농민을 대신하여 농업기술센타가 농업용난방기를 구매한 경우 영세율 적용됨(경정)

OO세무서장이 2009.10.12. 청구인에게 한 2008년 제2기 부가가치세 23,311,290원의 부과처분과 2009년 제1기 부가가치세 환급세액 30,355,990원의 거부처분은 청구인이 OOOO OOOOOO에 교부한 영세율세금계산서(2008.10.22. 공급가액 218,500,000원, 2009.6.22. 공급가액 318,000,000원)를 영세율 적용대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2006.3.20.부터 OOOO OOO OOO OOOO OO OOOOO에서 ‘농업용 난방기’ 등을 제조·납품하는 사업자로, OOOOOOOOOO(OOO OOOO OOO OOO OOOO, 소장 OOO, 1998.10.1. OOOO OOOOO에서 OOOO OOOOOO로 개칭함, 이하 “쟁점센터”라 한다)가「OOOO 상수원 수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률」에 의거 농가지원사업의 일환으로 2008.8.27., 2009.5.4. 두 차례 농업용 난방기인 ‘순환식 수막재배시스템’(비닐하우스용)을 발주하자, 청구인은 이를 농가 57곳에 설치(공급)하고 쟁점센터 앞으로영세율세금계산서(2008.10.22. 218,500,000원, 2009.6.22. 318,000,000원, 합계 536,500,000원)를 교부하고, 영세율과세표준으로 하여 2008년 제2기 및 2009년 제1기 부가가치세 환급세액을 각각22,008,570원 및 90,077,870원으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 농민이 아니라 쟁점센터에 농업용 난방기를 공급한 것으로 보아 「조세특례제한법」제105조 제1항 제5호 다목의 영세율 적용을 배제하여 2009.10.12. 청구인에게 부가가치세 2008년 제2기분 23,311,290원을 경정·고지하고 2009년 제1기분 64,451,280원만 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 농민에게 농업용 난방기를 공급하였는데도 처분청이 영세율을 적용하지 아니하였음은 다음과 같은 사유로 부당하다.

(1) 청구인은 농업용 난방기를 제작하여 전국의 농민들에게 공급하고 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고·납부하고 있으며, 쟁점센터는 2008년 제2기 및 209년 제1기에 시설채소농가 57곳에 에너지절감시설을 무상으로 보급하기 위한 사업의 일환으로 청구인에게 농업용 난방기인 순환식 수막재배시설을 발주하게 되었고, 청구인은 쟁점센터가 지정한 농가 57곳에 농업용 난방기를 설치(공급)하여 주고 발주자인 쟁점센터 앞으로 영세율세금계산서를 발행·교부하였다.

(2) 쟁점센터가 농가지원 사업을 하게 된 경위와 청구인이 농가 57곳에 농업용 난방기를 공급한 과정에 대하여 보면, 다음과 같다. 쟁점센터는「OOOO 상수원 수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률」에 의거 겨울철 연료비 절감목적으로 시설채소농가 57곳에 100% 무상 지원하는 사업을 계획하여 청구인에게 농업용 난방기인 순환식 수막재배시스템을 발주하게 되었고, 청구인은 쟁점센터가 지정한 농가 57곳에 농업용 난방기를 설치(공급)하였다. 구체적으로는 쟁점센터가 이와 관련한 사업계획을 수립하여 농민을 대상으로 설명회를 개최하고, 희망농가의 신청을 받은 후 조사를 실시하고 심의회를 개최하여 설치대상 농가를 최종적으로 선정하였으며, 청구인이 선정된 농가 57곳에 농업용 난방기를 설치하고 나면, 담당공무원이 현장을 방문하여 시설물을 확인하고 시운전 등을 거쳐 준공검사를 마친 후 농업용 난방기에 대한 소유권을 설치농가에 이전하는 등의 과정을 거쳤다.

(3) 처분청은 쟁점센터가 농업용 난방기에 대한 계약을 체결하고 대금을 지급하였다 하여 영세율 적용을 배제하였지만, 앞에서 밝혔듯이 청구인은 쟁점센터가 아닌 시설채소농가 57곳에 농업용 난방기를 설치(공급)하였으며, 쟁점센터가 처분청에 회신한 공문(OOOOOOOOOOOO, 2009.8.6.)에도 농업용 난방기의 소유권은 개별농가 57곳임을 확인하고 있다. 그렇다면, 쟁점센터는 청구인과 농민과의 거래를 연결하기 위하여 농민지원사업을 계획하여 자금을 집행하였던 기관에 불과하므로 청구인으로부터 농업용 난방기를 공급받은 것은 아니다.

