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경정
1차경정시 잘못로 결정되어 2차경정시 이를 고지하는 경우, 납부불성실가산세를 신고납부기한일 계산(경정)
조세심판원 조세심판 | 조심2009서1798 | 법인 | 2009-09-15
[사건번호]

조심2009서1798 (2009.09.15)

[세목]

법인

[결정유형]

경정

[결정요지]

1차경정일에서 2차경정일까지의 기간에 대하여 당해 법인의 귀책사유를 묻기는 어려우므로 납부불성실가산세를 2차경정일까지의 일수를 계산한 것은 부당함

[관련법령]

법인세법 제13조【과세표준】

[참조결정]

2007서2064 / 2007서2064 / 2007서2064 / 2007서1871 /

[주 문]

1. OO세무서장이 2008.11.6. 청구법인에게 한 2005사업연도 법인세 165,451,990원의 부과처분은 납부불성실가산세의 미납일수를 신고납부기한일 다음날(2006.4.1)부터 당초 1차경정일인 2007.2.1.까지로 하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 건설업을 영위하는 법인으로서 OOOOO OOO OOOO OOOOO, OOOOO에서 OOOO 주식회사(이하 “OOOO”이라 한다)를 시공사로 하여 주상복합건물 신축분양사업을 하면서, 「법인세법 시행규칙」제34조 제1항에서 규정하는 작업진행률을계산함에 있어 청구법인과 OOOO과의 합의서에 따라 확정된 공사도급금액을 기준으로 계산한 작업진행률로 분양수입과 공사비용을 산정하여 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 2003사업연도부터 2005사업연도까지의 법인세과세표준 및 세액을 각각 신고·납부하였다.

나.OO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구법인이 OOOO과의 공사도급(변경)계약서상의 도급금액을 기준으로 재계산한 작업진행률에 따라 분양수입과 공사비용을 산정하여 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입하였으며, 처분청은 OO지방국세청장으로부터 통보받은 조사결과에 따라 2007.2.9. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 1,064,389,640원, 2004사업연도 법인세 5,365,969,350원을 경정·고지하는 한편, 2005사업연도 법인세 2,359,667,700원을 환급결정(이하 “1차경정”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 위 1차경정 처분에 불복하여 2007.5.2. 국세심판원에 심판청구를 하였고, 2008.7.18. 조세심판원은 작업진행률의 계산에 대한 조세심판결정(OO OOOOOOOOO)에서, 청구법인과 OOOO간의 합의서에 따라 확정된 도급금액이 아닌 공사도급(변경)계약서상의 도급금액으로 OO지방국세청장이 작업진행률을 계산한 것은 잘못된 것으로 결정함에 따라, 처분청은 2003사업연도 및 2004사업연도에 대한 당초 경정·고지세액은 환급결정하고, 2005사업연도에 대한 환급세액은 2008.9.1. 4,392,826천원(이하 “2차경정”이라 한다) 및 2008.11.6. 165,452천원(이하 “3차경정”이라 한다)을 재경정·고지하였다.

라. 청구법인은 3차경정 처분에 불복하여 2009.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OO지방국세청장의 작업진행률 계산방법에 따라 처분청이 2007.2.1. 2005사업연도 법인세과세표준을 경정하여 환급결정한 법인세를 조세심판결정으로 재경정·고지하면서, 청구법인이 과소납부한 세액 1,586,867천원(경정 산출세액 3,946,534천원 - 신고 산출세액 2,359,668천원)에 대한 미납일수의 계산은 당초신고일인 2006.3.31.의 익일부터 1차경정일인 2007.2.1.까지의 일수(307일, 청구법인은 335일로 계산)를 계산하여 납부불성실가산세를 부과하여야 함에도, 2차경정일인 2008.9.1.까지의 일수(885일)를 계산하여 납부불성실가산세를 부과한 것은 납세자의 귀책사유에 해당하지 않으므로 부당하다.

