국심1998경1613 (1999.08.17)

양도

취소

처분청이 이미 인정한 신공장의 가액이 구공장의 가액을 초과하게 되므로 구공장의 양도에 관한 양도소득세 전액이 면제대상에 해당되는 경우이므로 신공장의 가액이 구공장의 가액에 미달된다고 보아 그 미달비율에 상당하는 양도소득세를 추징한 처분은 잘못임

조세감면규제법 제42조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】

남인천세무서장이 1998.3.4 및 같은 해 3.16 청구인에게 한

1992년 귀속 양도소득세 128,815,560원 및 59,998,180원의 부

과처분은 이를 각 취소한다.

1. 사실 및 처분개요

청구인은 OO금속공업사라는 상호로 알루미늄샷시를 제조하는 사업자로 1992.6.30 인천광역시 서구 OO동 OOOOOO 및 OOOO 공장용지 3,212.1㎡, 공장건물 2,256.6㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 양도한 후 구공장용지의 2필지의 토지를 각각 분리하여 신고하면서 양도소득세 산출세액 전액을 구 조세감면규제법에 의한 면제세액으로 하여 양도소득세 과세표준확정신고를 하였다.

이에 처분청은 청구인의 양도소득세를 합산 과세하면서 청구인이 신고한 양도소득세 면제세액이 조세감면규제법상의 감면한도를 초과하였다 하여 1998.3.4 청구인에게 1992년 귀속 양도소득세 128,815,560원을 결정 고지하였다가, 구공장이 감면한도가 없는 지방이전에 따른 감면규정의 적용대상이긴 하나 1993.4.12 청구인이 취득한 인천광역시 OO구 OO동 OO공단 OOO OO(이하 “신공장”이라 한다)의 취득가액이 구공장의 양도가액에 미달된다고 보고 구 조세감면규제법시행령 제36조의 규정을 적용하여 그 미달비율을 안분계산하여 면제 배제되는 양도소득세를 188,813,740원으로 증액 경정하여 1998.3.16 양도소득세 59,998,180원을 추가 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1998.4.20 심사청구를 거쳐 같은 해 6.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 1998.3.3 당초 처분당시 처분청은 구 조세감면규제법 제88조의 2의 규정을 적용하여 이 건의 경우 양도소득세 감면의 종합한도규정의 적용대상으로 보아 감면한도인 300,000,000원을 초과하는 분에 대하여 이를 감면부OO고 그에 해당되는 양도소득세를 추징하였으나, 구 조세감면규제법시행령 제36조의 공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제 규정에 의하면 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 한도 없이 양도소득세를 면제하게 되는 것이므로 법 적용을 잘못한 당초처분은 위법·부당한 것이고,

또한 1998.3.16 신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액에서 차지하는 비율로 안분계산하여 투자미달비율에 해당되는 양도소득세 감면세액을 재계산하여 이를 추징하면서 당초처분을 증액 경정하여 다시 과세한 이 건 부과처분은, 청구인은 신공장에 대한 실지투자가액을 투자당시 장부상에 계상하지 아니하였으나 실제로는 구공장의 양도가액인 1,600,000,000원을 초과하여 투자된 사실이 건물에 대한 감정평가서 및 기계장치, 산업용 고압전기시설, 건물외벽공사, 금형구입비 등에 대한 견적서, 계약서 및 영수증 등에 의하여 확인되고 또한 이 건 부과처분이전인 1997.1.1에 장부상에 추가 계상하였으므로 그에 의하여 구공장의 양도에 대한 감면세액을 계산하는 것이 타당하다.

(2) 구 조세감면규제법시행령 제36조 제1항에 장부가액으로 규정되어 있으나 위 규정상의 장부가액이 어느 시점의 것인지 불분명하고 또한 구공장의 양도당시 소득세가 신고납부제가 아닌 정부결정세제였으므로 소정의 기일 내에 실제 투자가 이루어졌다면 신고시점의 장부상에 일부 누락되었더라도 결정시점에 장부상에 계상되어 있다면 이 시점의 장부가액을 인정하여야 하는바, 이는 정부결정제도하에서는 정부가 결정을 하여야만 납세의무가 확정되고 세액감면도 그에 따라 확정되기 때문이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인이 주장하는 부외자산인 신공장의 건물부분에 대한 OO감정원의 감정가액 691,414,500원은 장부에 계상된 당해 자산의 실지거래가액이 아니므로 이를 신공장의 가액으로 볼 수 없다고 인정되는 한편,

