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[청구번호]
조심 2019지1549 (2019.12.12)
[세 목]
취득
[결정유형]
경정
[결정요지]
청구법인이 이 건 토지를 신탁취득한 상태에서 지목변경이 이루어졌으므로 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 청구법인으로 보아야 하고, 쟁점운영비는 이 건 지목변경공사를 시행하기 위하여 설립된 회사의 인건비 및 부대비용이므로 과세표준에 포함하여야 하나, 이 건 토지의 취득비용 및 지목변경일 후에 지급된 차입금의 이자는 지목변경 과세표준에서 제외되는 것이 타당하며, 처분청이 감면결정통지를 하여 신고를 기대하기 어려운 상황이었으므로 과소신고가산세는 취소하는 것이 타당하다고 판단됨
[관련법령]
[참조결정]
조심2011지0891 / 조심2016지0386
[주 문]
OOO이 2018.11.12. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 취득세 과세표준액에서 OOO원을 차감하고, 과소신고가산세 OOO원을 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 2012.10.17. OOO 일원에 산업단지를 조성하기 위하여 설립된 법인으로, 2014.12.18. 처분청으로부터 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 OOO 조성사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 대표 시행자(이하 “이 건 사업시행자”라 한다)로 지정을 받았고, 이 건 사업에 필요한 자금을 대출받기 위하여 아래 ＜표1＞의 OOO 등 토지 275,643㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 2015.4.24.부터 2016.9.29.까지의 사이에 9차례에 걸쳐 청구법인에게 신탁하였으며, 이에 따라 청구법인은 이 건 토지의 소유권을 자신의 명의로 이전등기하였다.
＜표1＞ 이 건 토지의 현황
나. OOO은 이 건 사업이 2017.9.29. 준공인가되자 이 건 토지의 지목이 변경되었고 본인이 지목변경 취득세 납세의무자인 것으로 보아, 2017.11.28. 처분청에 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 개발․조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 하여 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 감면신청을 하였고, 처분청은 지목변경에 소요된 비용 OOO원(기부채납비율 30% 공제한 금액)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등의 35%를 감면하였다.
다. 처분청은 2018.7.12. 이 건 토지의 지목변경 취득세 납세의무자는 수탁자인 청구법인이고, 청구법인은 산업단지개발사업의 시행자가 아니므로 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못하였으나 이 건 토지의 지목변경 취득세 등을 신고․납부하지 아니한 것으로 보아, 2018.11. 12. 청구법인에게 이 건 토지의 지목변경에 소요된 비용 OOO원(OOO이 2017.11.21. 취득세 등을 신고․납부하면서 누락한 OOO원을 포함, 기부채납비율 30% 공제한 금액)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO(과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 이 건 취득세 등 납세의무자는 위탁자이다.
「지방세법」 제7조에 의하면 취득세는 과세물건인 부동산 등을 취득한 자에게 부과하고, 「민법」등 관계 법령의 규정에 의한 등기 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 규정하고 있으며, 대법원에서는 사실상 취득이란 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못하였으나, 매매대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다고 판결하고 있다(대법원 2017.7.11. 선고 2012두28414 판결).
이 건 토지가 신탁계약과 같은 형식적 요건을 갖추고 있으나, 2016.10.31. 이 건 신탁계약의 원인채권인 OOO의 PF대출금이 전액 상환되어 2016.10.31. 이후에는 언제든지 신탁계약의 해지가 가능하였고, 신탁계약서상 신탁계약 종료일인 2016.10.31.부터 「신탁법」제101조(신탁 종료후의 신탁재산의 귀속)에 의거 신탁재산이 OOO에게 귀속되었으므로 실질과세원칙상 청구법인을 납세의무자로 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다.
(2) 용지 취득을 위한 차입금에 대한 금융비용, 시행사의 임직원 급여 등 운영비, 태풍(차바)으로 인한 사면보강토공사 비용은 쟁점지목변경과 무관한 비용으로 이 건 취득세 등의 과세표준액에서 제외되어야 한다.
(가) 「지방세법」에서 토지와 지목변경을 별도의 과세대상으로 규정하고 있고, 지목변경 취득가격은 지목변경의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 지목변경을 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하여야 하는 비용을 말하는 것으로서 전체 이자비용 OOO원(이하 “쟁점이자비용”이라 한다) 중 용지취득을 위한 차입금 이자비용 OOO원과 지목변경일 이후에 발생한 차입금 이자비용 OOO원을 공제한 OOO원만 이 건 토지의 지목변경 취득가액에 포함되어야 한다.