(2) 신고불성실가산세의 대상금액인 총과소신고금액의 계산은 경정한 과세표준 15,834,138천원에서 신고한 과세표준 9,486,671천원과의 차액인 6,347,467천원으로 하여야 함에도, 처분청이 총과소신고금액을 7,516,635천원으로 하여 신고불성실가산세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 세법상 가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 기한 내에 성실하게 신고 및 납부하지 아니한 경우에 본세에 가산하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납부불성실가산세는 미달하게 납부한 세액이 없으면 부과되지 않는다는 점에서 기간의 이익에 대한 이자 성격이 강하다고 보아야 할 것이므로, 재경정하는 과세표준에 의한 산출세액에서 신고한 과세표준에 의한 산출세액을 차감한 미달세액에 대하여 납부기한의 다음날부터 납세고지일까지의 미납일수 885일을 계산하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 신고불성실가산세는 「법인세법 시행령」제118조 제2항에서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액(경정으로 확인된 이월결손금 등)이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다고 규정하고 있어 이월결손금 1,157,467천원 등을 공제하여 신고불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)처분청이 1차경정시 작업진행률에 의하여 계산된 분양수입금액을 손금에 계상하여 환급한 세액이 조세심판결정에서 잘못된 것으로 결정되어 2차경정시 이를 고지하는 경우, 납부불성실가산세를 신고납부기한일 익일부터 1차경정일까지를 미납일수로 계산하여 납부불성실가산세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 총과소신고금액 계산시 경정한 과세표준금액에서 신고한 과세표준금액을 차감하여 신고불성실가산세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1)법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것)제13조 (과세표준)내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액

제66조 (결정 및 경정) ② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

④ 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

제76조 (가산세) ① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다.(단서생략)

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항·제31조 제4항 및 「조세특례제한법」에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(2) 법인세법 시행령제118조 (과소신고금액의 계산 등)② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.

제119조 (미납부가산세율 등) ① 법 제76조 제1항 제3호 및 법 제76조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 이자율"이라 함은 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2007.2.1. 처분청이 2005사업연도 1차경정시 OO지방국세청장의 작업진행률 계산방법에 따라 분양수입금액을 손금에 산입하고 법인세과세표준을 경정하여 환급결정한 법인세를 2008.7.18. 조세심판결정으로 2008.9.1. 2차경정을 하여 경정·고지하면서, 과소납부한 세액 1,587,867천원에 대한 납부불성실가산세를 부과함에 있어 미납일수를 1차경정일인 2007.2.1.까지의 일수를 적용하여야 함에도 2차경정일인 2008.9.1.까지의 일수를 적용하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

1) OO지방국세청장이 청구법인에 대한 1차경정 경정내용을 보면, 2003사업연도부터 2005사업연도까지 청구법인이 부담하여야 할 공사예상사업비 22,949,386천원(2005사업연도의 경우 34,800,416천원)과 청구법인이 OOOO과 계약한 공사도급계약서상 금액 200,968,614천원(2005사업연도의 경우 261,868,194천원)을 합한 223,918,000천원(2005사업연도의 경우 296,668,610천원)을 총공사예정비로 하여 작업진행률을 재계산하고,분양수입금액의 경우2003사업연도 9,431,748천원, 2004사업연도 16,242,065천원을 각각 익금산입하고 2005사업연도 16,340,015천원을 익금불산입하였으며,건설용지비의 경우2003사업연도 1,827,901천원, 2004사업연도 4,382,650천원, 2005사업연도 1,591,280천원을 각각 손금산입하였으며,당기공사원가의 경우2003사업연도 324,886천원, 2004사업연도 293,638천원, 2005사업연도 104,706천원을 각각 손금불산입한 것으로 나타나고,

처분청은 2007.2.1. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 1,064,390천원 및 2004사업연도 법인세 5,365,969천을 각각 경정·고지하는 한편, 2005사업연도 법인세 2,359,668천원을 환급 결정한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

2) 2008.7.18. 조세심판결정(OO OOOOOOOOO)에서 처분청이주상복합건물 신축분양사업과 관련한 작업진행률을 계산함에 있어서, 청구법인과 OOOO간의 합의서에 따라 청구법인이 OOOO에게 지급하여야 할 확정된 공사도급금액이 아니라 공사도급(변경)계약서상의 도급금액으로 한 것은 잘못이 있는 것으로 결정함에 따라, 처분청은 2003사업연도 및 2004사업연도에 대한 당초 경정·고지세액은 환급결정하고, 2005사업연도에 대한 환급세액은 2차경정 및 3차경정 고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

3) 2005사업연도 법인세 신고 및 경정 내용은 다음 <표1>과 같다.

