재정경제부부가가치세제과-68 (2007.02.01)

부가

사업자가 사립대학교 학교시설을 건설하여 기부채납하고 사용수익권을 부여받아 제공하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 재화의 자가공급(면세전용)과 납부세액 재계산 규정이 적용되지 않는 것임

1. 귀 질의(가)의 경우, ○○대학교 기숙사(○○회사)가 기숙사 운영권을 부여받아 당해 기숙사를 이용하여 제공하는 재화 또는 용역은 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제됨.2. 귀 질의(나)의 경우, ○○대학교 기숙사(○○회사)가 2005.12.31.까지 투입한 건설비 등으로 공제(환급)받은 매입세액은 「조세특례제한법」 부칙 제46조(2005.12.31. 개정)에 의하여 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 동법 제17조 제5항의 규정이 적용되지 아니함

조세특례제한법 제106조【부가가치세 면제】

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 증권투자신탁업법에 의해 설립된 ○○자산운용(주)는 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 상 BTO방식에 의해 ○○대학교 기숙사 건립을 위해 ○○대학교 기숙사○○회사를 설립(2005.2.7.)

- 교육인적자원부장관으로부터 민자유치시설(기숙사) 보증허가를 받음(2005.4.27.)

＊ 다만, 조세특례제한법상 교육인적자원부장관 등의 별도 추천은 없었음.

- ○○대학교 기숙사○○회사는 향후 기숙사를 건립하고, 동 기숙사를 ○○대학교에 기부채납하고

· 그 대가로서 일정기간(13년6개월) 동안 기숙사를 운영할 예정임

○ 질의내용

(가) ○○대학교 기숙사○○회사가 학교법인으로부터 기숙사 운영권을 부여받아 제공하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되는지 여부

(나) ○○대학교 기숙사○○회사가 2005.12.31.까지 투입한 건설비 등에 대해 매입세액 공제를 받은 경우, 조세특례제한법 부칙 제46조(2005.12.31. 개정)에 의해 부가가치세법 제6조 제2항(자가공급) 및 동법 제17조 제5항(납부세액 재계산)의 배제규정이 적용되는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

1. 전기사업법 제2조의 규정에 의한 전기사업자가 전기를 공급할 수 없거나 상당한 기간 전기공급이 곤란한 도서로서 산업자원부장관( 동법 제98조의 규정에 의하여 위임을 받은 기관을 포함한다)이 증명하는 도서지방의 자가발전에 사용할 목적으로 수산업협동조합법에 의하여 설립된 수산업협동조합중앙회에 직접 공급하는 석유류

2. 공장·광산·건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령이 정하는 사업장과 초· 중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조의 규정에 의한 학교(이하 이 호에서는 "사업장등"이라 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 당해 사업장등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하거나 학교급식법 제4조 각호의 1에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 동법 제10조의 규정에 의한 위탁급식의 방법으로 당해 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류에 한한다). 이 경우 위탁급식공급가액의 증명등 위탁급식의 부가가치세 면제에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. 농·어업경영 및 농·어작업의 대행용역으로서 대통령령이 정하는 것

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

4의2. 주택법 제2조제12호의 규정에 의한 관리주체(동호 가목을 제외하며, 이하 이 조에서 "관리주체"라 한다) 또는 경비업법 제4조제1항의 규정에 의하여 경비업의 허가를 받은 법인(이하 이 조에서 "경비업자"라 한다)이 주택법 제2조제2호의 규정에 의한 공동주택(이하 이 조에서 "공동주택"이라 한다)에 공급하는 다음 각목의 용역

가. 관리주체가 공동주택에 공급하는 경비용역과 일반관리용역으로서 대통령령이 정하는 용역

나. 경비업자가 공동주택에 공급하거나 관리주체의 위탁을 받아 당해 공동주택에 공급하는 경비용역

4의3. 관리주체 또는 경비업자가 공동주택(제4호의 규정에 의한 국민주택에 한한다. 이하 이 호에서 같다)에 공급하는 다음 각목의 용역

가. 관리주체가 공동주택에 공급하는 경비용역과 일반관리용역으로서 대통령령이 정하는 용역

나. 경비업자가 공동주택에 공급하거나 관리주체의 위탁을 받아 공동주택에 공급하는 경비용역

4의4. 삭제 <2003.12.30>

5. 삭제 <1999.12.28>

6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

7. 한국철도시설공단법에 의한 한국철도시설공단이 철도산업발전기본법 제3조제2호의 규정에 의한 철도시설(이하 이 호에서 "철도시설"이라 한다)을 국가에 귀속시키고 동법 제26조의 규정에 의하여 철도시설관리권을 설정받는 방식으로 국가에 공급하는 철도시설

8. 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제1호의 방식을 준용하여 건설된 학교시설( 「고등교육법」 제2조의 규정에 의한 학교시설에 한한다)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역

9. 여객자동차운수사업법에 의한 시내버스 및 마을버스운송사업용으로 공급하는 버스로서 천연가스를 연료로 사용하는 것

10. 관세법 제91조제4호 및 제5호의 규정에 의한 물품중 희귀병치료를 위한 것으로서 대통령령이 정하는 것역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.