(나) 운영비가 건설현장에서 투입되는 비용으로 보아 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 처분청의 주장에 대하여 조세심판원은 운영비는 쟁점아파트를 시공하는 현장에서 발생한 운영비가 아니라 본 사업을 시행하는 시행사에서 발생한 임직원의 급여(공사인부임금은 제외), 차량유지비, 교통비, 통신비, 도서비, 접대비 등 건축행위 또는 쟁점아파트 취득과 관련 없는 비용이므로 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 합리적이라고 결정(조심 2011지891, 2012.3.30.)한바 있으므로 이 건 취득세 과세표준에서 임직원 급여 등 운영비 OOO원(이하 “쟁점운영비”라 한다)은 제외되어야 한다.
(다) 행정자치부장관(세정과-3037, 2004.9.1.)은 재해 피해 복구 공사비를 법인장부상에 재해손실로 기재하여 자산계정을 차감한 경우 취득세 과세표준에 대한 질의회신에서 공유수면매립 공사 진행 중 태풍에 의해 유실된 토사유출방지제공을 차감한 사실이 확인된다면 이는 취득세 과세표준에 포함하지 않는다고 답변한 바 있으므로 이 건 취득세 과세표준에서 천재지변인 태풍(차바)으로 인해 발생한 사면 복구공사비용 OOO원(이하 “쟁점태풍복구비”라 한다)은 제외되어야 한다.
(3) 이 건 취득세 등을 부과하면서 가산세를 포함한 것은 위법이다.
OOO은 2017.9.29. 이 건 사업을 완료한 후, 지목변경에 대한 취득세를 신고․납부하기 위해 2017.11. 취득세 신고에 앞서 처분청을 방문하였고, 처분청으로부터 취득신고에 관한 사항(지목변경 관련 취득세 납세의무자, 산업단지 감면대상 여부, 공사비 항목별 과세표준 포함여부 등) 등에 대하여 자문을 구한 다음, 처분청의 안내에 따라 2017.11.28. 취득세 등을 정상적으로 신고․납부하였다. 처분청과 취득세 등 신고에 대한 충분한 논의로 취득신고 및 감면신청에 의해 신고누락이 없도록 하는 등 처분청을 믿고 세무업무를 처리하였으므로 가산세를 포함한 처분청의 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이 있다.
나. 처분청 의견
(1) 부동산의 신탁에 있어서 수탁자 앞으로 소유권 이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고 위탁자와의 내부관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것이 아니라고 할 것(대법원 2014.9.4. 선고 2014두36266 판결, 같은 뜻임)인바, 위탁자로부터 수탁자에게 이전된 토지가 사실상 지목변경이 이루어진 경우 지목변경 취득세 납세의무자에 대한 판단은 「신탁법」제4조 제1항에서 등기 또는 등록할 수 있는 재산권에 관하여는 신탁의 등기 또는 등록을 함으로써 그 재산이 신탁재산에 속한 것임을 제3자에게 대항할 수 있도록 규정하고 있는 점, 제27조에서 신탁재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 멸실, 훼손, 그 밖의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속하는 점, 제101조 제4항에서 신탁이 종료된 경우 신탁재산이 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 귀속될 자에게 이전될 때까지 그 신탁은 존속하는 것으로 보는 점, 수탁자 앞으로 소유권이전등기가 이루어진 신탁재산의 소유권은 대내외적으로 수탁자에게 완전히 이전되었다고 볼 수 있는 점, 「신탁법」에 의한 신탁으로 수탁자에게 소유권이 이전된 토지에 있어 지목의 변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하고 위탁자가 토지의 지목을 사실상 변경하였다고 하여 달리 볼 것은 아닌 점(조심 2016지386, 2018.6.19., 대법원 2012.6.14. 선고 2010두2395 판결, 같은 뜻임) 등을 종합하여 볼 때,
이 건 토지의 사실상 지목변경으로 인한 취득일은 이 건 사업의 준공인가일인 2017.9.29.이고, 준공인가일 현재 소유자인 청구법인이 이 건 토지의 지목변경 취득세 납세의무자라 할 것이며, 청구법인은 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에 따른 사업시행자에 해당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 취득세 등의 감면을 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.
(2) 「지방세법」제10조 제5항 제3호에서 취득세의 과세표준에 관하여 “법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다”고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제18조 제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.
