[사건번호]조심2012서0695 (2012.06.28)

[세목]법인[결정유형]경정

[결정요지]청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함

[관련법령] 조세특례제한법 제10조

[참조결정]조심2011서1923

OOO세무서장이 2011.12.8. 청구법인에게 한 법인세 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도분 O,OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO O,OOO,OOO,OOOO, OO O,OOO,OOO,OOOO의 부과처분은 청구법인으로부터 전산시스템의 연구개발용역을 위탁받은 OOO 중 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에 따른 별표6의 제2호 가목에서 규정한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 「조세특례 제한법」제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되, 이에 해당하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 보험업을 영위하는 법인으로 2007.4.1.～2009.3.31.사업연도에 연구개발전담부서를 보유한 OOO 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 전산시스템의 연구개발을 위탁하고 OOO을 지급하고, 해당 사업연도의 법인세 신고시 「조세특례 제한법」제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) OOO를 적용하였다.

나. 처분청은 청구법인의 위탁연구개발비 중 수탁자인 청구외법인이 제3자에게 재위탁한 OOO 이하 “쟁점비용”이라 한다)은 쟁점세액공제 대상이 아니라고 보아 2011.12.8. 청구법인에게 법인세 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도분 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세액공제제도를 둔 취지는 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위한 것인바, 「조세특례 제한법」제10조 등 관련 규정에서는 재위탁한 비용에 대하여 쟁점세액공제를 배제하는 근거가 없음에도 처분청이 자의적으로 판단하여 쟁점비용에 대하여 쟁점세액공제 적용을 배제하는 것은 법문언에 따라 엄격해석을 하여야 하는 조세법의 해석원칙에 비추어 볼 때 부당하다.

청구법인은 위탁자로서 수탁자의 하도급 여부, 하도급업체 선정 등에 전혀 관여하거나 통제를 할 수 없음에도 수탁자가 재위탁한 부분에 대하여 쟁점세액공제를 허용하지 아니하는 것은 청구법인에게 아무런 책임이 없는 사유에 대하여 세제상 불이익을 주는 것으로 헌법상 자기책임의 원칙에 반하는 것이며, 법적안정성 및 예측가능성을 침해한다.

처분청 의견에 의하면, 전담부서를 보유한 수탁자가 모든 업무를 수행한 경우에는 쟁점세액공제를 받을 수 있으나, 수탁자가 위탁자의 의사와는 무관하게 재위탁을 한다면 동 위탁자는 쟁점세액공제를 받지 못하게 되는바, 이는 수탁자의 업무방식에 따라 세제상 차별적인 취급을 받게 되어 조세평등의 원칙에 반하는 결과를 초래한다.

(2) 「조세특례 제한법」제10조에 의하면 전담부서를 보유한 업체에게 지출된 위탁개발비에 한하여 쟁점세액공제가 적용되는 것으로 규정되어 있는바, 이러한 요건의 취지는 일정수준의 기술개발능력을 보유한 업체에게 지출된 연구개발비에 한하여 세제혜택을 부여하겠다는 것으로 이해되므로, 쟁점비용 중 최소한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 비용은 법리상 쟁점세액공제대상에서 제외할 이유가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 쟁점세액공제대상을 “연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용”으로 규정하고 있고, 별표6에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용”으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되며, 기획재정부(조세지출예산과-844, 2009.9.25.)에서도 재위탁부분에 대하여는 세액공제대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있다.

청구법인은 위탁용역의 모든 책임을 수탁자가 부담하고 수탁자의 의사결정에 전혀 관여할 수 없는 상황에서, 수탁자의 업무방식에 따라 청구법인에게 세제상 불이익을 주는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구외법인과 체결한 개발용역계약서에 의하면 수탁자는 위탁자의 동의를 얻어 프로젝트의 범위와 내용 중 일부를 다른 사업자에게 위탁할 수 있는 것으로 하고 있고, 또한 모든 개발인력의 투입시 청구법인과 협의하도록 한 점 등으로 수탁업체가 재위탁할 경우 참여하는 인원에 대하여 청구법인의 사전승인을 받도록 통제하고 있으므로 청구주장은 이유없다.

쟁점비용은 수탁업체인 청구외법인이 전문인력 부족 등을 사유로제3자에게 재위탁한 부분이므로 이는 수탁업체가 수행한 연구개발용역이라고 볼 수 없으므로 쟁점세액공제 적용대상에 해당하지 아니한다.

(2) 청구법인은 쟁점비용 중 수탁자가 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 비용은 법리상 쟁점세액공제 대상에서 제외될 이유가 없다고 주장하나, 기획재정부의 유권해석(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)에 따라 수탁자가 재위탁한 쟁점비용 전체를 쟁점세액공제 대상에서 제외한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 재위탁 비용이 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’ 적용대상인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1.중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】②법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)심리자료에 의하면, 청구법인이 2007.4.1.～2009.3.31.사업연도에 지급한 위탁연구개발비 OOO만원으로 나타나나, 재위탁한 비용 중 전담부서를 보유한 업체와 그러하지 아니한 업체에게 지급된 금액이 명확히 구분되지는 아니한다.

(2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 청구외법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 쟁점세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 제외하여야 하는지에 대하여 본다.

(가) 「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

(나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다(기획재정부 예규 조세특례제도과-844, 2009.9.25. 참조).

(다) 살피건대, 청구외법인이 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 「조세특례 제한법」제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,

위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때,청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 쟁점세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임).

다만, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.