조심2010중2430 (2011.10.04)

종합소득

기각

부동산매매업자가 추계방법으로 신고하였더라도 중요한 부분인 토지가액과 공사비가 확인되므로 실지조사 방법으로 경정함은 타당하며, 과세사업과 관련하여 매입세액 공제 받은 후 면세로 전환하였기에 공통매입세액 안분계산대상 해당하지 아니하고 자가공급으로 과세함이 타당함

소득세법 제80조 / 부가가치세법 제6조 / 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법 시행령 제15조

국심2007중3585 / 조심2010중3403 / 조심2010구0104 / 조심2010서0629

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2005년 10월 경기도 OOO OOO OOOO OOO-O 소재 대지 220.6㎡를 취득하여 지상에 연면적 835.75㎡의 7층(당초에 1층～4층은 근린생활시설이고 5층～7층은 주택이었으나, 준공 후에는 2층 ～4층을 주택으로 개조하였다) 규모의 주상복합건물인 OO빌딩(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고, 2006.5.6. 부동산매매업으로 사업자등록한 뒤, 2006년 제1기～2007년 제1기 과세기간 중 쟁점건물 신축과 관련한 부가가치세 매입세액 33,840천원을 공제받은 다음, 쟁점건물의 2층～4층까지의 상가(이하 “쟁점상가”라 한다)를 주택(원룸)으로 개조하여 타인에게 임대하다, 2007.6.15. 사업의 양도·양수방법에 의하여양도하고, 2008.5.31. 단순경비율에 의한 추계방법에 의하여 소득금액을 산출하여 2007년 귀속 종합소득 과세표준확정신고를 하였다.

나. 충주세무서장은 2008.7.31.～2008.9.26. 기간 동안 청구인에 대하여 부동산 투기혐의조사(자금출처)를 실시하고, 2008.10.2. 과세쟁점자문회의의 의결을 거쳐 청구인이 추계로 신고한 것을 부인하고 실지조사하여 경정하여야 한다는 내용의 과세자료를 통보하자, 처분청은 이에 따라 종합소득세에 대한 실지조사를 2009.9.14.～2009.9.25. 기간 동안실시하여 ① 쟁점건물의 판매수입금액에 대응하는 필요경비를 경정하고, ② 쟁점상가(과세대상)를 주택(면세대상)으로 개조하여 면세용으로 전용한 것은 「부가가치세법」제6조 제2항과 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 자가공급 등의 간주공급으로 과세대상에 해당한다고 보아 부가가치세의 과세표준을 경정하는 등 하여 2009.12.3. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 80,456,680원, 2007년 제1기 부가가치세 33,438,020원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.25. 이의신청을 거쳐서 2010.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점건물을 신축하고 매매함에 있어 조건을 유리하게 하기 위하여 완공에 즈음해서 임대를 추진하였으나, 쟁점상가가 임대되지 아니하여서 부득이 주택으로 개조하여 임대하다가 매매하였다.그렇지만, 주택으로 개조하는 것이 위법한 공사인 관계로 관련 공사비1억8,036만원을 지출하고도 세금계산서 등의 관련 증빙서류를 수취하지못하여 부득이 추계로 소득금액을 신고하였다. 따라서 이와 같은 추계신고는 「소득세법」제70조의 규정에 의한 적법한 것이고 경정할 만한 요건이 없음에도 처분청이 실지조사하여 과세한 처분은 위법하다.

(2) 설사, 실지조사를 실시한다 하더라도, 처분청은 개조와 관련한 공사비로 5,737만원만을 인정한 것은 부당하며 청구인이 제시한 개조공사비와 관련한 지출내역(1억2,535만원)을 모두 인정하여야 한다.