(가) 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제1호에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 건설자금에 충당한 금액의 이자 또는 이와 유사한 금융비용을 포함시키고 있고, OOO은 이 건 사업을 목적으로 설립된 회사로서 이 건 사업 외에 다른 공사나 사업을 수행하지 않았고 이 건 사업과 운영비용 지출 외에는 다른 지출이 없는 점, 이 건 차입금은 이 건 사업의 부지매입 비용, 공사비, 금융비용 및 초기사업비를 조달하기 위한 것임을 알 수 있는 점 등을 종합하면, 이 건 차입금은 이 건 사업을 준공할 목적으로 직접 차입한 자금으로서 OOO 스스로도 건설자금이자를 분양원가명세서상의 원가(건설자금이자 계정)에 포함시켰던바, 이는 OOO이 이 건 차입금을 이 건 사업비 등으로 사용하고 그 금융비용을 자본화한 것을 인정하고 있다 할 것이고, 설령 청구법인 주장대로 이 건 토지에 산업단지를 조성하여 실수요자에 분양하고자 하는 과정에서 금융기관 등으로부터 자금을 차입하여 그 차입금이 토지 구입에 대부분 사용되었다고 하더라도, 그 차입금의 용도는 산업단지 조성을 위한 사업계획 당시부터 산업단지를 준공하여 분양자들에게 공급할 때까지 필요한 모든 자금의 용도와 동일하다고 할 것이며, 그 자금의 용도는 지급 시점에 따라 각각 구분되는 것이 아니라 계속하여 발생하는 일련의 과정에서 하나의 용도로 보아야 할 것인바, 그 차입금에 대한 금융비용인 쟁점이자비용도 산업단지를 조성하는 과정에서 발생된 것이라고 보아야 할 것이므로, 동 비용을 이 건 취득세 등의 과세표준에 산입한 것은 적법하다.
(나) OOO은 이 건 사업을 위해 설립된 회사이고, 그 이외 다른 사업을 수행하지 않았으므로 이 건 사업을 다른 회사에 하도급 주어 진행하였다고 하더라도 OOO 직원들이 이 건 사업의 공사 준비, 인·허가, 시공업체의 공사 진행에 대한 감독 및 협의 등의 업무를 진행했을 것이고 그와 관련하여 급여 및 각종 부대비용 등이 지출되었을 것으로 보이는 점, OOO 스스로도 급여, 상여금, 지급수수료, 복리후생비 등을 분양원가명세서상의 원가에 포함시켰던바, 이는 OOO의 직원들이 이 건 사업 관련 업무를 수행하고, 그와 관련한 부대비용이 발생한 것을 인정한 것으로 보이는 점, 청구법인은 OOO 임직원 급여 등 운영비는 이 건 토지의 지목변경과 무관한 비용이라고 주장할뿐 구체적인 입증자료를 제출하지 않고 있는 점 등을 종합하면, OOO의 임직원 급여 등 운영비인 쟁점운영비는 이 건 사업을 위한 것으로서 이 건 지목변경을 위하여 지급되었다거나 그에 준하는 취득절차비용으로 볼 수 있다 할 것이다.
(다) 태풍으로 인한 사면복구공사 비용인 쟁점폭풍복구비는 OOO의 분양원가명세서에 2016.12.13. OOO 주식회사에게 지급한 것으로 기재되어 있을 뿐 그 비용을 법인장부상 재해손실로 기재하여 자산계정을 차감하여 회계처리한 사실이 없고, 이는 「지방세법 시행령」제18조 제1항에서 규정한 당해 물건을 취득하기 이전에 이미 지급원인이 발생 또는 확정된 직접비용에 해당된다고 할 것이므로 이 건 토지의 지목변경 취득세 과세표준에 포함된다고 보여진다.
(3) 「지방세법」제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있고, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고․납부의무를 이행하지 아니하였다하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결)인 점 등을 볼 때, 청구법인이 이 건 토지의 지목변경에 따른 취득세 등을 신고․납부하지 아니한 것으로 보아 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기되어 있는 토지의 지목이 변경되었을 경우 취득세 납세의무자가 수탁자인지 여부
② 쟁점이자비용, 쟁점운영비 및 쟁점태풍복구비는 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부
③ 이 건 지목변경 취득세 등을 부과하면서 가산세를 포함한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 2004.1.16. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제12조 제1항에 의거 금융위원회의 인가를 받아 현재까지 부동산신탁업을 영위하고 있고, OOO은 2014.12.18. 처분청으로부터 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 OOO 조성사업의 대표 시행자(37개사 실수요자 방식)로 승인(OOO 고시 제2014-298호)받은 사실이 확인된다.