(2) 그 외의 부외자산들(기계장치시설투자 397,500,000원, 산업용고압전기공사 136,993,918원, 건물외벽적벽돌공사 149,840,000원 및 금형구입비 54,845,000원)은 거래당시 세금계산서를 교부 받지 아니하였고 1992.6.30 신공장으로 이전한 후 장기간이 경과하도록 장부에 계상하지 아니하였다가, 이 건 부과처분 이후 면제세액계산 시 부외자산가액을 신공장가액에 포함하여야 한다고 주장할 뿐 아니라 제시된 견적서, 계약서, 영수증, 입금표 및 사실확인서 등이 이들 부외자산에 대한 거래의 실질(거래시기 및 거래금액 등)을 객관적으로 입증한다고 할 수 없으므로 청구주장의 부외자산가액을 그대로 받아들이기 어렵다고 할 것인바,

(3) 신공장의 가액은 그 공장시설의 토지, 건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다고 규정한 관련법령의 취지에 따라 구공장양도차익에 대한 면제세액을 계산할 때에 장부에 계상되지 아니한 부외자산가액은 신공장의 가액에 포함되지 아니하는 것이므로 당초처분은 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액에 미달된다고 보아 그에 상당하는 감면비율을 재계산하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제42조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】 제2항에 “대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.”라고 규정하면서, 같은 조 제5항에 “제1항 및 제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서 등을 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.”라고 규정하고 있다.

(2) 구 조세감면규제법시행령(1993.12.31 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제36조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】 제1항에 “법 제42조의 규정에 의하여 면제되는 세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장(이하 ‘신공장’이라 한다)의 가액이 이전전의 공장(이하 ‘구공장’이라 한다)의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급 받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다.”라고 규정되어 있다.

다. 사실관계 및 판단

1) 이 건 관련 처분청 조사서 상의 담당자의견란을 보면 구공장은 5년 이상 가동한 공장의 이전에 따른 감면규정과 공장의 지방이전에 따른 감면규정에 모두 해당되며 동일업종으로 계속 사업중이고 구공장양도의 경우 감면한도가 없는 공장의 지방이전에 따른 감면규정의 적용대상이긴 하나, 구 조세감면규제법시행령 제36조에 의하여 신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액에서 차지하는 비율로 안분계산하는 것이 타당하다는 내용이 기재되어 있고, 같은 조사서 상의 감면세액의 계산란을 보면 구공장의 가액이 1,600,000,000원인 반면 신공장의 가액은 토지 680,000,000원과 건물 270,767,041원 및 기계장치(장부)가액 39,619,373원 등 합계 990,386,414원으로 청구법인이 신공장으로 이전한 후 추가로 취득한 기계장치는 없으므로 이에 따라 구공장의 양도가액 대비 신공장의 취득가액의 비율로 안분계산하여 이 건 처분과 같이 청구인이 이미 감면 받은 양도소득세를 추징하였음이 확인된다.

청구주장과 같이 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인인 청구인이 구공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장부지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 감면한도의 제한 없이 양도소득세를 감면하되 준공된 신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액에서 차지하는 비율에 감면대상소득에 따른 산출세액을 곱하여 계산한 금액을 감면하게 되는 것이므로, 당초처분은 관련법령의 해석 및 적용을 잘못하였으나 신공장의 취득가액이 구공장의 양도가액에서 차지하는 비율을 계산하여 그에 미달되는 양도소득세를 추징하는 증액경정처분으로 처분사유를 변경하여 그 하자는 치유되었다 하겠다.

2) 청구인은 1992.7.3 구공장을 양도한 뒤 청구외 OO수출산업공단 이사장으로부터 공장용지를 분양 받아 1992.12.28 신공장을 신축·준공하여 지방 이전한 사실이 구공장의 등기부등본 및 신공장의 건축물관리대장에 등재되어 있다. 따라서 이 건은 지방이전중소기업의 세액면제요건중 구공장의 양도일부터 3년 이내에 준공하여 사업을 개시한 경우에 해당되므로, 구공장의 양도일부터 3년 이내에 청구인이 취득한 토지, 건물 및 기계장치의 가액을 신공장의 가액에 포함하여 그 가액이 구공장 양도당시의 토지, 건물 및 기계장치의 가액에서 차지하는 비율로 면제세액을 계산하는 것인바, 그러면 이하에서 청구인이 신공장가액이 구공장가액에서 차지하는 비율을 계산할 때 이미 인정한 신공장가액 이외에 추가로 신공장가액에 포함되어야 한다고 주장하며 제출한 증빙자료를 살펴본다.