(3) 청구인이 과세대상으로 보아 부가가치세 매입세액을 공제받은 1～4층은 감가상각자산이고 과세사업에 공할 예정이었을 뿐이며 실제 그러한 사실이 없으므로 쟁점건물은 결국 과세사업 및 면세사업 겸용건물에 해당한다. 비록, 청구인이 매입세액을 안분하는 절차를 밟지는아니하였으나, 쟁점건물의 신축과 관련한 매입세액은 공통매입세액으로 하여 안분한 뒤 납부세액을 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종합소득세 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 밝혀진금액에 근거하여 경정하는 것이 원칙이고, 추계조사방법은 납세자에게 장부나 증빙서류 등이 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰하기 어려운 경우에 한하여 예외적으로 적용되는 것이므로, 납세자가「소득세법」에서 규정한 장부를 비치·기장한 사실이 없다하더라도, 다른 증빙서류를 근거로 하여 과세표준을 계산할 수 있다면 실지조사방법에 의하여야 하는 것인데(국심 2007중3585, 2008.9.4. 및 대법원 95누2708, 1995.7.25. 같은 뜻임), 주요한 항목인 공사비와 토지가액이 확인되는 이 건을 실지조사방법으로 경정한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 개조공사비와 관련한 지출내역을 모두 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하는데, 증거자료로 제출한 개조공사비 산출내역은 지출한 사실에 대한 객관적인 증빙이 없이 각 층별, 호실별 공사비를단순하게 산정하여 놓은 집계표에 불과한 점, 공사비 지출내역을 메모하였다고 제시하는 수첩(쪽번호 미상, 1월 8일부터 시작되는 면)에는「재공사에 대한 예상내역」이라고 기재된 점, 쟁점상가는 12세대임에도 15세대를 기준으로 하여 각종 공사명과 금액이 기록된 점 등을 감안하면 실제 지출한 내역이 아니라 예상비용을 적시한 것으로 판단되고, 수첩의 뒷면(2월 12일부터 시작되는 면)에는 날짜별 지출내역을 표기한 것으로 보이는 메모가 있으나, 1월 8일부터 4월 2일까지 합계금액이 청구인이 주장한 개조공사비와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 지급상대방과 지출사실이 확인되지 아니하므로 처분청이 금융거래에 의하여 인정되는 공사비 상당액인 5,737만원만 필요경비로 인정하고 나머지 금액에 대하여 부인한 처분은 정당하다.

(3) 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 공통으로 사용되는 감가상각자산을 취득하는 경우 그 실질 귀속이 불분명하면「부가가치세법」상의 안분계산방식에 따라서 매입세액을 불공제하는 것이지만, 청구인은 쟁점건물을 신축하며 쟁점상가에 대하여는 매입세액을 공제받은 사실이 있는 반면 주택에 대하여는 그러한 사실이 없어서 쟁점건물은 실질 귀속이 불분명한 감가상각자산으로 인정할 수 없는 점, 청구인은 쟁점상가에 대하여 매입세액을 공제를 받은 후에 처분청의 경정이 있기 전에 수정신고를 행한 사실이 없는 점, 쟁점상가를 12개호실로 불법개조하여 그 중 상당 부분을 면세사업인 주택임대용역으로전용한 뒤 판매한 점 등을 고려할 때, 이 건은 부가가치세 과세사업에 사용할 건물을 취득하고 관련 매입세액을 공제받았으나, 실제는 면세되는 사업을 위하여 사용한 경우에 해당되므로 「부가가치세법」제6조 제2항에 의한 재화의 자가공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인이 단순경비율을 적용하여 추계로 소득금액을 신고한 것을 부인하고 필요경비를 실지조사하여 경정한 처분의 당부

② 처분청 의견과 같이 실지조사하는 경우에도 청구인이 주장하는 지출내역(1억2,535만원)을 모두 필요경비로 인정하여야 하는지 여부

③ 청구인이 쟁점건물 중 근린상가부분의 신축공사와 관련하여 매입세액을 공제받은 뒤 동 근린상가를 주택으로 불법개조한 것을 면세에 전용한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제80조【결정과 경정】② 납세지 관할 세무서장 또는지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

(2) 소득세법 시행령 제142조【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

(3) 부가가치세법

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

제12조【면 세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것

(4) 부가가치세법 시행령

제15조【자가공급의 범위】① 법 제6조 제2항에 따라 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화(법 제17조 제2항에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 것은 제외한다)

제34조【주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역의 범위】①법제12조 제1항 제11호에 규정하는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시 주거용(사업을 위한 주거용의 경우를 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 “주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 다음 각 호의 면적 중 넓은 면적을 초과하지 아니하는 토지의 임대를 말하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다.

1. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및「주택건설기준 등에 관한 규정」 제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)

2. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

② 임대주택에 부가가치세가 과세되는 사업용 건물(이하 “사업용 건물”이라 한다)이 함께 설치되어 있는 경우에는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대의 범위는 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 주택부분의 면적이 사업용 건물부분의 면적보다 큰 때에는 그 전부를 주택의 임대로 본다. 이 경우에 당해 주택에 부수되는 토지임대의 범위는 제1항과 같다.

2. 주택부분의 면적이 사업용 건물부분의 면적과 같거나 그보다 작은 때에는 주택부분 이외의 사업용 건물부분은 주택의 임대로 보지 아니한다. 이 경우에 당해 주택에 부수되는 토지의 면적은 총토지면적에 주택부분의 면적이 총건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하며, 그 범위는 제1항과 같다.

제49조【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】① 과세사업에 공한 재화가 「소득세법 시행령」제62조또는 「법인세법 시행령」제24조에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과하는 때에는 20으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.

1. 건물 또는 구축물 (2001.12.31. 개정)

5

당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) ＝ 시가

100

③ 제1항 및 제2항 각호의 재화의 취득가액은「소득세법 시행령」제89조또는 「법인세법 시행령」제72조 제1항에 규정하는 취득가액(동조 제3항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 금액을 포함한다)으로 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에있어서 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 공급된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구인은 쟁점건물을 신축하고 매매함에 있어서 조건을 유리하게 하기 위하여서 완공에 즈음하여 임대를 추진하다가, 쟁점상가가 임대되지 아니하여 부득이 주택으로 개조하여 임대한 후에 매매하였으나, 주택의 개조가 위법하므로 관련 공사비인 1억8,036만원을 지출하고도 세금계산서 등의 증빙서류를 수취하지 못하여 부득이 2007년 귀속 종합소득세 신고당시에 추계로 소득금액을 산정하였으며, 이는 「소득세법」제70조에 근거한 적법한 신고이고, 그렇다면 경정요건이없음에도 처분청이 실지조사하여 경정한 처분은 위법하다고 주장한다.

(나) 충주세무서장은 청구인에 대한 자금출처 조사를 실시하던 중 쟁점건물의 실지소득금액을 확인한 후에 청구인이 비록 추계로 종합소득세를 신고하였다 하더라도 중요 부분인 토지가액과 공사비 등이 확인되므로 실지소득금액으로 결정하여야만 한다는 과세쟁점위원회의 의결에 따라 처분청에 과세자료를 통보한 사실과 처분청은 이에 따라 청구인의 종합소득세를 경정한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

(다) 청구인이 종합소득세를 신고한 내역, 그것에 대하여 처분청이 경정한 내역 및 과세근거 등이 아래와 같이 심리자료에 나타난다.

(OO : OO)

(라) 종합소득세 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 밝혀진 금액에 따라서 결정하는 것이 원칙이고, 추계조사방법은 납세자에게 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요한 부분이 미비하거나 허위로 기재되어 있어 신뢰하기가 어려운 때에 한하여 예외적으로 적용되는 것이므로, 납세자가「소득세법」에서 규정하는 장부를 비치·기장한 사실이 없다고 하더라도, 다른 증빙서류를 근거로 과세표준과 세액을 계산할 수 있다면 실지조사방법에 의하여야 하는 것인데(조심 2010구104, 2010.11.3., 조심 2010중3403, 2010.12.31., 대법원 95누2708, 1995. 7.25. 같은 뜻임), 주요 부분인 토지가액과 공사비가 확인되는 이 건을 실지조사방법으로 경정한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인은 실지조사를 하여 경정하더라도 처분청은 쟁점건물의 개조공사비를 5,737만원만 인정하였는데, 동 건물 2～4층 근린상가를 주택으로 용도변경하는 개조공사는 허가를 받을 수가 없어 불법으로 시공하였는데, 건축업자들이 자기 명의로 공사를 하는 것을 거부하여 직영으로 하였으며, 실지조사에 의하여 계산함이 적법하다 하더라도, 개조공사에 적어도 1억2,535만원 만큼의 비용이 소요된 것으로 추정되므로 동 금액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하며 공사내역및 경비지출내역을 메모한 수첩, 김OO과 청구인의 확인서, 추가공사비 산출내역서, 건물평면도 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