(나) 처분청이 2017.7.20. 한 OOO(변경) 승인고시(OOO 고시 제2017-203)에 의하면, 사업기간이 2014.12.18.부터 2017.12.31.까지로, 사업시행자는 38개사로 변경되었음이 확인된다.
(다) 청구법인은 2015.4.24. 이 건 사업시행자인 OOO과 체결한 부동산담보신탁계약에 따라 2015.4.29. 이 건 토지의 소유권을 청구법인 명의로 이전등기(등기원인 2015.4.24. 신탁)한 사실이 부동산 등기사항전부증명서 및 신탁계약서 등에 의하여 나타난다.
(라) 처분청이 2017.5.25. 고시한 이 건 사업 계획 승인 등에 의하면 OOO을 포함한 36개사는 사업시행자로 되어 있으나, 청구법인은 이에 포함되지 않은 것으로 나타난다.
(마) OOO은 2015.4.24.부터 2016.9.29.까지 사이에 9차례에 걸쳐 이 건 사업을 위한 자금 대출을 위하여 이 건 토지 전체를 청구법인에게 신탁하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 청구법인은 이 건 토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤으며, 이 건 신탁계약은 신탁부동산의 소유권 관리와 위탁자가 부담하는 채무 내지는 책임의 이행을 보장하기 위하여 수탁자가 신탁부동산을 보전·관리·처분하고 채무불이행시 환가·정산하는데 그 목적이 있는 것으로 나타난다.
(바) OOO은 위의 담보신탁계약에 따라 2015.10.1. 산업단지조성 사업비를 OOO으로부터 차입하였고, 2016.10.31. 담보신탁 원인채권 전액을 상환하였으며, 이 건 사업의 준공인가(2017 .9.29.) 이후인 2017.11.27. 신탁계약이 해지되었다.
(사) 이 건 사업이 2017.9.29. 준공인가(OOO 공고 제2017-2042호)됨에 따라 OOO은 2017.11.21. 「지방세특례제한법」제78조 제2항에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산으로 하여 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 감면신청을 하였고, 처분청은 2017 .11.28. OOO에게 감면결정 통지를 하였다.
(아) 처분청이 제출한 OOO의 건설자금이자명세서에의하면, 전체 이자비용 OOO원은 용지취득을 위한 차입금 이자비용 OOO원, 지목변경일 이후에 발생한 차입금 이자비용 OOO원, 지목변경을 위한 차입금 이자비용 OOO원으로 구분되어 있음이 확인된다.
(자) 처분청은 2018.7.12. 이 건 토지의 지목변경 취득세 납세의무자는 수탁자인 청구법인이고, 청구법인은 산업단지개발사업의 시행자가 아니므로 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2018.11.12. 청구법인에게 이 건 토지의 지목변경에 소요된 비용 OOO원(OOO이 2017.11.21. 취득세 신고시 누락한 OOO원 포함, 기부채납비율 30% 공제한 금액)을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
「지방세법」 제7조 제4항에서 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법」 제78조 제1항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다.
위 규정에 따른 토지의 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 지목을 변경할 당시의 토지 등의 소유자가 되고, 부동산의 신탁에 있어서 수탁자 앞으로 소유권 이전등기를 마치게 되면 대내외적으로 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되고 위탁자와의 내부관계에 있어서 소유권이 위탁자에게 유보되어 있는 것이 아니므로 「신탁법」상 수탁자 명의된 등기된 토지 등의 지목이 변경된 경우에도 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 원칙적으로 그 당시 소유자인 수탁자(신탁회사)로 봄이 타당하다 할 것(대법원 2012.6.14. 선고 2010두2395 판결, 같은 뜻임)이다.
청구법인은 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 납세의무자는 위탁자인 OOO이고, 지목변경 취득세 등을 감면하지 아니한 것은 부당하다고 주장하나, 이 건 토지는 이 건 사업의 준공인가일인 2017.9.29. 지목이 변경되었고, 이 당시 이 건 토지의 소유권은 청구법인 명의로 등기되어 있었던 사실이 확인되므로 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 납세의무자는 청구법인으로 보는 것이 타당한 점, 이 건 지목변경 취득세 등의 납세의무성립일 현재 청구법인은 산업단지개발사업의 시행자에 해당하지 아니하여 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 정한 취득세 등의 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 지목변경 취득세 등의 납세의무자는 청구법인이고, 동 취득세 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 「지방세법 시행령」제18조 제1항에서 법 제10조제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서 그 제1호에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용을, 그 제4호에서 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료를, 그 제7호에서 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용을 규정하고 있다.
