서면법규과-336 (2014.04.09.)

국기

합병법인 및 피합병법인이 적격합병에 따른 과세특례를 신청한 후 과세특례를 적용받지 않는 것으로 경정청구 및 수정신고를 할 수 없는 것임

국세기본법제45조

1. 사실관계

○ 2010.11. 질의법인(“합병법인”)은 위성DMB 사업의 재무안정화 및사업확대 등을 목적으로 OOOO㈜(“피합병법인”)를 적격합병하고

- 피합병법인의 이월결손금 1,983억원을 승계

○ 2012.8. 스마트폰 이용자의 급성장 등 경제환경 변화로 합병법인은승계받은 위성DMB 사업을 폐지하여 자산처분 및 폐기손실 786억원 발생

- [세무처리] 적격합병 사후관리 규정에 따라 합병매수차손 상당액을익금산입하였으나 승계한 이월결손금에서 이를 공제하지는 아니하고위성DMB 사업부문에서 발생한 자산처분(폐기)손실 786억원 손금부인

2. 질의내용

○합병과세특례를 신청한 이후 과세특례를 적용받지 않는 것으로 경정청구·수정신고가능한지

3. 관련법령

○ 국세기본법 제45조【수정신고】

①과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 국세기본법 제45의2【경정청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2.과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

○ 국세기본법 시행령 제25조【과세표준수정신고】(2014.2.21)

① 법 제45조에 따른 과세표준수정신고서에는 다음 각 호의 사항을적어야 하며, 수정한 부분에 관하여 당초의 과세표준신고서에 첨부하여야 할 서류가 있는 경우에는 이를 수정한 서류를 첨부하여야 한다.

1. 당초 신고한 과세표준과 세액

2. 수정신고하는 과세표준과 세액

3. 그 밖에 필요한 사항

② 법 제45조제1항제3호에서 "원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2014.2.21>

1. 원천징수의무자가 정산 과정에서 「소득세법」 제73조제1항제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 소득을 누락한 것

2. 세무조정 과정에서 「법인세법」 제36조제1항에 따른 국고보조금등과 같은 법 제37조제1항에 따른 공사부담금에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것

3. 제2호와 유사한 사유로서 기획재정부령으로 정하는 것

○ 국세기본법 시행규칙 제12조 【과세표준수정신고서 등】

① 영 제25조제2항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 「법인세법」 제44조, 제46조, 제47조 및 제47조의2에 따라 합병, 분할, 물적분할 및 현물출자에 따른 양도차익[「법인세법」(법률 제9898호 법인세법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 및 제46조에 따른 합병평가차익 또는 분할평가차익을 포함한다. 이하 이 항에서 같다]에 대하여 과세를 이연(이연)받는 경우로서 세무조정 과정에서 양도차익의 전부 또는 일부에 상당하는 금액을 익금과 손금에 동시에 산입하지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 모두에 해당하는 경우는 제외한다.

1. 정당한 사유 없이 「법인세법 시행령」 제80조, 제82조, 제83조의2, 제84조 및 제84조의2에 따라 과세특례를 신청하지 아니한 경우[「법인세법 시행령」(대통령령 제22184호 법인세법 시행령 일부개정령으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제80조, 제82조, 제83조 및 제83조의2에 따라 과세특례를 적용받기 위한 관련 명세서를 제출하지 아니한 경우를 포함한다]

2. 영 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우

○ 법인세법 제44조의3【적격합병시 합병법인에 대한 과세특례】

① 제44조제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1하에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

③제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다),승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1.합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

④합병법인은 제3항에 따라 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액 등을 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액과 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 제3항 각 호의 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금 또는 손금에 산입한다.

⑤ 제44조제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 제44조제2항 각 호의 요건을 갖추지 아니하더라도 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 하여 제1항과 제2항을 적용한다. 이 경우 제3항과 제4항은 적용하지 아니한다.

⑥ 제1항을 적용받는 합병법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병으로 양도받은 자산에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 승계받은 사업의 폐지에 관한 판정기준, 익금산입액 및 손금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법제45조【합병시 이월결손금 등 공제 제한】

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실(합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 제1항 및 제2항을 적용한다.

④ 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제80조의4 【적격합병 과세특례에 대한 사후관리】

① 합병법인은 법 제44조의3제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 양도받은 자산 및 부채의 가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하되, 시가에서 피합병법인의 장부가액(제85조제1호에 해당하는 세무조정사항이 있는 경우에는 그 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액으로 한다)을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정은 다음 각 호의 구분에 따라 0보다 큰 경우에는 익금에, 0보다 작은 경우에는 손금에 각각 산입한다.

1. 감가상각자산에 설정된 자산조정계정: 자산조정계정이 0보다 큰 경우에는 해당 자산의 감가상각비(해당 자산조정계정에 상당하는 부분에 대한 것만 해당한다. 이하 이 항에서 같다)와 상계하고 0보다 작은 경우에는 감가상각비에 가산. 이 경우 해당 자산을 처분하는 경우에는 상계 또는 더하고 남은 금액을 그 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입한다.

2. 제1호 외의 자산에 설정된 자산조정계정: 해당 자산을 처분하는 사업연도에 전액 익금 또는 손금에 산입. 다만, 자기주식을 소각하는 경우에는 익금 또는 손금에 산입하지 아니하고 소멸한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 이 경우 법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다.

③ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년을 말한다.

④ 합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 계상된 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)과 법 제44조의3제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 결손금 중 공제한 금액 전액을 익금에 산입한다.이 경우 제1항에 따라 계상된 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다.

⑤ 제4항에 따라 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입한 경우 합병매수차익 또는 합병매수차손에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처리한다. <개정 2010.12.30>

1. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가에 미달하는 경우: 합병매수차익에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하고, 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 익금에 산입

가.제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는사업연도: 합병매수차익에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 익금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차익에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 익금에 산입

2. 합병 당시 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우: 합병매수차손에 상당하는 금액을 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금에 산입하되, 제80조의3제2항에 해당하는 경우에 한정하여 그 금액에 상당하는 금액을 합병등기일부터 5년이 되는 날까지 다음 각 목의 구분에 따라 분할하여 손금에 산입

가.제44조의3제3항 각 호의 어느 하나의 사유가 발생한 날이 속하는사업연도: 합병매수차손에 합병등기일부터 해당 사업연도 종료일까지의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다)을 손금에 산입

나. 가목의 사업연도 이후의 사업연도부터 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 사업연도: 합병매수차손에 해당 사업연도의 월수를 60월로 나눈 비율을 곱한 금액(합병등기일이 속하는 월의 일수가 1월 미만인 경우 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속하는 월은 없는 것으로 한다)을 손금에 산입

⑥합병법인이 법 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 제85조제1호에따라 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면 또는 세액공제액 상당액을 해당 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부하고, 해당 사유가 발생한 사업연도부터 적용하지 아니한다.

⑦ 법 제44조의3제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.법 제44조의3제3항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는경우: 합병법인이 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

2.법 제44조의3제3항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는경우: 제9항에 따른 주주등이 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

⑧ 합병법인이 제3항에 따른 기간 중 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다.

⑨ 법 제44조의3제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 제80조의2제5항에 따른 주주등을 말한다.

⑩ 제1항에 따라 자산조정계정을 계상한 합병법인은 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 자산조정계정에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.