[청구번호]조심 2017광2955 (2017. 8. 31.)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지] 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 중소기업과 유예기간 중에 있는 기업을 구분하여 사용하고 있으며, 위 단서는 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 유예기간을 적용하지 아니하는 사유로 명시하고 있으므로, 유예기간 중에 있는 기업이 제1항제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행중인 유예기간이 실효된다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제2조

[참조결정]조심2016중2352

[따른결정]조심2017서4158

OOO세무서장이 2017.3.2. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로 2010사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나, 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제2항 본문 규정에 따라 2013사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 해당하는 것으로 보아 2012사업연도에 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용하여 법인세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2012.1.1. 시행된 조특법 제2조 제1항 제3호 소정의 ‘관계기업 기준’ 요건으로 인하여 청구법인의 매출액과 종속기업인 OOO”이라 한다)의 매출액을 합산한 매출액이 OOO원을 초과하게 되었으므로, 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 그 사유가 발생한 날로부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 2013.11.15. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였고,

청구법인은 이에 불복하여 제기한 소송에서 2016.12.8. 광주고등법원으로부터 “기존에 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제한 처분은 위법하다”는 판결(광주고등법원 2016.12.8. 선고 2015누7431 판결)을 받고(처분청이 대법원에 상고한 후 2017.2.7. 소를 취하하여 확정됨), 2017.1.25. 처분청으로부터 2012사업연도 법인세를 환급받았다.

다. 청구법인은 2017.1.3. 2013사업연도 법인세 신고시 적용하지 아니하였던 중소기업특별세액감면 등을 적용하여 과다납부한 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.3.2. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

동일한 쟁점에 대해 대법원(대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결 외 다수)은 “중소기업 유예기간을 적용받는 기업이 2012.1.1. 시행된 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 관계기업에 속하는 기업으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우, 이미 적용받고 있던 중소기업 유예기간이 실효되지 않는다”고 판단하고 있고, 청구법인의 2012사업연도에 대한 고등법원의 판결에서도 2013사업연도까지 중소기업 유예기간이 적용됨을 명백히 하고 있다.

그럼에도 불구하고 처분청은 합리적인 이유 없이 2013사업연도 중소기업 관련 공제감면액에 대한 법인세 경정청구를 거부하였는바, 이러한 거부처분은 관련 법령 및 대법원의 입장과 배치되는 것으로 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2010사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이므로 비록 2012사업연도부터 관계기업에 속하는 기업으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 해당하더라도 여전히 유예기간이 적용된다고 주장하나, 유예기간 중 위 사유가 발생하는 경우 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서 규정에 따라 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

(가) 조특법은 「중소기업기본법」의 독립성기준과 유예기간 제도에 대한 기본개념을 준용하고 있는바, 중소기업청은 ‘유예기간 중에 있는 기업’도 유예기간 적용배제 사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 해설하고 있다.

<중소기업청, 2015년 중소기업 범위해설>

* 2013년 범위해설은 없으며, 2015년 개정된 법률에 의한 해설임

(나) 대법원 판결(2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)에서는 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호의 ‘유예기간 중에 있는 기업’과 ‘중소기업’을 별도로 구분하여 표시하고 있다고 보아 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 ‘중소기업’이 아니므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’은 유예기간 적용배제 대상이 아니라고 해석하고 있으나, 이와 같이 중소기업을 졸업하는 과세연도에만 유예배제 여부를 판단한다면 독립성기준 위배 사유가 동일하게 발생하였는데도 그 사유 발생시점에 따라 유예기간 적용여부가 달라지는 불합리한 문제가 발생한다.

또한, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 ‘유예기간 중에 있는 기업’이란 표현은 종전에 기본통칙으로 운영되던 합병법인에 대한 적용례를 2010.12.30. 법령화한 것으로 대법원 판결은 동 조항의 입법취지를 오인한 것으로 볼 수 있다.

(다) 청구법인은 2012사업연도에 대한 고등법원 판결서의 효력이 2013사업연도까지 미친다고 주장하나, 동 판결은 2012사업연도 귀속분에 대한 판결이고, 2013사업연도까지 여전히 중소기업 유예기간이 적용된다는 명시적인 문구가 없으므로 동 판결서는 2013사업연도에 효력을 미치지 못한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우 잔여 유예기간이 실효된다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 건설업을 영위하는 외부감사대상기업으로, 종속기업인 OOO의 주식 40%를 소유한 최다출자자이며, 사업연도별 청구법인 등의 매출액은 <표1>과 같다.

(2) 청구법인이 제출한 고등법원 판결서 등에 의해 확인되는 처분청의 2012사업연도 법인세 환급 및 2013사업연도 경정청구 거부처분 내역은 다음과 같다.

(가) 중소기업 유예기간 적용 : 청구법인은 2010사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서(졸업기준)에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 제2조 제2항 본문에 따라 2010사업연도와 그 다음 3개 사업연도인 2013사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받게 되었다.

(나) 관계기업 기준 초과 : 청구법인은 OOO의 주식 40%를 소유한 최다출자자로 청구법인과 OOO은 관계기업에 해당하고, 「중소기업기본법 시행령」 제7조의2에 따라 산정한 매출액이 OOO원을 초과하여 관계기업 기준을 초과하게 되었다.

(다) 2012사업연도 법인세 신고 : 청구법인은 2012사업연도 법인세를 신고하면서 중소기업 유예기간에 해당하는 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면 등 중소기업 관련 조세특례를 적용하여 법인세를 신고하였다.

(라) 2012사업연도 과세처분 및 심판청구 : 처분청은 관계기업 기준을 적용함에 따라 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우, 그 사유가 발생한 날로부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 2013.11.15. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2014.2.11. 심판청구를 제기하였으나 2015.2.9. 기각되었다.

(마) 행정소송 및 2012사업연도 법인세 환급 : 청구법인은 행정소송을 진행하여 2016.12.8. 광주고등법원으로부터 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 단서 규정이 이미 중소기업 유예기간을 적용받던 기업의 유예기간까지 실효시키는 규정이 아니라는 아래와 같은 판결을 받았고, 처분청이 대법원에 상고하였으나 2017.2.7. 취하하여 판결이 확정되었으며, 처분청은 2017.1.25. 2012사업연도 법인세를 환급하였다.

(바) 경정청구 거부처분 : 청구법인은 중소기업특별세액감면 등을 적용하여 과다납부한 2013사업연도 법인세 OOO원을 환급해 달라는 경정청구를 제기하였으나(<표2>), 처분청은 이를 거부하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다는 의견이나, 조특법 시행령에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없는 점, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 위 단서는 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제1항 제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행중인 유예기간이 실효된다고 해석하기 어려운 점(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 중소기업 유예기간이 실효되었다고 보아 2013사업연도 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2014.1.14. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것) 제2조【중소기업의 범위】① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(괄호 생략), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, (중략) 「도시가스사업법」 제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

(2) 중소기업 기본법 시행령(2013.12.30. 대통령령 제25050호로 개정된 것) 제2조【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조【중소기업의 범위】「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. (생 략)

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2【지배 또는 종속의 관계】 ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우