(나) 먼저, 쟁점운영비가 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함되는지 여부를 살펴보면, OOO은 이 건 사업을 위해 설립된 회사로 이 건 사업 외의 다른 사업을 수행하지 않았고, 이 건 사업을 다른 회사에 하도급을 주어 진행하였다고 하더라도 OOO 직원들이 이 건 사업의 공사 준비, 인·허가, 시공업체의 공사 진행에 대한 감독 및 협의 등의 업무를 진행하고 그와 관련된 급여 및 각종 부대비용 등을 지출한 것으로 보이는 점, OOO은 급여, 상여금, 지급수수료, 복리후생비 등을 분양원가명세서상의 원가에 포함한 점, 청구법인은 OOO 임직원 급여 등 운영비는 이 건 지목변경과 무관한 비용이라고 할 뿐 구체적인 입증자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어 쟁점운영비는 이 건 토지의 지목변경을 위하여 지급되었거나 그에 준하는 취득절차비용으로서 이 건 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.
(다) 다음으로, 쟁점태풍복구비가 이 건 토지의 지목변경 취득세 과세표준에 포함되는지 여부를 살펴보면, 분양원가명세서에 OOO은 2016.12.13. OOO 주식회사에게 태풍복구비 등을 지급한 것으로 기재되어 있을 뿐 그 비용을 법인장부상 재해손실로 기재하여 자산계정을 차감하여 회계처리한 사실이 없는 점, 동 비용은 이 건 토지의 지목변경일 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 점 등에 비추어 쟁점태풍복구비는 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함되어야 할 것이다.
(라) 다음으로, 쟁점이자비용이 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함되는지 여부를 살펴보면, 처분청은 OOO이 지급한 쟁점이자비용 OOO원 전체가 이 건 토지의 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이나, 처분청이 제출한 OOO의 건설자금이자명세서에는 전체 이자비용은 OOO원이고, 동 금액은 용지취득을 위한 차입금 이자비용 OOO원, 지목변경일 이후에 발생한 차입금 이자비용 OOO원, 지목변경을 위한 차입금 이자비용 OOO원으로 구분되어 있는 사실이 확인되는 점, 취득세 등의 과세표준은 해당 물건의 취득을 위하여 취득일까지 발생한 직․간접 비용의 일체가 되는 것이므로 취득일 후에 발생한 차입금의 이자는 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없는 점, 토지의 취득 및 토지의 지목변경에 따라 성립하는 취득세 납세의무는 각각 별개이므로 토지의 취득을 위하여 차입한 금액의 이자는 토지의 취득세 과세표준에 포함될 수 있을 뿐 토지의 지목변경 취득세 과세표준에 포함될 수 없다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어,
쟁점이자비용 중 이 건 토지의 지목변경을 위하여 차입한 금액의 이자는 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함되어야 할 것이나, 토지 취득을 위한 차입금이자 및 토지의 지목변경 후에 발생한 차입금이자는 이 건 지목변경 취득세 등의 과세표준에 포함될 수 없는 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청은 쟁점이자비용 중 토지의 지목변경을 위하여 차입한 금액의 이자를 제외한 나머지 금액을 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 할 것이다.
(4) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.
「지방세법」제20조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제54조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고한 경우에는 과소신고납부한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있다.
위 규정에 따른 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없다 할 것(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결, 같은 뜻임)이다.
