국심2001전0840 (2001.11.24)

양도

취소

토지구획정리사업의 공사착공을 위해 과일나무 등의 공사지장물이 철거되어 경작할 수 없는 상태에서 환지처분전에 환지예정지 지정일로부터 3년 이내에 양도한 토지는 양도일 현재 농지로 봄

조세특례제한법시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

OOOOOOOOOO

OOO세무서장이 2001.1.5 청구인에게 한 1999년 귀속분 양도소득세 190,946,750원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 사실

청구인은 1999.10.8 충청남도 OO시 OOO동 OOO 소재 토지 3,223㎡ 중 3,223분의 1,263.3의 지분(1,263.3㎡) 및 1999.10.23 같은곳 OOO 소재 토지 2,747㎡ 합계 4,010.3㎡(이하 “쟁점토지”라고 하며, 쟁점토지는 1999.4.13 환지예정지 지정되기 전의 기준에 의한 것임)을 양도하고 1999.11.1 개별공시지가로 양도차익을 산정하여 양도소득세 63,269,854원을 자진신고·납부하였다.

이에 대하여 처분청은 쟁점토지가 환지예정지로 지정됨에 따라 쟁점토지의 양도당시 개별공지가가 없는 토지에 해당한다 하여 감정기관의 감정가액으로 기준시가를 평가하여 양도차익을 산정하고, 신고·납부불성실가산세를 포함한 총결정세액을 254,216,606원으로 결정하고, 위 자진납부세액을 차감한 190,946,750원을 청구인에게 1999년 귀속분 양도소득세로 2001.1.5 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.4.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1967.1.27 쟁점토지를 취득한 후 토지구획정리사업시행으로 농사를 지을 수 없을 때까지 계속하여 재촌자경하고, 환지예정지 지정일로부터 3년 이내에 이를 양도하였으나, 쟁점토지가 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 제1호 본문에서 규정한 『도시계획법에 의한 주거지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지』에 해당되는 줄 알고 양도소득세 면제대상이 아닌 것으로 보아 예정신고·납부하였으나, 쟁점토지는 위 규정의 적용을 제외하도록 한 같은법시행령 제66조 제1항 제1호 단서인 『대규모 개발사업지역내의 농지로서 개발사업시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 제외한다』에 해당되어 8년 이상 자경농지의 양도에 해당되므로 쟁점토지에 대한 양도소득세는 면제되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 제시하는 서류에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 재촌자경한 사실은 인정되나, 쟁점토지가 포함된 OOO 제2지구 토지구획정리사업의 진행과정을 보면, 1993.2.18 자연녹지에서 일반주거 및 상업지역으로 도시계획이 변경되어 1994.12.2 토지구획정리사업에 관한 도시계획이 결정되고, 1997.12.3 사업시행인가를 거쳐 1998.4.28 공사가 착공된 후 1999.4.13 환지예정지 지정 등으로 토지구획정리사업이 진행되고 있었으며, 공사가 1998.4.28 시작되었음에 비추어 쟁점토지의 양도당시인 1999.10월 현재로서는 조세특례제한법시행령 제66조 제2항 규정에서 규정한 농지로 볼 수 없으므로 8년 이상 자경농지에 대하여 적용되는 양도소득세 감면을 배제한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 대규모개발사업지역내의 농지로서 8년 이상 자경농지에 해당되는지의 여부

나. 관련법령

이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련 조세특례제한법령은 다음과 같다.

조세특례제한법

제69조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자

조세특례제한법시행령

제66조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 것으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시·읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일로부터 3년이 지난 농지

② 제1항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다.

조세특례제한법시행규칙

제27조【농지의 범위 등】③ 영 제66조 제1항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

다. 심리 및 판단

청구인이 쟁점토지의 소재지에 거주하면서 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 다만, 쟁점토지가 양도일 현재 농지에 해당하는지에 대하여 다투고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 사실관계

