면세사업자등록번호로 교부받은 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부(기각)

가. 청구인은 2003.6.21. OOO으로부터 설립인가를 받은 재건축주택조합으로서, 2003.10.4. 면세법인사업자로 사업자등록증을 교부받은 후 2003.2기～2005.2기 중 주택신축사업과 관련하여 수취한 세금계산서(5매, 공급가액 1,831,522,219원)를 면세사업과 관련한 것으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고하여 오다가 2006.2.28. 과세사업자로 사업자등록 정정신고를 하였다.

나. 청구인은 2008.5.28. 위 세금계산서의 매입세액 중 118,881,370원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 공제가 가능한 매입세액으로 보아 사용면적이 확정된 2006.2기 과세기간의 매입세액으로 공제하여 달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 쟁점세액이 부가가치세 과세사업자 등록전 매입세액으로 보아 2008.9.3. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.11.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

법인의 경우에는 법인세법상의 사업자등록이 부가가치세법상의 사업자등록과 동일한 것으로 보아야 하고, 면세사업에서 과세사업으로 전환되고 면세사업인 때 매입세액을 부담하고 공급받은 재화나 용역이 과세사업 전환 후 매출되었음이 명백한데도 단지 면세사업자인 때에 교부받은 세금계산서라는 이유만으로 매출세액에서 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

부가가치세법상 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고 면세사업자는 그 등록의무가 없으며, 부가가치세법 제17조 제2항 제5호의 ‘등록’이란 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록만을 의미하는 것이며, 부가가치세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 청구인이 공통매입세액 정산기간 중 면세사업자로 등록되어 있었으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

면세법인사업자로 등록한 청구인을 부가가치세법상 과세사업자로 등록한 것으로 보아 매입세액 공제를 할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제2조【납세의무자】① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

같은법 제5조【등 록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항이 변경된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

같은법 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액

같은법 시행령 제7조【등록신청과 등록증 교부】① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 등록하고자 하는 사업자는 사업장마다 다음 각호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 사업자등록신청사유

3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일

4. 기타 참고사항

⑧ 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다.

같은법 시행령 제11조【등록정정】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 정정사항과 기타 필요한 사항을 기재한 사업자등록정정신고서에 사업자등록증 및 임차한 상가건물의 해당 부분의 도면을 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

4. 사업의 종류에 변경이 있는 때

(2) 법인세법 제109조【법인의 설립 또는 설치신고】① 내국법인은 그 설립등기일(사업의 실질적 관리장소를 두게 되는 경우에는 그 실질적 관리장소를 두게 된 날)부터 2월 이내에 다음 각호의 사항을 기재한 법인설립신고서에 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 법인설립신고를 한 것으로 본다.

1. 법인의 명칭과 대표자의 성명

2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지

3. 사업목적

4. 설립일

같은법 제111조【사업자등록】① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

②「부가가치세법」에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 「부가가치세법」제5조의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다.

④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업자등록증 및 부가가치세 신고서류 등에 의하면, 청구인은 2003.8.30. 주택신축판매업의 면세법인사업자OOO로 사업자등록을 하고 2003.2기～2005.2기 과세기간 중 주택신축사업과 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액(183,152,220원)을 매출세액에서 공제하지 않고 신고하여 오다가, 2006.2.28. 과세사업자로 사업자등록 정정신고를 한 2006.1기 과세기간부터는 예정사용면적에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 신고한 사실이 확인된다.

(2) 이 건 경정청구서 등에 의하면, 청구인은 그간의 예정사용면적에 따른 공통매입세액을 착오로 인하여 정산하지 못하였으므로 118,881,370원(쟁점세액)을 공제대상 매입세액으로 보아 사용검사일이 속하는 2006.2기의 매입세액으로 공제하여 달라는 경정청구를 2008.5.28. 처분청에 제기하였고, 처분청은 청구인이 요청한 공통매입세액 정산에 따른 환급은 정산기간 중 청구인이 면세사업자로 등록되어 있으므로 부가가치세법상 정산을 할 수 있는 사업자가 아니다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 사실이 확인된다.

(3) 살피건대, 「부가가치세법」제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이며, 같은법 제17조 제2항 제5호 소정의 ‘제5조 제1항의 규정에 의한 등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것인 바, 청구인이 부가가치세의 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 면세사업자용 사업자등록증을 교부받고 사업자등록 정정신고를 하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로, 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 ‘등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이다OOO

따라서 처분청이 쟁점세액을 부가가치세 과세사업자로 등록하기 전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례