(4) 또한, 국세청이 납세자에게 회신한 예규(OOOOOOOOO, 2007.4. 11. 외 다수)에 비추어 보더라도 쟁점센터는 농업용 난방기를 설치한 농가의 사업시행자에 불과하다. 따라서, 이 건은 「국세기본법」제14조의 실질과세원칙을 적용하여 영세율을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

이 건은 쟁점센터가「OOOO 상수원 수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률」등에 의거 겨울철 연료비를 절감할 목적으로 주민지원사업의 일환으로 농업용 난방기를 구매하여 지원대상자로 선정된 시설채소농가에게 100% 무상지원하는 방식으로 보급한 것이다. 청구인과 쟁점센터 간에 체결한 물품구매계약서에 따르면, 이 건 구매물품은 OOOO 관리기금의 사업용이고, 납품장소는 지원대상자인 농가이며, 청구인은 계약당사자인 쟁점센터 앞으로 영세율 세금계산서를 교부하였다. 관련 법령인「조세특례제한법」제1항 제5호에서는 농업용 난방기를 농민에게 직접 또는 농업협동조합법 등에 의한 각 조합 및 중앙회를 통하여 공급하는 경우에 한하여 부가가치세 영세율을 적용하도록 규정하고 있다. 따라서 청구인이 농민이 아닌 쟁점센터에 농업용 난방기를 판매한 데 대하여 영세율 적용을 배제하여 부가가치세를 부과하고 일부 환급신청한 세액을 환급하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

OOOO가 설립한 쟁점센터가 농민지원사업의 일환으로 청구인에게 농업용 난방기를 발주하여 농가에 설치(공급)한 이 건 거래를 「조세특례제한법」제105조의 영세율 적용대상으로 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

(2) 조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라영의 세율을 적용한다.(이하 생략)

5.대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법, 엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용, 축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 1에 해당하는 것

다.로서 대통령령이 정하는 것

(3) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조【영세율적용대상 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재의 범위】③ 법 제105조 제1항 제5호 다목에서 “농업용 기계로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 <별표 1>의 농업기계를 말한다.

[별표 1] 영세율이 적용되는 농업기계

17. 농업용 난방기

(4) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(5) OOOO 상수원 수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 OOOO 상수원을 적절하게 관리하고 상수원 상류지역의 수질개선 및 주민지원 사업을 효율적으로 추진하여 상수원의 수질을 개선함을 목적으로 한다.

제11조【주민지원 사업】① 관리청은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람에 대한 지원 사업(이하 “주민지원 사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립ㆍ시행하여야 한다. 이 경우 제24조에 따른 OOOO 관리위원회의 심의를 거쳐야 한다.

② 주민지원사업의 종류는 다음 각 호와 같다.

1.농림축산업 관련 시설의 설치, 유기영농의 지원 등 소득증대사업

제20조【OOOO 관리기금의 설치】제19조에 따라 부과·징수된 물이용 부담금을 효율적으로 관리하기 위하여 OOOO 관리위원회에 OOOO 관리기금(이하 “기금”이라 한다)을 설치한다.

(6) 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제1조【목적】이 법은 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 기본적인 사항을 정함으로써 계약업무의 원활한 수행을 도모함을 목적으로 한다.

제11조【계약서의 작성 및 계약의 성립】① 각 중앙관서의 장 또는 계약담당공무원은 계약을 체결하고자 할 때에는 계약의 목적ㆍ계약금액ㆍ이행기간ㆍ계약보증금ㆍ위험부담ㆍ지체상금 기타 필요한 사항을 명백히 기재한 계약서를 작성하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 이의 작성을 생략할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 쟁점센터가 2008.8.27. 체결한 ‘물품구매(표준)계약서’에는 ① 구매물품이 ‘OOOO 관리기금 사업의 물품(농업용 난방기인 순환식 수막재배시스템), ② 계약금액은 218,500,000원, ③ 납품장소는 OOO OOOO OOO OOO OOOOO OOO 등 27곳이라고 기재(2009.5.4. 체결한 계약금액 318,000,000원의 물품구매계약서 내용도 같으며, 동 계약서 별지에는 지원대상농가 30곳의 현황이 첨부되어 있음)되어 있다.

