[사건번호]조심2015서1230 (2015.06.04)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]「법인세법」상 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익만을 과세소득에서 제외하며, 청구법인은 20XX년부터 쟁점토지 위에 천막교회를 설치하고 종교활동을 하였다고 주장하나, 인근 주민은 쟁점토지가 주말농장으로 사용되었다고 진술한 점, 쟁점토지를 과거에 고유목적사업에 사용 하였다고 하여 해당 기간의 자산가치 상승분을 비과세하도록 규정하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도차익에 대해 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 법인세법 제3조 / 법인세법 제29조 / 법인세법 시행령제19조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1968.5.5. 서울특별시 OOO에서 어린이 선교를 위한 선교원 설립 및 어린이 목회자 양성 등을 목적으로 설립된 비영리단체로서, 1995.6.30. 취득한 경기도 OOO를 2011.10.5. 재단법인 OOO에 양도한 후 법인세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점토지의 처분이익을 청구법인의 각 사업연도 소득에 포함하여 2014.3.13. 청구법인에게 2011사업연도 법인세 OOO을 결정·고지하였다OOO.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.11. 이의신청을 거쳐 2015.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1968.5.5. 설립한 이후 경기도 OOO 일대 토지에 선교회, 신학교, 교회 등을 건축하여 어린이 선교사업을 영위하였고, 1988년 정부가 “OOO”을 시행하면서 1992.12.9. OOO와 청구법인의 “기존부지”(존치대상 건축물이 소재하는 기존의 부지)를 “취득부지”(교환; 기존부지 중 개발사업 시행에 따라 주택공사가 취득한 후 신청법인에게 양도할 필요가 없는 토지, 공급부지와 교환)와 “존치부지”(환매; 기존부지에서 취득부지를 제외한 토지로서 주택공사가 취득하여 지적정리 후 다시 청구법인에게 양도하는 토지)로 나누고, 그 중 “취득부지”를 청구법인이 OOO에게 양도하는 대신 OOO가 다른 부지인 “공급부지”OOO를 청구법인에게 공급 및 정산하기로 하는 내용의 환매특약부 존치건축물부지 매매계약(이하 “환매특약계약”이라 한다)을 체결하였고, 청구법인은 이에 따라 취득부지를 OOO에 양도한 후 1995.5.6. 존치부지와 연접한 쟁점토지 등OOO을 공급부지로 받아 1995.6.30. 쟁점토지 등에 대한 소유권이전등기를 경료(취득)하였다.

청구법인은 공급부지로 지급받은 경기도 OOO를 신학교가 건립되어 있는 존치부지의 주차장 등으로 사용하다가 2001.11.26. 공급부지를 쟁점토지 및 같은 동 1150-6 3,636.4㎡로 분할한 후 2001.11.30. 그 중 산본동 1150-6 3,636㎡를 재단법인 수원교구유지재단에 양도하였고, 쟁점토지는 계속하여 신학교 주차장으로 사용하던 중 2006.1.8. 경기도 OOO이 교육특구라는 공공사업을 진행하면서 쟁점토지 등 일부 토지를 제외한 나머지 존치부지의 대부분을 협의 매수함에 따라 선교 및 종교활동의 근거지를 잃고 2011.7.5. 쟁점토지를 재단법인 순복음교회에 양도하게 되었다.