<표1> 2005사업연도 법인세신고 및경정 내용

(단위:백만원)

구 분

당초신고

(2006.3.31)

1차경정

(2007.2.1)

2차경정

(2008.9.1)

3차경정

(2008.11.6)

①당기순이익

5,176

5,176

5,176

5,176

②익금가산

4,993

5,235

14,937

14,937

ㅇ 분양수입

ㅇ 미성공사

ㅇ 제좌

-

-

4,993

-

105

5,130

9,698

109

5,130

9,698

109

5,130

③손금가산

393

19,098

2,820

2,820

ㅇ 분양수입

ㅇ 제좌

-

393

16,340*

2,758

-

2,820

-

2,820

④기부금한도초과

-

201

-

-

⑤기부금이월액

289

-

301

301

⑥이월결손금

-

-

1,157

1,157

⑦차감과세표준(①+②-③+④-⑤-⑥)

9,487

△8,577

15,835

15,835

⑧산출세액

2,360

-

3,947

3,947

⑨가산세

-

-

446

611

(과소신고가산세)

-

-

(190)

(190)

(납부불성실가산세)

-

-

(256)

(421)

⑩총결정세액

(⑧+⑨)

2,360

-

4,393

4,558

⑪(기)납부세액

2,360

2,360

2,360

2,360

⑫환급 또는 고지세액

(⑩-⑪)

-

2,360

2,360

2,360

⑬차감고지세액

-

-

4,393

165

* OO지방국세청장이 계산한 작업진행률에 의해 손금산입한 분양수입금액 16,340백만원이 2008.7.18. 조세심판결정으로 취소되었음

4) 처분청의 3차경정일인 2008.11.6. 고지세액 165,452천원에 포함된 납부불성실가산세 421,313천원의 계산내역을 보면, 2005사업연도 법인세의 납부불성실가산세 미납기간을 신고기한 다음날인 2006.4.1.부터 2차경정 고지일인 2008.9.1.까지 885일을 적용하여 다음과 같이 계산한 사실이 확인된다.

납부불성실가산세 421,313천원 산식 = 미납세액 1,586,867천원(경정 산출세액 3,946,534천원 - 신고 산출세액 2,359,668천원) × 3/10,000 × 885일(신고일 2006.3.31.의 다음날부터 2차경정일 2008.9.1.까지)

(나) 살피건대, 청구법인이 OOOO과의 합의서에 따른 확정된 공사도급금액을 기준으로 분양수입금액과 공사원가를 계상하여 각사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고·납부하였으나, OO지방국세청장의 청구법인에 대한 1차경정시 공사도급(변경)계약서상의 도급금액을 기준으로 분양수입금액과 공사원가를 재계산하여 각각 익금 및 손금에 산입함으로써 처분청이 2003사업연도 및 2004사업연도 법인세는 경정·고지하고 2005사업연도의 법인세는 환급결정한 것을, 2008.7.18. 작업진행률의 계산에 대한 조세심판결정(OO OOOOOOOOO)에서, 청구법인과 OOOO간의 합의서에 따라 확정된 도급금액이 아닌 공사도급(변경)계약서상의 도급금액으로 OO지방국세청장이 작업진행률을 계산한 것은 잘못된 것으로 결정함에 따라, 조세심판결정이 청구법인의 작업진행률 계산방법을 원래대로 환원시키는 결정임에 비추어보면 청구법인의 당초 신고내용에 변화가 없었던 것으로 판단되고, 처분청이 조세심판결정에 따라 1차경정 처분을 취소하면서 2차경정으로 당초 환급하였던 2005사업연도 법인세를 경정·고지하면서 이를 무납부한 것으로 보아 납부불성실가산세의 미납일수를 계산함에 있어 2차경정일인 2008.9.1.까지 계산하는 것은, 「법인세법」제76조(가산세) 제1항 제3호의 납부불성실가산세는 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부하지 아니하고 경과된 일수를 곱하는 기간개념으로 볼 때, 1차경정일에서 2차경정일까지의 기간에 대하여 청구법인이 법인세를 미납한 것으로 보아 청구법인의 귀책사유를 묻기는 어려운 것으로 판단되므로, 처분청이 납부불성실가산세를 2차경정일까지의 일수를 계산하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 과소신고가산세의 대상금액인 총과소신고금액의 계산은 경정한 과세표준 15,834,138천원에서 신고한 과세표준9,486,671천원과의 차액인 6,347,467천원으로 하여야 한다는 주장하므로 이에 대하여 본다.

1) 처분청이 계산한 과소신고가산세와 청구법인이 주장하는 과소신고가산세의 계산 내역을 보면, 다음 <표2>와 같다.

