beta
[청구번호]
[청구번호]조심 2015서1170 (2016. 3. 23.)
[세목]
[세목]부가[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]전담기관이 금융기관을 통해 쟁점기술료를 참여기업으로부터 직접 지급받은 것으로 나타나 참여기업은 실질적으로 전담기관으로부터 실시권을 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기술료를 청구법인이 공급한 용역의 대가로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못임
[관련법령]
[관련법령] 부가가치세법 제7조
[주 문]
OOO세무서장이 2014.10.16. 청구법인에게 한 부가가치세 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가.청구법인은 2001.3.30. 설립되어 OOO에서 전력시장의 개설‧운영에 관한 업무, 통신업 및 전력거래‧중개업을 영위하는 비영리법인으로서 2005년부터 2010년까지 OOO(이하 “전담기관”이라 한다)이 전담하고 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 참여기업으로 하는 OOO 개발(OOO, 이하 “쟁점사업”이라 한다)의 주관기관으로 참여하였다.
나. 처분청은 청구법인이 OOO 시스템의 실시권을 양도하고 OOO으로부터 2012.9.16. OOO원 및 2013.9.16. OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점기술료”라 한다)의 정액기술료를 받고도 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 2014.10.16. 청구법인에게 부가가치세 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원을 각 경정‧고지하였다.
다.청구법인은 이에 불복하여 2014.12.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) OOO과 청구법인과의‘전력산업연구개발사업 협약서’(이하 “협약서”라 한다)제8조 제1항에 의하면 쟁점사업의 수행 성과 중 기금출연분에 해당하는 지분만큼은 정부가 소유하고 정액기술료가 납부되면 정부가 소유한 지분만큼의 전용실시권을 무상 양여함을 원칙으로 하여 국가가 쟁점사업의 원시취득자임은 명백하다. 쟁점금액은 OOO이 쟁점사업의 실시권을 받는 대가로 국가에 지급한 것이므로 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점기술료는 OOO이 국가에 반환할 국고보조금을 반환한 것에 지나지 않으므로 부가가치세 과세 대상이 아니다. 쟁점사업은 국고보조금과 민간투자금으로 수행되었고, 협약서 제8조 제2항에 따르면 연구 결과물은 참여기업인 OOO이 정액기술료를 납부하고 양도를 요청하는 경우 실시권의 무상 양여를 원칙으로 정하여 OOO이 국가에 지급하는 기술료는 쟁점사업의 실시권 양도로서 대가관계에 있지 아니하다. 결국 쟁점기술료의 실질은 국고보조금의 반환으로 보아야 하고 쟁점기술료를 부가가치세 과세 대상으로 본 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO이 쟁점기술료를 국가에 직접 납부하여 청구법인과는 무관한 거래라고 주장하나 협약서, ‘정액기술료 실시계약서’(이하 “계약서”라 한다) 등에 의해 쟁점사업의 실시권이 정부→청구법인→OOO으로 양도되는 거래이다. 거래상대방인 OOO은 쟁점기술료가 청구법인으로부터 실시권 양수에 대한 대가로 인지하고 있었던사실이 확인서, 대체결의서에 나타나는 등 쟁점사업의 전용실시권을청구법인이 정부로부터 양수하여 OOO에게 양도한 거래로 보아 쟁점기술료에 대해 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
(2) ‘정액기술료 실시계약서’ 제5조에 의하면 OOO은 쟁점사업의 실시권에 대한 대가로 실시료를 청구법인 또는 청구법인의 지시에 따라 전담기관에 지급하도록 되어 있어 이에 따라 지급한 정액기술료를 국고보조금의 반환으로 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구법인이 OOO에 실시권을 부여하고,쟁점기술료를 수취한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
② 쟁점기술료는 국가보조금의 반환으로 부가가치세 과세 대상이 아니라는 청구주장의 당부
나. 관련 법률
제7조【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
⑤제1항에 따른 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제12조【면세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
제13조【과세표준】 ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
4. 국고보조금과 공공보조금
제38조【국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조 제1항 제18호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.
1. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조 제1항에 규정된 부가우편역무중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역
2. 「철도건설법」에 규정하는 고속철도에 의한 여객운송용역
3. 부동산 임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 기획재정부령이 정하는 자에게 제공하는 재화 또는 용역
나.국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건용역
가. 제29조 제1호 단서에 따른 진료용역
나. 제29조 제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점사업의 개요는 아래와 같다.
(가) 쟁점사업은 전력산업기반기금을 활용한 전력산업연구개발 사업으로 지정‧운영되어 전력산업연구개발에 관한 행정적인 사항에 대해 2008년 이전에는「전력산업연구개발사업 운영요령」에 따르도록 하고 있고, 2008년 이후부터「전력산업연구개발사업 관리지침」에 따라 처리하도록 하고 있으며, 청구법인은 2005.11.1.부터 2010.10.31.까지 OOO 사업의 총괄주관기관 및 제1세부과제 주관기관으로 참여하였고, 쟁점사업은 전담기관과 청구법인, 청구법인과 OOO의 협약체결로 구성되었다.
(나) 자금흐름의 개요
○○○
(2) 「부가가치세법」제4조에 의하면 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급을 과세대상으로 하고 있고, 처분청은 청구법인이 정부로부터 전용실시권을 취득하여 OOO에게 공급한 것으로 보아 부가가치세 과세 대상이라는 의견인 반면, 청구법인은 청구법인이 취득한 실시권을 OOO에게 공급한 것이 아니라 국고보조금의 반환성격으로 보거나 청구법인과 OOO이 각각 자신의 실시권을 전담기관으로부터 취득하고 그 대가를 전담기관에 지급한 것이라고 보아야 한다고 주장한다.
(3) 정부OOO와 청구법인간 협약(2005.11.1. 및 2008년 12월)내용과 청구법인과 OOO간 계약(2008년 12월)내용은 다음과 같다.
(가) 쟁점사업 수행을 위한 OOO와 청구법인간의 협약에 의하면 청구법인은 쟁점사업을 수행하기 위해 OOO와 협약을 체결하였고, 주요 내용은 <표1>과 같으며 협약서에 의하면 쟁점사업이 완료되기 전에는 기금출연분에 상당하는 지분만큼 정부가 쟁점사업의 소유권을 가진다고 되어 있으며 쟁점사업이 완료된 후에의 소유권 관계에 대해 명시되지 아니하나, 정부는 참여기업‧실시기업이 정액기술료를 납부하고 양도를 요청하는 경우 전용실시권을 무상 양여함을 원칙으로 한다는 뜻이 협약서 제8조 제2항에 기재됨에 따라 정액기술료를 납부한 주체가 전용실시권을 가질 수 있는 것으로 보인다.
<표1>
○○○
(나)청구법인과 OOO이 체결한 쟁점사업 수행 협약에 의하면 정부와 청구법인간의 협약 체결 이후에 체결된 것으로 제7조에 의하면 OOO이 청구법인에게 기술료를 납부하면 OOO에게 실시권을 부여하는 것으로 기재되어 있고, 청구법인과 OOO간 정액기술료 관련 계약서에 의하면 OOO은 쟁점사업의 결과물에 대한 실시권 대가를 청구법인 또는 청구법인의 지시에 따라 전담기관에 지급하고 실시권을 취득한다는 내용이 기재되어 있다.
(4) 정액기술료의 산정 및 납부 방법은 다음과 같다.