(2) 청구법인은 OOO 신도시 개발사업이 시행되기 전부터 기존부지 지상에 신학교를 건립하여 고유목적사업에 사용하였고, 신도시 개발사업기간과 개발 이후에도 계속하여 종교목적으로 사용하여 왔는바, 2001.11.30. 쟁점토지에서 분필된 OOO를 재단법인 OOO에 매도하였으나 당시 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 확인되어 법인세가 과세되지 아니하였고, 2006.1.8. 신학교가 건립되어 있던 OOO를 OOO에 매도하였으나 당시 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 확인되어 법인세가 과세되지 아니하였으며, 경기도 OOO은 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보아 2006년까지 쟁점토지에 대하여 재산세 및 종합부동산세를 과세하지 아니하였다. 쟁점토지는 OOO에서 청구법인의 토지를 강제로 매수함에 따라 자투리 땅이 되었는데, 그 자투리 땅을 형질변경도 해주지 않고, 교회를 신축하고자 하였는데 건축허가도 해주지 아니하였으며, 쟁점토지를 이용하여 수익이 창출된 사실도 없음에도 쟁점토지의 처분이익에 대하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(3) 쟁점토지의 처분이익에 대하여 법인세를 과세하더라도 쟁점토지의 장부가액을 과소계상하여 처분이익이 과대계상되었다.

(가) 처분청은 쟁점토지의 양도가액을 익금산입하고 1992.12.9. 쟁점토지 취득당시의 취득원가를 손금산입하였으나, 청구법인은 쟁점토지에 대하여 별도로 장부에 기장을 하지 아니하였으므로 처분청에서 쟁점토지의 양도차익에 대하여 과세하려면 쟁점토지의 장부가액을 확정하여야 하는바, 「법인세법 시행규칙」 제76조는 기타사업에 속하는 자산을 수익사업에 전입한 경우에 그 장부가액을 ‘수익사업 개시일의 시가’로 하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지의 장부가액은 쟁점토지를 고유목적사업에 사용되지 않게 된 날, 즉 쟁점토지를 신학교부지의 주차장 등으로 사용되지 않게 된 날OOO의 시가로 보아야 할 것이다.

(나) 쟁점토지의 장부가액은 처분청이 쟁점토지의 장부가액으로 손금산입한 1992.12.9. 환매특약가액(이 건 처분), 1995.5.5. 지적정리일자(등기일은 1995.6.30.)의 공시지가, 수익사업개시일의 공시지가, 수익사업개시일의 실지거래가액으로 구분할 수 있을 것인데, 처분청에서 1992.12.9. 토지공사와 체결한 환매특약가액을 장부가액으로 본 것은 쟁점토지를 2006.4.30.까지 고유목적사업인 신학교부지의 주차장 등으로 사용한 점에 비추어 부당하고, 쟁점토지를 환매조건부로 취득한 날인 1995.5.5.OOO의 공시지가를 장부가액으로 보는 것은 고유목적사업에 사용한 기간의 보유이익에 과세하는 문제가 있어 부당하며, 수익사업 개시일의 공시지가로 보는 것은 군포시청과 매매한 토지의 실지거래가액이 있어 매매사례가액이 있음에도 공시지가로 과세하는 것으로 부당하므로 결국 수익사업개시일의 매매사례가액인 청구법인과 OOO간 매매한 토지의 실지거래가액을 시가로 하여 장부가액으로 계상하여야 하는 것이다.