(가) 2001.3.15 OOO시장이 처분청에 보낸 “OOO 1,2지구 토지구획정리사업 지구내 자경농지에 대한 양도소득세 면제 협조요청” 공문에 의하면, OO시 OOO동, OOO동, OOO동 등 일원에 대하여 제1지구와 제2지구로 나눠진 이들 지구는 1993.2.18 자연녹지에서 일반주거 및 상업지역으로 도시계획이 변경되어 1994.12.2 토지구획정리사업에 관한 도시계획이 결정·고시(충청남도 고시 제1994-285호)되고, 그 후 제1지구는 1997.7.1 사업시행인가를 받아 1998.4.28 공사착공, 1998.10.27 환지예정지로 지정되어 토지구획정리사업이 진행되고 있으며, 쟁점토지가 속한 제2지구는 1997.12.3 사업시행인가를 거쳐 1998.4.28 공사가 착공된 후 1999.4.13 환지예정지 지정 등으로 2002년말경 환지처분예정으로 토지구획정리사업이 진행되고 있음이 확인되며, OOO시장은 위 공문에서 위 지역은 사업시행전 대부분 토지소유자들이 자경하여 온 농경지로서 환지예정지 지정 후 토지를 매각할 경우 양도소득세 부과에 대하여 많은 민원이 제기되는 바, 위 지역은 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 제1호 단서규정의 대규모 개발사업지역으로 토지소유자가 1,000명 이상이고, 사업시행면적도 2,388,854㎡로서 토지구획정리사업지구 결정 후 1,2지구로 구분하여 단계별로 사업시행하는 지역이며, 환지예정지 지정일로부터 3년이 경과하지 않았고, 환지처분 예정 중에 있어 8년 이상 자경농지에 대하여는 양도소득세를 면제하여 줄 것을 처분청에 요청하고 있다.

(나) 그리고, 위 토지구획정리사업에 관한 도시계획의 결정에 관하여 1994.12.2 고시된 충청남도 고시 제1994-285호에는 “OO시 도시계획사업(OOO 제1,2지구 토지구획 정리사업에 관한 계획)결정에 대하여 도시계획법 제12조 및 같은법시행령 제6조의 규정에 의하여 결정조서 및 도면과 같이 결정하였기 같은법 제12조 제4항의 규정에 의하여 고시하고, …”라고 표현하고 있는 점으로 보아 쟁점토지가 속한 위 1,2지구내의 토지들이 자연녹지에서 주거지역 등으로 편입된 것이 토지구획정리사업과 별개로 편입된 것이 아니라 토지구획정리사업과 연계된 일련의 한 과정으로 보인다.

(다) 그런데, 위 제1지구와 제2지구의 사업인정고시일이 달라 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 제1호 단서 규정의 하나의 사업시행지역으로는 볼 수 없으나, 쟁점토지가 속한 제2지구 자체적으로도 그 시행면적이 1,061,133㎡가 되어 같은법시행규칙 제27조 제3항의 대규모 개발사업지역에 해당되고, 제2지구에 대한 OO시청의 공사관련 서류에 의하여 그 공사진행과정을 보면, 이 건 시행청인 OO시는 제2지구를 세부 구획으로 나누어 시행하지는 아니하고 1998.4.28~1998.12.31기간을 기반시설공사 1차 연도분으로, 1999.10월부터 12개월간을 2차 연도분으로, 2000.9월부터 8개월간을 3차 연도분으로 하고, 전기공사는 1999.12월부터 2001.10.28까지 하는 등으로 하여 2001.3월 현재 60%의 공정율을 보이고 있는 것으로 확인된다.

(라) 그리고, 청구인이 제시하는 “지장물철거 이전계약서”에 의하면, 1998.5.4자로 OOO시장과 청구인간에 OO북부 제2지구 토지구획정리사업으로 인하여 쟁점토지의 지상에 13년~15년생 포도나무 327주 등을 계약체결일로부터 7일 이내에 철거 또는 이전하는 조건으로 보상액 13,742,500원을 계약과 동시에 지급하기로 되어 있는 점으로 보아 쟁점토지는 1998.5.4 당시까지는 최소한 13년 이상 과수원으로서 농지였던 사실이 확인된다.

(마) 위와 같은 사실로 보아 쟁점토지는 환지예정지 지정일인 1999.4.13로부터 3년 이내 양도되었으나, 시행청인 OO시장이 1차 연도분 기반시설공사가 끝난 1998.12.31부터는 현실적으로 농지가 아닌 상태로 있다가 1999.10월에 양도된 것으로 보여진다.