가) 기계장치

(1) 청구인이 청구외 OO기계(제조·산업기계)와 계약 체결한 유압압출기 1,250 TON 1대의 구입계약서(1993.3.16)를 보면, 계약금액이 200,000,000원이며, 대금은 계약금 50,000,000원, 중도금(1993.6.30) 80,000,000원, 잔금(검수 후 15일 이내) 70,000,000원을 지급하는 조건이고 납품일(제작기간)이 계약일부터 같은 해 7.31까지이며 가열로와 열처리로 각 1기 및 유압유 40D/M등 37,500,000원을 추가하여 계약체결하고 같은 해 7.8 계약금 3,000,000원을 지급하기로 약정한 사실 등이 확인된다.

유압압출기 1,250 TON 1대의 거래관련증빙으로 청구외 OO기계 발행 입금표를 보면 1993.3.16 계약금 50,000,000원, 같은 해 6.5 중도금 중 50,000,000원(영수증), 같은 해 7.2 나머지 중도금 31,000,000원, 같은 해 9.10 잔금 50,000,000원 및 같은 해 12.18 나머지 잔금 20,500,000원 등 합계 201,500,000원을 지급 받은 것으로 나타나고, 가열로와 열처리로 각 1기 및 유압유 40D/M과 관련한 청구외 OO기계 발행 입금표를 보면 1993.7.8 계약금 3,000,000원(영수증), 1994.5.23 중도금 5,000,000원과 유압유 40D/M 대금 3,810,000원, 같은 해 7.9 배관공사 등 4,500,000원 및 1994.3.23 잔금 20,000,000원(영수증) 등 합계 36,310,000원을 지급 받은 사실이 기재되어 있는바 위 유압압출기 및 가열로 열처리로 등의 합계금액은 237,810,000원이며, 청구외 OO기계의 사실확인서(1998.4.7)상에 유압압출기 1,250 TON 1기, 가열로 1기, 열처리로 1기 등의 기계제작계약을 체결하여 이를 이행하였다고 기재되어 있고, 현장사진 및 1998.9.29 당 심판부에서 현지확인 조사한 결과 실제 위와 같이 설비 투자된 사실이 확인된다.

(2) 청구인이 청구외 OO엔지니어링(제조·기계, 부품제작)과 체결한 압출기후면자동화설비의 계약서(1993.7.2)를 보면 계약금액이 160,000,000원이고 대금은 계약금 60,000,000원, 중도금(작업진도가 65% 완료되는 경우) 50,000,000원, 잔금(제작, 납품, 설치 및 시험운전까지 완료되는 경우) 50,000,000원 등의 방법으로 지급하는 계약임이 확인되고, 또한 청구외 OO엔지니어링 발행 입금표에 1993.7.2 계약금 60,010,000원, 같은 해 9.18 중도금 50,279,900원, 같은 해 12.2 중도금 25,110,000원, 1994.1.22 잔금 중 10,000,000원, 같은 해 3.14 나머지 잔금 14,600,000원 등 합계 159,999,990원을 수령한 내역이 각 기재되어 있으며, 청구외 OO엔지니어링의 사실확인서(1998.4.13)는 청구인에게 압출기후면자동화설비일체 1 SET를 공급하였음을 확OO는 내용이고 현장사진을 통해서도 위와 같은 설비투자사실이 인정되며 1998.9.29 당심판부의 현지확인결과 실제 압출기후면자동화설비 1 SET가 투자된 내역이 확인된다.