(4) 청구법인은 쟁점토지의 매각으로 수익사업이 종료된 이후 매각대금 중 2011.7.15.부터 2011.12.31.까지 법정기부금으로 직접 지출한 금액 OOO 및 선교지원금 OOO 합계 OOO을 차감한 나머지 금액 OOO은 청구법인에 입금되었고, 동 입금액은 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출한 경우로서 수익사업부분에서 발생한 이익(토지의 양도차익)은 비수익사업 부분으로 자본의 반환이 되어야 하므로 양도차액 중 토지의 장부가액을 제외한 금액은 기부금으로 보아야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용되었다고 주장하나, 청구법인이 소재하던 경기도 OOO 일대가 2006년에 OOO에 수용되었고, 당시 신학교 건물이 멸실되었으며, 신학교 건물 멸실 이후 항공사진, 현지확인 조사결과, OOO의 재산세 과세내역 등에 의해 쟁점토지가 나대지 및 주차장 등으로 사용된 사실, 2002년경 청구법인의 집회의 대부분을 천안 OOO로 옮겨간 이후 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 사실 등이 확인되었으므로 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 쟁점토지 처분이익에 대하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 수익사업용 토지로 보아 처분이익에 대하여 과세한다고 하더라도, 쟁점토지의 장부가액은 취득가액이 아니라 수익사업개시일인 신학교부지의 매도일 익일(2006.5.1.)의 시가라고 주장하나, 부동산 양도와 관련하여 「법인세법」상 익금구성 항목은 자산의 양도금액이고 손금은 양도자산의 장부가액이며, 쟁점토지의 장부가액은 취득가액이므로 쟁점토지의 장부가액을 2006.5.1.의 시가로 보아야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 청구법인은 쟁점토지 양도에 따른 양도가액 전액을 고유목적사업에 지출하였으므로 쟁점토지의 수익사업 전입당시의 가액 또는 취득원가는 자본의 환입이며, 매매차익 전액을 기부금으로 보아 손금산입하여야 한다고 주장하나, 사립학교에 시설비 또는 장학금으로 지출하는 기부금은 법정기부금으로 내국법인이 법정기부금을 지출한 경우 그 지출한 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액의 50%를 초과하지 아니하는 금액은 손금에 산입할 수 있는 바, 청구법인이 2011.7.15.부터 2011.12.31.까지 OOO 장학금 등으로 지출한 것으로 확인되는 OOO은 법정기부금으로 전액 손금에 산입하였고, 법인으로 보는 단체 중 지정기부금단체를 제외한 단체의 수익사업에서 발생한 고유목적사업비로 지출하는 금액은 이를 지정기부금으로 보도록 규정하고 있고, 지정기부금은 그 지출한 사업연도의 소득금액에서 이월결손금과 법정기부금을 차감한 금액의 10%를 초과하지 않는 금액을 손금으로 산입할 수 있는 바, 청구법인은 지정기부금단체 이외의 단체로서, 2012사업연도에 소득이 발생하지 아니하였으므로 청구법인이 2012년에 지출하였다고 주장하는 선교비, 건축비 지원금, OOO 기부금 등을 손금산입할 수 없으므로 청구주장 기부금 등을 추가로 손금산입할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 쟁점토지의 처분이익에 대해 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지의 장부가액을 당초 취득가액으로 보아 쟁점토지의 처분이익을 산정한 처분의 당부

③ 고유목적사업비 지출예정액을 기부금으로 손금에 산입하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제13조【법인으로 보는 단체】① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

(2) 법인세법

제1조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조에 따라 설립된 법인

나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항에 따라 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용한다.

⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령

제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것" 이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(4) 법인세법 시행규칙

제76조【비영리법인의 구분경리】① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 정관 및 고유번호증 등에 의하면, 청구법인은 1968.5.5. 어린이 선교 및 어린이 선교를 위한 어린이 선교원 설립과 어린이 선교 목회자 양성 등을 목적으로 설립된 비영리단체로서(미등기), 설립 이후 경기도 OOO 일대의 토지를 취득하여 신학교 및 교회 등을 건축하여 고유목적사업을 영위하여 온 법인으로 보는 단체이다.

(2) 청구법인의 쟁점토지 등 양수도 내역은 다음과 같다.

(가) 환매특약부 존치건축물부지 매매계약서(1992.12.9.), 등기부등본 등에 따르면, 청구법인은 1995.6.30. OOO와 신학교 및 교회 등 청구법인 소유의 기존부지 부지 43,065㎡ 중 기존 건물의 존치를 위한 11,414㎡(존치부지)를 제외한 31,651㎡(취득부지)를 OOO에서 수용하는 대신 존치부지와 연접한 새로운 토지 22,499.8㎡(공급부지)를 OOO로부터 공급받되, 공급부지의 가액OOO과 취득부지의 가액OOO간의 차액에 대한 정산대금OOO을 청구법인이 추가로 부담하기로 하는 환매특약부 존치건축물부지 매매계약을 체결하였고, 이에 따라 청구법인은 1995.6.30. OOO 등에 대한 소유권을 이전등기한 것으로 나타난다.

