법인세과 - 1035 (2009. 3. 12)

조특

2개 사업연도에 진행된 투자에 대하여 법인에 유리한것을 선택하여 투자세액공제 변경가능

2개 사업연도에 걸쳐 진행된 투자가 「조세특례제한법」 제10조 및 제26조의 세액공제요건을 모두 충족한 경우 최초사업연도에는 같은법 제26조의 임시투자세액공제를 적용받고 다음 사업연도에는 같은법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 다시 적용받을 수 있는 것입니다.

조세특례제한법제127조【중복지원의배제】

[ 관련 첨부서류 ]

1. 질의내용 요약

○사실관계

당사는 원료의약품을 생산하는 제약업체로서 연구소를 별도로 갖고 있음.

2007년말부터 연구설비 증설을 시작하여 2008년초 설비투자를 완료하였음.

(총투자액 : 15억, 07년 지출액 10억, 08년 지출액 5억)

상기 투자의 07년 지출분(10억)은 임시투자세액공제와 연구인력개발설비투자세액공제 요건에 모두 충족하였으나, 당사는 공제세율이 동일하여 구분의 실익이 없다고 판단하여 임시투자세액공제를 신청하였음

2008년 조특법 개정으로 연구인력개발설비투자세액공제의 공제율이 10%로 상향 조정됨에 따라 당사는 상기투자의 08년 지출분(5억)에 대하여 동 세액공제 신청을 검토 중임.

○ 질의요지

사업연도에 진행된 동일투자에 대하여 각 사업연도마다 각각 다른 세액공제 신청이 가능한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

① (삭제, 2006. 12. 30.)

② 내국인이 이 법에 의하여 투자한 자산에 대하여 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25조의 4까지,제26조, 제94조 및 제104조의 18 제2항이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다. (2008. 12. 26. 개정)

③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25조의 4까지,제26조, 제94조, 제100조의 14, 제104조의 15 및 제104조의 18 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제121조의 2 또는 제121조의 4에 따라 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 의하여 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. (2008. 12. 26. 개정)

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제85조의 6, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 제121조의 17 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의 2부터 제25조의 4까지,제26조, 제94조, 제104조의 14, 제104조의 15 및 제104조의 18 제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제85조의 6, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

⑥ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제120조 제3항ㆍ제121조ㆍ제121조의 2ㆍ제121조의 4ㆍ제121조의 9 제3항 또는 제121조의 17 제3항의 규정에 의한 취득세 및 재산세의감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (2007. 12. 31. 개정)

⑦ 거주자가 토지 등을 양도하여 2 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지 등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 잔여부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다. (2001. 12. 29. 개정)

⑧ 거주자가 토지등을 양도하여 제77조 및 제85조의 7이 동시에 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (2007. 12. 31. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○재조예46019-18, 2003.01.16

【제목】

세액감면과 투자세액공제간 중복적용 배제여부 판정은 ‘과세연도 단위’로 결정하는 것으로서, 창업중소기업 세액감면기간중 임시투자세액공제는 과세연도별로 선택적용 가능함

【질의】

조세특례제한법 제6조의 창업중소기업세액감면규정을 적용받는 내국인이 동 감면적용대상기간 중에 같은법 제26조의 규정에 의한 투자금액이 있는 경우로서

투자한 연도에 제26조의 투자세액공제를 적용받은 경우 그후 사업연도 중 제6조의 잔존감면기간에 대하여는 제6조의 규정을 적용받을 수 있는지 여부

〈갑설〉 제6조의 규정을 적용받을 수 있음.

（이유） 감면의 중복지원 배제규정은 사업연도 단위로 적용여부를 결정하는 것으로서, 제6조와 같이 몇 개 사업연도에 걸쳐 적용되는 세액감면도 매사업연도별로 중복배제대상 감면중 유리한 것을 선택할 수 있도록 함이 타당

〈을설〉 제6조의 규정을 적용받을 수 없음.

（이유） 제6조와 같이 일정기간 계속하여 적용되는 감면은 적용기간 중에 중복배제대상인 다른 유리한 감면을 선택한 경우, 향후 제6조의 감면은 포기한 것으로 보아야 하므로,

제6조의 적용대상기간 중에 제26조의 투자세액공제를 적용한 경우 그 이후 사업연도에는 제6조의 감면은 적용받을 수 없다고 봄이 타당

【회신】

조세특례제한법 제6조의 창업중소기업 세액감면규정을 적용받던 내국인이 동 세액감면적용대상기간 중에 동법 제26조의 규정에 의하여 사업용 자산에 투자를 하여 임시투자세액공제를 적용받은 경우에도 그후 과세연도 중 동법 제6조의 잔존세액감면기간에 대하여는 동법 제6조의 창업중소기업 세액감면을 다시 적용받을 수 있는 것임.

이 경우 동법 제127조 제4항의 세액감면과 투자세액공제간 중복적용 배제여부 판정은 과세연도 단위로 결정하는 것으로서 특정 과세연도에 세액감면을 적용받은 경우에는 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여는 투자세액공제를 적용받을 수 없는 것임.

【해설】

과세연도 단위로 세액감면과 세액공제중 선택 적용가능함.

① 세액감면과 세액공제간 중복적용 배제는 세액감면과 세액공제를 중복해서 받지 말라는 것이지, 둘 중 하나를 선택해서 받는 것은 가능함.

② 조세지원 제도가 인센티브 지원세제로서 작동하기 위해서는 세액감면기간중에 시설투자를 많이 한 경우에는 투자세액공제를, 시설투자를 적게한 경우에는 다시 세액감면을 받게 하는 것이 바람직함.

③ 종전의 중복적용 배제규정(세액감면과 세액공제간)이 불명확하여 2002. 12. 조특법 제127조 제4항 개정으로 세액감면과 세액공제간에는 과세연도 단위로 선택적용한다고 명백히 규정하였음.