서면인터넷방문상담3팀-96(2008.01.10.)

부가

성실신고사업자에 대한 부가가치세의 과세특례를 적용받은 사업자가 당해 과세기간에 대하여 수정신고에 의하여 과세표준이 증가되어 과소신고한 금액이 수정신고된 과세표준의 100분의 20 이상이 된 경우에도 감면받은 부가가치세액을 추징하는 것임.

성실신고사업자에 대한 부가가치세 과세특례적용 후 매출누락 및 매입과다 신고에 의하여 수정신고시 부가가치세 추징 여부와 관련한 귀 질의의 경우 기 질의회신사례 [재소비-289, 2006.03.23]를 참고하시기 바랍니다.

조세특례제한법 제122조의 2 [성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례 ]

붙 임 : 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 개인사업자로서 2005년 12월에 설립된 건설업(매출2천만원)을 영위하며 2006년 1기에 성실신고세액공제대상이 되어 세액공제를 받고 2006년 2기에도 성실신고세액공제대상이 되어 세액공제를 받았음. 그런데 2007년 12월 최근에 2006년 2기의 세금계산서 불부합자료가 나와서 확인해 본 결과 실수에 의하여 매입세금계산서를 이중으로 잘 못 들어간 부분을 알게 되어(매출액은 7억원, 이중공제 매입액 8백만원) 매입세액 이중공제분에 대하여 수정신고시 2006년 2기 공제받은 성실신고세액공제가 부인되는 지 여부?.

○ 위와 무관한 별도의 회사로 2003년 1월에 회사가 설립된 가구제조회사로서 2006년 1기와 2기에 성실신고세액공제대상이 되어 성실신고세액공제를 받았음. 그런데 2005년 2기의 불부합자료가 나와서 확인해 본 결과 매출세금계산서가 약 1백만원 누락된 것(전체매출액의 약 1%)이 나왔는데 이는 실수로 누락된 것으로 이러한 수정신고시 소액이라도 다음 과세기간부터 성실신고세액공제가 되지 않는 것이며, 감면받은 세액을 추징하는 것인지?, 또한 매출누락이 아닌 소액의 매입이 이중으로 신고들어간 것이라면 이경우에도 성실신고세액공제가 어떻게 되는지 여부에 대하여 질의함.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

조세특례제한법 제122조의 2 【성실신고 사업자에 대한 소득세 등의 과세특례】

① 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 사업자(사업소득이 있는 자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)가 2007년 12월 31일이 속하는 과세연도 또는 「부가가치세법」 제3조의 규정에 의한 과세기간(이하 이 조에서 “과세연도등”이라 한다)까지 발생한 소득세ㆍ법인세의 과세표준신고 또는 부가가치세의 확정신고를 하는 경우에는 제2항 내지 제8항의 규정에 따라 과세특례를 적용받을 수 있다. 이 경우 부가가치세에 대하여는 제3호를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 해당 과세연도등 개시일 현재 1년(부가가치세의 경우에는 6개월) 이상 계속하여 사업을 영위하는 사업자로서 직전 과세연도등의 업종별 수입금액( 「법인세법」 제43조의 규정에 따른 기업회계기준에 의하여 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 대통령령이 정하는 금액 미만일 것. 다만, 부가가치세는 직전 과세연도 월수가 12개월 미만인 경우에는 12개월로 환산한 금액이 대통령령이 정하는 금액 미만이어야 한다. (2006. 12. 30. 개정)

2. 당해 과세연도등의 수입금액 또는 「부가가치세법」 제13조 및 동법 제26조의 규정에 의한 과세표준(이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)을 직전 과세연도등의 수입금액 또는 과세표준보다 100분의 20을 초과하여 신고할 것. 다만, 사업장의 이전 또는 업종의 변경 등 대통령령이 정하는 사유에 의하여 수입금액 또는 과세표준이 증가하는 경우를 제외한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 사업자는 다음 산식에 따라 계산한 금액을 부가가치세 확정신고시 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제한다. 이 경우 경감대상과세표준은 직전 과세기간의 과세표준에 100분의 120을 곱하여 계산한 금액을 해당 과세기간에 신고한 과세표준에서 차감한 금액으로 한다. 다만, 각 과세기간의 공제세액이 해당 공제세액을 차감하기 전 각 과세기간의 납부할 세액[이 법 ㆍ「국세기본법」 및 「부가가치세법」에 따라 공제 또는 가산할 세액( 「국세기본법」 제47조의 2 내지 제47조의 5 및 「부가가치세법」 제22조의 규정에 따른 가산세를 제외한다)을 공제하거나 가산하여 계산한 세액을 말한다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정)

세액공제금액 ＝ 해당 과세기간의 경감대상과세표준 × 대통령령이 정하는 업종별 부가가치율 ×1/10 × 과세기간별 경감률(해당 과세기간을 포함하여 최초 2 과세기간 동안 100분의 100)

⑧ 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공제받은 세액을 전액 추징한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 당해 과세연도등에 대한 과소신고한 수입금액 또는 과세표준이 경정된 수입금액 또는 과세표준의 100분의 20 이상인 경우 (2004. 12. 31. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례심사, 심판, 판례)

[재소비-289, 2006.03.23]

［질의2］

ｏ 조세특례제한법 제122조의 2의 규정에 의하여 성실신고사업자에 대한 부가가치세의 과세특례를 적용받은 사업자가 당해 과세기간(과세연도 등)에 대한 과소신고한 과세표준이 경정된 과세표준의 100분의 20 이상인 경우 같은법 같은조 제8항의 규정에 따라 부가가치세 감면 세액을 추징하는 것이나

- 경정이 아닌 납세자의 수정신고에 의하여 과세표준이 증가되어 과소신고한 금액이 수정신고된 과세표준의 100분의 20 이상이 된 경우에도 동 규정에 따라 감면받은 부가가치세액을 추징할 수 있는지 여부

(제1안) 감면받은 세액을 추징함.

(제2안) 감면받은 세액을 추징할 수 없음.

［질의3］

ｏ 세금계산서 교부대상 사업(제조업, 도매업 등)을 영위하는 사업자가 조세특례제한법 제122조의 2 규정에 의하여 부가가치세액을 감면받은 후 성실신고 과세기간 이전 과세기간에 대한 매출세금계산서 누락이 발견되어 수정신고하는 경우 당초 신고시 감면받은 부가가치세액의 추징 여부 및 경정이후 과세기간에 대한 부가가치세 감면 적용 여부

(제1안) 당초 신고시 감면받은 부가가치세액을 추징하고 경정 이후 과세기간에 대한 부가가치세 감면적용도 배제함.

(제2안) 감면세액을 추징하지 아니하고 경정이후 과세기간에도 계속 부가가치세액을 감면함.

【회신】

귀 질의의 경우 질의 1 내지 질의 4의 쟁점1 및 쟁점2는 제1안이 타당하고 질의 5는 제2안이 타당한 것임.