(나) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구법인은 2001.11.30. 재단법인 OOO에 1995.6.30. 취득한 OOO를, 2006.1.8. OOO에 신학교부지인 같은 동 OOO 및 같은 동 OOO를, 2011.10.5. 재단법인 OOO에 1995.6.30. 취득한 쟁점토지를 각 양도한 것으로 나타난다.

(다) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구법인은 2001.11.30. 재단법인 OOO에 OOO를 양도한 후 2002년 3월 양도차익 OOO에 대해 비영리법인의 자산양도차익 예정신고를 하면서 구 「조세특례제한법」 제82조의 사회복지법인, 종교법인 등이 그 고유목적에 3년 이상 사용한 토지 등에 대한 특별부가세의 면제 규정에 따라 산출세액 OOO에 대해 세액감면(면제) 신청을 하였고, 이에 대한 처분청의 경정사항은 없는 것으로 나타난다.

(라) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구법인은 2006.1.8. OOO에 OOO 및 같은 동 OOO를 양도한 후 법인세를 무신고하였고, 이에 대해 처분청 내에서 과세자료가 통보OOO되었으나 현재까지 처리하지 아니한 것으로 나타난다.

(마) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구법인이 2011.10.5. 쟁점토지를 재단법인 OOO에 양도한 이후 재단법인 OOO는 쟁점토지 지상에 OOO를 건축 중인 것으로 나타난다.

(3) 항공사진, 건축물 대장 등에 나타나는 쟁점토지의 이용현황은 다음과 같다.

(가) 1987년 5월(신도시 개발 전) 촬영 항공사진, 건축물대장 등에 따르면, 1982.4.29. 경기도 OOO 지상에 철근콘크리트조 스라브 지붕 회관 1동, 철근콘크리트조 스라브 지붕 대피소 1개 동OOO이 각 건축된 것으로 나타나고, 건물주변은 평지 형태로 나타나며, 나머지 부지와 쟁점토지 등은 좁은 도로 및 야산 형태로 나타난다.

(나) 1992년 11월(신도시 개발 기간 중) 촬영 항공사진, 건축물 대장 등에 따르면, 1988.11.11. 경기도 OOO 지상에 경량철골조 교회(가건물; 교회 또는 기도원)가 건축되어 신학교부지에 선교원 신학교 및 가건물OOO이 있는 것으로 나타나고, 신학교부지와 쟁점토지 사이에 도로가 개설되었으며, 쟁점토지 및 그 주변은 개발공사가 진행 중인 것으로 나타난다.

(다) 1995년 5월(신도시 개발 후) 촬영 항공사진 및 2000년 5월 촬영 항공사진 등에 따르면, 신학교부지에 선교원 신학교 건물만이 있고, 쟁점토지 부분의 일부는 평지인 공터로, 나머지 일부는 나무가 있는 것으로 나타나고, 2000년 5월에도 큰 차이가 없는 것으로 나타난다.

(라) 2006년 9월 촬영 항공사진 및 현장확인 복명서 등에 따르면, 항공사진상 신학교부지 부분은 2000년 5월 촬영 항공사진과 큰 차이가 없으나 OOO에 건물OOO이 있고, 쟁점토지는 주차장으로 이용되고 있는 것으로 나타나며, 쟁점토지 인근의 OOO 관리인은 2006년에 쟁점토지가 주말농장 등으로 사용되었다고 확인하였고, 인근 OOO에서는 2006년에 선교원이 거의 운영되지 않아 폐허로 있었다고 진술한 것으로 나타난다.

(마) 2008년～2010년 촬영 항공사진 등에 따르면, 쟁점토지의 평지부분은 밭의 형태로, 신학교부지는 국제교육센터로 나타난다.

