된 행위로서 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 하겠다. 또한 처분청이 증액경정을 함에 있어서는 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시킨다는 점과 경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위는 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다 하겠다. 이러한 점에 비추어 보면 증액경정이 이루어 진 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자를 바로 잡도록 함이 법적안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다.

그런데 불복청구의 대상이 당초의 확정행위에 관한 과세요건사실도 포함된다고 할 때에 그 범위에 아무런 제한이 없는지를 국세기본법 제22조의 2 제1항과 관련하여 살펴보면, 전시 국세기본법 제22조 제1항이 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하였다. 즉, 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠다. 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다.

(나) 취득가액 누락여부에 대하여 살펴본다.

1) 아래 표에서 보는 바와 같이, 청구법인은 장부상 토지의 취득가액을 OOO원으로 계상하였으나, 청구법인이 발행한 자기앞수표 및 OOO은행 대출금 이체통장, 원토지의 양도자 강OOO의 영수증 등에 의하면 실지급액이 OOO원임이 확인된다.

OOO

2) 따라서 청구법인이 계상하지 아니한 취득가액누락액 OOO원(OOO원 - OOO원)중 쟁점토지에 상응하는 가액 OOO원(OOO원×60,405㎡/60,845㎡)은 쟁점토지의 양도가액에 직접 대응되는 원가에 해당하고, 쟁점취득가액누락액에 따른 세액 상당액이 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분(증액경정처분으로 인하여 증가된 세액)의 범위 이내이므로 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익계산시 손금 및 취득가액으로 인정함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 쟁점토지상에 아파트를 신축분양할 목적으로 2000.11.22 OOO시장에게 주택건설사업계획을 승인신청(2001.3.6 사업계획 승인) 하면서 발생한 사업비중 처분청이 증빙불비로 손금불산입한 쟁점양도비용 OOO원과 그 중 청구법인이 법인세 소득금액 계산시 손금인정하여야 한다고 주장하는 OOO원 및 특별부가세 양도차익계산시 취득원가로 인정하여야 한다고 주장하는 OOO원 (OOO원에서 원토지 취득관련 차입금 연체이자 OOO원 제외)의 내역은 아래 표와 같다.

OOO

(나) 청구법인이 주장하는 비용의 지출사실에 대하여 살펴본다.

1) OOO건축사에 지출한 설계용역비 2001.4.4 OOO원과 2001.4.12 OOO원은 청구법인이 OOO종합개발(주)로부터 차입한 자금으로 OOO건축사에 지급한 사실이 계약서, 세금계산서, 무통장입금증(OOO원)과 OOO종합개발(주)의 예금통장(OOO)사본에 의하여 확인된다.

2) 2001.3.22 임OOO과 김OOO에 지출한 용지소개비 각각 OOO원과 OOO원은 청구법인이 OOO종합개발(주)로부터 차입한 자금으로 자기앞수표를 발행하여 각각 임OOO 및 김OOO에게 지급하였음이 약정서, 영수증, OOO종합게발(주)의 예금통장(OOO)사본에 의하여 확인된다.

3) 2001.3.30 아파트 분양대행계약 불이행으로 (주)OOO투자개발에 지출한 배상금 OOO원은 OOO종합개발(주)로부터 차입한 자금으로 지급하였음이 약정서, 영수증 및 OOO종합개발(주)의 예금통장(OOO)사본에 의하여 확인된다.

4) OOO은행의 차입금 연체이자 OOO원은 원토지의 취득자금으로 OOO은행으로부터 OOO원을 대출받아 이에 대한 2000.10.25부터 2001.4.14까지의 연체이자 OOO원을 지출한 사실이 OOO은행 대출통장 등에 의하여 확인된다.

5) 2001.7.4 지OOO에게 지급한 아파트부지 토목공사설계비 OOO원은 OOO종합개발(주)로부터 차입한 자금으로 지급하였음이 계약서, 영수증 및 OOO종합개발(주)의 예금통장 (OOO)사본에 의하여 확인된다.

(다) 판단하건대, 처분청이 법인세 소득금액 계산시 손금불산입한 쟁점양도비용 중 OOO원에 대하여는 청구법인이 제시한 증빙자료에 의하여 지급사실이 확인되고 있으며, 청구법인의 사업과 관련하여 발생한 비용이므로 손금으로 인정하는 것이 타당하다 하겠다.

그러나 쟁점토지에 대한 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서는 위 지출비용(차입금 연체이자 제외)이 아파트 신축에 관련된 비용으로 쟁점토지의 취득비용이나 양도비용과는 무관하므로 청구법인이 주장하는 OOO원을 특별부가세 소득금액 계산시 비용으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 처분청의 손금불산입 및 양도비용을 취소하여야 한다고 주장하는 쟁점부외양도비용 OOO원의 내역은 다음과 같다.

OOO

(나) 청구법인이 법인세 및 특별부가세 신고시 쟁점 부외양도비용을 손금과 양도비용으로 장부에 계상하거나 신고조정하지 아니하였음이 법인세 신고서와 결산서에 의하여 확인된다.

(다) 처분청은 쟁점부외양도비용을 손금산입한 후 다시 손금불산입한 것으로 보고 있으나, 처분청이 부외양도비 등으로 손금산입한 OOO원 속에 쟁점부외양도비용이 포함되어 있지 아니함이 손금산입명세서에 의하여 확인되고, 처분청이 법인 소득금액 및 특별부가세 양도차익 계산시 쟁점부외 양도비용을 손금불산입하고 양도비용에서 제외한 것은 청구법인이 장부상 또는 신고서상에 손금이나 양도비용으로 계상하지도 않은 것을 부인 한 것으로 쟁점부외 양도비용 OOO원에 대한 손금불산입과 양도비용 부인대상에서 제외하는 것이 타당하다 하겠다.

(4) 쟁점(4)에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 2001.3.30 아파트분양대행계약 불이행으로 (주)OOO투자개발에 지급한 배상금 OOO원과 2001.4.3 최OOO 외 6인에게 지급한 가건물철거보상비 OOO원에 대하여, 처분청은 원천징수대상소득으로 보아 각각 법인세(원천분) 및 기타소득세(원천분)를 추징하였음이 원천세 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(나) 살피건대, 아파트 분양대행계약불이행으로 (주)OOO투자개발에 지급한 배상금 OOO원에 대하여는 법인세법상 법인의 기타소득에 대한 원천징수규정이 없으므로 원천징수대상이 아닌 것으로 판단되고, 최OOO 외 6인에게 지급한 가건물철거보상비 OOO원은 소득세법 제21조 제1항 제10호에 의한 배상금(건물 철거보상비)중 손실을 초과하는 보상금을 기타소득으로 보는 것이나, 처분청이 가건물철거보상비 OOO원이 가건물철거에 따른 손실을 초과하는 보상금에 해당하는지를 조사하지 아니하고 원천징수대상소득으로 보아 기타소득에 대한 원천세를 추징한 것은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문