1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 건축공사업 등을 목적으로 하는 법인으로서 설립 당시 원고 지분의 51%는 B가, 나머지는 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다)가 보유하고 있었고, 한편 B는 C의 관리총괄 전무로 근무한 적이 있다.

나. 원고는 2009년경 D, E 변호사에게 1억 원을, 법무법인 바른에 1억 7,000만 원을 지급한 바 있는데, 2009 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 법률자문비 명목의 2억 7,000만 원(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 손금으로 신고하였다.

다. 한편 원고는 2011. 10. 28. C과 사이에 폐선을 선박박물관으로 개조하는 공사도급계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결한 바 있는데, 2013 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 이 사건 계약이 2013. 11. 15. 합의해지된 것을 전제로 당시까지의 최종정산금액 22억 220만 원(이하 ‘이 사건 수익’이라 한다)을 익금으로 신고하였다. 라.

그런데 서울지방국세청장은 2014. 6. 24.부터 2014. 10. 10.까지 원고와 C 등에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 비용은 B 개인의 형사사건 처리에 따른 변호사 비용으로서 원고의 업무와는 무관한 경비로 보고, 이 사건 수익은 이 사건 계약이 2012. 8. 14. 합의해지된 것을 전제로 2012 사업연도에 귀속된다고 보았으며, 그 밖에 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 특수관계자와의 위장거래 또는 가공거래사실 등을 적발하여 피고에게 원고에 대한 과세를 통보하였다.

마. 이에 피고는 2015. 2. 13. 원고에게 각 가산세를 포함하여 2009 사업연도 법인세 126,072,840원, 2012 사업연도 법인세 1,173,906,380원 등을 각 부과하는 처분을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2015. 5. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 9. 22. 원고의 청구를 기각하는 결정을...