조심 2016서2484 (2016.10.06)

법인

기각

쟁점인건비의 내용이 연구개발활동에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 조세특례제한법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

조세특례제한법 제9조 / 조세특례제한법 제10조 / 법인세법 제52조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1998.7.14.부터 OOO에서 제조, 출판 및 교육사업을 영위하는 법인사업자로,

(1) 2010사업연도 법인세 신고시교육프로그램 연구‧개발활동에 대한 인건비 지출액 OOO원(이하 “쟁점인건비”라 한다) 등에 대해 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조에 따라 OOO원의 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하였고, 2010사업연도에 세액공제를 받지 못한 인건비 지출액에 대해 2013사업연도 법인세 신고시 OOO원의 연구‧인력개발비 세액공제를 적용하였으며,

(2) 청구법인의 대표이사인 OOO으로부터 2011.12.30. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)의 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원에 매수하는 계약을 체결하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 함)은 2015.6.5.～2015.7.14. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과,

(1) 쟁점인건비는 과학기술분야의 연구․개발활동에 사용된 것으로 볼 수 없어 조특법상 연구개발비 세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점인건비에 대한 세액공제를 부인하여 청구법인에게 2015.12.4. 2010사업연도 법인세 OOO원을, 2016.5.9. 2013사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하는 한편,

(2) 청구법인이 OOO으로부터 쟁점주식을 고가양수한 것으로 보아 쟁점주식 거래에 대한 시가를 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따라 제3자간 거래가액인 1주당 OOO원으로 산정하여 2015.12.4. 시가OOO와 대가OOO와의 차액인 OOO원을 대표이사인 OOO에게 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010사업연도 법인세 부과 및 2011년 귀속 소득금액변동통지 처분에 대해서는 2016.2.25., 2013사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 2016.6.3. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인 내 설치되어 있는 기업부설연구소인 주식회사 OOO(이하 “쟁점연구소”라 한다)는 1999.10.22. OOO로부터 구 「기술개발촉진법」상의 연구소로 인정받았고 전문연구원들이 연구활동을 수행하여 청구법인 특유의 교육프로그램을 개발하고 있다.

(가) 청구법인은 OOO의 학습이론을 토대로 한 OOO 학습법을 고유의 학습이론으로 보유하고 있고, 쟁점연구소에서는 OOO 교육원리에 따라 학습자들이 수학․과학적 관념을 이해하고 창의력을 배양할 수 있도록 하는 학습기법을 연구․개발하고 있다.

이러한 학습법 개발은 교육학과 심리학 등 사회과학분야의 기술적 진전을 위한 활동이고, 청구법인은 타사와 구분되는 독창적인 교수기술력을 가지고 있다.

(나) 청구법인은 컴퓨터 온라인 교육프로그램의 개발활동을 지속적으로 영위하고 있는바, 2006～2007년에는 외주업체와 OOO프로그램을 개발하였고, 2007～2009년에는 수학 OOO프로그램을 개발하였으며, 2007～2008년 기간 동안에는 오프라인에서 학습한 내용과 연계하여 온라인상에서 심화, 반복학습을 수행하고 과제 및 평가를 수행할 수 있는 컴퓨터 프로그램(OOO, 이하 “OOO프로그램”이라 한다)을 개발하였고, 2011년 OOO프로그램에 관하여 온․오프라인이 연계된 학습시스템 및 방법이라는 명칭으로 특허를 취득하였다.

OOO프로그램을 개발한 이후에도 프로그램의 업그레이드, 유지 및 보수활동을 하였고 OOO프로그램에 사용되는 교육용 PC게임 등 온라인 컨텐츠를 개발하였으며, 2010～2011사업연도에는 온라인 관찰평가 시스템을 개발하고 관찰평가 문항을 개발하여 교육프로그램에 적용하였다.

2010년 11월 OOO에서 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람에서 정보처리분야의 연구개발활동으로 소프트웨어 디자인, 개발, 고안 및 유지기법에 관한 연구를 예시하고 있는바, 청구법인의 온라인 학습프로그램 개발활동은 소프트웨어개발에 관련된 연구에 해당하므로 OOO가 인정하는 과학기술분야의 연구개발활동이라 할 수 있다.

