본점에서 금융업을 영위하는 부가가치세 면제사업자가 다른장소에서 부가가치세 과세사업인 부동산임대업등을 위한 건물을 신축하면서 과세사업자등록을 하지 아니하고 종전의 본점 면세사업자등록번호로 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급받고

청구법인은 대구광역시 서구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 금융업을 영위하는 비영리법인으로서 80.3.20. 면세사업자 등록증(OOOOOOOOOOOO)을 교부받아 면세사업(금융업)을 영위하던 중 93.9.21. 부동산임대등을 목적으로 위 본점소재지와 다른 별도의 장소(같은 시 서구 OO동 OOOOOO)에 건물을 신축하면서 92년 2기부터 95년 1기중에 매입세금계산서 합계 1,349,844,729원을 본점명의로 교부받았다.

처분청은 청구법인이 위 건물을 신축하여 부가가치세 과세사업을 영위하면서도 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니하고 종전의 면세사업자 등록번호로 매입세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제한 것을 공제배제하여 95.9.30. 청구법인에게 [별지]기재의 부가가치세 합계 81,146,720원을 결정 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.11.9. 이의신청과 96.2.6. 심사청구를 거쳐 96.4.18. 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

위 사업용건물은 본점소재지에서 관리가 가능한 인근지역에 위치하고 있어 청구법인은 95.10. 위 사업자등록(면세사업자용) 업종에 부동산임대업 및 목욕탕업을 추가하여 사업자등록정정신청을 한 바 있고, 처분청도 이를 인정하여 95.10.11. 동 사업자등록증을 정정교부하였으므로 동 사업용건물은 미등록사업장에 해당하지 아니하며, 따라서 위 사업용건물 수입금액에 대하여 부가가치세를 과세하는 경우에는 동 건물신축 및 유지와 관련하여 부담한 부가가치세매입세액을 추가로 공제하여야 하며,

또한, 처분청이 위 사업용건물을 별도의 사업장으로 보아 위 매입세액을 공제하지 아니한 이 건 처분은 국세기본법상의 신의성실원칙과 금반언의 원칙에 반하는 위법·부당한 처분이므로 이 건 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 국세청장 의견

부가가치세과세사업을 개시한 법인은 부가가치세법에 의하여 사업자 등록을 하여야 하고, 부가가치세면세사업을 신규로 개시한 자는 법인세법에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 것이므로, 법인세법에 의하여 사업자등록을 한 부가가치세면세사업자가 부가가치세과세사업을 신규로 개시한 경우에는 새로이 부가가치세법에 의한 사업자등록을 하여야 한다. (부가 46015-993, 93.6.21. 국심 91서1585, 91.10.7. 같은 뜻임)

처분청이 제시한 지적도를 보면, 위 사업용 건물은 본점소재지(마을금고)와 지리적으로 다른 곳에 위치하고 있어 이를 총괄관리가 가능한 하나의 사업장으로 보기도 어려울 뿐만 아니라 설사 이를 하나의 사업장으로 볼 수 있다고 하여도 위에서 본 바와 같이 부가가치세과세사업부분에 대하여는 새로이 부가가치세법 제5조에 의한 사업자등록을 하여야 하는 것이다.

청구법인은 이 건 부가가치세 고지(95.9.30) 이후인 95년10월초 위 면세사업자등록증에 대하여 사업자등록 정정신청을 하여 95.10.11. 위 부동산임대업 및 목욕탕업이 추가된 사업자등록증을 교부받았음이 확인되므로 본점사업자 등록증을 정정교부받았다고 하여 독립된 별개의 부가가치세 과세사업장에 대한 사업자등록신청이 면제되는 것은 아니다.

청구법인은 93.9.21. 위 사업용건물을 준공하고서도 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 새로이 신청한 사실이 없을 뿐 아니라 이에 대한 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고·납부한 사실도 없으므로 위 건물 신축과 관련된 매입세액 및 유류매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

본점에서 금융업을 영위하는 부가가치세 면제사업자가 다른장소에서 부가가치세 과세사업인 부동산임대업등을 위한 건물을 신축하면서 과세사업자등록을 하지 아니하고 종전의 본점 면세사업자등록번호로 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 교부받은 경우 그 매입세액의 공제여부를 가리는 데 있다.

나. 심리 및 판단

이 건 매입세액이 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 하기 전에 발생된 세액인 사실에 대해서는 다툼이 없다.

부가가치세법 제5조 제1항에서 신규로 사업을 개시하는 자는 정부에 등록하도록 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제5호에서 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액”은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바,

부가가치세법 제5조 제1항 규정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다 할 것이므로 같은 법 제17조 제2항 제5호 규정의 『제5조 제1항의 규정에 의한 등록』이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이다. 그러므로 부가가치세의 면세사업자이던 청구법인이 면세사업자등록증을 교부받았다는 사실만으로는 같은법 제5조 제1항 규정에 의한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없는 것이다. (국심 88서147;88.4.19, 대법원 84누163;84.7.10 같은 뜻)

청구법인이 과세사업자등록을 하기 전의 위 사업용 건물신축등에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제5조 제1항 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입 세액에 해당하여 같은법 제17조 제2항 제5호 규정에 의하여 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다. (국심 93전2801, 94.2.1. 같은 뜻)

다. 결론

이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.