[청구번호]조심 2016지0888 (2016. 9. 28.)

[세목]취득[결정유형]기각

[결정요지] 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐 지방세관계법에 의하여 취득세가 면제되거나 경감되는 부분에 대하여 과점주주에 따른 취득세를 면제하거나 경감한다는 규정을 두고 있지 아니하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 지방세법 제7조제5항

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인과 그 특수관계에 있는OOO의 주식 2,515,642주(발행주식의 92.0%, 이하 “이 건 주식”이라한다)를 취득하여 최초로 과점주주가 되었다.

나. 청구법인은 이 건 주식을 취득한 날(2016.2.11.) 현재 이 건 주식발행법인이 소유하고 있는OOO을 2016.3.25. 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2016.4.22. 이 건 부동산은 농업법인인 청구법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일로부터 2년 이내에 취득하는부동산으로서 취득세 면제대상이거나 영농·유통·가공에 직접 사용하기위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 경감(50%)대상이고, 이 건 주식의 취득은 사실상 이 건 부동산의 취득이라고 할 것인바 과점주주에 따른 이 건 취득세 등도 영농에 사용하기 위한 부동산의 취득과 동일하게 면제되거나 경감(50%)되어야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.5.31. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.5. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 토지 등은 농업법인인 청구법인이 법인설립등기일부터 2년 이내에 영농에 사용하고자 취득하는부동산이거나 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 「지방세특례제한법」제11조 제1항 및 제2항에 따라 취득세 면제 또는 경감 대상에 토지에 해당되고, 대법원 판례도 과점주주의 취득도「지방세법」및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세 비과세 또는 경감요건에 해당하게 되면 취득세가 당연히 비과세 또는 경감되며, 그러한 법리는 2005.12.31.「지방세법」개정으로 제105조 제6항 단서 중 “과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·경감되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.”는 부분이 삭제되었다고 하여 달라지지 아니한다고판시하고 있는바, 청구법인이 경우 이 건 주식을 취득함에 따라 이 건부동산을 사실상 취득하였다고 할 것이고, 이 건 부동산은 청구법인이영농 등에 사용하는 부동산이므로 과점주주에 따른 취득세인 이 건 취득세 등도 면제 또는 경감대상에 해당됨에도 처분청이 과점주주에 따른 취득세는 면제 또는 경감대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」제11조 제1항 및 제2항의 규정은 농업법인이 영농 등에 사용하고자 취득하는 부동산에 대한 면제 또는 경감규정으로서 당해 부동산을 사용하는 농업법인만이 면제 또는 경감 대상에 해당할 뿐 당해 농업법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 개인이나 법인에게는 적용될 수 없다고 보는 것이 조세법규의 엄격해석원칙에 비추어 타당하고, 청구법인이 제시한 대법원 판례는 주식발행법인이 취득세를 면제받은 경우 과점주주에 대한 취득세도 면제할 수 있다는취지의 판례로서 과점주주의 주식 취득을 영농용 부동산의 취득과 동일하게 보아 과점주주에 따른 취득세를 경감하여야 한다는 청구법인의 주장과는 관계가 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

농업법인이 영농 등에 사용되는 부동산을 소유한 다른 농업법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 당해 주식의 취득을 영농 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세를 면제 또는 경감할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제7조【납세의무자 등】⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제47조제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다) 한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조를 준용한다.

제10조【과세표준】④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

(2) 지방세법 시행령

제11조【과점주주의 취득 등】① 법인의 과점주주( 「지방세기본법」 제47조제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식 등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라취득세를 부과한다.

(3) 지방세특례제한법

제11조【농업법인에 대한 경감】① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 이 건 주식발행법인은 OOO에 취득하여 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주(92.0%)가 되었다.

(나) 청구법인은 2016.3.25. 이 건 부동산의 장부가액OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2016.5.31. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세법 시행령」제11조제1항은법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식 등을 취득하여 최초로 과점주주가된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017.12.31.까지면제한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 농업법인이 영농·유통·가공에직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016.12.31.까지 경감한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 등을 취득함으로써 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있을 뿐「지방세법」및 지방세 관계법에 의하여 취득세가 면제되거나 경감되는 부분에 대하여 과점주주에 따른 취득세를 면제하거나경감한다는 규정을 두고 있지는 아니한 점, 청구법인과 이 건 주식발행법인은 각각의 법인격을 가진 별개의 법인으로서청구법인이 이 건 주식을 취득할 당시 이 건 주식발행법인은 이 건부동산에 대한 소유권을 그대로 유지하면서 이 건 부동산을 영농 등에사용하고 있으므로 그 지배회사인 청구법인이 같은 목적으로 이 건 부동산을 취득하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.