(4) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 쟁점토지와 관련하여 1995년부터 2008년까지는 청구법인의 재산세 및 종합토지세 과세(납세)사실이 없으나 이후 2009년부터 2011년까지는 재산세 비과세 대상에서 제외되어 재산세 합계 OOO이 과세된 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용되지 아니한 것으로 보아 법인세를 과세한다고 하더라도 2006.1.8. 신학교부지를 양도하기 전까지는 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하였고, 비영리법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 고유목적사업에 사용하지 않게 된 경우에는 이를 수익사업에 전입한 것으로 보아야 하며, 이 경우 수익사업 전입일의 토지의 시가를 수익사업에 대한 자본의 원입으로 보아야 하므로, 2006.1.8. 매매된 신학교부지의 양도가액을 매매사례가액으로 하여 쟁점토지의 시가를 산정한 후, 위 쟁점토지의 시가를 수익사업에 대한 자본의 원입으로 보아 장부가액으로 하여야 한다고 주장하며 쟁점토지의 수익사업 전입일의 시가를 OOO, 쟁점토지의 처분이익을 OOO으로 계산한 쟁점토지 처분이익 산정내역을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 우선, 쟁점①에 관하여 살피건대, 「법인세법」 제3조 제3항 제5호, 같은 법 시행령 제2조 제2항 전문은 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익만을 법인세 과세소득에서 제외하도록 규정하고 있고, 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관련 법령의 취지인 것으로 보이며, 이와 같은 예외적 감면규정은 엄격하게 해석하여야 할 것으로 보이고, 모든 비과세‧감면규정의 적용을 결정함에 있어 법문에 규정되어 있지 않더라도 그 요건을 충족하지 못한 것에 정당한 사유가 있는지를 별도로 심사하여 과세대상 여부를 판정하여야 한다고 볼 수는 없는 점OOO, 2006.1.8.경 신학교부지인 경기도 OOO 일대를 OOO에 협의양도 후 교회 및 신학교 등의 건물이 멸실된 것으로 나타나고, 청구법인은 위 OOO 지상 건물 및 토지 양도 이후에 쟁점토지 지상에 OOO 등을 설치하고 선교 및 종교활동을 계속하여 왔다고 주장하나, 쟁점토지 인근 주민이 2006년 이후 쟁점토지는 주말농장 등으로 사용되거나 사용되지 아니하였다고 진술하였고, 달리 2006년 이후에 쟁점토지가 종교활동을 위하여 사용되었다고 볼 수 있는 자료가 제출되지 아니하여 2006.1.8. 이후 쟁점토지가 신학교부지 등 고유목적사업에 직접 사용되지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이 아니라고 보아 쟁점토지의 처분이익에 대하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 장부가액을 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 않게 된 날인 2006.1.8.의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 고정자산의 장부가액을 취득가액으로 보아야 하는 점, 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 자산이 아닌 자산양도소득은 과세소득에 포함되고, 과거에 고유목적사업에 사용하였다고 하여 그 기간에 발생한 자산가치 상승분을 안분하여 비과세하도록 규정한 특례규정이 없는 점 등에 비추어 처분청에서 쟁점토지의 취득가액을 장부가액으로 하여 쟁점토지의 처분이익을 산정한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(8) 다음으로, 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 양도대금이 청구법인의 계좌에 입금되어 향후 고유목적사업으로 지출할 예정이므로 전액 기부금으로 보아 손금산입하여야 한다고 주장하나, 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하거나 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출한 경우에만 「법인세법」 제29조에 따라 손금에 산입하는 것이므로 쟁점토지의 양도대금이 단순히 청구법인의 계좌에 입금되었다고 하여 이를 청구법인의 각 사업연도의 소득금액 계산시 손금산입할 수 없다할 것이므로 처분청에서 쟁점토지의 양도대금을 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.