1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1993. 1. 8. 설립되어 지관제조 및 판매업, 기계제조 및 판매업 등을 영위하는 법인이고, 원고의 대표자인 B은 2002. 12. 30. 사업장 소재지를 ‘화성시 C, D’로 하여 부동산 임대업의 사업자등록을 한 사람이다.

나. 원고는 설립될 무렵 B의 소유이던 화성시 C 잡종지 995㎡(이하 ‘제1토지’라고 한다), D 잡종지 995㎡(이하 ‘제2토지’라고 한다), 제2토지 지상의 단층 공장(제조장) 197.4㎡(이하 ‘제2공장이라 하고 제1, 2토지와 제2공장을 합하여 ’이 사건 각 부동산‘이라 한다)를 임차하고, 제1토지 지상에 단층 공장(제조장) 197.4㎡(이하 ’제1공장‘이라 한다)를 신축하여 제1, 2공장에서 지관 제조업과 지관기계 제조업을 영위해 왔다. 다. 원고는 2009. 6. 30. B으로부터 이 사건 각 부동산을 현물출자 받기로 약정하였고, B은 같은 날 부동산 임대업의 폐업을 신고하였다. 원고는 2009. 10. 14. 이 사건 각 부동산에 관해 현물출자를 원인으로 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다. 라. 원고는 2009. 10. 9. 피고에게 이 사건 각 부동산의 취득이 ‘중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산'에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조, 제119조 제1항 제3호, 제120조 제1항 제2호에 따라 취득세와 등록세 등에 대한 감면신청을 하여 이를 면제받았다.

마. 피고는 2013. 10. 20. 원고가 소멸된 중소기업 소유이던 이 사건 각 부동산을 자가 사용함에 따라 중소기업 간 통합 후 사업의 동일성이 유지되지 아니하여 취득세 등 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 원고에 대하여 취득세 22,519,510원, 등록세 22,519,510원, 지방교육세 4,227...