또한, 쟁점연구소에서는 초등수학 및 과학교육을 위하여 교재뿐만 아니라 교구를 개발하고 있는바, 이러한 개발활동은 제품개발과 산업디자인 개발활동에 해당한다.

따라서, 쟁점연구소는 교수법 발전을 위한 연구를 수행하면서 컴퓨터 프로그램을 개발하고 특허를 취득하는 등 활발한 연구개발활동을 영위하고 있는바, 연구분야 및 연구활동의 내용을 고려할 때 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다 할 것이다.

(다) 조특법 시행령 별표6 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 제1호 및 제3항에 따르면, 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 OOO로부터 인정받은 기업부설연구소에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 대한 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당한다고 규정하고 있는바, 1999년 최초로 구「기술개발촉진법」상의 기업부설연구소로 인정받은 이래로 2011년까지 기업부설연구소로 인정받아 왔음을 확인할 수 있다.

(2) 청구외법인은 물리, 화학 및 생물학 연구개발업을 영업목적으로 2006.5.8. 설립되었고 2009년 9월 전환가격을 주당 OOO원으로 하여 OOO원의 전환사채를 발행하였으며, 2011년 3월경 주당 OOO원으로 증자를 한바 있다.

청구외법인의 주식은 특수관계여부를 불문하고 아래 ＜표1＞과 같이 OOO원에서 OOO원 사이의 가격으로 지속적으로 거래되었다.

＜표1＞

◯◯◯

청구법인의 최대주주이자 대표자인 OOO은 청구외법인의 주식을 2011.1.26. 「법인세법」상 특수관계가 존재하지 않는 청구외법인의 주주인 OOO로부터 1주당 OOO원에 OOO주를 취득하고, 2011.3.16. 유상증자에 참여하여 주당 OOO원에 총 OOO주를 취득하였다

OOO은 2011.12.30. 청구외법인의 주식 OOO주(쟁점주식)를 특수관계자인 청구법인에게 1주당 OOO원에 매각하였고, 청구법인은 2015.6.30. 청구외법인의 주식 OOO주OOO 중 OOO주는 주당 OOO원에 나머지 OOO주는 1주당 OOO원에 OOO에게 매도하였다.

쟁점주식거래의 당사자인 OOO은 비특수관계자 간 거래가격인 주당 OOO원과 유상증자시 거래가격인 주당 OOO원을 고려하여 매도가액을 OOO원으로 정한 것이다.

OOO이 1주당

OOO, 비슷한 시기에 OOO과 비특수관계인 간 거래된 주식가격OOO과 OOO과 청구법인 간 거래된 주식가격OOO 사이에 유의미한 차이가 존재하지 않음을 고려할 때 청구법인이 OOO에게 이익을 분여하고 조세를 회피한 것으로 보기 어렵다.

또한, 부당행위계산부인 규정의 적용은 과세권자의 판단이 개입하여 부당여부를 판단하게 되므로 거래당사자의 소득금액을 부인하려면 막연한 추정이나 예상 또는 개연성에 의할 것이 아니라 객관적인 증빙을 통하여 입증해야 하는 것이므로 처분청은 쟁점주식의 1주당 가격이 OOO원이라는 사실을 구체적인 증거를 통해 입증하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 비과세 혹은 면제대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이고, 판례OOO에 의하면, 연구인력개발비의 세액공제대상이 되는 범위에는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자만이 포함되며, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 종사하는 연구요원은 2012사업연도에 이르러서야 세액공제 대상이 된다.

(가) 청구법인은 연구‧개발분야에 서비스분야를 추가한 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 조특법을 적용하여 2010사업년도 세액공제의 적격여부를 주장하나, 해당 법 규정은 2012.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용하는 것으로 서비스업을 영위하는 청구법인이 2010사업연도에 지출한 쟁점인건비도 연구인력개발비 세액공제대상이라는 주장은 타당하지 않다.

(나) 청구법인의 연구개발활동이 법률 제11133호로 개정되기 전 조특법의 적용을 받는 연구활동비에 해당하는지 여부에 대해 살펴보면, 2010년 11월 OOO에서 발간한 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람에서 기업부설연구소 신고주체를 열거하면서 과학기술‧정보처리‧산업디자인 분야의 연구소만 해당하는 것으로 나타나있을 뿐, 교육서비스 분야는 해당사항이 없다.