(2) 쟁점센터가 2009.5.1. 청구인에게 보낸 ‘OOOO 관리기금 사업의 물품구입 계약체결안내문’에는「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제11조 등에 의거 OOOO 관리기금 사업의 물품(농업용 난방기인 순환식 수막재배시스템)을 구입하기 위한 계약을 체결하고자 하니 2009.5.11.까지 계약관련 서류를 구비하여 계약에 임하여 주기를 바란다는 내용이 기재되어 있다.

(3) 처분청이 2009년 8월 쟁점센터에 순환식 수막재배시스템의 구매내역을 조회한 데 대하여, 쟁점센터가 2009.8.6. 처분청에 회신한 공문(OOOOOOOOOOOO)에는 순환식 수막재배시스템의 ① 구매주체는 쟁점센터, ② 구매목적은 시설채소농가의 동절기 에너지 절감시설 보급을 통한 농가경영비 절감, ③ 소유자는 개별농가, ④ 지원근거는 ‘OOOO 관리기금 운영규칙’이고, ⑤ 지원금액은 536,500,000원, ⑥ 지원농가는 OOO OOOO OOO OOO OOOOO OOO 외 57곳 등의 내용이 기재되어 있다.

(4) 청구인은 2008년 제2기 및 2009년 제1기에 농업용 난방기인 순환식 수막재배시스템을 설치·공급하고 쟁점센터 앞으로 영세율 세금계산서(공급가액 합계 536,500,000원)를 발행·교부하였다.

(5) 처분청은 청구인이 농업용 난방기를 제작하여 농가 57곳에 설치(공급)한 것에 대하여 쟁점센터가 발주자이고 대금을 지급한 점을 이유로 영세율 적용을 배제하였다.

(6) 이를 바탕으로, OOOO가 설립한 쟁점센터가 농민지원사업의 일환으로 청구인에게 농업용 난방기를 발주하고 청구인이 농가 57곳에 설치(공급)한 것에 대하여 「조세특례제한법」제105조의 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 부과한 처분이 타당한지 여부를 살펴본다.

(가) 「국세기본법」제14조 제1항에는 “과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있고, 그 제2항에는 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”고 규정하고 있으며, 「부가가치세법」제1조 제1항 제1호에는 “재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 과세한다”고 규정하고 있고, 「조세특례제한법」제105조 제1항 제5호 다목 및「농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」제3조 제3항 [별표 1] 제17호에는 “부가가치세 사업자가 농민에게 농촌인력의 부족을 보완하고 농업의 생산성향상에 기여할 수 있는 농업용 기계(농업용 난방기)를 공급한 경우에는 영세율을 적용한다”고 규정하고 있다.

(나) 위와 같이, 「국세기본법」제14조 제1항에서는 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 하고 있으므로, 「부가가치세법」제1조에서 규정한 재화의 공급을 판정함에 있어서 당해 거래의 명의자와 사실상 귀속되는 자가 다른 때에는 사실상 귀속되는 자를 기준으로 하여 부가가치세 과세 여부를 판정함이 타당하다 할 것이다.

(다) 위에서 보았듯이, 「국세기본법」제14조에는 거래의 귀속자를 기준으로 하여 세법을 적용한다고 규정한 점, 「조세특례제한법」제105조 제1항 제5호 다목에는 농업의 생산성 향상에 도움이 되는 농업용 난방기의 공급에 대하여 영세율 거래로 규정한 점 등을 감안하면, OOOO가 설립한 공공기관인 쟁점센터가「OOOO 상수원 수질개선 및 주민지원에 관한 법률」제11조 제2항에서 규정한 농민의 소득증대사업을 지원하기 위한 목적에서 행하는 시설채소농가의 동절기 에너지 절감시설 보급을 통한 농가경영비 절감을 위하여 농민을 대신하여 이 건 농업용 난방기의 구매계약을 체결하고, 대금을 지급하였을 뿐이며, 사실상 농업용 난방기를 공급받는 자는 농가 57곳으로 인정된다. 따라서, 처분청이 쟁점센터가 발주하고 대금을 지급하였다는 외관상 이유만으로 당해 센터를 통하여 농가 57곳에 설치한 농업용 난방기에 대하여 영세율 적용을 배제한 것은 잘못이라고 판단된다.

(라) 그렇다면, 처분청은 청구인이 2008년 제2기 및 2009년 제1기에 쟁점센터 앞으로 교부한 영세율세금계산서에 대하여 영세율을 적용하여 이 건 부과처분과 환급거부처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

-국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 제1조