(3) 이 건 유압압출기 등의 경우 청구인이 제출한 구입계약서상의 매매대금(237,500,000원)과 거래상대방의 입금표 및 영수증상의 합계금액(237,810,000원)이 차이가 있으나 현장사진의 판독과 당심판부에서 현지확인조사한 결과 신공장에 위 기계장치들이 공장설비로 투자된 사실이 확인되는 이상, 이를 부OO기는 어렵다 할 것이고 적어도 구입계약서상의 매매대금 237,500,000원 만큼은 설비투자가 이루어졌다고 보아야 할 것이고, 또한 압출기후면자동화설비의 경우 구입계약서 및 거래상대방의 입금표에 의하여 매매대금인 160,000,000원이 투자된 내역이 확인되는 한편 청구인이 신공장의 취득당시에는 기장하지 아니하였으나 1997년 계정별원장상에 추가로 유압압출기 200,000,000원과 가열로 및 열처리로 37,500,000원 등 합계 237,500,000원과 압출기후면자동화설비 160,000,000원 등을 투자한 내역이 기장되어 있는바, 따라서 위의 사실관계를 종합해 볼 때 신공장의 가액에 포함될 수 있는 실제 투자된 기계장치의 가액은 유압압출기와 가열로 및 열처리로 등 합계 237,500,000원과 압출기후면자동화설비 160,000,000원 등 합계 397,500,000원이다.

나) 전기공사(내외선 950KW)

(1) 이 건 전기공사를 시행한 청구외 OO전기(건설·전기공사)가 작성한 공사견적서를 살펴보면 공사비내역은 자재비 85,743,918원, 노무비 34,250,000원, 일반관리비 10,000,000원, 이윤 7,000,000원 등 합계 136,993,918원임이 확인되고 1997년 계정별원장상에도 위와 같은 금액의 전기공사내역이 추가로 기장되어 있는 한편, 전기기사인 청구외 OOO(1급전기기사)이 작성한 사실확인서(1998.4.7)에도 현장확인결과 위와 같이 전기공사가 이루어졌음을 확OO는 내용이며 현장사진 상에도 그와 같은 사실이 나타나고 1998.9.29 당심판부에서 현장에 임하여 조사한 바 전기공사가 실제 이루어진 사실이 인정된다.

청구인이 인천지방중소기업청에서 구성·운영하고 있는 인천중소기업경영기술지원단에 요청한 이 건 전기공사의 시기 및 개략내역확인에 대하여 경영기술지원단 요원이자 전기안전기술사인 청구외 OOO의 현지확인에 따른 현장지도결과보고서(지협 OOOOOOOOO, 1999.3.17)를 보면, 주 ITEM인 수전설비기기 중 계량기용MOF 20/5은 1992년 제작한 청구외 OO전기를, 수전용변압기 200KVA와 50KVA는 1992년 5월 제작한 청구외 OO전기를 각 표준으로 하여 제작시점을 확인한 결과 1992.5.～6.경 제작한 것으로 투자금액은 설치당시의 추세로 보아 각 1,100,000원, 10,500,000원 및 1,500,000원으로 평가되며 수배전반분전반 15면이 제작 설치되었고 분기별 간선포선을 위한 CABLE DUCT가 공장상부전체에 ㄷ형식으로 포설되어 위 수전설비기기 외에 수전용변대 12,000,000원, 한전검침계량기 1,000,000원, 특고용나동선 및 CABLE 20,000,000원, 동력간선용 PANEL 10,000,000원, 전동용 PANEL 6,000,000원, 배선용 CABLE 12,000,000원, 배선용 TRAY 6,000,000원, 전등전열기구 15,000,000원, 기타시설에 따른 전력공사 30,000,000원 등 전기공사금액이 합계 125,100,000원으로 평가된다는 의견이 분과장 및 단장의 결재를 거쳐 기재된 사실이 확인된다.

(2) 그렇다면, 이 건 전기공사의 경우 공사도급계약서 등 관련증빙의 제시는 없으나 현장확인결과 실제 전기공사가 이루어진 사실을 인정할 수 있고 공사시행자인 인천지방중소기업청 인천지방중소기업 경영기술지원단의 현지지도결과보고서 상에 위 전기공사가 1992.5.～6.경 설치된 것으로 공사당시를 기준으로 그 평가액이 125,100,000원에 이른다는 의견이 기재된 점을 종합해 볼 때 청구인이 전기공사를 시행한 사실을 부OO기는 사실상 어렵다 할 것이다. 다만, 그 평가에 있어 청구외 OO전기의 전기공사에 대한 견적금액은 136,993,918원이나 이를 그대로 전기공사의 투자금액으로 인정하기는 곤란하다 하겠으나 적어도 위 현지지도결과보고서상의 평가액 125,100,000원만큼은 실제 투자된 사실을 부OO기는 어렵다 할 것이다.