청구법인이 제출한 기업부설연구소 신고서상 연구분야는 (전기·전자) 멀티미디어컨텐츠 개발로 되어 있으나, 청구법인의 내부서류인 업무분장표 등에 나타나는 연구소 업무에는 과학기술분야연구가 확인되지 않고 교재개발이 주요 업무로 확인되므로, 이러한 학습프로그램개발은 교재개발(교육서비스)이 될 수는 있어도 정보처리로 볼 수는 없다.

청구법인은 교수법개발이 사회과학기술 분야의 활동임을 주장하기 위하여 과학기술분야의 연구·개발활동을 포괄적 개념으로 접근하려 하나, 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람 중 연구‧개발활동의 주요내용에 의하면 기업부설연구소가 인정하는 과학기술분야의 연구‧개발활동은 생명과학, 화학, 산업디자인, 전기전자, 식품, 환경, 기계, 금속, 소재, 건설 및 섬유 등 제품의 제조와 관련된 연구분야를 의미하는 것으로서, 청구법인이 2010년에 수행한 교육연구소 활동은 교재개발일 뿐 과학기술분야‧정보처리분야‧산업디자인분야의 연구활동으로 볼 수 없다.

즉, 학습프로그램 및 교구개발 등의 경우 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라기보다는 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동인 교육서비스 개발이라고 보는 것이 타당하므로 청구법인의 2010년도 연구활동은 조특법상 연구개발비 세액공제 대상의 연구개발활동이라고 보기 어려운 바, 처분청이 쟁점인건비에 대해 연구인력비 세액공제를 부인하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 대법원 판례OOO에 따르면, 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하는 것으로, 증권거래소에 상장되지 않은 비상장주식이라도 위와 같은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 봄이 상당하다.

청구주장대로 청구법인과 OOO과의 거래가격을 시가로 보기 위해서는 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 거래된 가격이어야 하는데, 주식발행법인이 신주를 발행하여 추가로 자본을 조달하는 유상증자와 소유주식을 처분하는 쟁점주식의 매매거래는 유사한 상황이라고 볼 수 없어, 유상증자시의 1주당 OOO원을 고려하여 산정한 쟁점주식 거래 시의 1주당 OOO원을 시가라고 보기는 어렵다.

청구법인이 2015년 6월 청구외법인의 주식을 OOO에게 1주당 OOO원에 매도한 것은 쟁점주식의 거래시기인 2011.12.30.로부터 3년 이상 지난 시점의 가액이고, OOO이 청구외법인의 주식을 1주당 OOO원에 취득할 권리를 부여받은 것은 전환사채를 인수한 것으로 이 건 거래와 유사한 상황이라고 볼 수 없다.

쟁점주식이 거래된 날과 같은 시기인 2011.8.9.～2011.9.9. 기간 동안 OOO가 OOO 외 10명에게 11차례에 걸쳐 청구외법인의 주식을 1주당 OOO원에 거래한 사실이 확인된다.

OOO가 OOO 외 10명과 매매한 거래는 각 거래별 매매수량이 OOO주에 불과하여 2011사업연도 청구외법인의 총발행주식 OOO주의 0.3%에 지나지 않으나, 11건의 총 주식거래량은 OOO주로서 총발행주식의 3%에 해당하여 당해 거래가 주식의 시가를 반영한 것으로 볼 수 있다.

참고로 청구법인은 2011년 1월 OOO에 대한 대여채권이 OOO원이 있었으나, 쟁점주식의 거래로 OOO 대여채권 OOO원과 상계하는 회계처리를 하였으므로, OOO의 채무를 변제하기 위한 목적으로 쟁점주식을 고가로 양수한 혐의가 있다.

따라서, OOO가 OOO 외 10명과 거래한 가격인 1주당 OOO원을 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따라 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에 해당하는 것으로 보아, 쟁점주식의 시가를 1주당 OOO원으로 하여 청구법인에게 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하고 그 거래가액과 시가와의 차액을 청구법인의 대표자인 OOO에게 상여처분한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점인건비가 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제 요건을 충족하지 못하는 것으로 보아 이를 배제한 처분의 당부

② 쟁점주식의 「법인세법」상 시가를 얼마로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것) 제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

(2) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동