청구법인에게 근로소득세를 과세한 처분의 당부(경정)

○○○세무서장이 2005.12.10. 청구법인에게 한 2002년 귀속분 근로소득세(원천징수분) 17,470,060원의 부과처분(2006.4.25. 7,256,740원으로 감액경정)은 전력인입비 6,134,700원을 상여처분금액에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인 ○○○에 ○○○공장 510.5㎡(이하 "쟁점 공장"이라 한다)를 신축하면서 2002년 2기 부가가치세 과세기간중에 청구외 주식회사 ○○○로부터 1매 36,200,000원, 청구외 ○○○로부터 2매 52,600,000원, 합계 88,600,000원의 매입세금계산서(이하 "쟁점 매입세금계산서"라 하고 공급대가 96,800,000원을 "쟁점 공급대가"라 한다)를 교부받아 2002년 2기 부가가치세신고시 매출세액에서 관련매입세액을 공제하고, 쟁점 매입세금계산서 공급가액 상당액을 건물가액으로 장부에 계상하였다.

처분청은 쟁점 매입세금계산서가 실물거래가 없는 가공세금계산서라고 하여 2002년 2기 부가가치세신고시 관련매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 경정고지하고, 청구법인의 소득금액계산시 쟁점 공급대가를 익금산입하여 대표자에 대한 상여로 소득처분하였으며, 쟁점 공급대가를 다시 손금산입하여 쟁점 매입세금계산서 상당액은 유보로, 부가가치세액 상당액은 기타로 소득처분하고 2005.12.10. 청구법인에게 상여처분한 소득금액에 대한 원천징수분 근로소득세 17,470,060원을 결정고지하였다.

한편, 처분청이 현지확인조사시 청구법인이 건축자재 12,766,150원과 노무비 25,230,000원 합계 37,996,150원(이하 "쟁점 건물신축비"라 한다)을 투입하여 건물을 신축하였다 하여 법인소득금액계산시 37,996,150원을 익금에 산입하여 유보로 소득처분하고, 다시 37,996,150원은 손금에 산입하여 기타사외유출로 소득처분하였다.

처분청은 청구법인이 2006.2.28. 제기한 이의신청에 대하여 쟁점 건물신축비 37,996,150원을 상여처분금액 96,800,000원에서 제외하는 것으로 결정(2006.4.18.)한 재결에 따라 2006.4.25. 당초 근로소득세 고지세액 17,470,060원을 7,256,740원으로 감액경정하였고, 청구법인은 이의신청에서 인용되지 아니한 당초 처분에 불복하여 2006.7.3. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점 공장의 2003.6.10. 현재 감정가액은 146,280,000원임에도 처분청이 쟁점 공급대가 중 58,803,850원 상당액을 가공매입세금계산서라 하여 이를 부인함으로써 장부상 건물가액은 47,917,138원에 불과한 바 이는 현실적으로 있을 수 없는 일로 청구법인이 소명한 내용과 같이 쟁점 공급대가 96,800,000원(이의신청에서 인용된 37,996,150원 포함)이 가공자료가 아닌 위장자료임에도 처분청이 58,803,850원을 가공세금계산서라 하여 상여로 소득처분한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인이 2002.9.4. OOOOOO에 지급한 전력인입비 5,577,000원(공급대가 6,134,700원)을 2003년 건물계정에 계상하였으므로 상여처분한 쟁점 공급대가에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 2002.9.10. 및 2002.9.30. 교부받은 위장세금계산서에 상응하는 실질거래내용이라고 주장하면서 제출한 건축자재비 명세 34건 32,832,650원과 노무비 명세 7건 49,230,000원에 대하여 우편조회결과 거래상대방이 거래사실을 시인한 30건 재료비 12,766,150원과 4건 25,230,000원에 대하여는 건축비로 인정하였으며 나머지 거래명세에 대하여는 거래상대방이 거래사실을 부인하고 있어 건축비로 인정할 수 없다.

(2) 청구법인이 2003년도 건물계정에 계상한 ○○○에 지급한 전력인입비 5,577,000원(공급대가 6,134,700원)의 거래가 쟁점 매입세금계산서에 대응하는 실거래인지 여부를 확인할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 공장신축비로 교부받은 쟁점 매입세금계산서에 상응하는 비용이라고 제시한 자재비와 노무비 등을 그 지급사실이 확인되지 아니한다고 하여 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 후 청구법인에게 근로소득세(원천징수분)를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 「법인세법」제67조(소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (98.12.28. 개정)

(2) 「법인세법 시행령」제106조(소득처분) ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. (98.12.31. 개정)

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호안 생략)에게 귀속된 것으로 본다. (2005.2.19. 단서개정)

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 (98.12.31. 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 장부상 2002.12.31. 건물(공장)계정 잔액은 101,143,988원이고, 처분청은 건물금액 중 쟁점 매입세금계산서 상당액 88,600,000원(공급대가 96,800,000원)을 부인하였다가 이의신청과정에서 37,996,150원을 건물신축비로 인정하고 상여처분금액에서 공제하였다.

(2) 청구법인이 쟁점 매입세금계산서를 사실과 다르게 교부받은 대신 공장건물신축에 따른 자재비와 노무비를 장부에 반영하지 아니하였다고 주장하면서 제출한 자재비 32,832,650원과 노무비 49,230,000원에 대하여 처분청이 확인한 결과 37,996,150원은 실거래로 인정하고, 거래상대방이 거래사실을 부인하거나 주주 또는 대표이사에게 노임을 지급한 것으로 되어 있는 44,066,500원에 대하여는 실거래로 인정하지 아니하였음이 처분청의 조사서에 의하여 확인된다.

(표) 생략

(3) 청구법인이 2002.9.4. OOOOOO에 지급한 전력인입비 5,577,000원을 2002년 건물계정에 계상누락하고, 2003년에 기표하였음이 청구법인이 제시한 장부에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점 공장의 감정평가액과 장부가액 및 처분청의 부인액은 아래와 같음이 감정평가서, 청구법인의 장부, 처분청의 조사서에 나타난다.

(표) 생략

(5) 이상의 사실관계를 종합하여 보면 청구법인이 실지 지출한 자재비 32,832,650원과 노무비 49,230,000원에 대신에 쟁점 매입세금계산서를 교부받은 것이라고 주장하면서 자재비와 노무비 명세를 제시한 데 대하여 처분청이 확인한 바 자재비 20,066,500원에 대하여는 거래상대방이 거래사실을 부인하고 있고, 노무비 24,000,000원에 대하여는 거래상대방이 노무비 수령사실을 부인하거나 대표이사 또는 주주에게 노무비를 지급한 것으로 확인되어 쟁점 매입세금계산서에 대응되는 비용으로 인정하기 어렵다.

다만, 청구법인이 2002.9.4. ○○○에 지급한 전력인입비 5,577,000원을 2002년 건물계정에 계상하지 아니하였다가 2003년에 기표하였으며, 쟁점 공장의 감정가액 146,280,000원에 비하여 처분청이 장부가액으로 인정한 금액은 50,542,138원인 점을 감안하면 전력인입비 5,577,000원이 쟁점 매입세금계산서 상당액 범위 내에 포함된 금액으로 보이므로 처분청이 대표이사에 대한 상여로 처분한 58,803,850원 중 6,134,700원(공급가액 5,577,000원 및 동 부가가치세 557,700원)을 동 상여처분금액에서 제외하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례