(가)청구법인과 OOO간의 정액기술료 실시계약서에 의하면 OOO은 실시권에 대한 대가로 실시료를 청구법인 또는 청구법인의 지시에 따라 전담기관에 지급하기로 하였고, 청구법인과 OOO이 작성하여 전담기관에 제출한 정액기술료 징수계획서에 의하면 청구법인은 2012.9.16. OOO원을 일시납으로, OOO은 2012.9.16.부터 매년 OOO에 OOO회에 걸쳐 합계 OOO원을 각 전담기관에 납부하기로 한 것으로 나타나며, OOO이 전담기관에 교부한 은행도 약속어음 사본과 OOO의 OOO은행 거래내역을 조회한 결과 및 전담기관 행정지원시스템상 어음결제계좌 입금 내역이 일치하는 등 OOO이 쟁점기술료를 청구법인이 아닌 전담기관에 직접 지급한 것으로 나타난다.
(나) 쟁점사업 수행을 위해 사용한 금액내역은 아래 <표2>와 같고, 쟁점사업이 진행되는 동안 청구법인과 OOO이 기금출연금을 포함한 재원을 사용한 내역이 나타나며, 기술료의 산정내역을 보면 위 <표2>와 같이 청구법인과 OOO이 각자 사용한 기금출연분을 기준으로 아래 <표3>과 같이 청구법인과 OOO에 대한 정액기술료를 각각 산정한 것으로 보인다.
<표2>
○○○
<표3>
○○○
(5) 쟁점사업과 관련한 정부의 고시는 다음과 같다.
(가) 산업자원부 고시제2003-25호(2003.3.6.) 제34조 제1항과 제3항에 의하면 기술료 징수대상 과제에 대해 주관기관이 실시기업으로부터 기술료를 징수하여 전담기관에 납부할 것을 예정하고 있는 것으로 보이고, 제36조 제1항과 제3항에 의하면 기금출연분에 대해서는 기술료를 전담기관에 납부한 시점부터 주관기관이 소유권을 갖도록 하고 있으나 협약에서 정하는 내용에 따를 것을 전제로 하고 있는 것으로 나타난다.
(나)쟁점사업 관련 관리지침(2008.2.20. 산업자원부 승인) 제51조에 의하면 전담기관의 장은 기술료 징수대상 과제에 대해서는 제34조에 의거 주관기관으로부터 협약서 또는 실시계약서에서 정한 기술료를 징수하도록 되어 있고, 제52조에 의하면 연구개발에 따른 결과물의 소유권은 협약에서 정하는 바에 따라 기금 출연금 지분에 상당하는 기술료를 전담기관에 납부한 시점부터 주관기관 소유로 하도록 되어 있으나, 이 건 협약에서는 참여기업이 쟁점사업의 결과물에 대한 실시권을 취득하기 위한 요령이 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점사업과 관련한 청구법인과 OOO간의 정액기술료 실시계약서는 정부 고시에 따른 것으로 정부가 참여기업에 대한 기술료 징수의 편의를 위해 주관기관인 청구법인이 수납사무를 처리토록 한 것으로 보이는 점, 협약서에는 정액기술료를 정부에 납부하면 전용실시권을 양수받을 수 있고, 참여기업도 정액기술료를 납부하고 실시권을 취득할 수 있도록 기재되어 있으며, 정액기술료는 청구법인과 OOO이 각각 전담기관에 납부하여 청구법인과 OOO은 쟁점사업의 결과물에 대한 실시권을 취득할 수 있는 것으로 보이는 점, 청구법인과 OOO이 전담기관에 납부한 기술료는 청구법인과 OOO이 각각 사용한 기금액을 기준으로 다른 요율을 적용하는 등 산정방법이 달라 청구법인이 기술료 전액을 전담기관에 납부하여 쟁점사업 실시권 전부를 취득하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 당초 취득하지 못한 실시권을 OOO에 양도하였다고 보기 어려운 점, OOO이 전담기관에 약속어음을 교부하여 전담기관이 금융기관을 통해 쟁점기술료를 직접 지급받은 것으로 나타나 OOO이 취득한 실시권은 실질적으로 전담기관으로부터 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점기술료를 청구법인이 공급한 용역의 대가로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.