다) 적벽돌조적공사

(1) 청구외 OO건설의 이 건 적벽돌조적공사의 견적서(1992.9.9)를 보면 공사금액이 149,840,000원이며 공사내역은 A급변색(벽돌·기둥·담장, 높이 5m·길이 280m 2겹 쌓고 양면메지) 44,400,000원(총 220,000장×장당 200원), 조적인건비 51,060,000원, 메지인건비 15,540,000원, 기타 38,840,000원 등으로 나타나고 또한 1997년 계정별원장에도 위와 같은 내용의 적벽돌조적공사내역이 추가 기장되어 있는 한편, 신공장과 관련하여 청구인이 제출한 건축허가신청서 및 건축허가서 상에 면적이 대지 5,661㎡, 건축면적 2,316.53㎡이며 구조는 철근콘크리트조 및 철골조로 층수는 지하 1층·지상 1층이고 공사종별로는 신축(1동)이며 그 구조는 처마가 적벽돌치장쌓기, 벽체가 시멘벽돌 및 블록·보강블럭(2동은 시멘트벽돌)인 사실이 각 기재되어 있고 현장사진과 1998.9.29 당심판부의 현장 확인한 결과 적벽돌조적공사를 실제 시행한 사실이 인정된다.

(2) 신공장에 대한 담보목적의 감정평가서(OO감정원, 1994.3.16 작성)를 보면 감정평가액이 1,567,583,000원이고 가격시점은 1994.3.15이며 부분별 감정가액은 공장용지가 876,168,500원이며 건물이 691,414,500원(구공장건물가액 270,767,041원)임을 알 수 있다.

(3) 청구외 OO건축사사무소(주)가 작성한 공사확인서와 공사예정가액견적서를 보면, 신공장의 기존 건축물 마감재는 철골 및 블록이며 건물의 미관을 고려하여 적벽돌조적공사를 할 경우 재료비 59,490,000원, 노무비 58,259,460원, 경비 11,235,170원(기계경비 3,700,000원, 안전관리비 2,000,950원, 기타 필요경비 5,534,220원), 일반관리비 7,094,000원, 이윤 12,898,400원 등 합계 148,977,030원이 소요된다고 확OO고 있다.

(4) 그렇다면, 이 건 적벽돌조적공사의 경우 공사도급계약서 등 관련증빙의 제시는 없으나 당심판부에서 현지확OO고 현장사진을 살펴본 결과 청구인이 건축허가를 받아 신공장에 실제 적벽돌조적공사를 시행하였고 건물가액이 장부가액(270,767,041원)보다 많은 691,414,500원으로 감정 평가된 점을 고려할 때 적벽돌조적공사 그 자체의 시행을 부OO기는 어렵다 하겠고, 다만 위 적벽돌조적공사에 적어도 청구외 OO건축사사무소(주)가 위 공사에 관하여 확인한 공사예정가액인 148,977,000원 만큼은 실제 투자되었다고 보는 것이 타당하다 하겠다.

(5) 위의 사실관계를 종합해 보면, 처분청은 청구인이 신공장에 투자한 가액이 확인되지 아니하여 동인이 주장하는 신공장 투자가액을 전면 부OO였으나, 구입계약서, 거래상대방의 입금표, 거래상대방의 사실확인서, 견적서, 건축허가신청서 및 건축허가서, 감정평가서 그리고 각 기계장치 및 신공장의 외벽에 대한 당심판부의 현지확인결과 및 현장사진 등으로 보아 청구인이 신공장에 대한 설비투자당시 장부상에 계상하지 아니하고 세금계산서도 교부 받지 아니하였으나 실제 투자한 사실이 관련증빙에 의하여 인정된다.

그렇다면 이 건의 경우 처분청이 이미 인정한 신공장의 가액 990,386,414원(토지 680,000,000원 + 건물 270,767,041원 + 기계장치 장부가액 39,619,373원)외에 추가 투자된 사실이 확인되는 가액 671,577,000원(기계장치 397,500,000원 + 적벽돌조적공사 148,977,000원 + 전기공사 125,100,000원)을 합계한 신공장의 가액(1,661,963,414원)이 구공장의 가액(1,600,000,000원)을 초과하게 되므로 구공장의 양도에 관한 양도소득세 전액이 면제대상에 해당된다고 하겠는바, 따라서 신공장의 가액이 구공장의 가액에 미달된다고 보아 그 미달비율에 상당하는 이 건 양도소득세를 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.