처분청은 이 건 취득세 등을 과세하면서 가산세를 포함한 처분이 정당하다는 의견이나, 이 건 토지의 위탁자인 OOO은 이 건 사업이 2017.9.29. 준공인가 됨에 따라 이 건 토지의 지목변경 취득세 납세의무자가 본인인 것으로 보아 2017.11.28. 처분청에 이 건 지목변경 취득세 등의 감면신청을 하였고, 처분청은 2017.11.28. 취득세 등의 감면결정 통지를 한 점, 위탁자인 OOO이 이 건 토지의 지목변경 취득세 등을 감면받은 상황에서 수탁자인 청구법인이 이 건 지목변경 취득세 등을 다시 신고․납부할 것을 기대하는 것은 무리라고 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 기한 내에 이 건 토지의 지목변경 취득세 등을 신고․납부하지 아니한 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하면서 과소신고가산세를 포함한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
다만, 납부불성실가산세는 법정납부기한부터 납부일까지의 기간에 대한 금융이자 성격으로 정상적으로 세액을 납부한 납세자와의 형평을 유지하기 위한 것임을 고려할 때, 동 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항, ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득·보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 제1항에 따른 사업시행자가 신축 또는 증축으로 2019년 12월 31일까지 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 그 산업용 건축물등에 대한 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지에 대해서는 100분의 60)를 각각 경감한다.
2. 제1항에 따른 사업시행자가 2019년 12월 31일까지 취득하여 보유하는 조성공사가 끝난 토지(사용승인을 받거나 사실상 사용하는 경우를 포함한다)에 대해서는 재산세 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 경감한다.
제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다.
제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」제101조 제1항 또는 「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
제15조(세율의 특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다.
2. 제7조 제4항 및 제14항에 따른 선박·차량과 기계장비 및 토지의 가액 증가. 이 경우 과세표준은 제10조 제3항에 따른다.
제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
제17조(토지의 지목변경에 대한 과세표준) 법 제10조 제3항 전단에 따른 과세표준 중 토지의 지목변경에 대한 과세표준은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 가액으로 한다. 다만, 제18조 제3항에 따른 판결문 또는 법인장부로 토지의 지목변경에 든 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
1. 지목변경 이후의 토지에 대한 시가표준액(해당 토지에 대한 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경으로 인한 취득일 전인 경우에는 인근 유사토지의 가액을 기준으로 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 시장·군수·구청장이 산정한 가액을 말한다)
2. 지목변경 전의 시가표준액(지목변경 공사착공일 현재 공시된 법 제4조 제1항에 따른 시가표준액을 말한다)
제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
1. 건설자금에 충당한 차입금의 이자 또는 이와 유사한 금융비용
2. 할부 또는 연부(年賦) 계약에 따른 이자 상당액 및 연체료. 다만, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우는 취득가격에서 제외한다.
4. 취득에 필요한 용역을 제공받은 대가로 지급하는 용역비·수수료
5. 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액
6. 부동산을 취득하는 경우 「주택도시기금법」 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 행정안전부령으로 정하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "금융회사등"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
7. 제1호부터 제6호까지의 비용에 준하는 비용
③ 법 제10조제5항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.
제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.
제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 지방세관계법의 해당 지방세의 세목으로 한다.
③ 제2항에도 불구하고 지방세를 감면하는 경우에 가산세는 감면대상에 포함시키지 아니한다.
제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "납부세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 "초과환급신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
제55조(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
2. 초과환급분 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
제4조(신탁의 공시와 대항) ① 등기 또는 등록할 수 있는 재산권에 관하여는 신탁의 등기 또는 등록을 함으로써 그 재산이 신탁재산에 속한 것임을 제3자에게 대항할 수 있다.
제27조(신탁재산의 범위) 신탁재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 멸실, 훼손, 그 밖의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속한다.
제101조(신탁종료 후의 신탁재산의 귀속) ① 제98조 제1호, 제4호부터 제6호까지, 제99조 또는 제100조에 따라 신탁이 종료된 경우 신탁재산은 수익자(잔여재산수익자를 정한 경우에는 그 잔여재산수익자를 말한다)에게 귀속한다. 다만, 신탁행위로 신탁재산의 잔여재산이 귀속될 자(이하 "귀속권리자"라 한다)를 정한 경우에는 그 귀속권리자에게 귀속한다.
② 수익자와 귀속권리자로 지정된 자가 신탁의 잔여재산에 대한 권리를 포기한 경우 잔여재산은 위탁자와 그 상속인에게 귀속한다.
③ 제3조 제3항에 따라 신탁이 종료된 경우 신탁재산은 위탁자에게 귀속한다.
④ 신탁이 종료된 경우 신탁재산이 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 귀속될 자에게 이전될 때까지 그 신탁은 존속하는 것으로 본다. 이 경우 신탁재산이 귀속될 자를 수익자로 본다.
⑤ 제1항 및 제2항에 따라 잔여재산의 귀속이 정하여지지 아니하는 경우 잔여재산은 국가에 귀속된다.