<표2> 과소신고소득 및 미달세액 계산 내역

가) 처분청 계산

(단위:천원)

신고서에 기재된 과세표준

공 제

정미신고소득금액

결 정

과세표준,

총과소

신고금액

이월결손금

기 타

9,486,671

1,157,467

11,701

1,169,168

8,317,503

15,834,138

7,516,635

(단위:천원)

구 분

과소신고소득

미달세액

총 과 소

신고금액

총익금

가산액

가 산 세

대상금액

산출세액

과세표준

미달세액

7,516,635

8,289,628

7,516,635

3,946,534

15,834,138

1,873,462

일반과소

8,153,030

7,392,775

1,842,591

부당과소

136,598

123,860

30,871

ㅇ 과소신고가산세(①+②) : 190,433천원

① 일반과소분 184,259천원: 1,842,591천원×10%

② 부당과소분 6,174천원: 30,871천원×20%

나) 청구법인 계산

(단위:천원)

신고서에 기재된 과세표준

공 제

정미신고소득금액

결 정

과세표준,

총과소

신고금액

이월결손금

기 타

9,486,671

0

0

0

9,486,671

15,834,138

6,347,467

(단위:천원)

구 분

과소신고소득

미달세액

총 과 소

신고금액

총익금

가산액

가 산 세

대상금액

산출세액

과세표준

미달세액

6,347,467

8,289,628

7,516,635

3,946,534

15,834,138

1,582,056

일반과소

8,153,030

7,392,775

1,555,987

부당과소

136,598

123,860

26,069

ㅇ 과소신고가산세(①+②) : 160,812천원

① 일반과소분 155,598천원: 1,555,987천원×10%

② 부당과소분 5,213천원: 26,069천원×20%

2) 청구법인의 2005사업연도 자본금과 적립금조정명세서(갑) 상의 이월결손금 내역을 보면, 다음 <표3>과 같다.

<표3> 이월결손금 내역

(단위:천원)

사업연도

이월결손금발생액

감 소

잔 액

기공제액

당기공제액

보 전

기한내

기한경과

’03.1~’03.12

3,130,357

1,972,890

1,157,467

-

-

-

-

3,130,357

1,972,890

1,157,467

-

-

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(나) 「법인세법」제76조(가산세) 제1항 제2호에서 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우 그에 대한 제재로 과소신고가산세를 징수하도록 규정한 취지는 신고납세제도를 취하고 있는 법인세제 하에서 납세의무자인 법인에게 과세표준의 성실한 신고를 유도하고, 또 법인이 신고한 과세표준 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 과세관청은 이를 조사하여 과세표준과 세액을 경정하는 처분을 하게 되며, 이때 그 신고된 과세표준금액에 원래 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우 과세관청으로서는 당연히 이를 과세표준에서 제외하여 정당한 과세표준금액을 산정하게 되는데, 이 경우 신고한 과세표준금액에서 과세표준이 되지 아니하는 금액을 공제하지 아니한 채, 과소신고소득금액을 산정하게 되면 실질적으로 과소신고한 과세표준금액에 대하여도 과소신고가 없는 것처럼 되어 성실신고의 유도라는 가산세 본래의 목적을 달성할 수 없는 점 등에 비추어, 같은 법 시행령 제118조(과소신고금액의 계산 등) 제2항이 신고한 과세표준금액에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준금액으로 한다고 규정한 것은 이와 같은 당연한 이치를 명문화한 것에 불과하다(국심 2007서1871, 2007.12.31, 대법원 2003두10282, 2005.7.29. 같은 뜻임).

(다) 살피건대,청구법인의 2005사업연도자본금과 적립금조정명세서(갑) 상의 2003사업연도 이월결손금이 존재하고 있고, 처분청의 2008.9.1. 2차 경정결의서상 이월결손금 1,157,467천원을 차감하여 과세표준을 계산하고 있으며,<표2> 가)에서 보는 바와 같이 이월결손금 등 1,169,168천원을 신고과세표준 9,486,671천원에서 차감한 8,317,503천원을 경정 과세표준15,834,138천원에서 차감하여 총과소신고금액을 계산하고 있는 바,법인이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고함에 있어서 「법인세법」제13조(과세표준) 제1호의 결손금을 공제한 금액으로 과세표준을 신고하는 것으로써, 청구법인의 2005사업연도 신고한 과세표준금액은 이월결손금 상당액 등이 공제되어야 정상적인 과세표준이 계산될 수 있다할 것이다.

따라서, 이월결손금 등은 청구법인이 당초 신고한 과세표준 중에서 과세표준이 되지 아니하는 금액이라고 볼 수 있으므로 처분청이 「법인세법 시행령」제118조(과소신고금액의 계산 등) 제2항에 의거 청구법인이 신고한 과세표준에서 이월결손금 등을 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 하여 총과소신고금액을 계산하고, 그에 따라 과소신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009년 9월 15일

주심조세심판관 이 광 호

배석조세심판관 이 효 연

김 완 석

김 학 근

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