(나) 처분청은 청구인이 제출한 개조공사비의 산출내역은 지출한 사실에 대한 객관적인 증빙이 없이 각 층별과 호실별 공사비를 단순하게 산정하여 놓은 집계표에 불과한 점, 청구인이 공사비 지출내역을 메모하였다고 제시하는 수첩(쪽 미상, 1월 8일부터 시작되는 면)에는「재공사에 대한 예상내역」이라 기재된 점, 쟁점상가는 12세대임에도 15세대를 기준으로 하여 각종 공사명과 금액이 기록된 점 등을 감안하면 실제로 지출한 내역이 아니라 예상비용만을 적시한 것으로 판단되고, 수첩의 뒷면(2월 12일부터 시작되는 면)에는 날짜별 지출내역을 표기한 것으로 보이는 메모가 있으나, 1월 8일부터 4월 2일까지 합계금액이 청구인이 주장한 개조공사비와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 지급상대방과 지출사실이 확인되지 아니하므로 처분청이 금융거래에 의하여 인정되는 공사비 상당액인 5,737만원만 필요경비로 인정하고 나머지 금액에 대하여는 부인한 사실이 심리자료에 나타난다.

(다) 쟁점건물의 신축당시 시공사는 (주)OOO건설이고 청구인은 동 법인의 주주이며 이사직을 맡았던 사실, 직원 김OO은 청구인의 부탁에 따라 쟁점건물의 개조공사비로 2007.5.3. 2,000만원, 2007.5.31.3,737만원을 김OOO OOOO OOOO(OOOOOO-OO-OOOOOO)에서 개인 공사업자들에게 송금한 사실, 청구인은 위 금액 외에 김OO의 예금계좌에서 1억4,500만원을 거래한 내역을 제시하면서 이를 추가공사비라고 주장하나, 처분청은 청구인이 제시하는 1억4,500만원은 공사비와 관련이 없는 금액인 것으로 확인한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

(라) 살피건대, 청구인은 개조공사비 지출내역을 모두 필요경비로인정하여야 한다고 주장하나, 증거자료로 제출한 개조공사비 산출내역 등은 지출한 사실에 대한 객관적 증빙이 아니므로 처분청이 금융거래자료에 의하여 확인되는 공사비 상당액인 5,737만원만을 필요경비로 인정하고 나머지 금액은 부인한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구인은 과세사업용으로 하여 매입세액을 공제받은 1～4층은 감가상각자산에 해당하고 그 사업에 공할 예정이었을 뿐이지 실제로 그러한 사실이 없어 쟁점건물은 과세사업 및 면세사업 겸용건물이며, 비록 청구인이 매입세액을 안분하는 절차를 밟지 아니하였으나, 쟁점건물의 신축과 관련한 매입세액은 공통매입세액으로 보아서 안분하여 납부세액을 재계산하여야 한다고 주장하고 있다.

(나) 청구인은 2006년 제1기～2007년 제1기 과세기간 중 쟁점건물 신축과 관련한 부가가치세 매입세액 3,384만원을 공제받은 다음, 쟁점건물의 2층부터 4층까지인 쟁점상가를 주택(원룸)으로 불법으로 개조하여 타인에게 임대한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(다) 「부가가치세법」제6조 제2항은 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기 사업을 위하여 직접 사용, 소비하는 경우 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 보도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제15조 제1항 제1호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비하는 재화를 과세대상인 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있으며, 한편, 「부가가치세법」제12조 제1항 제11호 및 같은 법 시행령 제34조 제1항에서 주택(상시 주거용으로 사용하는 건물)과 부수토지 임대용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다.

(라) 살피건대, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 공통으로 사용되는 감가상각자산을 취득하는 경우 그 실질 귀속이 불분명하면「부가가치세법」상의 안분계산방식에 따라서 매입세액을 불공제하는것이나, 이 건은 청구인은 부가가치세 과세사업에 사용할 건물을 취득하고 관련 매입세액을 공제받았으나 실제는 면세사업을 위하여 사용한경우에 해당되는 점, 청구인은 쟁점건물을 신축하며 그 중 쟁점상가에대하여는 매입세액을 공제받은 사실이 인정되는 반면 주택에 대하여는 그러한 적이 없어서 쟁점건물은 실질 귀속이 불분명한 감가상각자산으로 볼 수 없는 점 등을 고려하면, 처분청이 「부가가치세법」제6조 제2항에서 규정하는 재화의 자가공급으로 보아 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다(조심 2010서629, 2011.3.15. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.