(마) 한편, 위 OOO 제1,2지구에 속한 토지를 양도한 자들이 청구인과 같이 당초 양도소득세를 자진신고·납부하였다가 8년 이상 자경 농지에 해당한다고 하면서 경정청구 등을 한데 대하여 처분청은 처음 일부 사람들에게는 납부한 세액을 환급하였다가 “농지에 대해 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지가 지정되고 3년 이내 토지조성공사의 시행으로 경작할 수 없는 경우, 당해 토지는 ‘양도일 현재의 농지’로 본다."라고 한 재정경제부 예규(재산 46014-302, 2000.10.27)의 반대해석으로 환지예정지 지정일로부터 3년 이내 양도되었다 하더라도 환지예정지 지정전에 공사착공으로 경작할 수 없는 경우에는 양도일 현재 농지로 볼 수 없어 이를 시정하지 아니하자, 2001.7월경 청구외 김OOO가 이 점에 대하여 국세청장에게 질의를 하였고, 처분청은 그 결과에 따라 처리하고자 나머지 사람들에게는 환급을 보류하고 있음이 확인된다.

(2) 판단

(가) 먼저, 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 날로부터 3년이 지나서 양도되었지만 쟁점토지가 속한 OOO 제2지구의 토지구획정리사업이 조세특례제한법시행령 제66조 제1항 제1호 단서규정의 대규모 개발사업지역으로서 단계적 사업시행지역인지를 보면, 앞서 사실관계에서 본 바와 같이 면적상 대규모 개발사업지역에 해당되면서 기반시설공사 등을 연차적으로 시행하고 있음을 볼 때 단계적 사업시행지역에도 해당되는 것으로 보여진다.

(나) 이와 같이 쟁점토지는 대규모 개발사업시행지역으로서 단계적 사업시행지역에 속하면서 환지처분전에 환지예정지 지정일로부터 3년 이내에 양도되었으므로 위 시행령 제66조 제1항 본문 규정의 8년 이상 자경농지에서 제외하도록 규정하고 있는 같은조 제1호 및 제2호의 농지에도 해당되지 아니하는 것으로 판단된다.

(다) 다음, 쟁점토지가 토지구획정리사업으로 인한 공사가 착공되어 사실상 경작을 할 수 없는 상태에서 양도된 것을 조세특례제한법시행령 제66조 제2항 규정의 양도일 현재 농지로 볼 수 있는지에 대하여 보건대, 토지구획정리사업법에 의하면, 사업시행인가(제32조), 환지예정지 지정(제56조 제1항) 등의 규정은 있으나, 공사착공에 대한 규정은 없이 공사완료공고(제61조)에 관한 규정만 있고, 또한, 환지예정지의 지정도 “… 환지예정지를 지정할 수 있다.”고 규정하고 있어 반드시 이를 지정하여야 하는 것으로도 보이지 아니하며, 그 환지예정지의 지정효과(제57조 제1항)로서 토지소유자는 환지지정의 효력발생일로부터 환지처분 공고가 있는 날까지 환지예정지 등에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며, 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없도록 규정하고 있는 바, 토지구획정리사업을 시행함에 있어서 사업시행인가가 나고 지장물이 제거되면 바로 공사를 착공할 수 있는 것으로 보이고, 환지예정지 지정과 공사착공의 순서는 사업시행자의 형편에 따라 이루어지는 것으로 보이는 바, 위 재정경재부 예규(재산 46014-302, 2000.10.27)도 환지지정 후 공사가 착공되어 경작할 수 없는 경우에만 양도일 현재의 농지로 보고, 그 반대로 공사가 착공된 후 환지예정지가 지정되었을 때는 양도일 현재 농지로 볼 수 없다는 뜻은 아닌 것으로 보이며, 공사착공으로 인하여 경작할 수 없는 상태에서 환지예정지가 지정되었더라도 환지처분전에 환지예정지 지정일로부터 3년 이내에 양도된 것도 양도일 현재의 농지로 봄이 타당하다고 할 것이므로 쟁점토지가 토지구획정리사업의 공사착공을 위해 포도나무 등의 지장물이 철거되어 경작할 수 없는 상태에서 환지처분전에 환지예정지 지정일로부터 3년 이내에 양도되었으므로 쟁점토지를 양도일 현재 농지로 봄이 타당하다고 판단된다.

(라) 그렇다면, 쟁점토지는 조세특례제한법 제69조에서 규정한 8년 이상 자경농지에 해당되므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소함이 타당할 것으로 판단된다.

(3) 따라서, 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.